@Deprecated
public class OmeroReader
extends loci.formats.FormatReader
修飾子とタイプ | フィールドと説明 |
---|---|
static int |
DEFAULT_PORT
非推奨です。
|
core, coreIndex, datasetDescription, domains, filterMetadata, flattenedResolutions, hasCompanionFiles, in, indexedAsRGB, metadata, metadataStore, normalizeData, resolution, saveOriginalMetadata, series, suffixNecessary, suffixSufficient, THUMBNAIL_DIMENSION
コンストラクタと説明 |
---|
OmeroReader()
非推奨です。
|
修飾子とタイプ | メソッドと説明 |
---|---|
void |
close(boolean fileOnly)
非推奨です。
|
protected void |
initFile(java.lang.String id)
非推奨です。
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boolean |
isThisType(java.lang.String name,
boolean open)
非推奨です。
|
static void |
main(java.lang.String[] args)
非推奨です。
A simple command line tool for downloading images from OMERO.
|
byte[] |
openBytes(int no,
byte[] buf,
int x,
int y,
int w,
int h)
非推奨です。
|
protected static java.lang.String |
parsePoints(java.lang.String str)
非推奨です。
Parse Points String obtained from convertPoints and extract Coordinates as String
|
static void |
saveOmeroRoiToMetadataStore(java.util.List<omero.model.Roi> rois,
loci.formats.meta.MetadataStore store)
非推奨です。
Converts omero.model.Roi to ome.xml.model.* and updates the MetadataStore
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void |
setEncrypted(boolean encrypted)
非推奨です。
|
void |
setGroupID(java.lang.Long groupID)
非推奨です。
|
void |
setGroupName(java.lang.String group)
非推奨です。
|
void |
setPassword(java.lang.String password)
非推奨です。
|
void |
setPort(int port)
非推奨です。
|
void |
setServer(java.lang.String server)
非推奨です。
|
void |
setSessionID(java.lang.String sessionID)
非推奨です。
|
void |
setUsername(java.lang.String username)
非推奨です。
|
addGlobalMeta, addGlobalMeta, addGlobalMeta, addGlobalMeta, addGlobalMeta, addGlobalMeta, addGlobalMeta, addGlobalMeta, addGlobalMeta, addGlobalMetaList, addMeta, addMetaList, addSeriesMeta, addSeriesMeta, addSeriesMeta, addSeriesMeta, addSeriesMeta, addSeriesMeta, addSeriesMeta, addSeriesMeta, addSeriesMeta, addSeriesMetaList, close, coreIndexToSeries, fileGroupOption, flattenHashtables, get16BitLookupTable, get8BitLookupTable, getAcquisitionMode, getAdvancedSeriesUsedFiles, getAdvancedUsedFiles, getArcType, getBinning, getBitsPerPixel, getCompression, getContrastMethod, getCoreIndex, getCoreMetadataList, getCorrection, getCurrentFile, getDatasetStructureDescription, getDetectorType, getDimensionOrder, getDimensionOrder, getDomains, getEffectiveSizeC, getExperimentType, getFilamentType, getFillRule, getFilterType, getFontFamily, getFontStyle, getGlobalMeta, getGlobalMetadata, getIlluminationType, getImageCount, getImmersion, getIndex, getIndex, getLaserMedium, getLaserType, getMarker, getMedium, getMetadataStore, getMetadataStoreRoot, getMetadataValue, getMicrobeamManipulationType, getMicroscopeType, getModuloC, getModuloT, getModuloZ, getNamingConvention, getOptimalTileHeight, getOptimalTileWidth, getPixelType, getPixelType, getPossibleDomains, getPulse, getRequiredDirectories, getResolution, getResolutionCount, getRGBChannelCount, getRotationTransform, getSeries, getSeriesCount, getSeriesMeta, getSeriesMetadata, getSeriesMetadataValue, getSeriesUsedFiles, getSeriesUsedFiles, getSizeC, getSizeT, getSizeX, getSizeY, getSizeZ, getThumbSizeX, getThumbSizeY, getUnderlyingReaders, getUsedFiles, getUsedFiles, getZCTCoords, getZCTModuloCoords, hasCompanionFiles, hasFlattenedResolutions, isFalseColor, isGroupFiles, isIndexed, isInterleaved, isInterleaved, isLittleEndian, isMetadataComplete, isMetadataFiltered, isNormalized, isOrderCertain, isOriginalMetadataPopulated, isRGB, isSingleFile, isThisType, isThisType, isThisType, isThumbnailSeries, isUsedFile, makeFilterMetadata, openBytes, openBytes, openBytes, openPlane, openThumbBytes, readPlane, readPlane, reopenFile, seriesToCoreIndex, setCoreIndex, setFlattenedResolutions, setGroupFiles, setId, setMetadataFiltered, setMetadataStore, setNormalized, setOriginalMetadataPopulated, setResolution, setSeries
checkSuffix, checkSuffix, getFormat, getMetadataOptions, getNativeDataType, getSuffixes, getSupportedMetadataLevels, setMetadataOptions
public static final int DEFAULT_PORT
public void setServer(java.lang.String server)
public void setPort(int port)
public void setUsername(java.lang.String username)
public void setPassword(java.lang.String password)
public void setSessionID(java.lang.String sessionID)
public void setEncrypted(boolean encrypted)
public void setGroupName(java.lang.String group)
public void setGroupID(java.lang.Long groupID)
public boolean isThisType(java.lang.String name, boolean open)
isThisType
インタフェース内 loci.formats.IFormatReader
isThisType
クラス内 loci.formats.FormatReader
public byte[] openBytes(int no, byte[] buf, int x, int y, int w, int h) throws loci.formats.FormatException, java.io.IOException
openBytes
インタフェース内 loci.formats.IFormatReader
openBytes
クラス内 loci.formats.FormatReader
loci.formats.FormatException
java.io.IOException
public void close(boolean fileOnly) throws java.io.IOException
close
インタフェース内 loci.formats.IFormatReader
close
クラス内 loci.formats.FormatReader
java.io.IOException
protected void initFile(java.lang.String id) throws loci.formats.FormatException, java.io.IOException
initFile
クラス内 loci.formats.FormatReader
loci.formats.FormatException
java.io.IOException
public static void main(java.lang.String[] args) throws java.lang.Exception
java.lang.Exception
public static void saveOmeroRoiToMetadataStore(java.util.List<omero.model.Roi> rois, loci.formats.meta.MetadataStore store)
protected static java.lang.String parsePoints(java.lang.String str)