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A

AbstractChecksumProvider - ome.util.checksumのクラス
Abstract skeleton class implementing ChecksumProvider and providing implementations of the interface methods using a universal checksum class object.
AbstractChecksumProvider(HashFunction) - クラス のコンストラクタome.util.checksum.AbstractChecksumProvider
Protected ctor.
activate(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Turns on the access control lists attached to the given share for the current session.
activate() - インタフェース のメソッドome.api.StatefulServiceInterface
Completely restore this service for active use from whatever passivation it has implemented.
activeQueries() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns the number of active queries.
addCodomainMap(CodomainMapContext) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
非推奨です。
addCodomainMapToChannel(CodomainMapContext, int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Adds the context to the mapping chain.
addComment(long, String) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Creates comment for share.
addGroupOwners(ExperimenterGroup, Experimenter...) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
adds the given users to the owner list for this group.
addGroups(Experimenter, ExperimenterGroup...) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
adds a user to the given groups.
addGuest(long, String) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Add guest email address to the share.
addGuests(long, String...) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Adds guest email addresses to the share.
addObject(long, T) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Adds new item to share.
addObjects(long, T...) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Adds new items to share.
addOrderByAsc(String) - インタフェース のメソッドome.api.Search
A path from the target entity which will be added to the current stack of order statements applied to the query.
addOrderByDesc(String) - インタフェース のメソッドome.api.Search
A path from the target entity which will be added to the current stack of order statements applied to the query.
addReply(long, String, CommentAnnotation) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Creates comment which replies to an existing comment.
addUser(long, Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Adds experimenter to share
addUsers(long, Experimenter...) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Adds experimenters to share
Adler32ChecksumProviderImpl - ome.util.checksumのクラス
An implementation of the ChecksumProvider interface using Adler32 as the message digest algorithm.
Adler32ChecksumProviderImpl() - クラス のコンストラクタome.util.checksum.Adler32ChecksumProviderImpl
 
adminPrivileges - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
afterPropertiesSet() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultMetrics
 
allEnumerations(Class<T>) - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
 
ALLOW_LEADING_WILDCARD - インタフェース のstatic変数ome.api.Search
allTypes() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Permits all types to be returned.
and() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Applies the next by* method to the previous by* method, so that a call Search.hasNext(), Search.next(), or Search.results() sees only the intersection of the two calls.
AnnotationUtils - ome.annotationsのクラス
Checks metadata constraints on API calls.
AnnotationUtils() - クラス のコンストラクタome.annotations.AnnotationUtils
 
ApiConstraintChecker - ome.annotationsのクラス
Checks metadata constraints on API calls.
ApiConstraintChecker() - クラス のコンストラクタome.annotations.ApiConstraintChecker
 
append(ILoggingEvent) - クラス のメソッドome.util.logback.SiftingWhileRejectingDefaultAppender
 
applyBeanPropertyValues(Object, String) - クラス のメソッドome.system.OmeroContext
Uses the methods of this context's BeanFactory to autowire any Object based on the given beanName.
applyBeanPropertyValues(Object, Class<? extends ServiceInterface>) - クラス のメソッドome.system.OmeroContext
Uses the methods of this context's BeanFactory to autowire any Object based on the service class.
applySettingsToDataset(long, long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Applies rendering settings to all images in a given Dataset.
applySettingsToImage(long, long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Applies rendering settings to a given Image.
applySettingsToImages(long, List<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Applies rendering settings to a given Image.
applySettingsToPixels(long, long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Applies rendering settings to a given Pixels.
applySettingsToProject(long, long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Applies rendering settings to all images in all Datasets of a given Project.
applySettingsToSet(long, Class<T>, Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Applies rendering settings to one or many containers.
asProperties() - クラス のメソッドome.system.Login
produces a copy of the internal fields as a Properties instance.
asProperties() - クラス のメソッドome.system.Server
produces a copy of the internal fields as a Properties instance.
attach(long) - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
 

B

B_BAND - クラス のstatic変数omeis.providers.re.RGBBuffer
Index of the blue band in the image's data buffer.
BIT_EIGHT - クラス のstatic変数omeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Identifies the bit-plane 8 i.e.
BIT_FIVE - クラス のstatic変数omeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Identifies the bit-plane 5 i.e.
BIT_FOUR - クラス のstatic変数omeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Identifies the bit-plane 4 i.e.
BIT_ONE - クラス のstatic変数omeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Identifies the bit-plane 1 i.e.
BIT_SEVEN - クラス のstatic変数omeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Identifies the bit-plane 7 i.e.
BIT_SIX - クラス のstatic変数omeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Identifies the bit-plane 6 i.e.
BIT_THREE - クラス のstatic変数omeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Identifies the bit-plane 3 i.e.
BIT_TWO - クラス のstatic変数omeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Identifies the bit-plane 2 i.e.
BIT_ZERO - クラス のstatic変数omeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Identifies the bit-plane 0 i.e.
blues - クラス の変数omeis.providers.re.lut.LutReader
Holds the blues values.
buildLuceneQuery(List<String>, Date, Date, String, String) - クラス のstaticメソッドome.util.search.LuceneQueryBuilder
Builds a query with the provided input terms over the given fields
buildLuceneQuery(List<String>, String) - クラス のstaticメソッドome.util.search.LuceneQueryBuilder
Builds a query with the provided input terms over the given fields
byAnnotatedWith(Annotation...) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Finds entities annotated with an Annotation similar to the example.
byFullText(String) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Passes the query as is to the Lucene backend.
byGroupForTags(String) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns transient (without ID) TagAnnotation instances which represent all the tags in the given group.
byHqlQuery(String, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Delegates to IQuery.findAllByQuery(String, Parameters) method to take advantage of the Search.and(), Search.or(), and Search.not() methods, or queue-semantics.
byLuceneQueryBuilder(String, String, String, String, String) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Builds a Lucene query and passes it to the Lucene backend.
bySimilarTerms(String...) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns transient (without ID) TextAnnotation instances which represent terms which are similar to the given terms.
bySomeMustNone(String[], String[], String[]) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Builds a Lucene query and passes it to Search.byFullText(String).
byTagForGroups(String) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Creates a query which will return transient (without ID) TagAnnotation instances which represent all the tag groups which the given tag belongs to.

C

calculateMessageDigest() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
cancelJob() - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
Marks a job for cancellation.
CANCELLED - インタフェース のstatic変数ome.api.JobHandle
 
canRead(EventContext, String) - クラス のメソッドome.system.PreferenceContext
 
canUpdate(IObject) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Returns true if the currently logged in user can modify the given IObject.
ceId - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
ceType - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
cgId - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
cgName - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
changeExpiredCredentials(String, String, String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Used after an ExpiredCredentialException instance is thrown.
changeGroup(IObject, String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
call details.setGroup() on this instance.
changeOwner(IObject, String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
call details.setOwner() on this instance.
changePassword(String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
change the password for the current user.
changePasswordWithOldPassword(String, String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
change the password for the current user by passing the old password.
changePermissions(IObject, Permissions) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
call defaults.setPermissions() on this instance.
changeUserPassword(String, String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
change the password for the a given user.
checkDatabase(String) - クラス のメソッドome.system.PreferenceContext
 
checkImageDelete(long, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IDelete
Returns all entities which would prevent the given Image id from being deleted.
checksumAsBytes() - クラス のメソッドome.util.checksum.AbstractChecksumProvider
 
checksumAsBytes() - インタフェース のメソッドome.util.checksum.ChecksumProvider
Returns a byte array representation of the calculated checksum.
checksumAsBytes() - クラス のメソッドome.util.checksum.FileSizeChecksumProviderImpl
 
checksumAsString() - クラス のメソッドome.util.checksum.AbstractChecksumProvider
 
checksumAsString() - インタフェース のメソッドome.util.checksum.ChecksumProvider
Returns a String representing the checksum in hex form.
checksumAsString() - クラス のメソッドome.util.checksum.FileSizeChecksumProviderImpl
 
ChecksumProvider - ome.util.checksumのインタフェース
An interface producing checksums or message digests (depending on the implementing class) of a given type of input.
ChecksumProviderFactory - ome.util.checksumのインタフェース
A factory producing throw-away objects of the ChecksumProvider type.
ChecksumProviderFactoryImpl - ome.util.checksumのクラス
An implementation of the ChecksumProviderFactory interface.
ChecksumProviderFactoryImpl() - クラス のコンストラクタome.util.checksum.ChecksumProviderFactoryImpl
 
ChecksumType - ome.util.checksumの列挙型
Enumeration defining the possible algorithms used for calculating checksums.
clearQueries() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Removes all active queries (leaving settings alone), such that Search.activeQueries() will return 0.
CLIENT_CONTEXT - クラス のstatic変数ome.system.OmeroContext
identifier for an OmeroContext configured in classpath*:beanRefContext.xml for use by remote (via JNDI/RMI) clients.
close() - インタフェース のメソッドome.api.StatefulServiceInterface
signals the end of the service lifecycle.
closeAll() - クラス のメソッドome.system.OmeroContext
closes all the nested OmeroContexts within this instance.
closeSession(Session) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Closes session and releases all resources.
closeSession() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
closeShare(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Closes share.
CodomainMap - omeis.providers.re.codomainのインタフェース
Declares the interface common to all codomain maps.
CodomainMapContext - omeis.providers.re.codomainのクラス
Each concrete subclass defines transformation parameters for a CodomainMap implementation.
CodomainMapContext() - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.codomain.CodomainMapContext
 
containedExperimenters(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
fetch all users contained in this group.
containedGroups(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
fetch all groups of which the given user is a member.
Context(Timer.Context) - クラス のコンストラクタome.system.metrics.DefaultTimer.Context
 
ContrastStretchingContext - omeis.providers.re.codomainのクラス
Two points pStart and pEnd define the context of this transformation.
ContrastStretchingContext() - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
 
copy(EventContext) - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
Copies all values directly from the given instance into this instance.
copy() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.CodomainMapContext
Returns a deep copy of this object.
copy() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Implemented as specified by superclass.
copy() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.IdentityMapContext
Implemented as specified by superclass.
copy() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Implemented as specified by superclass.
copy() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ReverseIntensityContext
非推奨です。
Implemented as specified by superclass.
copyAndResizeImage(long, Integer, Integer, Integer, Integer, List<Integer>, String, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Copies the metadata, and only the metadata linked to a Image object into a new Image object of equal or differing size across one or many of its three physical dimensions or temporal dimension.
copyAndResizePixels(long, Integer, Integer, Integer, Integer, List<Integer>, String, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Copies the metadata, and only the metadata linked to a Pixels object into a new Pixels object of equal or differing size across one or many of its three physical dimensions or temporal dimension.
countAnnotationsUsedNotOwned(Class, long) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Counts the number of annotation of a given type used by the specified user but not owned by the user.
Counter - ome.system.metricsのインタフェース
Thin wrapper around Counter
counter(Object, String) - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultMetrics
 
counter(Object, String) - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Metrics
 
counter(Object, String) - クラス のメソッドome.system.metrics.NullMetrics
 
countSpecifiedAnnotations(Class, Set<String>, Set<String>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Counts the number of annotation of a given type.
CRC32ChecksumProviderImpl - ome.util.checksumのクラス
An implementation of the ChecksumProvider interface using CRC32 as the message digest algorithm.
CRC32ChecksumProviderImpl() - クラス のコンストラクタome.util.checksum.CRC32ChecksumProviderImpl
 
createDataObject(T, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Creates the specified data object.
createDataObjects(IObject[], Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
convenience method to save network calls.
createEnumeration(T) - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
 
createExperimenter(Experimenter, ExperimenterGroup, ExperimenterGroup...) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
create and return a new user in the given groups.
createExperimenterWithPassword(Experimenter, String, ExperimenterGroup, ExperimenterGroup...) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
create and return a new user in the given groups with password.
createGroup(ExperimenterGroup) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
create and return a new group.
createImage(int, int, int, int, List<Integer>, PixelsType, String, String) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Creates the metadata, and only the metadata linked to an Image object.
createJobHandle() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
create a new JobHandle proxy.
createNewRenderingDef(Pixels) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Creates a new rendering definition object along with its sub-objects.
createPrincipal() - クラス のメソッドome.system.SessionInitializer
 
createRawFileStore() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
create a new RawFileStore proxy.
createRawPixelsStore() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
create a new RawPixelsStore proxy.
createRenderingEngine() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
create a new RenderingEngine proxy.
createRestrictedSystemUser(Experimenter, List<AdminPrivilege>) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Create and return a new system user.
createRestrictedSystemUserWithPassword(Experimenter, List<AdminPrivilege>, String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Create and return a new system user.
createSearchService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
create a new Search proxy.
createSession(Principal, String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Creates a new session and returns it to the user.
createSessionWithTimeout(Principal, long) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Allows an admin to create a Session for the give Principal
createSessionWithTimeouts(Principal, long, long) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Allows an admin to create a Session for the give Principal
createShare(String, Timestamp, List<T>, List<Experimenter>, List<String>, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Creates share with all related: items, members, and guests.
createSystemUser(Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
create and return a new system user.
createThumbnail(Integer, Integer) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Creates a thumbnail for a pixels set using a given set of rendering settings (RenderingDef) in the on-disk cache.
createThumbnails() - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Creates thumbnails for a pixels set using a given set of rendering settings (RenderingDef) in the on-disk cache for every sizeX/sizeY combination already cached.
createThumbnailsByLongestSideSet(Integer, Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Creates thumbnails for a number of pixels sets using a given set of rendering settings (RenderingDef) in the on-disk cache.
createThumbnailService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
create a new ThumbnailStore proxy.
createUser(Experimenter, String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
create and return a new user.
createUser(String) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Creates an Experimenter entry in the OMERO DB based on the supplied LDAP username.
createUserSession(long, long, String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Allows a user to open up another session for him/herself with the given defaults without needing to re-enter password.
credentials - クラス の変数ome.system.SessionInitializer
 
csId - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
csName - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
csuId - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
csuName - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
ctx - クラス の変数ome.system.ServiceFactory
the context instance which this ServiceFactory uses to look up all of its state.
cuId - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
cuName - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
currentMetadata() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Provides access to the extra query information (for example Lucene score and boost values) for a single call to Search.next().
currentMetadataList() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Provides access to the extra query information (for example Lucene score and boost values) for a single call to Search.results().

D

DATE_ACQUISITION - クラス のstatic変数ome.util.search.LuceneQueryBuilder
 
DATE_IMPORT - クラス のstatic変数ome.util.search.LuceneQueryBuilder
 
DATE_TYPE_ACQUISITION - インタフェース のstatic変数ome.api.Search
Treat date range as acquisition date
DATE_TYPE_IMPORT - インタフェース のstatic変数ome.api.Search
Treat date range as import date
deactivate() - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Turns off the access control lists with the current share.
dec() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Counter
 
dec() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultCounter
 
DEFAULT_BATCH_SIZE - インタフェース のstatic変数ome.api.Search
Default batch size
DEFAULT_CASE_SENSITIVTY - インタフェース のstatic変数ome.api.Search
DEFAULT_MERGED_BATCHES - インタフェース のstatic変数ome.api.Search
DEFAULT_PORT - クラス のstatic変数ome.system.Server
 
DEFAULT_RETURN_UNLOADED - インタフェース のstatic変数ome.api.Search
DEFAULT_TIMEOUT - クラス のstatic変数ome.system.UpgradeCheck
Default timeout is 10 seconds.
DEFAULT_USE_PROJECTIONS - インタフェース のstatic変数ome.api.Search
DefaultCounter - ome.system.metricsのクラス
Thin wrapper around Counter
DefaultCounter(Counter) - クラス のコンストラクタome.system.metrics.DefaultCounter
 
DefaultHistogram - ome.system.metricsのクラス
Thin wrapper around Histogram
DefaultHistogram(Histogram) - クラス のコンストラクタome.system.metrics.DefaultHistogram
 
DefaultMetrics - ome.system.metricsのクラス
Spring bean for configuring metrics in this JVM.
DefaultMetrics() - クラス のコンストラクタome.system.metrics.DefaultMetrics
 
DefaultSnapshot - ome.system.metricsのクラス
Thin wrapper around Snapshot
DefaultSnapshot(Snapshot) - クラス のコンストラクタome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
DefaultTimer - ome.system.metricsのクラス
Thin wrapper around Timer
DefaultTimer(Timer) - クラス のコンストラクタome.system.metrics.DefaultTimer
 
DefaultTimer.Context - ome.system.metricsのクラス
 
deleteComment(Annotation) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Deletes comment from the database.
deleteEnumeration(T) - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
deletes enumeration value specified by object
deleteExperimenter(Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
removes a user by removing the password information for that user as well as all GroupExperimenterMap instances.
deleteGroup(ExperimenterGroup) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
removes a group by first removing all users in the group, and then deleting the actual ExperimenterGroup instance.
deleteImage(long, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IDelete
Deletes an Image and all related (subordinate) metadata as defined below.
deleteImages(Set<Long>, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IDelete
Deletes several Image instances within a single transaction via the IDelete.deleteImage(long, boolean) method.
deleteImagesByDataset(long, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IDelete
Deletes the user-visible Image instances of the given Dataset within a single transaction via the IDelete.deleteImage(long, boolean).
deleteObject(IObject) - インタフェース のメソッドome.api.IUpdate
Deletes a single entity.
deletePlate(long) - インタフェース のメソッドome.api.IDelete
Deletes all the images contained in a plate as if deleted by: deleteImage(id, true) so that all Dataset and Annotation links are broken, with WellSamples removed first.
deleteSettings(long) - インタフェース のメソッドome.api.IDelete
Deletes all rendering settings for the given Pixel id.
discover() - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Discovers and lists Experimenters who are present in the remote LDAP server and in the local DB but have the ldap property set to false.
discoverGroups() - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Discovers and lists ExperimenterGroups which are present in the remote LDAP server and in the local DB but have the ldap property set to false.

E

equals(Object) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.CodomainMapContext
This method is overridden so that objects of the same class are considered the same.
equals(Object) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Overridden to reflect equality of abstract values (data object) as opposite to object identity.
ERROR - インタフェース のstatic変数ome.api.JobHandle
 
errorOnViolation(Class, Method, Object[]) - クラス のstaticメソッドome.annotations.ApiConstraintChecker
 
EventContext - ome.systemのインタフェース
manages authenticated principals and other context for a given event.
exists() - インタフェース のメソッドome.api.RawFileStore
Checks to see if a raw file exists with the file ID that the service was initialized with.

F

fetchAlso(String...) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Adds a fetch clause for loading non-annotation fields of returned entities.
fetchAnnotations(Class...) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Queries the database for all annotations of the given types for all returned instances.
file - クラス の変数omeis.providers.re.lut.LutReader
The file to read.
FileSizeChecksumProviderImpl - ome.util.checksumのクラス
Trivial checksum provider whose hash is simply the number of bytes that were put into the calculation.
FileSizeChecksumProviderImpl() - クラス のコンストラクタome.util.checksum.FileSizeChecksumProviderImpl
 
find(Class<T>, long) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
lookup an entity by class and id.
findAll(Class<T>, Filter) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
lookup all entities that belong to this class and match filter.
findAllByExample(T, Filter) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
search based on provided example entity.
findAllByFullText(Class<T>, String, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
executes a full text search based on Lucene.
findAllByQuery(String, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
executes the stored query with the given name.
findAllByString(Class<T>, String, String, boolean, Filter) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
search a given field matching against a String.
findByExample(T) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
search based on provided example entity.
findByQuery(String, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
executes the stored query with the given name.
findByString(Class<T>, String, String) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
search a given field matching against a String.
findContainerHierarchies(Class<T>, Set<Long>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Retrieves hierarchy trees in various hierarchies that contain the specified Images.
findDN(String) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Searches unique Distinguished Name - String in LDAP for Common Name equals username.
findExperimenter(String) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Searches Experimenter by unique Distinguished Name - String in LDAP for Common Name equals username.
findGroup(String) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Looks up a specific ExperimenterGroup in LDAP using the provided group name.
findGroupDN(String) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Looks up the DN for a group.
findMethodAnnotations(Class, Method) - クラス のstaticメソッドome.annotations.AnnotationUtils
finds all parameter annotations for the given class including on all implemented interfaces.
findMinMax(int[]) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
findParameterAnnotations(Class, Method) - クラス のstaticメソッドome.annotations.AnnotationUtils
finds all parameter annotations for the given class including on all implemented interfaces.
FINISHED - インタフェース のstatic変数ome.api.JobHandle
 

G

G_BAND - クラス のstatic変数omeis.providers.re.RGBBuffer
Index of the green band in the image's data buffer.
get(Class<T>, long) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
lookup an entity by class and id.
get75thPercentile() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
get75thPercentile() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
get95thPercentile() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
get95thPercentile() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
get98thPercentile() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
get98thPercentile() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
get999thPercentile() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
get999thPercentile() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
get99thPercentile() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
get99thPercentile() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
getA0() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the slope of the first line.
getA1() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the slope of the second line.
getA2() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the slope of the third line.
getActiveConnections(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Gets actual active connections to share.
getAdminPrivileges(Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Gets the light administrator privileges for the given user.
getAdminService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getAdminsWithPrivileges(List<AdminPrivilege>) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Gets the administrators who have all the given privileges.
getAllDatasets() - インタフェース のメソッドome.api.IAnalysis
 
getAllEnumerations(Class<T>) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Retrieves the exhaustive list of enumerations for a given enumeration class.
getAllForImage(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAnalysis
 
getAllGuests(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Get the email addresses for all share guests.
getAllMembers(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Get all users who are a member of the share.
getAllUsers(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Get a single set containing the login names of the users as well email addresses for guests.
getAnalysisService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getAnnotationTypes() - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
Returns a list of classes which implement IAnnotated.
getAvailableFamilies() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the list of mapping families supported by the Rendering engine.
getAvailableModels() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the list of color models supported by the Rendering engine.
getAvailableTypes() - インタフェース のメソッドome.util.checksum.ChecksumProviderFactory
 
getAvailableTypes() - クラス のメソッドome.util.checksum.ChecksumProviderFactoryImpl
 
getB0() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the y-intercept of the first line.
getB1() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the y-intercept of the second line.
getB2() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the y-intercept of the third line.
getBatchSize() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns the current batch size.
getBitDepth(PixelsType) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Bit depth for a given pixel type.
getBlue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.lut.LutReader
Returns the blue value.
getBlueBand() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Returns the data buffer for the blue band.
getBlueValue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBAIntBuffer
Retrieves the Blue value for a particular pixel index.
getBlueValue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Retrieves the Blue value for a particular pixel index.
getBlueValue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBIntBuffer
Retrieves the Blue value for a particular pixel index.
getByteWidth() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getChannelCurveCoefficient(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the coefficient identifying a map in the family.
getChannelFamily(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the family associated to the specified channel.
getChannelLookupTable(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
 
getChannelNoiseReduction(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns true if the noise reduction algorithm used to map the pixels intensity values is turned on, false if the algorithm is turned off.
getChannelStats(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
 
getChannelWindowEnd(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the upper bound of the pixels intensity interval.
getChannelWindowStart(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the lower bound of the pixels intensity interval.
getClientConfigDefaults() - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
reads the etc/omero.properties file and returns all the key/value pairs that are found there which match the prefix "omero.client".
getClientConfigValues() - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
retrieves configuration values like IConfig.getConfigValues(String) but only those with the prefix "omero.client".
getClientContext() - クラス のstaticメソッドome.system.OmeroContext
create (if necessary) and return the single default client OmeroContext.
getClientContext(Properties) - クラス のstaticメソッドome.system.OmeroContext
initialize a new client OmeroContext (named OmeroContext.CLIENT_CONTEXT), using the OmeroContext.getContext(Properties, String) method.
getCodomainMapContext(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the list of codomain contexts associated to the specified channel.
getCol(int, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getCollectionCount(String, String, Set<Long>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Counts the number of members in a collection for a given object.
getCommentCount(Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Returns a map from share id to comment count.
getComments(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Looks up all comments which belong to the share.
getCompressionLevel() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the current compression level for the service.
getConfigDefaults() - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
reads the etc/omero.properties file and returns all the key/value pairs that are found there.
getConfigService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getConfigValue(String) - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
retrieve a configuration value from the backend store.
getConfigValues(String) - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
retrieves configuration values from the backend store which match the given regex.
getContainerService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getContentMap(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Returns the contents of the share keyed by type.
getContents(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Looks up all items belong to the share.
getContentSize(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Returns the number of items in the share.
getContentSubList(long, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Returns a range of items from the share.
getContext(Properties, String) - クラス のstaticメソッドome.system.OmeroContext
initialize a new client OmeroContext using the Properties provided as values for property (e.g.
getCount() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Counter
 
getCount() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultCounter
 
getCount() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultTimer
 
getCount() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Timer
 
getCurrentAdminPrivileges() - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Gets the light administrator privileges for the current user.
getCurrentAdminPrivileges() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentAdminPrivileges() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentEventContext() - インタフェース のメソッドome.api.StatefulServiceInterface
Returns the current EventContext for this instance.
getCurrentEventId() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentEventId() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentEventType() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentEventType() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentGroupId() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentGroupId() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentGroupName() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentGroupName() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentGroupPermissions() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentGroupPermissions() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentSessionId() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentSessionId() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentSessionUuid() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentSessionUuid() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentShareId() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentShareId() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentSudoerId() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentSudoerId() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentSudoerName() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentSudoerName() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentUmask() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentUserId() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentUserId() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getCurrentUserName() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getCurrentUserName() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getDatabaseTime() - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
checks the database for its time using a SELECT statement.
getDatabaseUuid() - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
Provides the UUID for this OMERO (database) instance.
getDataBuffer() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBAIntBuffer
Retrieves the data buffer that contains the pixel values.
getDataBuffer() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBIntBuffer
Retrieves the data buffer that contains the pixel values.
getDatasetsForProject(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAnalysis
 
getDefaultContext() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
used when no context name is provided to the constructor.
getDefaultGroup(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
retrieve the default group for the given user id.
getDefaultT() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the default timepoint index.
getDefaultZ() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the index of the default focal section.
getDeleteService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getEnumeration(Class<T>, String) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Retrieves a particular enumeration for a given enumeration class.
getEnumeration(Class<T>, String) - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
lookup an enumeration value.
getEnumerationsWithEntries() - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
Gets all metadata classes which are IEnum type with contained objects.
getEnumerationTypes() - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
Gets all metadata classes which are IEnum type.
getEvent() - クラス のメソッドome.system.Login
simple getter for the event type passed into the constructor
getEventContext() - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
returns an implementation of EventContext loaded with the security for the current user and thread.
getEvents(long, Experimenter, Timestamp, Timestamp) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Gets events for share per experimenter for period of time.
getEventType() - クラス のメソッドome.system.Principal
 
getException() - 例外 のメソッドome.util.messages.MessageException
Get the exception which this instance wraps.
getExceptionThrown() - クラス のメソッドome.system.UpgradeCheck
 
getExperimenter(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
fetch an Experimenter and all related groups.
getFileId() - インタフェース のメソッドome.api.RawFileStore
Returns the current file id or null if none has been set.
getFreeSpaceInKilobytes() - インタフェース のメソッドome.api.IRepositoryInfo
This method returns the free or available space on this file system including nested subdirectories.
getGreen(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.lut.LutReader
Returns the green value.
getGreenBand() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Returns the data buffer for the green band.
getGreenValue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBAIntBuffer
Retrieves the Green value for a particular pixel index.
getGreenValue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Retrieves the Green value for a particular pixel index.
getGreenValue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBIntBuffer
Retrieves the Green value for a particular pixel index.
getGroup(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
fetch an ExperimenterGroup and all contained users.
getGroup() - クラス のメソッドome.system.Login
simple getter for the group name passed into the constructor
getGroup() - クラス のメソッドome.system.Principal
 
getGuestGroupId() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getGuestGroupName() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getGuestId() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getGuestName() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getHeight() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.RegionDef
Returns the height of the region.
getHistogram(int[], int, boolean, PlaneDef) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getHost() - クラス のメソッドome.system.Server
simple getter for the server host passed into the constructor
getHypercube(List<Integer>, List<Integer>, List<Integer>) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getImages(Class<T>, Set<Long>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Retrieve a user's (or all users') images within any given container.
getImagesByOptions(Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Retrieve images by options.
getImagesBySplitFilesets(Map<Class<? extends IObject>, List<Long>>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Given a list of IDs of certain entity types, calculates which filesets are split such that a non-empty proper subset of their images are referenced, directly or indirectly, as being included.
getImagesForDataset(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAnalysis
 
getInput(String, String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Retrieves an entry from the given session's input environment.
getInputKeys(String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Retrieves all keys in the session's input environment.
getInputs(String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Retrieves all inputs from the given session's input environment.
getInstance(String) - クラス のstaticメソッドome.system.OmeroContext
create (if necessary) and return the single default OmeroContext named by the beanFactoryName parameter.
getJob() - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
 
getKeySet() - クラス のメソッドome.system.PreferenceContext
 
getLdapService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getLeaderOfGroupIds(Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Finds the ids for all groups for which the given Experimenter is owner/leader.
getLeaderOfGroupsList() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getLeaderOfGroupsList() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getLowerLimit() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Returns the constant level for bit-planes < planeSelected w.r.t the higher-order bits.
getLutReaders(ChannelBinding[]) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.lut.LutProvider
Returns the list of lookup table readers that can be used by a set of channel bindings.
getManagedServerContext() - クラス のstaticメソッドome.system.OmeroContext
create (if necessary) and return the single default managed OmeroContext.
getMax() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
getMax() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
getMean() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
getMean() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
getMedian() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
getMedian() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
getMemberCount(Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Returns a map from share id to the count of total members (including the owner).
getMemberOfGroupIds(Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Finds the ids for all groups for which the given Experimenter is a member.
getMemberOfGroupsList() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
getMemberOfGroupsList() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
getMemberShares(boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Gets all shares where current Experimenter is a member.
getMemberSharesFor(Experimenter, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Gets all shares where given Experimenter is a member.
getMetadataService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getMin() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
getMin() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
getModel() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the model that dictates how transformed raw data has to be mapped onto a color space.
getMyOpenAgentSessions(String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Like ISession.getMyOpenSessions() but returns only those sessions with the given agent string.
getMyOpenClientSessions() - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Like ISession.getMyOpenSessions() but returns only those sessions started by official OMERO clients.
getMyOpenSessions() - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Returns a list of open sessions for the current user.
getMyUserPhotos() - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Retrieve the OriginalFile object attached to this user as specified by IAdmin.uploadMyUserPhoto(String, String, byte[]).
getName() - クラス のメソッドome.system.Login
simple getter for the user name passed into the constructor
getName() - クラス のメソッドome.system.Preference
 
getName() - クラス のメソッドome.system.Principal
 
getOriginalEnumerations() - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
Gets all original values.
getOutput(String, String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Retrieves an entry from the session's output environment.
getOutputKeys(String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Retrieves all keys in the sesson's output environment.
getOutputs(String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Retrieves all outputs from the given session's input environment.
getOwnShares(boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Gets all owned shares for the current Experimenter
getPassword() - クラス のメソッドome.system.Login
simple getter for the password passed into the constructor
getPastConnections(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Gets previous connections to share.
getPixels() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the Pixels set the Rendering engine is for.
getPixelsId() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
Returns the current Pixels set identifier.
getPixelsPath() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
Returns the current Pixels path.
getPixelsService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getPixelsTypeLowerBound(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the minimum value for that channels depending on the pixels type and the original range (globalmax, globalmin)
getPixelsTypeUpperBound(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the maximum value for that channels depending on the pixels type and the original range (globalmax, globalmin)
getPlane(int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getPlaneOffset(int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getPlanePrevious() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Returns the value corresponding to the index of the bit-plane ranged just before the one selected.
getPlaneRegion(int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getPlaneSelected() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Returns the value corresponding to the index of the selected bit-plane.
getPlaneSize() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
Returns the plane size
getPort() - クラス のメソッドome.system.Server
simple getter for the port passed into the constructor or the default port if none.
getPrefix() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
used by ServiceFactory.getServiceByClass(Class) to find the correct service proxy in the ServiceFactory.ctx
getProjectionService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getProjectsForDataset(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAnalysis
 
getProjectsForUser(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAnalysis
 
getProperty(String) - クラス のメソッドome.system.OmeroContext
 
getProperty(String) - クラス のメソッドome.system.PreferenceContext
Lookup method for getting access to the merged properties for this instance.
getProvider(ChecksumType) - インタフェース のメソッドome.util.checksum.ChecksumProviderFactory
Returns an implementation of ChecksumProvider depending on the specified ChecksumType.
getProvider(ChecksumType) - クラス のメソッドome.util.checksum.ChecksumProviderFactoryImpl
 
getQuantumDef() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the quantization object.
getQueryService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getRed(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.lut.LutReader
Returns the red value.
getRedBand() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Returns the data buffer for the red band.
getRedValue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBAIntBuffer
Retrieves the Red value for a particular pixel index.
getRedValue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Retrieves the Red value for a particular pixel index.
getRedValue(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBIntBuffer
Retrieves the Red value for a particular pixel index.
getReferenceCount(String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Retrieves the current reference count for the given uuid.
getRegion(int, long) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getRegion() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns the region to render.
getRenderingDefId() - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Return the id of the RenderingDef loaded in this instance.
getRenderingDefId() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the id of the RenderingDef loaded by either RenderingEngine.lookupRenderingDef(long) or RenderingEngine.loadRenderingDef(long).
getRenderingSettings(long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Returns the default rendering settings for a given pixels for the current user.
getRenderingSettingsService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getRenderShapes() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns whether or not the shapes (masks) will be rendered.
getRepositoryInfoService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getResolutionDescriptions() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getResolutionDescriptions() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
 
getResolutionLevel() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getResolutionLevel() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
 
getResolutionLevels() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getResolutionLevels() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
 
getRGBA(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns a 4D-array representing the color associated to the specified channel.
getRootId() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getRootName() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getRow(int, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getRowOffset(int, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getRowSize() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getSecurityRoles() - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
returns the active Roles in use by the server.
getServerTime() - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
checks the current server for its time.
getServiceByClass(Class<T>) - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
looks up services based on the current prefix and the class name of the service type.
getServiceInterface() - インタフェース のメソッドome.system.SelfConfigurableService
 
getSession(String) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Retrieves the session associated with this uuid, updating the last access time as well.
getSession() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getSession() - クラス のメソッドome.system.SessionInitializer
 
getSessionInitializer() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getSessionService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getSetting() - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Gets config value from properties.
getShapeIds() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns whether or not the shapes (masks) will be rendered.
getShare(long) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Gets a share as a Session with all related: comments, members, fully loaded.
getShareService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getSharesOwnedBy(Experimenter, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Gets all shares owned by the given Experimenter.
getSizeX1() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Returns the number of pixels on the X1-axis.
getSizeX2() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Returns the number of pixels on the X2-axis.
getSlice() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns an identifier to tell which kind of plane this object identifies.
getSnapshot() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultHistogram
 
getSnapshot() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Histogram
 
getStack(int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getStackOffset(int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getStackSize() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getStdDev() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
getStdDev() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
getStride() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns the stride.
getSystemGroupId() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getSystemGroupName() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getT() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns the timepoint.
getTaggedObjectsCount(Set<Long>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Returns a map whose key is a tag's id and the value the number of Projects, Datasets, and Images linked to that tag.
getThumbnail(Integer, Integer) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Retrieves a thumbnail for a pixels set using a given set of rendering settings (RenderingDef).
getThumbnailByLongestSide(Integer) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Retrieves a thumbnail for a pixels set using a given set of rendering settings (RenderingDef).
getThumbnailByLongestSideDirect(Integer) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Retrieves a thumbnail for a pixels set using a given set of rendering settings (RenderingDef).
getThumbnailByLongestSideSet(Integer, Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Retrieves a number of thumbnails for pixels sets using given sets of rendering settings (RenderingDef).
getThumbnailDirect(Integer, Integer) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Retrieves a thumbnail for a pixels set using a given set of rendering settings (RenderingDef).
getThumbnailForSectionByLongestSideDirect(int, int, Integer) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Retrieves a thumbnail for a pixels set using a given set of rendering settings (RenderingDef) for a particular section.
getThumbnailForSectionDirect(int, int, Integer, Integer) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Retrieves a thumbnail for a pixels set using a given set of rendering settings (RenderingDef) for a particular section.
getThumbnailSet(Integer, Integer, Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Retrieves a number of thumbnails for pixels sets using given sets of rendering settings (RenderingDef).
getTile(int, int, int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getTileSize() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getTileSize() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
 
getTimepoint(int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getTimepointOffset(int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getTimepointSize() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getTotalSize() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
getTypesService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getUpdateService() - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
getUpgradeUrl() - クラス のメソッドome.system.UpgradeCheck
 
getUpperLimit() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Returns the constant level for bit-planes > planeSelected w.r.t the higher-order bits.
getUsageFraction() - インタフェース のメソッドome.api.IRepositoryInfo
This method returns a double of the used space divided by the free space.
getUsedSpaceInKilobytes() - インタフェース のメソッドome.api.IRepositoryInfo
This method returns the total space in bytes for this file system including nested subdirectories.
getUserGroupId() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getUserGroupName() - クラス のメソッドome.system.Roles
 
getUserImages(Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Retrieve a user's images.
getValue(double) - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
getValue(double) - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
getValues() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
getValues() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
getVersion() - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
Provides the release version.
getVisibility() - クラス のメソッドome.system.Preference
 
getWidth() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.RegionDef
Returns the width of the region.
getX() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns the index of the plane in the set identified by this object.
getX() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.RegionDef
Returns the x-coordinate of the top-left corner.
getXEnd() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the x-coordinate of the pEnd point.
getXStart() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the x-coordinate of the pStart point.
getY() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns the index of the plane in the set identified by this object.
getY() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.RegionDef
Returns the y-coordinate of the top-left corner.
getYEnd() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the y-coordinate of the pEnd point.
getYStart() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Returns the y-coordinate of the pStart point.
getZ() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns the index of the plane in the set identified by this object.
greens - クラス の変数omeis.providers.re.lut.LutReader
Holds the green values.
group - クラス の変数ome.system.Principal
 
GUEST - クラス のstatic変数ome.system.Login
Login constant which has username and password values set to null and other values set to their default.

H

hasAlias(String) - クラス のメソッドome.system.Preference
 
hashCode() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Overridden to reflect equality of abstract values (data object) as opposite to object identity.
hasNext() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns true if another call to Search.next() is valid.
hasSession() - クラス のメソッドome.system.SessionInitializer
 
Hidden - ome.annotationsの注釈型
annotation which specifies that a method parameter (e.g. a password) must be hidden from logging output.
histogram(Object, String) - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultMetrics
 
Histogram - ome.system.metricsのインタフェース
Thin wrapper around Histogram
histogram(Object, String) - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Metrics
 
histogram(Object, String) - クラス のメソッドome.system.metrics.NullMetrics
 

I

IAdmin - ome.apiのインタフェース
Administration interface providing access to admin-only functionality as well as JMX-based server access and selected user functions.
IAnalysis - ome.apiのインタフェース
Provides access to the model objects involved in analysis.
IConfig - ome.apiのインタフェース
Access to server configuration.
IContainer - ome.apiのインタフェース
Provides methods for dealing with the core "Pojos" of OME.
IDelete - ome.apiのインタフェース
Provides simplifed methods for deleting instances from the database.
IdentityMapContext - omeis.providers.re.codomainのクラス
An empty context for the identity map.
IdentityMapContext() - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.codomain.IdentityMapContext
 
ILdap - ome.apiのインタフェース
Administration interface providing access to admin-only functionality as well as JMX-based server access and selected user functions.
IMetadata - ome.apiのインタフェース
Provides method to interact with acquisition metadata and annotations.
inc() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Counter
 
inc() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultCounter
 
indexObject(IObject) - インタフェース のメソッドome.api.IUpdate
Initiates full-text indexing for the given object.
InternalMessage - ome.util.messagesのクラス
InternalMessage(Object) - クラス のコンストラクタome.util.messages.InternalMessage
Sole constructor which takes the "source" of this EventObject.
intervalEnd - クラス の変数omeis.providers.re.codomain.CodomainMapContext
The upper bound of the codomain interval.
intervalStart - クラス の変数omeis.providers.re.codomain.CodomainMapContext
The lower bound of the codomain interval.
invalidateConnection(long, Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Makes the connection invalid for share for specifiec user.
InvalidQueryException - ome.util.searchの例外
Exception to indicate that the query string was invalid
InvalidQueryException() - 例外 のコンストラクタome.util.search.InvalidQueryException
 
InvalidQueryException(String, Throwable) - 例外 のコンストラクタome.util.search.InvalidQueryException
 
InvalidQueryException(String) - 例外 のコンストラクタome.util.search.InvalidQueryException
 
InvalidQueryException(Throwable) - 例外 のコンストラクタome.util.search.InvalidQueryException
 
IPixels - ome.apiのインタフェース
Metadata gateway for the RenderingEngine and clients.
IProjection - ome.apiのインタフェース
Provides methods for performing projections of Pixels sets.
IQuery - ome.apiのインタフェース
Provides methods for directly querying object graphs.
IRenderingSettings - ome.apiのインタフェース
Provides method to apply rendering settings to a collection of images.
IRepositoryInfo - ome.apiのインタフェース
Provides methods for obtaining information for server repository disk space allocation.
IS_ROOT_USER - クラス の変数ome.system.Roles
 
IS_SYSTEM_GROUP - クラス の変数ome.system.Roles
 
IS_USER_GROUP - クラス の変数ome.system.Roles
 
isActive(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns true if the channel is mapped, false otherwise.
isAdmin - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
isAllowLeadingWildcard() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns the current leading-wildcard setting.
IScale - ome.apiのインタフェース
Provides methods for performing scaling (change of the image size through interpolation or other means) on BufferedImages.
isCaseSensitive() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns the current case sensitivity setting.
IsConstant() - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Returns the type of bit-planes mapping.
isCurrentUserAdmin() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
isCurrentUserAdmin() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
isDb() - クラス のメソッドome.system.Preference
 
ISession - ome.apiのインタフェース
Start here: Session creation service for OMERO.
isExceptionThrown() - クラス のメソッドome.system.UpgradeCheck
 
isFloat() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
IShare - ome.apiのインタフェース
非推奨です。
isInProgress() - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
This returns the last available in progress state for a thumbnail.
isMergedBatches() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns the current merged-batches setting.
isPixelsTypeSigned() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns true if the pixels type is signed, false otherwise.
isPrefs() - クラス のメソッドome.system.Preference
 
isReadOnly() - インタフェース のメソッドome.system.EventContext
 
isReadOnly - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
isReadOnly() - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
isReturnUnloaded() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns the current return-unloaded setting.
isRootUser(Experimenter) - クラス のメソッドome.system.Roles
 
isSigned() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
isSystemGroup(ExperimenterGroup) - クラス のメソッドome.system.Roles
 
isThreadSafe() - クラス のメソッドome.util.messages.InternalMessage
Returns true if this message can safely be passed to another Thread.
isUpgradeNeeded() - クラス のメソッドome.system.UpgradeCheck
 
isUseProjections() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns the current use-projection setting.
isUserGroup(ExperimenterGroup) - クラス のメソッドome.system.Roles
 
ITypes - ome.apiのインタフェース
Access to reflective type information.
IUpdate - ome.apiのインタフェース
Provides methods for directly updating object graphs.

J

jobError() - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
Returns true if the Job has thrown an error.
jobFinished() - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
 
JobHandle - ome.apiのインタフェース
Allows submission of asynchronous jobs.
jobMessage() - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
 
jobRunning() - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
Returns true if the Job is running, i.e. has an attached Process.
jobStatus() - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
 

L

leaderOfGroups - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
link(ILink[], Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Convenience method for creating links.
load() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Creates a instance of the rendering engine.
loadAnnotation(Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Loads the specified annotations.
loadAnnotations(Class<T>, Set<Long>, Set<String>, Set<Long>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Loads all the annotations of given types, that have been attached to the specified rootNodes for the specified annotatorIds.
loadAnnotationsUsedNotOwned(Class, long) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Loads the annotations of a given type used by the specified user but not owned by the user.
loadChannelAcquisitionData(Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Loads the logical channels and the acquisition metadata related to them.
loadContainerHierarchy(Class<T>, Set<Long>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Retrieves hierarchy trees rooted by a given node (unless orphan is specified -- See below) This method also retrieves the Experimenters linked to the objects in the tree.
loadInstrument(long) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Loads the instrument and its components i.e. detectors, objectives, etc.
loadLogFiles(Class<? extends IObject>, Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Find the original file IDs for the import logs corresponding to the given Image or Fileset IDs.
loadRenderingDef(long) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Loads a specific set of rendering settings that does not necessarily have to be linked to the given Pixels set.
loadRndSettings(long) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Loads a specific set of rendering settings with the following objects pre-linked: renderingDef.quantization renderingDef.model renderingDef.waveRendering renderingDef.waveRendering.color renderingDef.waveRendering.family renderingDef.spatialDomainEnhancement
loadSpecifiedAnnotations(Class, Set<String>, Set<String>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Loads all the annotations of a given type.
loadSpecifiedAnnotationsLinkedTo(Class, Set<String>, Set<String>, Class, Set<Long>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Loads the annotations of a given type linked to the specified objects.
loadTagContent(Set<Long>, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Loads the Tag Set if the id is specified otherwise loads all the Tag Set.
loadTagSets(Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IMetadata
Loads all the tag Sets.
Locator() - クラス のコンストラクタome.system.OmeroContext.Locator
 
Login - ome.systemのクラス
Provides simplified handling of login properties when creating a ServiceFactory.
Login(String, String) - クラス のコンストラクタome.system.Login
standard constructor which leaves OMERO_GROUP and OMERO_EVENT null.
Login(String, String, String, String) - クラス のコンストラクタome.system.Login
extended constructor.
lookup(String, ApplicationContext) - クラス のメソッドome.system.OmeroContext.Locator
uses ContextSingletonBeanFactoryLocator.createDefinition(java.lang.String, java.lang.String) and ContextSingletonBeanFactoryLocator.initializeDefinition(org.springframework.beans.factory.BeanFactory) to create a new context from a given definition.
lookupExperimenter(String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
look up an Experimenter and all related groups by name.
lookupExperimenters() - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Looks up all experimenters present and all related groups.
lookupGroup(String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
look up an ExperimenterGroup and all contained users by name.
lookupGroups() - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Looks up all groups present and all related experimenters.
lookupLdapAuthExperimenter(long) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Looks up experimenters who uses LDAP authentication (has set dn on password table).
lookupLdapAuthExperimenters() - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Looks up all id of experimenters who uses LDAP authentication (has set dn on password table).
lookupPixels(long) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Loads the Pixels set this Rendering Engine is for.
lookupRenderingDef(long) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Loads the rendering settings associated to the specified pixels set.
LuceneQueryBuilder - ome.util.searchのクラス
Utility class for building lucene queries

Example:
Fields to search for: 'name', 'description'
Input query: a b AND c AND d f

will be transformed to this lucene expression:
name:a description:a name:f description:f ((name:b description:b) AND (name:c description:c) AND (name:d description:d))

LuceneQueryBuilder() - クラス のコンストラクタome.util.search.LuceneQueryBuilder
 
LutProvider - omeis.providers.re.lutのインタフェース
Interface for lookup table providers.
LutReader - omeis.providers.re.lutのクラス
Class to be extended by LUT reader.
LutReaderFactory - omeis.providers.re.lutのクラス
Initializes the reader corresponding to the specified lookup table.
LutReaderFactory() - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.lut.LutReaderFactory
 

M

MANAGED_CONTEXT - クラス のstatic変数ome.system.OmeroContext
identifier for an OmeroContext configured in classpath*:beanRefContext.xml for use by server-side processes.
MAXIMUM_INTENSITY - インタフェース のstatic変数ome.api.IProjection
Maximum intensity projection (MIP)
MD5ChecksumProviderImpl - ome.util.checksumのクラス
An implementation of the ChecksumProvider interface using MD5 as the message digest algorithm.
MD5ChecksumProviderImpl() - クラス のコンストラクタome.util.checksum.MD5ChecksumProviderImpl
 
MEAN_INTENSITY - インタフェース のstatic変数ome.api.IProjection
Mean intensity projection
memberOfGroups - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
MessageException - ome.util.messagesの例外
Message which wraps a Throwable instance since OmeroContext.publishEvent(org.springframework.context.ApplicationEvent) cannot throw a checked exception.
MessageException(String, Throwable) - 例外 のコンストラクタome.util.messages.MessageException
Create an instance.
METHODOLOGY_STRINGS - インタフェース のstatic変数ome.api.IProjection
Methodology strings
Metrics - ome.system.metricsのインタフェース
Thin-interface around MetricSet.
moveToCommonSpace(IObject...) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Moves the given objects into the "user" group to make them visible and linkable from all security contexts.
MOVIE_MPEG_NS - インタフェース のstatic変数ome.api.IMetadata
The name space used to indicate that the FileAnnotation is an MPEG file.
MOVIE_QT_NS - インタフェース のstatic変数ome.api.IMetadata
The name space used to indicate that the FileAnnotation is an QT file.
MOVIE_WMV_NS - インタフェース のstatic変数ome.api.IMetadata
The name space used to indicate that the FileAnnotation is an WMV file.
Murmur128ChecksumProviderImpl - ome.util.checksumのクラス
An implementation of the ChecksumProvider interface using Murmur3_128 as the hash algorithm.
Murmur128ChecksumProviderImpl() - クラス のコンストラクタome.util.checksum.Murmur128ChecksumProviderImpl
 
Murmur32ChecksumProviderImpl - ome.util.checksumのクラス
An implementation of the ChecksumProvider interface using Murmur3_32 as the hash algorithm.
Murmur32ChecksumProviderImpl() - クラス のコンストラクタome.util.checksum.Murmur32ChecksumProviderImpl
 
mutex - クラス の変数ome.system.SessionInitializer
 

N

name - クラス の変数ome.system.Principal
 
next() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns the next entity from the current query.
not() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Applies the next by* method to the previous by* method, so that a call Search.hasNext(), Search.next(), or Search.results() sees only the intersection of the two calls.
notAnnotatedBy(Details) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Restricts entities by who has not annotated them with an Annotation matching the other filters.
notifyMembersOfShare(long, String, String, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Notify via email selected members of share.
NotNull - ome.annotationsの注釈型
annotation used for determining the types of a Set
notOwnedBy(Details) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Uses the Details.getOwner() and Details.getGroup() information to restrict the entities which will be returned.
NS_IMPORTER_ARCHIVED - インタフェース のstatic変数ome.api.IMetadata
The name space indicating that the Boolean annotation indicated if an archived image is imported with the image.
NS_INSIGHT_RATING - インタフェース のstatic変数ome.api.IMetadata
The name space indicating that the Long annotation is a rating annotation i.e. an integer in the interval [0, 5].
NS_INSIGHT_TAG_SET - インタフェース のstatic変数ome.api.IMetadata
The name space indicating that the tag is used a tag set.
NullMetrics - ome.system.metricsのクラス
No-op version of Metrics
NullMetrics() - クラス のコンストラクタome.system.metrics.NullMetrics
 

O

ome.annotations - パッケージ ome.annotations
Runtime source annotation package for the OMERO server This includes classes that annotate source code and check metadata at runtime for server API calls.
ome.api - パッケージ ome.api
Contains the central verbs of the Omero System.
ome.system - パッケージ ome.system
Provides the necessary container structure for the entire Omero system.
ome.system.metrics - パッケージ ome.system.metrics
General metrics registry for use by all server-side components.
ome.util.checksum - パッケージ ome.util.checksum
 
ome.util.logback - パッケージ ome.util.logback
 
ome.util.messages - パッケージ ome.util.messages
Messages package for specialized exception handling for OMERO.
ome.util.search - パッケージ ome.util.search
 
omeis.providers.re - パッケージ omeis.providers.re
Red-Green-Blue (RGB) data structures and Image Rendering Service This package provides basic data structures to represent an RGB pixel set and provide a service for the rendering of this pixel set.
omeis.providers.re.codomain - パッケージ omeis.providers.re.codomain
Provides codomain pixel set data structures for Maps and Contexts.
omeis.providers.re.data - パッケージ omeis.providers.re.data
Provides classes needed to define XY planes within a dynamic 3D context.
omeis.providers.re.lut - パッケージ omeis.providers.re.lut
 
OMERO_EVENT - クラス のstatic変数ome.system.Login
Java property name for use in configuration of client login.
OMERO_GROUP - クラス のstatic変数ome.system.Login
Java property name for use in configuration of client login.
OMERO_HOST - クラス のstatic変数ome.system.Server
Java property name for use in configuration of the client connection.
OMERO_PASS - クラス のstatic変数ome.system.Login
Java property name for use in configuration of client login.
OMERO_PORT - クラス のstatic変数ome.system.Server
Java property name for use in configuration of the client connection.
OMERO_USER - クラス のstatic変数ome.system.Login
Java property name for use in configuration of client login.
OmeroContext - ome.systemのクラス
Provides static access for the creation of singleton and non-singleton application contexts.
OmeroContext(String) - クラス のコンストラクタome.system.OmeroContext
 
OmeroContext(String[]) - クラス のコンストラクタome.system.OmeroContext
 
OmeroContext(String[], boolean) - クラス のコンストラクタome.system.OmeroContext
 
OmeroContext(String[], ApplicationContext) - クラス のコンストラクタome.system.OmeroContext
 
OmeroContext(String[], boolean, ApplicationContext) - クラス のコンストラクタome.system.OmeroContext
 
OmeroContext.Locator - ome.systemのクラス
provides access to the protected methods of ContextSingletonBeanFactoryLocator which cannot be used externally.
onlyAnnotatedBetween(Timestamp, Timestamp) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Restricts entities by the time in which any annotation (which matches the other filters) was added them.
onlyAnnotatedBy(Details) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Restricts entities by who has annotated them with an Annotation matching the other filters.
onlyAnnotatedWith(Class...) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Restricts entities to having an Annotation of all the given types.
onlyCreatedBetween(Timestamp, Timestamp) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Restricts the time between which an entity may have been created.
onlyIds(Long...) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Restricts the set of ids which will be checked.
onlyModifiedBetween(Timestamp, Timestamp) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Restricts the time between which an entity may have last been modified.
onlyOwnedBy(Details) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Uses the Details.getOwner() and Details.getGroup() information to restrict the entities which will be returned.
onlyType(Class<T>) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Restricts the search to a single type.
onlyTypes(Class<T>...) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Restricts searches to a set of types.
onRefresh() - クラス のメソッドome.system.OmeroContext
 
or() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Applies the next by* method to the previous by* method, so that a call Search.hasNext(), Search.next(), or Search.results() sees only the union of the two calls.

P

passivate() - インタフェース のメソッドome.api.StatefulServiceInterface
Perform whatever passivation is possible or throw an exception.
PermitAll - ome.annotationsの注釈型
Security annotation which allows a method to be called by all users regardless of their status.
PlaneDef - omeis.providers.re.dataのクラス
Identifies a 2D-plane in the XYZ moving frame of the 3D stack.
PlaneDef(int, int) - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.data.PlaneDef
Creates a new instance.
PlaneSlicingContext - omeis.providers.re.codomainのクラス
We consider that the image is composed of eight 1-bit planes ranging from bit-plane 0 for the least significant bit to bit-plane 7 for the most significant bit.
PlaneSlicingContext(int, int, boolean) - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Creates a new instance.
postProcessBeanFactory(ConfigurableListableBeanFactory) - クラス のメソッドome.system.PreferenceContext
 
Preference - ome.systemのクラス
Definition of a server configuration variable ("preference") along with its mutability, visibility, aliases and other important information.
Preference() - クラス のコンストラクタome.system.Preference
By default, configures this instance for PropertyPlaceholderConfigurer.SYSTEM_PROPERTIES_MODE_OVERRIDE as well as ignoring unfound resources.
Preference(String, boolean, Preference.Visibility, String[]) - クラス のコンストラクタome.system.Preference
 
Preference.Visibility - ome.systemの列挙型
 
PreferenceContext - ome.systemのクラス
Central configuration for OMERO properties from (in order): Any injected Properties instances Java System.getProperties() Any configured property files As of OMERO 4.2, server configurations are not stored in Java's Preferences API but in an IceGrid xml file under etc/grid of the server installation.
PreferenceContext() - クラス のコンストラクタome.system.PreferenceContext
By default, configures this instance for PropertyPlaceholderConfigurer.SYSTEM_PROPERTIES_MODE_OVERRIDE as well as ignoring unfound resources.
prepare(Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
Prepares the stateful service with a cache of loaded Pixels objects.
previewImageDelete(long, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IDelete
Returns all entities which would be deleted by a call to IDelete.deleteImage(long, boolean).
Principal - ome.systemのクラス
implementation of Principal.
Principal(String) - クラス のコンストラクタome.system.Principal
Creates a Principal with null group and event type.
Principal(String, String, String) - クラス のコンストラクタome.system.Principal
 
principal - クラス の変数ome.system.SessionInitializer
Principal given by the user
projection(String, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
Return a list of Java Object instances (not IObject instances).
projectPixels(long, PixelsType, int, int, int, List<Integer>, int, int, int, String) - インタフェース のメソッドome.api.IProjection
Performs a projection through selected optical sections and optical sections for a given set of time points of a Pixels set.
projectStack(long, PixelsType, int, int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.IProjection
Performs a projection through the optical sections of a particular wavelength at a given time point of a Pixels set.
publishEvent(ApplicationEvent) - クラス のメソッドome.system.OmeroContext
 
publishMessage(InternalMessage) - クラス のメソッドome.system.OmeroContext
Convenience method around OmeroContext.publishEvent(org.springframework.context.ApplicationEvent) which catches all MessageException and unwraps the contained Throwable instance and rethrows.
putBytes(byte[]) - クラス のメソッドome.util.checksum.AbstractChecksumProvider
 
putBytes(byte[], int, int) - クラス のメソッドome.util.checksum.AbstractChecksumProvider
 
putBytes(ByteBuffer) - クラス のメソッドome.util.checksum.AbstractChecksumProvider
 
putBytes(byte[]) - インタフェース のメソッドome.util.checksum.ChecksumProvider
Updates the internal checksum value with data from a byte array.
putBytes(byte[], int, int) - インタフェース のメソッドome.util.checksum.ChecksumProvider
Updates the internal checksum value with data from a chunk of a byte array.
putBytes(ByteBuffer) - インタフェース のメソッドome.util.checksum.ChecksumProvider
Updates the internal checksum value with data from a byte buffer.
putBytes(byte[]) - クラス のメソッドome.util.checksum.FileSizeChecksumProviderImpl
 
putBytes(byte[], int, int) - クラス のメソッドome.util.checksum.FileSizeChecksumProviderImpl
 
putBytes(ByteBuffer) - クラス のメソッドome.util.checksum.FileSizeChecksumProviderImpl
 
putFile(String) - クラス のメソッドome.util.checksum.AbstractChecksumProvider
 
putFile(String) - インタフェース のメソッドome.util.checksum.ChecksumProvider
Updates the internal checksum value with data from a file identified by a path.
putFile(String) - クラス のメソッドome.util.checksum.FileSizeChecksumProviderImpl
 

Q

QUEUED - インタフェース のstatic変数ome.api.JobHandle
 

R

R_BAND - クラス のstatic変数omeis.providers.re.RGBBuffer
Index of the red band in the image's data buffer.
raw - クラス の変数omeis.providers.re.lut.LutReader
Flag indicating to read 32 byte NIH Image LUT header.
RawFileStore - ome.apiのインタフェース
Raw file gateway which provides access to the OMERO file repository.
RawPixelsStore - ome.apiのインタフェース
Binary data provider.
read(long, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawFileStore
Reads length bytes of data at the position from the raw file into an array of bytes
read(String, String) - クラス のstaticメソッドomeis.providers.re.lut.LutReaderFactory
Reads the specified file.
read(File) - クラス のstaticメソッドomeis.providers.re.lut.LutReaderFactory
Reads the specified file.
reds - クラス の変数omeis.providers.re.lut.LutReader
Holds the red values.
refresh(T) - インタフェース のメソッドome.api.IQuery
refreshes an entire IObject graph, recursive loading all data for the managed instances in the graph from the database.
refreshAll() - クラス のメソッドome.system.OmeroContext
refreshes all the nested OmeroContexts within this instance.
refreshAllIfNecessary() - クラス のメソッドome.system.OmeroContext
Calls OmeroContext.refreshAll() if AbstractApplicationContext.isRunning() throws an IllegalStateException.
RegionDef - omeis.providers.re.dataのクラス
Identifies a rectangular region.
RegionDef() - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.data.RegionDef
Creates a default instance.
RegionDef(int, int, int, int) - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.data.RegionDef
Creates a rectangular region.
remove() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Unsupported operation.
removeCodomainMap(CodomainMapContext) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
非推奨です。
removeCodomainMapFromChannel(CodomainMapContext, int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Removes the specified context from the chain.
removeGroupOwners(ExperimenterGroup, Experimenter...) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
removes the given users from the owner list for this group.
removeGroups(Experimenter, ExperimenterGroup...) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Removes an experimenter from the given groups.
removeGuest(long, String) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Removes guest email address from share.
removeGuests(long, String...) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Removes guest email addresses from the share.
removeObject(long, T) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Removes existing object from the share.
removeObjects(long, T...) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Remove existing items from the share.
removeUnusedFiles() - インタフェース のメソッドome.api.IRepositoryInfo
Removes all files from the server that do not have an OriginalFile complement in the database, all the Pixels that do not have a complement in the database and all the Thumbnail's that do not have a complement in the database.
removeUser(long, Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Removes experimenter from share
removeUsers(long, List<Experimenter>) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
Removes experimenters from share
render(PlaneDef) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Renders the data selected by pd according to the current rendering settings.
renderAsPackedInt(PlaneDef) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Renders the data selected by pd according to the current rendering settings.
renderCompressed(PlaneDef) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Renders the data selected by pd according to the current rendering settings and compresses the resulting RGBA composite image.
RenderingEngine - omeis.providers.reのインタフェース
Defines a service to render a given pixels set.
renderProjectedAsPackedInt(int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Performs a projection through selected optical sections of a particular timepoint with the currently active channels and renders the data for display.
renderProjectedCompressed(int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Performs a projection through selected optical sections of a particular timepoint with the currently active channels, renders the data for display and compresses the resulting RGBA composite image.
reportForgottenPassword(String, String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
非推奨です。 
REQUEUED - インタフェース のstatic変数ome.api.JobHandle
 
requiresPixelsPyramid() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
requiresPixelsPyramid() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
 
resetDefaults(RenderingDef, Pixels) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets the given rendering settings to those that are specified by the rendering engine intelligent pretty good image (PG) logic for the pixels set linked to that set of rendering settings.
resetDefaults() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Resets all settings (non-query state) to the original default values, as if the instance had just be created.
resetDefaults() - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Resets the rendering definition for the active pixels set to its default settings.
resetDefaultsByOwnerInSet(Class<T>, Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets the rendering settings of a given group of containers based on the owner's (essentially a copy).
resetDefaultSettings(boolean) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Resets the default settings i.e. the default values internal to the Rendering engine.
resetDefaultsForPixels(long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets a Pixels' default rendering settings back to those that are specified by the rendering engine intelligent pretty good image (PG) logic.
resetDefaultsInDataset(long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets a dataset's rendering settings back to those that are specified by the rendering engine intelligent pretty good image (PG) logic.
resetDefaultsInImage(long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets an image's default rendering settings back to those that are specified by the rendering engine intelligent pretty good image (PG) logic.
resetDefaultsInSet(Class<T>, Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets a rendering settings back to one or many containers that are specified by the rendering engine intelligent pretty good image (PG) logic.
resetDefaultsNoSave(RenderingDef, Pixels) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets the given rendering settings to those that are specified by the rendering engine intelligent pretty good image (PG) logic for the pixels set linked to that set of rendering settings.
resetEnumerations(Class<T>) - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
 
resetMinMaxInSet(Class<T>, Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets a the channel windows for one or many containers back to their global minimum and global maximum for the channel.
resolveAlias(String) - クラス のメソッドome.system.PreferenceContext
 
RESUBMITTED - インタフェース のstatic変数ome.api.JobHandle
 
results() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Returns up to batch size number of results along with the related query metadata.
retrieveAllRndSettings(long, long) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Retrieves all the rendering settings for a given pixels set and the passed user with the following objects pre-linked: renderingDef.quantization renderingDef.model renderingDef.waveRendering renderingDef.waveRendering.color renderingDef.waveRendering.family renderingDef.spatialDomainEnhancement
retrieveCollection(IObject, String, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Retrieves a collection with all members initialized ("loaded").
retrievePixDescription(long) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Retrieves the pixels metadata with the following objects pre-linked: pixels.pixelsType pixels.pixelsDimensions pixels.channels pixels.channnels.statsInfo pixels.channnels.colorComponent pixels.channnels.logicalChannel pixels.channnels.logicalChannel.photometricInterpretation
retrieveRndSettings(long) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Retrieves the rendering settings for a given pixels set and the currently logged in user.
retrieveRndSettingsFor(long, long) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Retrieves the rendering settings for a given pixels set and the passed user with the following objects pre-linked: renderingDef.quantization renderingDef.model renderingDef.waveRendering renderingDef.waveRendering.color renderingDef.waveRendering.family renderingDef.spatialDomainEnhancement
ReverseIntensityContext - omeis.providers.re.codomainのクラス
非推奨です。
This class will be renamed to InverseIntensityContext (or similar) in future versions
ReverseIntensityContext() - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.codomain.ReverseIntensityContext
非推奨です。
 
RGBAIntBuffer - omeis.providers.reのクラス
Holds the data of an RGBA image.
RGBAIntBuffer(int, int) - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.RGBAIntBuffer
Creates a new 4-band packed integer buffer.
RGBBuffer - omeis.providers.reのクラス
Holds the data of an RGB image.
RGBBuffer() - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.RGBBuffer
Simple constructor to avoid memory allocations.
RGBBuffer(int, int) - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.RGBBuffer
Creates a new 3-band buffer.
RGBIntBuffer - omeis.providers.reのクラス
Holds the data of an RGB image.
RGBIntBuffer(int, int) - クラス のコンストラクタomeis.providers.re.RGBIntBuffer
Creates a new 3-band packed integer buffer.
Roles - ome.systemのクラス
encapsulates the naming scheme for critical system groups and accounts.
Roles() - クラス のコンストラクタome.system.Roles
default constructor which assigns hard-coded values to all roles
Roles(long, String, long, String, long, String, long, String, long, String) - クラス のコンストラクタome.system.Roles
constructor which allows full specification of all roles
RolesAllowed - ome.annotationsの注釈型
Security annotation which specifies a list of user roles which will be permitted to execute this method.
run() - クラス のメソッドome.system.UpgradeCheck
If the UpgradeCheck.url has been set to null or the empty string, then no upgrade check will be performed (silently).
RUNNING - インタフェース のstatic変数ome.api.JobHandle
 

S

sanityCheckPixels(Pixels, Pixels) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Checks if the specified sets of pixels are compatible.
sanityCheckRepository() - インタフェース のメソッドome.api.IRepositoryInfo
Checks that image data repository has not exceeded 95% disk space use level.
save() - インタフェース のメソッドome.api.RawFileStore
Saves the OriginalFile associated with the service if it has been modified.
save() - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
saveAndReturnArray(IObject[]) - インタフェース のメソッドome.api.IUpdate
 
saveAndReturnIds(IObject[]) - インタフェース のメソッドome.api.IUpdate
Logic differs from other methods.
saveAndReturnObject(T) - インタフェース のメソッドome.api.IUpdate
 
saveArray(IObject[]) - インタフェース のメソッドome.api.IUpdate
 
saveAsNewSettings() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Saves the current rendering settings in the database as a new RenderingDef and loads the object into the current RenderingEngine.
saveCollection(Collection<IObject>) - インタフェース のメソッドome.api.IUpdate
 
saveCurrentSettings() - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Saves the current rendering settings in the database.
saveObject(IObject) - インタフェース のメソッドome.api.IUpdate
 
saveRndSettings(RenderingDef) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Saves the specified rendering settings.
scaleBufferedImage(BufferedImage, float, float) - インタフェース のメソッドome.api.IScale
Scales a buffered image using defined X and Y axis scale factors.
SCORE - インタフェース のstatic変数ome.api.Search
String constant used to look up the score value of Lucene queries returned by this interface.
Search - ome.apiのインタフェース
Central search interface, allowing Web2.0 style queries.
searchAll() - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Searches all Experimenter list on LDAP for attribute objectClass = person.
searchByAttribute(String, String, String) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Searches all Experimenter in LDAP for specified attribute
searchByAttributes(String, String[], String[]) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Searches all Experimenter in LDAP for specified attributes.
searchByDN(String) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Searches one Experimenter in LDAP for specified Distinguished Name - String
searchDnInGroups(String, String) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
Searches Distinguished Name - String in groups
SelfConfigurableService - ome.systemのインタフェース
 
selfConfigure() - インタフェース のメソッドome.system.SelfConfigurableService
 
Server - ome.systemのクラス
Provides simplified handling of server properties when creating a ServiceFactory.
Server(String) - クラス のコンストラクタome.system.Server
standard constructor which users Server.DEFAULT_PORT.
Server(String, int) - クラス のコンストラクタome.system.Server
extended constructor.
ServiceFactory - ome.systemのクラス
Entry point for all client calls.
ServiceFactory() - クラス のコンストラクタome.system.ServiceFactory
default constructor which obtains the global static client context from OmeroContext.
ServiceFactory(Login) - クラス のコンストラクタome.system.ServiceFactory
constructor which obtains a new (non-static) client context, passing in the Properties representation of the Login for configuration.
ServiceFactory(Server) - クラス のコンストラクタome.system.ServiceFactory
constructor which obtains a new (non-static) client context, passing in the Properties representation of the Server for configuration.
ServiceFactory(Server, Login) - クラス のコンストラクタome.system.ServiceFactory
constructor which obtains a new (non-static) client context, passing in the Properties representation of both the Server and the Login for configuration.
ServiceFactory(Properties) - クラス のコンストラクタome.system.ServiceFactory
constructor which obtains a new client context, passing in the provided properties for configuration.
ServiceFactory(OmeroContext) - クラス のコンストラクタome.system.ServiceFactory
constructor which uses the provided OmeroContext for all loookups.
ServiceFactory(String) - クラス のコンストラクタome.system.ServiceFactory
constructor which finds the global static OmeroContext with the given name.
ServiceInterface - ome.apiのインタフェース
Marker interface representing an OMERO API Interface.
session - クラス の変数ome.system.SessionInitializer
 
SessionInitializer - ome.systemのクラス
Manages the creation of a single Session created via the injected ISession service.
SessionInitializer() - クラス のコンストラクタome.system.SessionInitializer
 
sessions - クラス の変数ome.system.SessionInitializer
 
setActive(long, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
 
setActive(int, boolean) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Maps the specified channel if true, unmaps the channel otherwise.
setAdminPrivileges(Experimenter, List<AdminPrivilege>) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Sets the set of light administrator privileges for the given user.
setAliases(String[]) - クラス のメソッドome.system.Preference
Setter injector
setAllowLeadingWildcard(boolean) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Permits full-text queries with a leading query if true.
setBatchSize(int) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Sets the maximum number of results that will be returned by one call to Search.results().
setBeanName(String) - クラス のメソッドome.system.Preference
Setter injector
setBeginsWith(Collection<String>) - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultMetrics
 
setBlueValue(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBAIntBuffer
Sets the Blue value for a particular pixel index.
setBlueValue(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Sets the Blue value for a particular pixel index.
setBlueValue(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBIntBuffer
Sets the Blue value for a particular pixel index.
setCaseSentivice(boolean) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Sets the case sensitivity on all queries where case-sensitivity is supported.
setChannelGlobalMinMax(long, int, double, double) - インタフェース のメソッドome.api.IPixels
Sets the channel global (all 2D optical sections corresponding to a particular channel) minimum and maximum for a Pixels set.
setChannelLookupTable(int, String) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
 
setChannelWindow(int, double, double) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Returns the pixels intensity interval.
setCodomain(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.CodomainMapContext
Sets the codomain interval.
setCodomainInterval(int, int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Sets the sub-interval of the device space i.e. a discrete sub-interval of [0, 255]
setCompressionLevel(float) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Sets the current compression level for the service.
setConfigValue(String, String) - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
set a configuration value in the backend store.
setConfigValueIfEquals(String, String, String) - インタフェース のメソッドome.api.IConfig
Calls IConfig.setConfigValue(String, String) if and only if the configuration property is currently equal to the test argument.
setConstant(boolean) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Sets the type of mapping.
setContext(CodomainMapContext) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.codomain.CodomainMap
Sets the parameters used to write the equation of the specified codomain transformation.
setCoordinates(int, int, int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Sets the coordinates of the points used to determine the equations of the lines.
setCredentials(String) - クラス のメソッドome.system.SessionInitializer
 
setDb(boolean) - クラス のメソッドome.system.Preference
Setter injector
setDefaultGroup(Experimenter, ExperimenterGroup) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
sets the default group for a given user.
setDefaultT(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Sets the default timepoint index.
setDefaultZ(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Sets the index of the default focal section.
setDescription(long, String) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
 
setDN(Long, String) - インタフェース のメソッドome.api.ILdap
非推奨です。
As of release 5.1, relevant model objects have the "ldap" property added to their state.
setExpiration(long, Timestamp) - インタフェース のメソッドome.api.IShare
非推奨です。
 
setFileId(long) - インタフェース のメソッドome.api.RawFileStore
This method manages the state of the service.
setGraphiteAddress(String) - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultMetrics
 
setGreenValue(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBAIntBuffer
Sets the Green value for a particular pixel index.
setGreenValue(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Sets the Green value for a particular pixel index.
setGreenValue(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBIntBuffer
Sets the Green value for a particular pixel index.
setGroupOwner(ExperimenterGroup, Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
adds the user to the owner list for this group.
setGroupPermissions(Permissions) - クラス のメソッドome.system.SimpleEventContext
 
setHeight(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.RegionDef
Sets the height of the region.
setInput(String, String, Object) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Places an entry in the given session's input environment.
setLimits(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Set the limits.
setLowerLimit(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Sets the value (in [intervalStart, intervalEnd]) used to set the level of the bit-plane < bit-plane selected.
setMergedBatches(boolean) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Set whether or not results from two separate queries can be returned in the same call to Search.results().
setMessage(String) - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
Sets the job's message string, and returns the previous value.
setModel(RenderingModel) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Specifies the model that dictates how transformed raw data has to be mapped onto a color space.
setMutable(boolean) - クラス のメソッドome.system.Preference
Setter injector
setOriginalSettingsForPixels(long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets an Pixels' default rendering settings back to channel global minimum and maximum.
setOriginalSettingsInDataset(long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets a dataset's rendering settings back to channel global minimum and maximum.
setOriginalSettingsInImage(long) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets an image's default rendering settings back to channel global minimum and maximum.
setOriginalSettingsInSet(Class<T>, Set<Long>) - インタフェース のメソッドome.api.IRenderingSettings
Resets a rendering settings back to channel global minimum and maximum for the specified containers.
setOutput(String, String, Object) - インタフェース のメソッドome.api.ISession
Places an entry in the given session's output environment.
setOverlays(Map<byte[], Integer>) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Informs the rendering engine that it should render a set of overlays on each rendered frame.
setPixelsId(long, boolean) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
Initializes the stateful service for a given Pixels set.
setPixelsId(long) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
This method manages the state of the service; it must be invoked before using any other methods.
setPlane(byte[], int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
setPlanes(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Sets the value of the selected planes i.e. the previous plane and the selected one.
setPreferences(List<Preference>) - クラス のメソッドome.system.PreferenceContext
 
setPrefs(boolean) - クラス のメソッドome.system.Preference
 
setPrincipal(Principal) - クラス のメソッドome.system.SessionInitializer
 
setProperty(String, String) - クラス のメソッドome.system.PreferenceContext
With ticket:2214, preferences are no longer mutable.
setQuantizationMap(int, Family, double, boolean) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Sets the quantization map, one per channel.
setQuantumStrategy(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Sets the quantization strategy.
setRedValue(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBAIntBuffer
Sets the Red value for a particular pixel index.
setRedValue(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Sets the Red value for a particular pixel index.
setRedValue(int, int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBIntBuffer
Sets the Red value for a particular pixel index.
setRegion(int, long, byte[]) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
setRegion(RegionDef) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Sets the region to render.
setRenderingDefId(long) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
This method manages the state of the service; it should be invoked directly after ThumbnailStore.setPixelsId(long).
setRenderShapes(boolean) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Sets whether or not to render the shapes (masks).
setResolutionLevel(int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
setResolutionLevel(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
 
setReturnUnloaded(boolean) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Determines if all results should be returned as unloaded objects.
setRGBA(int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Sets the four components composing the color associated to the specified channel.
setRow(byte[], int, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
setSession(Session) - クラス のメソッドome.system.ServiceFactory
 
setSession(Session) - クラス のメソッドome.system.SessionInitializer
 
setSessionService(ISession) - クラス のメソッドome.system.SessionInitializer
 
setShapeIds(List<Long>) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Sets whether or not to render the shapes (masks).
setSlf4jMinutes(int) - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultMetrics
 
setStack(byte[], int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
setStatus(String) - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
Updates the JobStatus for the current job.
setStatusAndMessage(String, String) - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
Like JobHandle.setStatus(String) but also sets the message.
setStride(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Returns the stride.
setTile(byte[], int, int, int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
setTimepoint(byte[], int) - インタフェース のメソッドome.api.RawPixelsStore
 
setUpperLimit(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.PlaneSlicingContext
Sets the value (in [intervalStart, intervalEnd]) used to set the level of the bit-plane > bit-plane selected.
setUseProjections(boolean) - インタフェース のメソッドome.api.Search
Determines if Lucene queries should not hit the database.
setVisibility(Preference.Visibility) - クラス のメソッドome.system.Preference
Setter injector
setWidth(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.RegionDef
Sets the width of the region.
setX(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Selects a plane in the set identified by this object.
setX(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.RegionDef
Sets the x-coordinate of the top-left corner.
setXEnd(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Sets the x-coodinate of the pEnd point.
setXStart(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Sets the x-coodinate of the pStart point.
setY(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Selects a plane in the set identified by this object.
setY(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.RegionDef
Sets the y-coordinate of the top-left corner.
setYEnd(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Sets the y-coodinate of the pEnd point.
setYStart(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.codomain.ContrastStretchingContext
Sets the y-coodinate of the pStart point.
setZ(int) - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Selects a plane in the set identified by this object.
SHA1ChecksumProviderImpl - ome.util.checksumのクラス
An implementation of the ChecksumProvider interface using SHA1 as the secure hash algorithm.
SHA1ChecksumProviderImpl() - クラス のコンストラクタome.util.checksum.SHA1ChecksumProviderImpl
 
shareId - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
ShutdownMessage - ome.util.messagesのクラス
Published when the server is shutting down.
ShutdownMessage(Object) - クラス のコンストラクタome.util.messages.ShutdownMessage
 
SiftingWhileRejectingDefaultAppender - ome.util.logbackのクラス
 
SiftingWhileRejectingDefaultAppender() - クラス のコンストラクタome.util.logback.SiftingWhileRejectingDefaultAppender
 
signal - クラス の変数ome.util.messages.UserSignalMessage
 
SimpleEventContext - ome.systemのクラス
simple, non-thread-safe, serializable EventContext
SimpleEventContext() - クラス のコンストラクタome.system.SimpleEventContext
Constructor for subclasses
SimpleEventContext(EventContext) - クラス のコンストラクタome.system.SimpleEventContext
copy constructor.
size() - インタフェース のメソッドome.api.RawFileStore
Returns the size of the file on disk (not as stored in the database since that value will only be updated on RawFileStore.save().
size() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultSnapshot
 
size() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Snapshot
 
Snapshot - ome.system.metricsのインタフェース
Thin wrapper around Snapshot
StatefulServiceInterface - ome.apiのインタフェース
OMERO API Interface with stateful semantics.
stop() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultTimer.Context
 
stop() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Timer.Context
 
submit(Job) - インタフェース のメソッドome.api.JobHandle
Submits a Job and returns its database id.
SUBMITTED - インタフェース のstatic変数ome.api.JobHandle
 
SUM_INTENSITY - インタフェース のstatic変数ome.api.IProjection
Sum intensity projection
synchronizeLoginCache() - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
uses JMX to refresh the login cache if supported.

T

t - 例外 の変数ome.util.messages.MessageException
 
threadSafe - クラス の変数ome.util.messages.InternalMessage
 
thumbnailExists(Integer, Integer) - インタフェース のメソッドome.api.ThumbnailStore
Checks if a thumbnail of a particular size exists for a pixels set.
ThumbnailStore - ome.apiのインタフェース
Provides methods for dealing with thumbnails.
time() - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultTimer
 
time() - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Timer
 
timer(Object, String) - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultMetrics
 
timer(Object, String) - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Metrics
 
timer(Object, String) - クラス のメソッドome.system.metrics.NullMetrics
 
Timer - ome.system.metricsのインタフェース
Thin wrapper around Timer
Timer.Context - ome.system.metricsのインタフェース
 
toString() - クラス のメソッドome.system.Principal
returns only the name of the instance because that is the expected behavior of Principal implementations
toString() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.PlaneDef
Overrides generic toString method to provide a specific string representation of this object.
toString() - クラス のメソッドomeis.providers.re.data.RegionDef
Overridden to return the region as a string.
transform(int) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.codomain.CodomainMap
Performs the transformation.
truncate(long) - インタフェース のメソッドome.api.RawFileStore
Limits the size of a file to the given length.
type - クラス の変数ome.system.Principal
 

U

umask - クラス の変数ome.system.SimpleEventContext
 
unlink(ILink[], Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Removes links between OmeroDataObjects e.g Project-Dataset, Dataset-Image Note that the objects themselves aren't deleted, only the Link objects.
unordered() - インタフェース のメソッドome.api.Search
Removes the current stack of order statements.
unsetGroupOwner(ExperimenterGroup, Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
removes the user from the owner list for this group.
update(int) - クラス のメソッドome.system.metrics.DefaultHistogram
 
update(int) - インタフェース のメソッドome.system.metrics.Histogram
 
updateCodomainMap(CodomainMapContext) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
非推奨です。
updateDataObject(T, Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
Updates a data object.
updateDataObjects(IObject[], Parameters) - インタフェース のメソッドome.api.IContainer
convenience method to save network calls.
updateEnumeration(T) - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
updates enumeration value specified by object
updateEnumerations(List<T>) - インタフェース のメソッドome.api.ITypes
updates enumeration value specified by object
updateExperimenter(Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Updates an experimenter if admin or owner of group.
updateExperimenterWithPassword(Experimenter, String) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Updates an experimenter if admin or owner of group.
updateGroup(ExperimenterGroup) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Updates an experimenter group if admin or owner of group.
updateSelf(Experimenter) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Allows a user to update his/her own information.
updateSettings(RenderingDef) - インタフェース のメソッドomeis.providers.re.RenderingEngine
Updates the current rendering settings based on a provided rendering definition and associated sub-objects.
UpgradeCheck - ome.systemのクラス
Contacts a given URL which should be an OME server which will return either an empty String or a URL which points to a needed upgrade.
UpgradeCheck(String, String, String) - クラス のコンストラクタome.system.UpgradeCheck
UpgradeCheck(String, String, String, int) - クラス のコンストラクタome.system.UpgradeCheck
Main constructor.
uploadMyUserPhoto(String, String, byte[]) - インタフェース のメソッドome.api.IAdmin
Uploads a photo for the user which will be displayed on his/her profile.
UserSignalMessage - ome.util.messagesのクラス
Published if the Posix USR1 or USR2 signal is received.
UserSignalMessage(Object, int) - クラス のコンストラクタome.util.messages.UserSignalMessage
 

V

Validate - ome.annotationsの注釈型
annotation used for determining the types of a Set
valueOf(String) - 列挙型 のstaticメソッドome.system.Preference.Visibility
指定した名前を持つこの型の列挙型定数を返します。
valueOf(String) - 列挙型 のstaticメソッドome.util.checksum.ChecksumType
指定した名前を持つこの型の列挙型定数を返します。
values() - 列挙型 のstaticメソッドome.system.Preference.Visibility
この列挙型の定数を含む配列を宣言されている順序で返します。
values() - 列挙型 のstaticメソッドome.util.checksum.ChecksumType
この列挙型の定数を含む配列を宣言されている順序で返します。
VERSION_REGEX - インタフェース のstatic変数ome.api.IConfig
Defines how the omero.version Preference will be parsed into the form: Major.minor.patch for IConfig.getVersion()

W

WAITING - インタフェース のstatic変数ome.api.JobHandle
 
write(byte[], long, int) - インタフェース のメソッドome.api.RawFileStore
Writes length bytes of data from the specified buf byte array starting at at position to the raw file

X

XY - クラス のstatic変数omeis.providers.re.data.PlaneDef
Flag to identify an XY-plane.
XZ - クラス のstatic変数omeis.providers.re.data.PlaneDef
Flag to identify an XZ-plane.

Z

zero() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBAIntBuffer
 
zero() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBBuffer
Zeros out (sets every pixel offset to zero) each band.
zero() - クラス のメソッドomeis.providers.re.RGBIntBuffer
 
ZY - クラス のstatic変数omeis.providers.re.data.PlaneDef
Flag to identify an YZ-plane.
A B C D E F G H I J L M N O P Q R S T U V W X Z 
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