問い合わせ先：
国立研究開発法人理化学研究所
生命機能科学研究センター 発生動態研究チーム
E-mail: onami-sec[at]riken.jp
ポスター: こちらをクリックしてください。 (PDF 3.7MB)
プログラム: こちらをクリックしてください。 (PDF 744KB)
配布資料: こちらをクリックしてください。 (PDF 1.7MB)
プレゼンテーション: こちらをクリックしてください。
ワークショップの資料： http://downloads.openmicroscopy.org/presentations/2018/OOW-Kobe/
OMERO Open Workshop in Kobe 2018
Event
OMERO (http://www.openmicroscopy.org) はテラバイト単位の顕微鏡画像を管理することを目的に、Jason Swedlow 教授らのグループにより開発されたソフトウェアプラットフォームです。
プログラム概要
OMEROは顕微鏡画像を安全に管理しインターネット上で共有/利用できるフリーのソフトウェアプラットフォームです。 この度、その開発者である英国ダンディー大学のJason Swedlow教授と彼のチームにより、OMEROワークショップを神戸で行っていただくこととなりました。
このワークショップでは、実際にOMEROを使いながら顕微鏡画像を視覚化して分析する実践的なチュートリアルを体験することができます。
内容：
- OMEROの基本的な使い方。 プログラミングのスキルは必要ありません。
- OMERO APIを用いたアプリケーションを使用した手動データ処理から自動処理ワークフローへの移行方法
- CellProfiler、ImageJ、RなどのツールとOMEROの連携方法
- 解析データの作成方法
- OMEROサーバーの管理方法
顕微鏡検査、スクリプティング、データ解析の知識は必要ありません。
顕微鏡画像を扱う学生や研究者の方はぜひご参加ください。
ノートパソコンをご持参ください。
- 場所 :
- アクセス:
- 日時 :
- 参加費 :
- 懇談会 :
- 言語 :
- 参加登録 :
- 定員 :
- 理化学研究所融合連携イノベーション推進棟 (IIB)８階, 神戸市
- (アクセス（東エリア）, 神戸キャンパス建物配置図KE02)
- 2018年10月25日(木) 13:00~17:00
- 無料
- 17:30~19:30 ¥2,000; 学生: 無料
- 英語（Twitterで日本語サポートを実施予定）
- 申込フォームはこちら （登録締切日：2018年10月18日(木)）
- 50 名
発表者:
Prof. Jason Swedlow FRSE
Professor of Quantitative Cell Biology
1994年米国ブランダイス大学にて生物物理学博士号取得。Harvard Medical Schoolなどでのでの研究を経て、2007年より現職スコットランド・ダンディー大学の定量的細胞生物学教授に任命される。分析的定量的顕微鏡検査コースの共同ディレクターであり、 Peter SorgerとIlya Goldbergと共にOMEの設立者である。
Dr. Petr Walczysko
QA Software Specialist
チェコ・チャールズ大学にて物理学修士号、ドイツ・フライブルグ大学にて生物学博士号を取得。様々な分野での画像解析プログラムにおいて顕微鏡画像の画像解析にとりくんでいる。検査・品質保証のためのソフトウェア専門家として、2012年10月にOMEプロジェクトに参加。
Dr. Jean-Marie Burel
Senior Software Architect
2000年ブレスト大学で数学博士号取得。その後民間企業での勤務を経て、開発者としてスウェーデンのルンド大学に移り、博士後期の研究職を務める。2003年よりSwedlow博士の研究室に入り、OMEの開発に貢献し、OMERO.insightプロジェクトに長年従事している。
Dr. Sebastien Besson
Senior Software Developer
パリ第６大学にて物理学博士号を取得。 その後、テキサス大学サウスウェスタンメディカルセンターのDanuser Labでの研究等を経て、2012年開発者としてOMEチームに参加。2015年にダンディー大学チームの一員となった。
Josh Moore
Senior Software Architect
機械学習と分散コンピューティングの知識をもち、ドイツ・ハイデルベルグにあるDKFZのiBiosグループに参加しながら、OME Perlサーバーの業務に従事した後、2005年Swedlow博士の研究室の一員となった。OMERO Javaサーバーを担当している。
共催
協賛
