A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Z _ 

A

AbstractAmdServant - ome.services.blitz.implのクラス
throttled implementation base class which can be used by _ServiceInterfaceOperations implementors and injected into a tie servant.
AbstractAmdServant(ServiceInterface, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
AbstractCloseableAmdServant - ome.services.blitz.implのクラス
Base class for all servants that must guarantee proper clean-up of held resources on close.
AbstractCloseableAmdServant(ServiceInterface, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.AbstractCloseableAmdServant
 
AbstractExecFileTransfer - ome.formats.importer.transfersのクラス
Local-only file transfer mechanism which makes use of soft-linking.
AbstractExecFileTransfer() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.transfers.AbstractExecFileTransfer
 
AbstractFileTransfer - ome.formats.importer.transfersのクラス
AbstractFileTransfer() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer
 
AbstractFileTransfer.Transfers - ome.formats.importer.transfersの列挙型
Enum of well-known FileTransfer names.
AbstractPyramidServant - ome.services.blitz.implのクラス
Specialization of AbstractAmdServant to be used by any services which provide the PyramidService interface.
AbstractPyramidServant(ServiceInterface, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
 
AbstractRedirector - ome.services.blitz.redirectのクラス
AbstractRedirector(Executor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
 
AbstractRepositoryI - ome.services.blitz.repoのクラス
Base repository class responsible for properly handling directory takeover and other lifecycle tasks.
AbstractRepositoryI(ObjectAdapter, Registry, Executor, Principal, String, PublicRepositoryI) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
AbstractRepositoryI(ObjectAdapter, Registry, Executor, Principal, FileMaker, PublicRepositoryI) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
AbstractThrottlingStrategy - ome.services.throttlingのクラス
Throttling implementation which uses the calling server Thread for execution.
AbstractThrottlingStrategy() - クラス のコンストラクタome.services.throttling.AbstractThrottlingStrategy
 
access(File) - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
Returns true if the current user can write to the give directory.
acquireLock(String) - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
Acquires the given lock or if necessary creates a new one.
acquireProcessor(Job, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
acquireProcessor(Job, int, Current) - インタフェース のメソッドomero.grid.ParamsHelper.Acquirer
 
acquirer() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
 
acquisitionData() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the acquisition data parameter to true.
activate_async(AMD_StatefulServiceInterface_activate, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
activate_async(AMD_IShare_activate, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
activate_async(AMD_StatefulServiceInterface_activate, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
activateAndWait(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ProcessorCallbackI
Generates a UUID-based Identity with the category of PROCESSORCALLBACK.value and then calls {@link #activateAndWait(Current, Ice.Identity).
activateAndWait(Current, Identity) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ProcessorCallbackI
Primary method which adds this instance to IceStorm, waits for a response from any active processor services, and finally unregister itself before returning the first processor instance which responded.
activeQueries_async(AMD_Search_activeQueries, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
activeServices(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
adapter - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
Adapter - ome.services.throttlingのクラス
Simple adapter which takes a Executor.Work instance and executes it as a BlitzExecutor task.
Adapter(Object, Current, IceMapper, Executor, Principal, Executor.Work) - クラス のコンストラクタome.services.throttling.Adapter
 
adapter - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
add(String, RType) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
add(Resources.Entry) - クラス のメソッドomero.util.Resources
 
addArray(int[][], int, int, int) - クラス のメソッドpojos.util.UploadMask
Adds a Mask Shape to the appropriate ROIClass, creating one if necessary.
addCallback(CmdCallbackPrx, Current) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
addCircle(String, double, double, double) - クラス のメソッドome.services.blitz.measurements.MeasurementStore
 
addCircle(String, double, double, double) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.measurements.OmeroMeasurementStore
 
addClientId(String) - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
addCodomainMap_async(AMD_RenderingEngine_addCodomainMap, CodomainMapContext, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
addComment_async(AMD_IShare_addComment, long, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
addDataset(String, String, Project) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
addError(Throwable, File, String[], String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Add detailed error to error container array
addFile(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
addGroupOwners_async(AMD_IAdmin_addGroupOwners, ExperimenterGroup, List<Experimenter>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
addGroups_async(AMD_IAdmin_addGroups, Experimenter, List<ExperimenterGroup>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
addGuest_async(AMD_IShare_addGuest, long, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
addGuests_async(AMD_IShare_addGuests, long, List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
addId(long) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
addId(RLong) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
addIds(Collection<Long>) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
addImage(Image) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
addImage(byte[], int, int, int) - クラス のメソッドpojos.util.UploadMask
Adds a Mask Shape to the appropriate ROIClass, creating one if necessary.
addImage_async(AMD_Exporter_addImage, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ExporterI
 
addKeyword(String) - クラス のメソッドpojos.WorkflowData
Adds a new keyword to the workflow.
addLong(String, long) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
addLong(String, RLong) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
addLongs(String, Collection<Long>) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
addMasks(Map<Integer, MaskData>) - クラス のメソッドpojos.util.ROIComponent
Adds the Masks in the maskSet to the component.
addModelProcessor(ModelProcessor) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Adds a model processor to the end of the processing chain.
addObject(ObjectPrx) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
 
addObject(ObjectPrx) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
addObject(String, IObject) - クラス のメソッドome.services.blitz.measurements.MeasurementStore
 
addObject(String, IObject) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.measurements.OmeroMeasurementStore
 
addObject_async(AMD_IShare_addObject, long, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
addObjects(Map<String, IObject>) - クラス のメソッドome.services.blitz.measurements.MeasurementStore
 
addObjects(Map<String, IObject>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.measurements.OmeroMeasurementStore
 
addObjects_async(AMD_IShare_addObjects, long, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
addObserver(IObserver) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
 
addObserver(IObserver) - インタフェース のメソッドome.formats.importer.IObservable
Add observer for notification
addObserver(IObserver) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ClientKeepAlive
 
addObserver(IObserver) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
addObserver(IObserver) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploader
 
addOrderByAsc_async(AMD_Search_addOrderByAsc, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
addOrderByDesc_async(AMD_Search_addOrderByDesc, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
addProcess(ProcessContainer.Process) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer
Called once the ManagedImportProcessI service is created.
addProcessor(ProcessorPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
addProject(String, String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
addReference(LSID, LSID) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Adds a reference to the reference cache.
addReference(LSID, LSID) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Adds a reference to the reference cache.
addReply_async(AMD_IShare_addReply, long, String, TextAnnotation, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
addRows(Object[][]) - クラス のメソッドome.services.blitz.measurements.MeasurementStore
 
addRows(Object[][]) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.measurements.OmeroMeasurementStore
Adds an array of rows (Object[]) to the store.
addScreen(String, String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
addShapeData(ShapeData) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Adds ShapeData object to ROIData.
addUser_async(AMD_IShare_addUser, long, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
addUsers_async(AMD_IShare_addUsers, long, List<Experimenter>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
AdminI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IAdmin service.
AdminI(IAdmin, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.AdminI
 
advUsage() - クラス のstaticメソッドome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Prints advanced usage to STDERR and exits with return code 1.
afterTransfer(int, List<String>) - インタフェース のメソッドome.formats.importer.transfers.FileTransfer
Callback which must be invoked after a related set of files has been processed.
afterTransfer(int, List<String>) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.HardlinkFileTransfer
No cleanup action is taken.
afterTransfer(int, List<String>) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.MoveFileTransfer
Deletes all hard-linked files if there were no errors.
afterTransfer(int, List<String>) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.SymlinkFileTransfer
No cleanup is needed for soft-linking.
afterTransfer(int, List<String>) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.UploadFileTransfer
Since the RawFileStorePrx instances are cleaned up after each transfer, there's no need to cleanup per File.
afterTransfer(int, List<String>) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.UploadRmFileTransfer
Deletes all uploaded files if there were no errors.
agent - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
allEnumerations_async(AMD_ITypes_allEnumerations, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
allExps() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Removes the experimenter parameter from the map.
allGrps() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Removes the group parameter from the map.
allow(ObjectPrx) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
 
allowAdministration() - クラス のメソッドome.services.blitz.Router
 
allTimes() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Removes the time parameters from the map.
allTypes_async(AMD_Search_allTypes, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
ALPHA_INDEX - クラス のstatic変数ome.formats.model.ColorsFactory
Index of the red component of a color.
ALPHA_TEXT - クラス のstatic変数ome.formats.model.ChannelProcessor
Name of the blue component when it is a graphics image.
alreadyRouted(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
 
and_async(AMD_Search_and, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
AnnotationData - pojosのクラス
Holds a textual annotation of a given data object and a reference to the Experimenter that wrote it.
AnnotationData(Class<? extends Annotation>) - クラス のコンストラクタpojos.AnnotationData
Creates a new instance.
AnnotationData(A) - クラス のコンストラクタpojos.AnnotationData
Creates a new instance.
annotations - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
ANNOTATIONS - クラス のstatic変数pojos.ChannelData
Identifies the Channel#ANNOTATIONLINKS field.
ANNOTATIONS - クラス のstatic変数pojos.DatasetData
Identifies the Dataset#ANNOTATIONLINKS field.
ANNOTATIONS - クラス のstatic変数pojos.ImageData
Identifies the Image#ANNOTATIONLINKS field.
ANNOTATIONS - クラス のstatic変数pojos.PlateData
Identifies the Plate#ANNOTATIONLINKS field.
AopContextInitializer - ome.services.blitz.fireのクラス
 
AopContextInitializer(ServiceFactory, Principal, AtomicBoolean) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.fire.AopContextInitializer
 
ApiConsistencyCheck - ome.services.blitz.utilのクラス
Checks all servant definitions (see: ome/services/blitz-servantDefinitions.xml) to guarantee that the RMI and the Blitz APIs match.
ApiConsistencyCheck() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.ApiConsistencyCheck
 
appendDbPoint(StringBuilder, Point) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
appendDbPoint(StringBuilder, double, double) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
appendSegement(StringBuilder, boolean, double, double) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
appendSvgPoint(StringBuilder, Point) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
appendSvgPoint(StringBuilder, double, double) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
apply(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.MakePathComponentSafe
applyHardWiredInterceptors(List<HardWiredInterceptor>, AopContextInitializer) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
Applies the hard-wired intercepting to this instance.
applySettingsToDataset_async(AMD_IRenderingSettings_applySettingsToDataset, long, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
applySettingsToImage_async(AMD_IRenderingSettings_applySettingsToImage, long, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
applySettingsToImages_async(AMD_IRenderingSettings_applySettingsToImages, long, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
applySettingsToPixels_async(AMD_IRenderingSettings_applySettingsToPixels, long, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
applySettingsToProject_async(AMD_IRenderingSettings_applySettingsToProject, long, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
applySettingsToSet_async(AMD_IRenderingSettings_applySettingsToSet, long, String, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
ARC - クラス のstatic変数pojos.LightSourceData
Indicates that the light source is a arc.
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - クラス のメソッドomero.model.SmartEllipseI
 
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - クラス のメソッドomero.model.SmartLineI
 
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - クラス のメソッドomero.model.SmartMaskI
 
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - クラス のメソッドomero.model.SmartPathI
 
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - クラス のメソッドomero.model.SmartPointI
 
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - クラス のメソッドomero.model.SmartPolygonI
 
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - クラス のメソッドomero.model.SmartPolylineI
 
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - クラス のメソッドomero.model.SmartRectI
 
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - インタフェース のメソッドomero.model.SmartShape
Calls the SmartShape.PointCallback with all of the x/y coordinates which are within the shape.
areaPoints(SmartShape.PointCallback) - クラス のメソッドomero.model.SmartTextI
 
areTablesEnabled(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
asAnnotation() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as an Annotation.
asAwtShape() - クラス のメソッドomero.model.SmartEllipseI
 
asAwtShape() - クラス のメソッドomero.model.SmartLineI
 
asAwtShape() - クラス のメソッドomero.model.SmartMaskI
 
asAwtShape() - クラス のメソッドomero.model.SmartPathI
 
asAwtShape() - クラス のメソッドomero.model.SmartPointI
 
asAwtShape() - クラス のメソッドomero.model.SmartPolygonI
 
asAwtShape() - クラス のメソッドomero.model.SmartPolylineI
 
asAwtShape() - クラス のメソッドomero.model.SmartRectI
 
asAwtShape() - インタフェース のメソッドomero.model.SmartShape
Converst the current SmartShape to a Shape.
asAwtShape() - クラス のメソッドomero.model.SmartTextI
 
ASCENDING_LETTER - クラス のstatic変数pojos.PlateData
Indicates that the column or row is a letter starting from A.
ASCENDING_NUMBER - クラス のstatic変数pojos.PlateData
Indicates that the column or row is a number starting from 1.
asChannel() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as a Well.
asDataset() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as a Dataset.
asExperimenter() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as an Experimenter.
asGroup() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as an Experimenter Group.
asIAnnotated() - クラス のメソッドpojos.DataObject
not null; may through class-cast exception
asImage() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as an Image.
asIObject() - クラス のメソッドpojos.DataObject
not null; no exceptions.
asOriginalFile(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Creates an OriginalFile instance for the given CheckedPath even if it doesn't exist.
asPixels() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as a Pixels.
asPlate() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as a Plate.
asPoints() - クラス のメソッドomero.model.SmartEllipseI
 
asPoints() - クラス のメソッドomero.model.SmartLineI
 
asPoints() - クラス のメソッドomero.model.SmartMaskI
 
asPoints() - クラス のメソッドomero.model.SmartPathI
 
asPoints() - クラス のメソッドomero.model.SmartPointI
 
asPoints() - クラス のメソッドomero.model.SmartPolygonI
 
asPoints() - クラス のメソッドomero.model.SmartPolylineI
 
asPoints() - クラス のメソッドomero.model.SmartRectI
 
asPoints() - インタフェース のメソッドomero.model.SmartShape
Provides some, possibly lossy, bounding polygon of this SmartShape via points.
asPoints() - クラス のメソッドomero.model.SmartTextI
 
asPojo(IObject) - クラス のstaticメソッドpojos.DataObject
Converts the passed IObject into its corresponding Pojo object.
asPojos(Collection) - クラス のstaticメソッドpojos.DataObject
Converts the collection of IObjects into the corresponding DataObjects
asPojos(Map) - クラス のstaticメソッドpojos.DataObject
Converts the map of IObjects into the corresponding DataObjects
asProject() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as a Project.
asScreen() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as a Screen.
assertNodes(Set<String>) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
 
assertResponse(int) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Checks the given steps against the number of times that this method has been called on this instance and then increments the call count.
assertStep(int, int) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Throws an exception if the current step is not the expected value.
assertStep(int) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Checks the given steps against the number of times that this method has been called on this instance and then increments the call count.
asWell() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as a Well.
asWellSample() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the hosted IObject as a Well.
attach_async(AMD_JobHandle_attach, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
attachCompanionFilesToImage(Fileset, List<Image>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Uses the reader object to obtain a list of companion files from the current image.
attachImageToDataset(Dataset, Image, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
attachImageToDataset(Dataset, Image) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Attach an image to a dataset.
attachImageToDataset(Dataset, Image) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
autoClose - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
availableCommands_async(AMD_IDelete_availableCommands, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 

B

be - クラス の変数ome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
BfPixelsStoreI - ome.services.blitz.repoのクラス
 
BfPixelsStoreI(String, ImageReader) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
bfSetId(ReaderWrapper) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Perform BioFormats ReaderWrapper.setId(String) for this file.
BlitzConfiguration - ome.services.blitz.utilのクラス
Factory bean which creates an instance as well as the proper ObjectAdapter and adds initial, well-known servants.
BlitzConfiguration(Ring, SessionManager, SecuritySystem, Executor, int) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
Single constructor which builds all Ice instances needed for the server runtime based on arguments provided.
BlitzConfiguration(InitializationData, Ring, SessionManager, SecuritySystem, Executor, int) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
Like #BlitzConfiguration(ome.services.sessions.SessionManager, SecuritySystem, Executor) but allows properties to be specified via an InitializationData instance.
BlitzExecutor - ome.services.blitz.utilのインタフェース
Single-point of execution for all AMD blitz calls.
BlitzInstanceProvider - ome.formats.modelのクラス
An instance provider which uses reflection to fulfill the contract of an InstanceProvider.
BlitzInstanceProvider(EnumerationProvider) - クラス のコンストラクタome.formats.model.BlitzInstanceProvider
Default constructor.
BlitzOnly - ome.services.blitz.utilのインタフェース
Marker interface which specifies that an servant should not be checked for api consistency via ApiConsistencyCheck.
block(long) - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Blocks for the given number of milliseconds unless CmdCallbackI.finished(Response, Status, Current) has been called in which case it returns immediately with true.
block(long) - クラス のメソッドomero.grid.DeleteCallbackI
Should only be used if the default logic of the process methods is kept in place.
block(long) - クラス のメソッドomero.grid.ProcessCallbackI
Should only be used if the default logic of the process methods is kept in place.
BLUE_INDEX - クラス のstatic変数ome.formats.model.ColorsFactory
Index of the red component of a color.
BLUE_TEXT - クラス のstatic変数ome.formats.model.ChannelProcessor
Name of the blue component when it is a graphics image.
BooleanAnnotationData - pojosのクラス
Boolean annotation.
BooleanAnnotationData() - クラス のコンストラクタpojos.BooleanAnnotationData
Creates a new instance.
BooleanAnnotationData(boolean) - クラス のコンストラクタpojos.BooleanAnnotationData
Creates a new instance.
BooleanAnnotationData(BooleanAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.BooleanAnnotationData
Creates a new instance.
buildParseJob(long) - クラス のメソッドomero.grid.ParamsHelper
Build a job for the script with id.
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.commands.SaveI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.DoAllI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.ListRequestsI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.TimingI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.fs.ManageImageBinariesI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChgrpI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChmodI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChownI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.DeleteI
 
buildResponse(int, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.GraphSpecListI
 
buildResponse(int, Object) - インタフェース のメソッドomero.cmd.IRequest
Post-transaction chance to map from the return value of IRequest.step(int) to a omero.cmd.Respnse object.
BULK_ANNOTATIONS_NS - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
The name space used to indicate that the FileAnnotation is a Bulk Annotations file.
byAnnotatedWith_async(AMD_Search_byAnnotatedWith, List<Annotation>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
byFullText_async(AMD_Search_byFullText, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
byGroupForTags_async(AMD_Search_byGroupForTags, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
byHqlQuery_async(AMD_Search_byHqlQuery, String, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
byLuceneQueryBuilder_async(AMD_Search_byLuceneQueryBuilder, String, String, String, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
byName - 列挙型 のstatic変数omero.cmd.graphs.Preprocessor.TargetType
lookup from initial-capital name to type, e.g.
bySimilarTerms_async(AMD_Search_bySimilarTerms, List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
bySomeMustNone_async(AMD_Search_bySomeMustNone, List<String>, List<String>, List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
byTagForGroups_async(AMD_Search_byTagForGroups, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
byType - 列挙型 のstatic変数omero.cmd.graphs.Preprocessor.TargetType
lookup from type to initial-capital name, e.g.

C

c2c() - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
calculateMessageDigest_async(AMD_RawPixelsStore_calculateMessageDigest, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
calculateMessageDigest_async(AMD_RawPixelsStore_calculateMessageDigest, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
Callback - ome.services.throttlingのクラス
Manages AMD-based method dispatches from blitz.
Callback(Boolean, Boolean, ServiceInterface, IceMethodInvoker, Object, IceMapper, Current, Object...) - クラス のコンストラクタome.services.throttling.Callback
 
Callback(ServiceInterface, IceMethodInvoker, IceMapper, Object, Current, Object...) - クラス のコンストラクタome.services.throttling.Callback
 
callback - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
Callback2<R> - ome.services.throttlingのクラス
Callable-based callback which guarantees that ice_response or ice_exception is called.
Callback2(Current, Object, boolean, Callable<R>) - クラス のコンストラクタome.services.throttling.Callback2
 
CallContext - omero.cmdのクラス
Interceptor which takes any context provided by the client and calls setContext on CurrentDetails.
CallContext(OmeroContext, String) - クラス のコンストラクタomero.cmd.CallContext
 
CallContext(CurrentDetails, String) - クラス のコンストラクタomero.cmd.CallContext
 
callContextWrapper(Object) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
 
callInvokerOnMappedArgs(IceMapper, Object, Current, Object...) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
callInvokerOnRawArgs(Object, Current, Object...) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
callInvokerOnRawArgs(ServiceInterface, IceMethodInvoker, Object, Current, Object...) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.util.BlitzExecutor
Uses the given IceMethodInvoker to make the method call.
callInvokerOnRawArgs(ServiceInterface, IceMethodInvoker, Object, Current, Object...) - クラス のメソッドome.services.throttling.InThreadThrottlingStrategy
 
callInvokerOnRawArgs(ServiceInterface, IceMethodInvoker, Object, Current, Object...) - クラス のメソッドome.services.throttling.SerialThrottlingStrategy
 
callInvokerWithMappedArgs(ServiceInterface, IceMethodInvoker, IceMapper, Object, Current, Object...) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.util.BlitzExecutor
Passes the given arguments to IceMethodInvoker with the assumption that all conversion from omero.* to ome.* has taken place.
callInvokerWithMappedArgs(ServiceInterface, IceMethodInvoker, IceMapper, Object, Current, Object...) - クラス のメソッドome.services.throttling.InThreadThrottlingStrategy
 
callInvokerWithMappedArgs(ServiceInterface, IceMethodInvoker, IceMapper, Object, Current, Object...) - クラス のメソッドome.services.throttling.SerialThrottlingStrategy
 
canAnnotate(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
canAnnotate() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns true if the object can be annotated false otherwise, depending on permissions level.
cancel() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates.SCANNING
Can be called to cancel the current action.
cancel - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorFilePart
 
cancel() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploader
cancel's upload
cancel(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
 
cancel(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
cancel(Current) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
cancel(ERR, Throwable, String, String...) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Calls #cancel(ERR, Throwable, String, Map) with the output of Helper.params(String...).
cancel(ERR, Throwable, String, Map<String, String>) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Like #fail(ERR, String, String...) throws a HandleI.Cancel exception.
cancelJob_async(AMD_JobHandle_cancelJob, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
cancelUploads - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
canDelete(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
canDelete() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns true if the object can be deleted by the user currently logged in, false otherwise, depending on permissions level.
canEdit() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
canEdit(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
canEdit() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns true if the object can be edited by the user currently logged in false otherwise, depending on permissions level.
canLink(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
canLink() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns true if the object can be linked e.g. image add to dataset, by the user currently logged in, false otherwise, depending on permissions level.
canLogin() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
Confirm all information for login is supplied
canMapReturnValue() - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
True if this instance has a IceMapper.ReturnMapping
canRead() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Check if this file is actually readable on the underlying filesystem.
canRunScript_async(AMD_IScript_canRunScript, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
 
canUpdate(IObject, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Delegates to IAdmin#canUpdate
canUpdate(IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
canUpdate_async(AMD_IAdmin_canUpdate, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
canWriteParentDirectory(ServiceFactory, SqlAction, String, CheckedPath) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
Throw a SecurityViolation if the current context cannot write to the parent directory.
cause(Throwable) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.gateway.services.util.ServiceUtilities
 
cb - クラス の変数ome.services.throttling.Task
 
changeExpiredCredentials_async(AMD_IAdmin_changeExpiredCredentials, String, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
changeGroup_async(AMD_IAdmin_changeGroup, IObject, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
changeOwner_async(AMD_IAdmin_changeOwner, IObject, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
changePassword_async(AMD_IAdmin_changePassword, RString, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
changePasswordWithOldPassword_async(AMD_IAdmin_changePasswordWithOldPassword, RString, RString, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
changePermissions_async(AMD_IAdmin_changePermissions, IObject, Permissions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
changeUserPassword_async(AMD_IAdmin_changeUserPassword, String, RString, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
ChannelAcquisitionData - pojosのクラス
Object hosting the acquisition related to a logical channel.
ChannelAcquisitionData(LogicalChannel) - クラス のコンストラクタpojos.ChannelAcquisitionData
Creates a new instance.
ChannelData - ome.formats.modelのクラス
Represents all the metadata required to make accurate decisions about channel colour and name.
ChannelData() - クラス のコンストラクタome.formats.model.ChannelData
 
ChannelData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Channel along with links to its logical channel.
ChannelData(int) - クラス のコンストラクタpojos.ChannelData
Creates a new instance.
ChannelData(int, Channel) - クラス のコンストラクタpojos.ChannelData
Creates a new instance.
ChannelProcessor - ome.formats.modelのクラス
Processes the pixels sets of an IObjectContainerStore and ensures that LogicalChannel containers are present in the container cache, and populating channel name and colour where appropriate.
ChannelProcessor() - クラス のコンストラクタome.formats.model.ChannelProcessor
 
check() - インタフェース のメソッドomero.util.Resources.Entry
Called during each cycle.
CheckAllJobs - ome.services.blitz.utilのクラス
 
CheckAllJobs(Executor, ObjectAdapter, TopicManager) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.CheckAllJobs
 
CheckAllJobs(Executor, ObjectAdapter, TopicManager, long) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.CheckAllJobs
 
checkCluster() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
Method called during initialization to get all the active uuids within the cluster, and remove any dead nodes.
CheckedPath - ome.services.blitz.repoのクラス
To prevent frequently re-calculating paths and re-creating File objects, CheckedPath objects store various interpretations of paths that are passed in by users.
CheckedPath(ServerFilePathTransformer, String, ChecksumProviderFactory, ChecksumAlgorithm) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.CheckedPath
Construct a CheckedPath from a relative "/"-delimited path rooted at the repository.
checkedPaths - クラス の変数ome.services.blitz.repo.ManagedImportLocationI
 
checkImageDelete_async(AMD_IDelete_checkImageDelete, long, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
checkLocation(File, RawFileStorePrx) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractExecFileTransfer
Check that the target location: 1) doesn't exist and 2) is properly written to by the server.
checkNonNull(List<Point>) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
Used from assert statements of the form: assert Util.checkNonNull(points) : "Null points in " + this; in all the implementations of SmartShape.asPoints().
checkPassword(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
Currently only returns false since if the regular password check performed by SessionManager cannot find the session, then the cluster has no extra information.
checkPath(String, ChecksumAlgorithm, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Create a new CheckedPath object based on the given user input.
checkPermissions(String, String, StringHolder, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.PermissionsVerifierI
 
CHECKSUM_ALGORITHM_NAMER - クラス のstatic変数ome.services.blitz.util.ChecksumAlgorithmMapper
 
checksumAlgorithm - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
ChecksumAlgorithmMapper - ome.services.blitz.utilのクラス
Work with ChecksumAlgorithm enumeration instances, including mapping their values back to ChecksumTypes.
ChecksumAlgorithmMapper() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.ChecksumAlgorithmMapper
 
checksumAlgorithms - クラス の変数ome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
checksumProviderFactory - クラス の変数ome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
checksums - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILESET_UPLOAD_END
 
ChgrpI - omero.cmd.graphsのクラス
 
ChgrpI(Communicator, ChgrpStepFactory, ApplicationContext) - クラス のコンストラクタomero.cmd.graphs.ChgrpI
 
child(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Returns a new CheckedPath that has the given path appended to the end of this instances path.
ChmodI - omero.cmd.graphsのクラス
Chmod implementation like that in IAdmin.changePermissions(IObject, ome.model.internal.Permissions) but which can be run asynchronously.
ChmodI(Communicator, ChmodStrategy) - クラス のコンストラクタomero.cmd.graphs.ChmodI
 
chooseNextRedirect(Redirector.Context, Set<String>) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.ConfigRedirector
 
chooseNextRedirect(Redirector.Context, Set<String>) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.NullRedirector
Does nothing.
chooseNextRedirect(Redirector.Context, Set<String>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.redirect.Redirector
Gives the Redirector a chance to configure the next appropriate redirect based on the Set of current Node uuids.
chooseNextRedirect(Redirector.Context, Set<String>) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.ScaleRedirector
ChownI - omero.cmd.graphsのクラス
 
ChownI(Communicator, ChownStepFactory, ApplicationContext) - クラス のコンストラクタomero.cmd.graphs.ChownI
 
cleanServants(boolean) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
cleanServants(boolean, String, ServantHolder, ObjectAdapter) - クラス のstaticメソッドomero.cmd.SessionI
Clean all servants that are in the current holder and remove them from the adapter.
cleanTempDir() - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
cleanup() - クラス のメソッドome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Cleans up after a successful or unsuccessful image import.
cleanup() - クラス のメソッドomero.util.Resources
 
cleanup() - インタフェース のメソッドomero.util.Resources.Entry
Gives an Resources.Entry a chance to cleanup resources before it is removed from checking.
cleanup() - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
CleanupFailure - ome.formats.importer.transfersの例外
Exception thrown when cleaning up resources after transfer fails partially or completely.
CleanupFailure(List<File>) - 例外 のコンストラクタome.formats.importer.transfers.CleanupFailure
 
cleanupSelf() - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
Called if this isn't a kill-everything event.
cleanupUpload(RawFileStorePrx, FileInputStream) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer
Utility method for closing resources.
cleanUserDir() - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
Attempts to delete all directories under self.userdir other than the one owned by this process.
clear() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
 
clear() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
reset all statistics
clearErrors(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
clearFiles() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
Clear the list of files to upload.
clearQueries_async(AMD_Search_clearQueries, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
client - omeroのクラス
Central client-side blitz entry point.
client() - クラス のコンストラクタomero.client
Calls client.client(Ice.InitializationData) with a new InitializationData
client(InitializationData) - クラス のコンストラクタomero.client
Creates an Communicator from a InitializationData instance.
client(String) - クラス のコンストラクタomero.client
Creates an Communicator pointing at the given server using the #DEFAULT_PORT.
client(String, int) - クラス のコンストラクタomero.client
Creates an Communicator pointing at the given server with the non-standard port.
client(String[]) - クラス のコンストラクタomero.client
Calls client.client(String[], Ice.InitializationData) with a new InitializationData
client(String[], InitializationData) - クラス のコンストラクタomero.client
Creates an Communicator from command-line arguments.
client(File...) - クラス のコンストラクタomero.client
Creates an Communicator from multiple files.
client(Map) - クラス のコンストラクタomero.client
Creates an Communicator from a Map instance.
client - クラス の変数omero.model.DetailsI
 
ClientError - omeroの例外
abstract superclass of all Omero exceptions.
ClientError(String) - 例外 のコンストラクタomero.ClientError
 
ClientFilePathTransformer - ome.services.blitz.repo.pathのクラス
Transform client-local File to repository FsFile path.
ClientFilePathTransformer(Function<String, String>) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.ClientFilePathTransformer
Construct a new client-side file path transformer.
clientId - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
clientId(Current) - クラス のstaticメソッドomero.cmd.SessionI
Helpers method to extract the CLIENTUUID out of the given Ice.Current.
clientIds - クラス の変数omero.util.ServantHolder
An internal mapping to all client ids from SessionI for a given DB session since there is no method on ObjectAdapter to retrieve all servants.
ClientKeepAlive - ome.formats.importer.utilのクラス
A Runnable which keeps a Connector's server side resources from timing out.
ClientKeepAlive() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ClientKeepAlive
 
close(boolean) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
close() - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
 
close(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractCloseableAmdServant
 
close(boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
close(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
非推奨です。
close() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
close() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.FileMaker
 
close() - クラス のメソッドome.services.formats.OmeroReader
 
close(boolean) - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
First removes self from the adapter so as to no longer receive notifications, and the calls close on the remote handle if requested.
close(Current) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
close() - クラス のメソッドomero.grid.DeleteCallbackI
 
close(Current) - クラス のメソッドomero.grid.InteractiveProcessorI
 
close() - クラス のメソッドomero.grid.ProcessCallbackI
 
close(Current) - インタフェース のメソッドomero.util.CloseableServant
 
close() - クラス のメソッドomero.util.RPSTileData
 
close() - インタフェース のメソッドomero.util.TileData
 
close_async(AMD_StatefulServiceInterface_close, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractCloseableAmdServant
SessionHandler also specially catches close() calls, but cannot remove the servant from the ObjectAdapter and thereby prevent any further communication.
close_async(AMD_StatefulServiceInterface_close, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
CloseableServant - omero.utilのインタフェース
Marker interface which distinguishes a servant which wants to have CloseableServant.close(Ice.Current) called on SessionI.doDestroy()
closeCalled(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
closeCompleted(ImportConfig) - クラス のstaticメソッドome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Look for all ImportProcessPrx in the current session and close them if they return a non-null Response (i.e. they are done).
closeOnDestroy(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
closeService() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
 
closeService() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayService
Close the service and all it's surrogate services.
closeServices() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Closes all stateful services.
closeSession() - クラス のメソッドomero.client
Closes the session and nulls out the communicator.
closeSession() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
closeSession_async(AMD_ISession_closeSession, Session, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
closeShare_async(AMD_IShare_closeShare, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
closeStatement() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
CmdCallbackI - omero.cmdのクラス
Callback servant used to wait until a HandlePrx would return non-null on getReponse.
CmdCallbackI(client, HandlePrx) - クラス のコンストラクタomero.cmd.CmdCallbackI
 
CmdCallbackI(ObjectAdapter, String, HandlePrx) - クラス のコンストラクタomero.cmd.CmdCallbackI
 
collectionCast(Class<T>, List<IObject>) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.gateway.services.util.ServiceUtilities
Helper method for the conversion of base types in containers(normally of type IObject) to a concrete type.
ColorsFactory - ome.formats.modelのクラス
Utility class to determine the color usually associated to a specified channel depending on its emission wavelength.
ColorsFactory() - クラス のコンストラクタome.formats.model.ColorsFactory
 
combineFilePathRestrictions(FilePathRestrictions...) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictions
Combine sets of rules to form a set that satisfies them all and that include transformations away from Unicode control characters.
CommandLineImporter - ome.formats.importer.cliのクラス
The base entry point for the CLI version of the OMERO importer.
CommandLineImporter(ImportConfig, String[], boolean) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Legacy constructor which uses a UploadFileTransfer.
CommandLineImporter(ImportConfig, String[], boolean, FileTransfer, int) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Main entry class for the application.
commands(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
 
commonRoot(List<FsFile>) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
From a list of paths, calculate the common root path that all share.
COMPANION_FILE_NS - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
The name space used to indicate that the FileAnnotation is a companion file.
compare(LSID, LSID) - クラス のメソッドome.formats.OMEXMLModelComparator
 
compare(Dataset, Dataset) - クラス のメソッドome.formats.SortDatasetsByName
 
compare(Project, Project) - クラス のメソッドome.formats.SortProjectsByName
 
compare(Object, Object) - クラス のメソッドpojos.ROICoordinate
Implemented as specified by the Comparator I/F.
complete() - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
Completes overlay population, flushing in memory ROI.
COMPLEX_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
concatenate(FsFile...) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.repo.path.FsFile
Concatenate paths.
ConcurrentStatisticsImpl - org.hibernate.statのクラス
Implementation of Statistics, as well as StatisticsImplementor, based on the java.util.concurrent package introduced in Java 5.
ConcurrentStatisticsImpl() - クラス のコンストラクタorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
ConcurrentStatisticsImpl(SessionFactoryImplementor) - クラス のコンストラクタorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
config - クラス の変数ome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Configuration used by all components
config - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
ConfigI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IConfig service.
ConfigI(IConfig, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ConfigI
 
ConfigRedirector - ome.services.blitz.redirectのクラス
Redirector implementation which uses the REDIRECT config key via LocalConfig to know which Node is currently active.
ConfigRedirector(Executor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.redirect.ConfigRedirector
 
configureDebug(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
Modifies the logging level of everything under the ome.format and loci package hierarchically.
configureServant(Object) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
Apply proper AOP and call setters for any known injection properties.
connect() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
containedExperimenters_async(AMD_IAdmin_containedExperimenters, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
containedGroups_async(AMD_IAdmin_containedGroups, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
ContainerI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IContainer service.
ContainerI(IContainer, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ContainerI
 
contains(String) - クラス のメソッドpojos.WorkflowData
Returns true if the keyword exist in the workflow, false otherwise.
contentLength - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_EVENT
 
context - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
context - クラス の変数ome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
context - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
contOnError - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
control - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
convert(IceMapper) - インタフェース のメソッドomero.rtypes.Conversion
Convert the "val" field on the given RType instance to an ome.model.* representation.
convert(EventContext) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(RGBBuffer) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(PlaneDef) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
Converts the passed Ice Object and returns the converted object.
convert(Principal) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(Roles) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(Date) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(RTime) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(Parameters) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(String, Object) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(Options) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(Filter) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(Permissions) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convert(Permissions) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
convertPojos(ContainerClass) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.gateway.services.util.ServiceUtilities
Converts the specified POJO into the corresponding model.
ConvertToBlitzExceptionMessage - ome.services.blitz.utilのクラス
Internal event which gives third party services a chance to map their exceptions to a blitz exception.
ConvertToBlitzExceptionMessage(Object, Throwable) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.ConvertToBlitzExceptionMessage
 
convertXml(MetadataRetrieve) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ExporterI
 
copy() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChgrpI
 
copy() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChmodI
 
copy() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChownI
 
copy() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.DeleteI
 
copy() - インタフェース のメソッドomero.cmd.graphs.IGraphModifyRequest
Produce a clone of this object.
copyAndResizeImage_async(AMD_IPixels_copyAndResizeImage, long, RInt, RInt, RInt, RInt, List<Integer>, String, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
copyAndResizePixels_async(AMD_IPixels_copyAndResizePixels, long, RInt, RInt, RInt, RInt, List<Integer>, String, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
copyImage(long, int, int, int, int, List<Integer>, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
copyImage(long, int, int, int, int, List<Integer>, String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Copy the image and pixels from image.
copyImage(long, int, int, int, int, List<Integer>, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
copyObject(Filterable, ModelMapper) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
copyObject(Filterable, ModelMapper) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
copyPixels(long, List<Integer>, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
copyPixels(long, int, int, int, int, List<Integer>, String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Copy the pixels set from pixels to a new set.
copyPixels(long, List<Integer>, String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Copy the pixels set from pixels to a new set.
copyPixels(long, int, int, int, int, List<Integer>, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
copyPixels(long, List<Integer>, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
copyPixelsXYTZ(long, int, int, int, int, List<Integer>, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
countAnnotationsUsedNotOwned_async(AMD_IMetadata_countAnnotationsUsedNotOwned, String, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
countByPeriod_async(AMD_ITimeline_countByPeriod, List<String>, RTime, RTime, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TimelineI
 
countCachedContainers(Class<? extends IObject>, int...) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Counts the number of containers the MetadataStore has of a given class and at a given index of the hierarchy if specified.
countCachedContainers(Class<? extends IObject>, int...) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
countCachedReferences(Class<? extends IObject>, Class<? extends IObject>) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Counts the number of references the MetadataStore has between objects of two classes.
countCachedReferences(Class<? extends IObject>, Class<? extends IObject>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
countSpecifiedAnnotations_async(AMD_IMetadata_countSpecifiedAnnotations, String, List<String>, List<String>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
cpf - クラス の変数ome.services.blitz.impl.ScriptI
 
create(String, SessionControlPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
create(String) - クラス のメソッドomero.util.ObjectFactoryRegistry.ObjectFactory
 
create(File) - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
If the given directory doesn't exist, creates it and returns true.
create_path() - クラス のstaticメソッドomero.util.TempFileManager
Calls TempFileManager.createPath(String, String, boolean) on TempFileManager.manager with defaults of "omero", ".tmp", and false.
create_path(String) - クラス のstaticメソッドomero.util.TempFileManager
create_path(String, String) - クラス のstaticメソッドomero.util.TempFileManager
create_path(String, String, boolean) - クラス のstaticメソッドomero.util.TempFileManager
createAdapter() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
Creates an adapter with the name "BlitzAdapter", which must be properly configured via --Ice.Config or ICE_CONFIG or similar.
createAndRegisterManager(SessionManager, SecuritySystem, Executor) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
createAndRegisterVerifier(SessionManager, Executor) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
createByName(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
createCallback(ImportProcessPrx, HandlePrx, ImportContainer) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
 
createClient(boolean) - クラス のメソッドomero.client
Creates a possibly insecure client instance and calls client.joinSession(String) using the current session id.
createCommunicator() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
createCommunicator(String, String[]) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
createData() - クラス のメソッドomero.util.RPSTileLoop
 
createData() - クラス のメソッドomero.util.TileLoop
Subclasses must provide a fresh instance of TileData.
createDataObject_async(AMD_IContainer_createDataObject, IObject, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
createDataObjects_async(AMD_IContainer_createDataObjects, List<IObject>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
createEnumeration_async(AMD_ITypes_createEnumeration, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
createExperimenter_async(AMD_IAdmin_createExperimenter, Experimenter, ExperimenterGroup, List<ExperimenterGroup>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
createExperimenterWithPassword_async(AMD_IAdmin_createExperimenterWithPassword, Experimenter, RString, ExperimenterGroup, List<ExperimenterGroup>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
createExporter(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
createFactories(Communicator) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.commands.RequestObjectFactoryRegistry
 
createFactories(Communicator) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RequestObjectFactoryRegistry
 
createFactories(Communicator) - クラス のメソッドome.services.roi.RoiTypes.RoiTypesObjectFactoryRegistry
 
createFactories(Communicator) - クラス のメソッドomero.cmd.RequestObjectFactoryRegistry
 
createFactories(Communicator) - クラス のメソッドomero.rtypes.RTypeObjectFactoryRegistry
 
createFactories(Communicator) - クラス のメソッドomero.util.ObjectFactoryRegistry
 
createGateway(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
createGroup_async(AMD_IAdmin_createGroup, ExperimenterGroup, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
createHandle(Request) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleFactory
 
createImage(int, int, int, int, List<Integer>, PixelsType, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
createImage(int, int, int, int, List<Integer>, PixelsType, String, String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Create a new image of specified X,Y, Z, T and channels plus pixelsType with name and description
createImage(int, int, int, int, List<Integer>, PixelsType, String, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
createImage_async(AMD_IPixels_createImage, int, int, int, int, List<Integer>, PixelsType, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
createImport(ImportContainer) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
Provide initial configuration to the server in order to create the ImportProcessPrx which will manage state server-side.
createImportProcess(Fileset, ImportLocation, ImportSettings, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Creating the process will register itself in an appropriate container (i.e. a SessionI or similar) for the current user and therefore this instance no longer needs to worry about the maintenance of the object.
createJob(ServiceFactory) - クラス のメソッドome.services.scripts.ScriptFinder
Returns a fresh (unsaved) ScriptJob which can be passed to acquireProcessor for background processing.
createJobHandle(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
createNewRenderingDef_async(AMD_IRenderingSettings_createNewRenderingDef, Pixels, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
createOrFixUserDir(String, List<CheckedPath>, Session, ServiceFactory, SqlAction) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Checks that the given CheckedPath objects exist (via RepositoryDao.findRepoFile(String, CheckedPath, String, Ice.Current)) and are in the "user" group.
createOrFixUserDir(String, List<CheckedPath>, Session, ServiceFactory, SqlAction) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
createOriginalFile(ServiceFactory, SqlAction, String, CheckedPath, ChecksumAlgorithm, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
Primary location for creating original files from a CheckedPath instance.
createPath(String, String, boolean) - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
Uses File.createTempFile(String, String, File) to create temporary files and folders under TempFileManager.dir.
createProcessBuilder(File, File) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractExecFileTransfer
Creates a ProcessBuilder instance ready to have ProcessBuilder.start() called on it.
createProcessBuilder(File, File) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.HardlinkFileTransfer
Executes "ln file location" (Unix) or "mklink /H file location" (Windows) and fails on non-0 return codes.
createProcessBuilder(File, File) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.SymlinkFileTransfer
Executes "ln -s file location" (Unix) or "mklink file location" (Windows) and fails on non-0 return codes.
createRawFileStore(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
createRawFileStore(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
createRawPixelsStore(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
createRawPixelsStore(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
createRenderingEngine(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
createRenderingEngine(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
createRepoRFS(CheckedPath, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Create, initialize, and register an RepoRawFileStoreI with the proper setting (read or write).
createRoot() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
createRoot_async(AMD_MetadataStore_createRoot, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
createSearchService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
createServantDelegate(String) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
Creates a proxy according to the ServantDefinition for the given name.
createSession() - クラス のメソッドomero.client
createSession(String, String) - クラス のメソッドomero.client
Performs the actual logic of logging in, which is done via the #getRouter().
createSession_async(AMD_ISession_createSession, Principal, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
createSessionWithTimeout_async(AMD_ISession_createSessionWithTimeout, Principal, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
createSessionWithTimeouts_async(AMD_ISession_createSessionWithTimeouts, Principal, long, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
createShare_async(AMD_IShare_createShare, String, RTime, List<IObject>, List<Experimenter>, List<String>, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
createStore() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
Create and return a new OMEROMetadataStoreClient
createSystemUser_async(AMD_IAdmin_createSystemUser, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
createTempFile(String, String) - クラス のstaticメソッドomero.util.TempFileManager
Emulates File.createTempFile(String, String) by calling TempFileManager.create_path(String, String).
createTemplatePath(Object, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Expand the template path and create its directories with the correct ownership.
createThumbnail_async(AMD_ThumbnailStore_createThumbnail, RInt, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
createThumbnails_async(AMD_ThumbnailStore_createThumbnails, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
createThumbnailsByLongestSideSet_async(AMD_ThumbnailStore_createThumbnailsByLongestSideSet, RInt, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
createThumbnailStore(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
createThumbnailStore(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
createTransfer(String) - クラス のstaticメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer
Factory method for instantiating FileTransfer objects from a string.
createUploadProcess(Fileset, ImportLocation, ImportSettings, Current, boolean) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Creating the process will register itself in an appropriate container (i.e. a SessionI or similar) for the current user and therefore this instance no longer needs to worry about the maintenance of the object.
createUser_async(AMD_IAdmin_createUser, Experimenter, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
createUser_async(AMD_ILdap_createUser, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
createUserSession_async(AMD_ISession_createUserSession, long, long, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
CSV - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the CSV file formats.
ctx - クラス の変数ome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
ctx - クラス の変数ome.services.throttling.AbstractThrottlingStrategy
 
curr - クラス の変数ome.services.blitz.util.FindServiceFactoryMessage
 
current - クラス の変数ome.services.throttling.Task
 
currentContext(Principal) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
currentMetadata_async(AMD_Search_currentMetadata, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
currentMetadataList_async(AMD_Search_currentMetadataList, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
currentUser(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 

D

data - クラス の変数ome.services.roi.GeomTool
 
data - クラス の変数ome.services.roi.PixelData
 
DataObject - pojosのクラス
Abstract superclass for objects that hold OMEDS data.
DataObject() - クラス のコンストラクタpojos.DataObject
 
DataService - ome.services.blitz.gateway.servicesのインタフェース
 
DataServiceImpl - ome.services.blitz.gateway.services.implのクラス
 
DataServiceImpl(GatewayFactory) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
Instantiate the imageService with the serviceFactory.
DATASET_LINKS - クラス のstatic変数pojos.ImageData
Identifies the Image#DATASETLINKS field.
DATASET_LINKS - クラス のstatic変数pojos.ProjectData
Identifies the Project#DATASETLINKS field.
DatasetData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Dataset along with links to its contained Images and enclosing Project as well as the Experimenter that owns this Dataset.
DatasetData() - クラス のコンストラクタpojos.DatasetData
Creates a new instance.
DatasetData(Dataset) - クラス のコンストラクタpojos.DatasetData
Creates a new instance.
dbPath(Shape) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
 
dbVersion - クラス のstatic変数ome.formats.importer.Version
 
deactivate_async(AMD_IShare_deactivate, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
debug - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
debug(String, Object...) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
DEFAULT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Identifies the default group.
DEFAULT_FILL_COLOUR - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
The default fill color.
DEFAULT_FILL_COLOUR_ALPHA - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
The default fill color.
DEFAULT_FONT_FAMILY - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
The default font family.
DEFAULT_FONT_SIZE - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
The default font size.
DEFAULT_PORT - クラス のstatic変数loci.ome.io.OmeroReader
 
DEFAULT_STROKE_COLOUR - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
The default stroke color.
DEFAULT_STROKE_WIDTH - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
The default stroke width.
DEFAULT_TIMEOUT - クラス のstatic変数ome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
If no value is passed to this instance, this is the time (1 hour) which will be used for a script session.
DEFAULT_WAIT - クラス のstatic変数ome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
 
DEFAULTWORKFLOW - クラス のstatic変数pojos.WorkflowData
The default workflow, i.e. nothing .
DeleteCallbackI - omero.gridのクラス
Callback used for waiting until DeleteHandlePrx will return true on DeleteHandlePrx.finished().
DeleteCallbackI(client, DeleteHandlePrx) - クラス のコンストラクタomero.grid.DeleteCallbackI
 
deleteComment_async(AMD_IShare_deleteComment, Annotation, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
deleteDataObject_async(AMD_IContainer_deleteDataObject, IObject, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
deleteDataObjects_async(AMD_IContainer_deleteDataObjects, List<IObject>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
deleteEntity(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
deleteEnumeration_async(AMD_ITypes_deleteEnumeration, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
deleteExperimenter_async(AMD_IAdmin_deleteExperimenter, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
deleteFilesFromRepository(ImportContainer) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
Delete files from the managed repository.
deleteGroup_async(AMD_IAdmin_deleteGroup, ExperimenterGroup, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
DeleteHandleI - ome.services.blitz.implのクラス
Wraps a HandleI instance (as of 4.4.0).
DeleteHandleI(ExtendedMetadata, ApplicationContext, Identity, ServiceFactoryI, AbstractFileSystemService, DeleteCommand[], int) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
Call the main constructor with a null call context.
DeleteHandleI(ExtendedMetadata, ApplicationContext, Identity, ServiceFactoryI, AbstractFileSystemService, DeleteCommand[], int, Map<String, String>) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
Main constructor.
DeleteI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IDelete service.
DeleteI(ExtendedMetadata, IDelete, BlitzExecutor, ThreadPool, int, String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.DeleteI
 
DeleteI - omero.cmd.graphsのクラス
Replaces DeleteHandleI in order to have all asynchronous invocations in a single API.
DeleteI(Communicator, Deletion) - クラス のコンストラクタomero.cmd.graphs.DeleteI
 
deleteImage_async(AMD_IDelete_deleteImage, long, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
deleteImages_async(AMD_IDelete_deleteImages, List<Long>, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
deleteImagesByDataset_async(AMD_IDelete_deleteImagesByDataset, long, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
deleteObject(IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
deleteObject(IObject) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Delete the object.
deleteObject(IObject) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
deleteObject_async(AMD_IUpdate_deleteObject, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.UpdateI
 
deleteObserver(IObserver) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
 
deleteObserver(IObserver) - インタフェース のメソッドome.formats.importer.IObservable
Delete observer
deleteObserver(IObserver) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ClientKeepAlive
 
deleteObserver(IObserver) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
deleteObserver(IObserver) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploader
 
deletePaths(String[], boolean, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Delete paths recursively as described in Repositories.ice.
deletePlate_async(AMD_IDelete_deletePlate, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
deleteRepoDeleteLogs(SqlAction.DeleteLog, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Call SqlAction.deleteRepoDeleteLogs(DeleteLog) with the current context.
deleteRepoDeleteLogs(SqlAction.DeleteLog, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
deleteScript_async(AMD_IScript_deleteScript, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
Delete the script with id from the server.
deleteSettings_async(AMD_IDelete_deleteSettings, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
deleteTransferredFiles(int, List<String>) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer
Method used by subclasses during #afterTransfer(int, List) if they would like to remove all the files transferred in the set.
DEPTH - クラス のstatic変数ome.formats.importer.ImportCandidates
 
depth - クラス の変数ome.formats.importer.ImportCandidates.SCANNING
 
DESCENDING_LETTER - クラス のstatic変数pojos.PlateData
Indicates that the column or row is a letter starting from Z or P.
DESCENDING_NUMBER - クラス のstatic変数pojos.PlateData
Indicates that the column or row is a letter starting from 26 or 16.
DESCRIPTION - クラス のstatic変数pojos.DatasetData
Identifies the Dataset#DESCRIPTION field.
DESCRIPTION - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Identifies the ExperimenterGroup#DESCRIPTION field.
DESCRIPTION - クラス のstatic変数pojos.ImageData
Identifies the Image#DESCRIPTION field.
DESCRIPTION - クラス のstatic変数pojos.PlateData
Identifies the Plate#DESCRIPTION field.
DESCRIPTION - クラス のstatic変数pojos.ProjectData
Identifies the Project#DESCRIPTION field.
DESCRIPTION - クラス のstatic変数pojos.ScreenData
Identifies the Screen#DESCRIPTION field.
destroy() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
 
destroy() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
destroy() - クラス のメソッドome.services.throttling.Queue
 
destroy(Current) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
Destruction simply decrements the reference count for a session to allow reconnecting to it.
destroy() - クラス のメソッドomero.util.ObjectFactoryRegistry.ObjectFactory
 
detachOnDestroy(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
DetailsI - omero.modelのクラス
 
DetailsI() - クラス のコンストラクタomero.model.DetailsI
 
DetailsI(client) - クラス のコンストラクタomero.model.DetailsI
 
DetectorData - pojosのクラス
Hosts a detector.
DetectorData(Detector) - クラス のコンストラクタpojos.DetectorData
Creates a new instance.
determineColor(Integer) - クラス のstaticメソッドome.formats.model.ColorsFactory
Determines the color corresponding to the passed value.
DichroicData - pojosのクラス
Hosts the dichroic.
DichroicData(Dichroic) - クラス のコンストラクタpojos.DichroicData
Creates a new instance.
dimOrder - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
DIRECTORY_MIMETYPE - クラス のstatic変数ome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Mimetype used to connote a directory OriginalFile object.
discriminator(String) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
Maps from multiple possible user-provided names of shapes (e.g.
DoAllI - omero.cmd.basicのクラス
Permits performing multiple operations
DoAllI(OmeroContext) - クラス のコンストラクタomero.cmd.basic.DoAllI
 
doClose - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
doDestroy() - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
Performs the actual cleanup operation on all the resources shared between this and other ServiceFactoryI instances in the same Session.
doImport() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportFixture
runs import by looping through all files and then calling: ImportLibrary#open(String) ImportLibrary#calculateImageCount(String) ImportLibrary#importMetadata() ImportLibrary#importData(long, String)
doImport() - クラス のメソッドome.formats.OMEROImportFixture
runs import by looping through all files and then calling: ImportLibrary#open(String) ImportLibrary#calculateImageCount(String) ImportLibrary#importMetadata() ImportLibrary#importData(long, String, ome.formats.testclient.ImportLibrary.Step)
doStop() - クラス のメソッドomero.grid.InteractiveProcessorI
 
doThumbnails - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
DOUBLE_COMPLEX_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
DOUBLE_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
DoubleAnnotationData - pojosのクラス
Wraps a double annotation.
DoubleAnnotationData(double) - クラス のコンストラクタpojos.DoubleAnnotationData
Creates a new instance.
DoubleAnnotationData() - クラス のコンストラクタpojos.DoubleAnnotationData
Creates a new instance.
DoubleAnnotationData(DoubleAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.DoubleAnnotationData
Creates a new instance.
down(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
Called when any node goes down.
download(long, File) - クラス のメソッドomero.client
 
download(long, File, int) - クラス のメソッドomero.client
 

E

EDITOR_EXPERIMENT_NS - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
The name space used to indicate that the FileAnnotation is an experiment.
EDITOR_PROTOCOL_NS - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
The name space used to indicate that the FileAnnotation is a protocol.
editScript_async(AMD_IScript_editScript, OriginalFile, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
 
ellipse(double, double, double, double) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
 
ellipse(double, double, double, double, int, int) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
 
EllipseData - pojosのクラス
Represents an ellipse in the Euclidean space R2.
EllipseData(Shape) - クラス のコンストラクタpojos.EllipseData
Creates a new instance of Ellipse data from an existing shape.
EllipseData() - クラス のコンストラクタpojos.EllipseData
Creates a new instance of EllipseData.
EllipseData(double, double, double, double) - クラス のコンストラクタpojos.EllipseData
Creates a new instance of the EllipseData.
email - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
EMAIL - クラス のstatic変数pojos.ExperimenterData
Identifies the Experimenter#EMAIL field.
empty() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.StrValue
 
empty() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.Value
 
emptyPath - クラス のstatic変数ome.services.blitz.repo.path.FsFile
the FsFile that has no path components
enableKeepAlive(int) - クラス のメソッドomero.client
Resets the "omero.keep_alive" property on the current Communicator which is used on initialization to determine the time-period between checks.
encryptedConnection - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
endTime(RTime) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the value of the end time parameter.
endTransaction(boolean) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
Entry - ome.services.blitzのクラス
OMERO.blitz startup code.
Entry(String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.Entry
Stores name of the OmeroContext which is to be used by this instance.
EnumerationException - ome.formats.enumsの例外
 
EnumerationException(String, Class<? extends IObject>, String) - 例外 のコンストラクタome.formats.enums.EnumerationException
 
EnumerationHandler - ome.formats.enums.handlerのインタフェース
An enumeration handler whose purpose is to provide extra logic, such as regular expression matching, for the lookup of enumerations for a specific type.
EnumerationProvider - ome.formats.enumsのインタフェース
An enumeration provider, whose job is to make OMERO enumerations available to a consumer based on a set of criteria.
EnumHandlerFactory - ome.formats.enums.handlerのクラス
Factory for all available enumeration handlers.
EnumHandlerFactory() - クラス のコンストラクタome.formats.enums.handler.EnumHandlerFactory
 
env() - クラス のメソッドomero.client
Helper method to access session environment
equals(Object) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.FsFile
Instances are equal if their string representations match.
equals(Object) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor.GraphModifyTarget
 
equals(Object) - クラス のメソッドpojos.ROICoordinate
Overridden to control if the passed object equals the current one.
error(String, Object...) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
error(Throwable, String, Object...) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
ErrorContainer - ome.formats.importer.utilのクラス
Container for errors
ErrorContainer() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
errorCount() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
ErrorFilePart - ome.formats.importer.utilのクラス
 
ErrorFilePart(String, File) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ErrorFilePart
Calls parent 'FilePart' class
ErrorHandler - ome.formats.importer.cliのクラス
IObserver based on the gui ErrorHandler code which collects all exceptions during ImportLibrary.importCandidates(ome.formats.importer.ImportConfig, ome.formats.importer.ImportCandidates) and after the import is finished offers to submit them via the feedback system.
ErrorHandler(ImportConfig) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.cli.ErrorHandler
 
ErrorHandler - ome.formats.importer.utilのクラス
Top of the error handling hierarchy.
ErrorHandler(ImportConfig) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ErrorHandler
Initialize
ErrorHandler.EXCEPTION_EVENT - ome.formats.importer.utilのクラス
 
ErrorHandler.EXCEPTION_EVENT(Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ErrorHandler.EXCEPTION_EVENT
 
ErrorHandler.FILE_EXCEPTION - ome.formats.importer.utilのクラス
ErrorHandler.FILE_EXCEPTIONs are thrown any time in the context of a particular file and otherwise unspecified exception takes place.
ErrorHandler.FILE_EXCEPTION(String, Exception, String[], String) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ErrorHandler.FILE_EXCEPTION
 
ErrorHandler.INTERNAL_EXCEPTION - ome.formats.importer.utilのクラス
 
ErrorHandler.INTERNAL_EXCEPTION(String, Exception, String[], String) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ErrorHandler.INTERNAL_EXCEPTION
 
ErrorHandler.MISSING_LIBRARY - ome.formats.importer.utilのクラス
A ErrorHandler.FILE_EXCEPTION caused specifically by some library (native or otherwise) not being installed locally.
ErrorHandler.MISSING_LIBRARY(String, MissingLibraryException, String[], String) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ErrorHandler.MISSING_LIBRARY
 
ErrorHandler.UNKNOWN_FORMAT - ome.formats.importer.utilのクラス
Unlike ErrorHandler.FILE_EXCEPTION, UNKNOWN_FORMAT does not have a reader since bio-formats is telling us that it does not know how to handle the given file.
ErrorHandler.UNKNOWN_FORMAT(String, Exception, Object) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ErrorHandler.UNKNOWN_FORMAT
 
ErrorHandler.UNREADABLE_FILE - ome.formats.importer.utilのクラス
Similar to ErrorHandler.UNKNOWN_FORMAT UNREADABLE_FILE specifies that the file which is being accessed is unreadable (does not exist or canRead is false), so if the user is specifically saying that the file should be imported, there may be some underlying issue.
ErrorHandler.UNREADABLE_FILE(String, Exception, Object) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ErrorHandler.UNREADABLE_FILE
 
errors - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
errors(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
 
ex - クラス の変数ome.services.roi.GeomTool
 
exception - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_EVENT
 
exception - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.EXCEPTION_EVENT
 
exception - クラス の変数ome.services.throttling.Task
 
exception(Throwable, OmeroContext) - クラス のメソッドome.services.throttling.Task
 
exec(File, File) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractExecFileTransfer
Executes a local command and fails on non-0 return codes.
execute(String[]) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
Method called during ImportCandidates.ImportCandidates(OMEROWrapper, String[], IObserver) to operate on all the given paths.
execute(RMap, Current) - クラス のメソッドomero.grid.InteractiveProcessorI
 
executePost(String, List<Part>) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Execute a post with the given post list.
executePost() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.HtmlMessenger
Execute a post action and retrieve server reply This method executes the post created when this class is instantiated
executor - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
executor - クラス の変数ome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
 
executor - クラス の変数ome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
executor - クラス の変数omero.cmd.SessionI
Executor to be used by servant implementations which do not delegate to the server package where all instances are wrapped with AOP for dealing with Hibernate.
executorWorkCall(Executor.Work) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
exists(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawFileStoreServiceImpl
 
exists(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawFileStoreService
Does the file exist in the RawFileStore?
exists() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Check if this file actually exists on the underlying filesystem.
exists_async(AMD_RawFileStore_exists, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
exp(RLong) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the value of the experimenter parameter.
expandTemplateRootOwnedPath(EventContext, ServiceFactory) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Expand the root-owned segment of the template path.
EXPERIMENTER_PHOTO_NS - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
The name space used to identify the experimenter photo.
ExperimenterData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Experimenter along with information about the Group the Experimenter belongs in.
ExperimenterData() - クラス のコンストラクタpojos.ExperimenterData
Creates a new instance.
ExperimenterData(Experimenter) - クラス のコンストラクタpojos.ExperimenterData
Creates a new instance.
ExpiredServantMessage - ome.services.blitz.utilのクラス
ApplicationEvent which gets raised on CacheEventListener.notifyElementExpired(net.sf.ehcache.Ehcache, net.sf.ehcache.Element)
ExpiredServantMessage(Object, String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.ExpiredServantMessage
 
expires(Current) - クラス のメソッドomero.grid.InteractiveProcessorI
 
ExporterI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the Exporter service.
ExporterI(BlitzExecutor, DatabaseIdentity, PixelsService) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ExporterI
 

F

factory - クラス の変数ome.services.blitz.impl.RoiI
 
factory - クラス の変数ome.services.blitz.impl.ScriptI
 
factory - クラス の変数ome.services.blitz.impl.TimelineI
 
factory - クラス の変数ome.services.roi.GeomTool
 
Factory - クラス のstatic変数omero.model.DetailsI
 
Factory - クラス のstatic変数omero.model.PermissionsI
 
fail(ERR, Throwable, String, String...) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Calls #fail(ERR, String, Map) with the output of Helper.params(String...).
fail(ERR, Throwable, String, Map<String, String>) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Sets the status.flags and the ERR properties appropriately and also stores the message and stacktrace of the throwable in the parameters.
failingChecksums - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILESET_UPLOAD_END
 
failLocationCheck(File, String) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractExecFileTransfer
 
fetchAlso_async(AMD_Search_fetchAlso, List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
fetchAnnotations_async(AMD_Search_fetchAnnotations, List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
fetchCollection(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
fetchEntity(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
FILAMENT - クラス のstatic変数pojos.LightSourceData
Indicates that the light source is a filament.
file - クラス の変数ome.formats.importer.ImportCandidates.SCANNING
 
file(String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
FILE_TRANSFER_NS - クラス のstatic変数pojos.AnnotationData
The name space used to identify the file transfer type.
FileAnnotationData - pojosのクラス
Annotation to upload files to the server.
FileAnnotationData(File) - クラス のコンストラクタpojos.FileAnnotationData
Creates a new instance.
FileAnnotationData(FileAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.FileAnnotationData
Creates a new instance.
fileById(long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
fileContext(long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
Create a String-String map which can be used as the context for a call to Executor.execute based on the group of the file object.
FileData - pojosのクラス
DataObject used to handle the file visible via FS.
FileData(OriginalFile) - クラス のコンストラクタpojos.FileData
Creates a new instance.
FileData(OriginalFile, boolean) - クラス のコンストラクタpojos.FileData
Creates a new instance.
FileData(OriginalFile, boolean, boolean) - クラス のコンストラクタpojos.FileData
Creates a new instance.
fileExists(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
fileIndex - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_EVENT
 
FileMaker - ome.services.blitz.repoのクラス
Utility class for creating and cleaning up a repository lock file.
FileMaker(String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.FileMaker
 
filename - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_EVENT
 
filename - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
fileName - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
filename - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.FILE_EXCEPTION
 
filename - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.INTERNAL_EXCEPTION
 
filename - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.UNKNOWN_FORMAT
 
filename - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.UNREADABLE_FILE
 
FilePathNamingValidator - ome.services.blitz.repo.pathのクラス
 
FilePathNamingValidator(FilePathRestrictions...) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.FilePathNamingValidator
 
FilePathRestrictionInstance - ome.services.blitz.repo.pathの列挙型
 
FilePathRestrictions - ome.services.blitz.repo.pathのクラス
Capture a set of rules by which local files may not be named on the file-system.
FilePathRestrictions(SetMultimap<Integer, Integer>, Set<String>, Set<String>, Set<String>, Set<Character>) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictions
Construct a set of rules by which local files may not be named on the file-system.
filePathRestrictions - クラス の変数ome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
fileset - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_DONE
 
FilesetData - pojosのクラス
Wraps a file set object.
FilesetData(Fileset) - クラス のコンストラクタpojos.FilesetData
Creates a new instance.
filesService - クラス の変数ome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
filesToString(File...) - クラス のstaticメソッドomero.client
 
fileTotal - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_EVENT
 
FileTransfer - ome.formats.importer.transfersのインタフェース
Abstracted concept of "getting the file to the server".
FileUploadCounter - ome.formats.importer.utilのクラス
 
FileUploadCounter(RequestEntity, FileUploadCounter.ProgressListener) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.FileUploadCounter
Initialize class
FileUploadCounter.OutputStreamCounter - ome.formats.importer.utilのクラス
 
FileUploadCounter.OutputStreamCounter(OutputStream, FileUploadCounter.ProgressListener) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.FileUploadCounter.OutputStreamCounter
counter in bytes
FileUploadCounter.ProgressListener - ome.formats.importer.utilのインタフェース
 
FileUploader - ome.formats.importer.utilのクラス
 
FileUploader(HttpClient) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.FileUploader
Initialize upload with httpClient
fileUploadErrors - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
fillData(ImportSettings, Fileset, ClientFilePathTransformer) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
fillData(ImportSettings, Fileset, ClientFilePathTransformer, FileTransfer) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
fillData(ImportConfig, ImportSettings, Fileset, ClientFilePathTransformer) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
fillData(ImportConfig, ImportSettings, Fileset, ClientFilePathTransformer, FileTransfer) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
fillObject(ReverseModelMapper) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
fillObject(ReverseModelMapper) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
fillServerError(ServerError, Throwable) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
fillVersionInfo(FilesetVersionInfo) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
filter(String, Filterable) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
FILTERABLE - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
FILTERABLE_ARRAY - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
FILTERABLE_COLLECTION - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
FILTERABLE_PRIMITIVE_MAP - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
filterByType(Collection<Preprocessor.GraphModifyTarget>, Preprocessor.TargetType) - クラス のstaticメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor.GraphModifyTarget
Return only the targets of the given type.
FilterData - pojosのクラス
Object hosting a filter.
FilterData(Filter) - クラス のコンストラクタpojos.FilterData
Creates a new instance.
FilterSetData - pojosのクラス
Object hosting a filterSet.
FilterSetData(FilterSet) - クラス のコンストラクタpojos.FilterSetData
Creates a new instance.
finalizePixelStore() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Closes the active raw pixels store.
find_async(AMD_IQuery_find, String, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
findAll_async(AMD_IQuery_findAll, String, Filter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
findAllByExample_async(AMD_IQuery_findAllByExample, IObject, Filter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
findAllByFullText_async(AMD_IQuery_findAllByFullText, String, String, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
findAllByQuery(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
findAllByQuery(String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Run the query against the iQuery interface.
findAllByQuery(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
findAllByQuery_async(AMD_IQuery_findAllByQuery, String, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
findAllByString_async(AMD_IQuery_findAllByString, String, String, String, boolean, Filter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
findByExample_async(AMD_IQuery_findByExample, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
findByImage_async(AMD_IRoi_findByImage, long, RoiOptions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
findByPlane_async(AMD_IRoi_findByPlane, long, int, int, RoiOptions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
findByQuery(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
findByQuery(String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Run the query against the iQuery interface.
findByQuery(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
findByQuery_async(AMD_IQuery_findByQuery, String, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
findByRoi_async(AMD_IRoi_findByRoi, long, RoiOptions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
findByString_async(AMD_IQuery_findByString, String, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
findCollection(Collection) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
Overrides the findCollection logic of ModelMapper, since all Collections should be Lists in Ice.
findCollectionTarget(Object) - クラス のメソッドomero.util.RTypeMapper
 
findContainerHierarchies_async(AMD_IContainer_findContainerHierarchies, String, List<Long>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
findDN_async(AMD_ILdap_findDN, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
findEnumeration(HashMap<String, IObject>, String) - インタフェース のメソッドome.formats.enums.handler.EnumerationHandler
Attempt to find an enumeration from an existing set of enumeration values.
findExperimenter_async(AMD_ILdap_findExperimenter, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
findInDb(CheckedPath, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Find the given path in the DB or create.
findKeyTarget(Object) - クラス のメソッドomero.util.RTypeMapper
 
findOrCreateInDb(CheckedPath, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
findOrCreateInDb(CheckedPath, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
findProxy(Redirector.Context, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
 
findRepoDeleteLogs(SqlAction.DeleteLog, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Call SqlAction.findRepoDeleteLogs(DeleteLog) with the current context.
findRepoDeleteLogs(SqlAction.DeleteLog, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
findRepoFile(String, CheckedPath, String, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Delegate to SqlAction.findRepoFile(String, String, String, String) for looking up the id of the file, and then load it normally via IQuery.
findRepoFile(ServiceFactory, SqlAction, String, CheckedPath, String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
As RepositoryDao.findRepoFile(String, CheckedPath, String, Current) but can be called from within a transaction.
findRepoFile(String, CheckedPath, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
findRepoFile(ServiceFactory, SqlAction, String, CheckedPath, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
FindServiceFactoryMessage - ome.services.blitz.utilのクラス
InternalMessage raised when a servant needs to find the ServiceFactoryI instance that the current user is working with.
FindServiceFactoryMessage(Object, Current) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.FindServiceFactoryMessage
 
finish(TransferState, long) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer
Save the current state to disk and finish all timing and logging.
finish() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.commands.SaveI
 
finish() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
finish() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.basic.DoAllI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.basic.ListRequestsI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.basic.TimingI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.fs.ManageImageBinariesI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChgrpI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChmodI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChownI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.DeleteI
 
finish() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.GraphSpecListI
 
finish() - インタフェース のメソッドomero.cmd.IRequest
Method within the transaction boudnaries after all processing has occurred.
finishCancelled() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Action to take when finish cancelled
finishComplete() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Action to take when finish completed
finished(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
 
finished(Response, Status, Current) - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Called when the command has completed.
finished(int) - クラス のメソッドomero.grid.DeleteCallbackI
Client method to be overwritten when block is returning a non-null.
finishWithErroredFiles() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Action to take when finish completed but with some errors (For example, missing files)
firstIdOrNull(String) - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
Use IQuery.projection(String, Parameters) to load the first long which matches the given query.
FIRSTNAME - クラス のstatic変数pojos.ExperimenterData
Identifies the Experimenter#FIRSTNAME field.
firstPlane() - クラス のメソッドpojos.ROIData
Return the first plane that the ROI starts on.
FLIM_NS - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the FLIM namespace.
FLOAT_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
flush() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
flushPreferences() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
Flush preferences to disk
FONT_BOLD - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
Set if font bold.
FONT_BOLD_ITALIC - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
Set if font bold.
FONT_ITALIC - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
Set if font italic.
FONT_REGULAR - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
Set if font bold.
forEachTile(int, int, TileLoopIteration) - クラス のメソッドomero.util.RPSTileLoop
Iterates over every tile in a given pixel based on the over arching dimensions and a requested maximum tile width and height.
forEachTile(int, int, int, int, int, int, int, TileLoopIteration) - クラス のメソッドomero.util.TileLoop
Iterates over every tile in a given pixel based on the over arching dimensions and a requested maximum tile width and height.
from - クラス の変数ome.services.blitz.util.ConvertToBlitzExceptionMessage
 
fromClass(Class) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.measurements.Helper
Factory method to generate Helper instances from the Class of a given column.
fromLsid(String) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.measurements.Helper
Factory method to generate Helper instances from the LSID of a given column.
fromObjectContainerStore(IObjectContainerStore, int, int) - クラス のstaticメソッドome.formats.model.ChannelData
Retrieves channel data from an object container store.
fromPoints(String) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Parses out the type from the points string.
fromRType(RType) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
Uses the omero.rtypes hierarchy to properly convert any RType to its internal representation.
fromString(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.AnnotationListValue
 
fromString(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.BoolValue
 
fromString(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.DoubleArrayValue
 
fromString(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.FileValue
 
fromString(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.IntValue
 
fromString(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.LongValue
 
fromString(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.StrValue
 
fromString(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.Value
 
fsFile - クラス の変数ome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
FsFile - ome.services.blitz.repo.pathのクラス
An analog of File representing an FS repository file-path.
FsFile(Collection<String>) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.FsFile
Construct an instance.
FsFile(String...) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.FsFile
Construct an instance.
FsFile(FsFile, int) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.FsFile
Construct an instance by trimming parent directories from an existing instance such that the depth does not exceed the given maximum.
FsFile(File) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.FsFile
Construct an instance.
FsFile(String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.FsFile
Construct an instance.
fullImport(File, String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROImportFixture
Provides one complete import cycle.

G

GatewayFactory - ome.services.blitz.gateway.servicesのクラス
 
GatewayFactory(ServiceFactoryPrx) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Create services from the serviceFactory.
GatewayService - ome.services.blitz.gateway.servicesのインタフェース
 
generateRepoUuid() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
Called when this repository is creating a new OriginalFile repository object.
generateRepoUuid() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ScriptRepositoryI
 
generateThumbnails(ThumbnailGenerationJob) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
generateTiff_async(AMD_Exporter_generateTiff, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ExporterI
 
generateXml(MetadataRetrieve) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ExporterI
 
generateXml_async(AMD_Exporter_generateXml, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ExporterI
Generate XML and return the length
geomTool - クラス の変数ome.services.blitz.impl.RoiI
 
GeomTool - ome.services.roiのクラス
Strategy for handling the conversion between shapes and database-specific geometries.
GeomTool(PixelData, SqlAction, SessionFactory) - クラス のコンストラクタome.services.roi.GeomTool
 
GeomTool(PixelData, SqlAction, SessionFactory, Executor, String) - クラス のコンストラクタome.services.roi.GeomTool
 
get() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.FileValue
 
get() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.Value
Returns the generic type contained by this holder.
get() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.ResultHolder
 
get(PixelBuffer, int, int, int, int, int) - クラス のメソッドome.services.roi.PixelData
 
get(Identity) - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
get_async(AMD_IQuery_get, String, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
getAbsolutePath() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
get path for file
getAbsolutePath() - クラス のメソッドpojos.FileData
Returns the absolute path.
getAbsolutePaths() - クラス のメソッドpojos.FilesetData
Returns the collections of absolute paths.
getAcquisitionData() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
getAcquisitionDate() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the acquisition date.
getActiveConnections_async(AMD_IShare_getActiveConnections, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getAdapter() - クラス のメソッドomero.client
 
getAdapter() - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
 
getAdminService() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Return the admin service.
getAdminService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getAdminSession() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
Create a new AdminSessionPrx with the RegistryPrx.
getAdminSession() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
getAgent(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
getAirPressure() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the air pressure in bar
getAllChecksumAlgorithms() - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.util.ChecksumAlgorithmMapper
 
getAllEnumerations_async(AMD_IPixels_getAllEnumerations, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
getAllGuests_async(AMD_IShare_getAllGuests, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getAllMembers_async(AMD_IShare_getAllMembers, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getAllPixels() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns all the sets of pixels related to this image.
getAllUsers_async(AMD_IShare_getAllUsers, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getAlpha() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the alpha component of the color associated to the well, or -1.
getAmplificationGain() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the amplification gain of the detector.
getAnnotations() - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Returns the annotations related to this dataset.
getAnnotations() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the annotations
getAnnotationsCounts() - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Returns the number of annotations linked to the object, key: id of the user, value: number of annotation.
getAnnotationsCounts() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the number of annotations linked to the object, key: id of the user, value: number of annotation.
getAnnotationsCounts() - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Returns the number of annotations linked to the object, key: id of the user, value: number of annotation.
getAnnotationsCounts() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the number of annotations linked to the object, key: id of the user, value: number of annotation.
getAnnotationsCounts() - クラス のメソッドpojos.ProjectData
Returns the number of annotations linked to the object, key: id of the user, value: number of annotation.
getAnnotationsCounts() - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Returns the number of annotations linked to the object, key: id of the user, value: number of annotation.
getAnnotationsCounts() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the number of annotations linked to the object, key: id of the user, value: number of annotation.
getAnnotationTypes_async(AMD_ITypes_getAnnotationTypes, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
getAppTitle() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getAppTitle() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getAppVersion() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getAttachedFile() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the file to upload to the server.
getAuthoritativeContainerCache() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the current authoritative LSID container cache.
getAuthoritativeContainerCache() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getAvailableFamilies_async(AMD_RenderingEngine_getAvailableFamilies, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getAvailableModels_async(AMD_RenderingEngine_getAvailableModels, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getBatchSize_async(AMD_Search_getBatchSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
getBioFormatsVersion() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getBit(byte[], int) - クラス のメソッドpojos.MaskData
Sets the bit value in a byte array at position bit to be the value value.
getBitDepth_async(AMD_IPixels_getBitDepth, PixelsType, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
getBlitzAdapter() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
getBlitzManager() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
getBlitzVerifier() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
getBlue() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the blue component of the color associated to the well, or -1.
getBooleanAnnotationCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getBooleanAnnotationDescription(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getBooleanAnnotationID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getBooleanAnnotationNamespace(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getBooleanAnnotationValue(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getBuffer() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
(Not thread safe) Get a moderately large buffer for use in reading/writing data.
getBuffer(long) - クラス のメソッドome.services.roi.PixelData
 
getBugTrackerURL() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getByName(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getByPeriod_async(AMD_ITimeline_getByPeriod, List<String>, RTime, RTime, Parameters, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TimelineI
 
getByteWidth(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
getByteWidth(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
Get the bytewidth of the image
getByteWidth_async(AMD_RawPixelsStore_getByteWidth, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getByteWidth_async(AMD_RawPixelsStore_getByteWidth, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getC() - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Returns the channel.
getCalibratedMagnification() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the objective's calibrated magnification factor.
getCallContext() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.commands.SaveI
 
getCallContext() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
getCallContext() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.basic.DoAllI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.basic.ListRequestsI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.basic.TimingI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.fs.ManageImageBinariesI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChgrpI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChmodI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChownI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.DeleteI
 
getCallContext() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.GraphSpecListI
 
getCallContext() - インタフェース のメソッドomero.cmd.IRequest
Returns the desired call context for this request.
getCallContext() - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getCategory() - クラス のメソッドomero.client
Returns the category which should be used for all callbacks passed to the server.
getChannel() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the channel this channel data is for.
getChannel(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getChannelAcquisitionMode(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelColor(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelContrastMethod(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelCount(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelCurveCoefficient_async(AMD_RenderingEngine_getChannelCurveCoefficient, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getChannelEmissionWavelength(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelExcitationWavelength(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelFamily_async(AMD_RenderingEngine_getChannelFamily, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getChannelFluor(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelID(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelIlluminationType(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelIndex() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the index of the channel this channel data is for.
getChannelLabeling() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the label of the channel.
getChannelName(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelNDFilter(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelNoiseReduction_async(AMD_RenderingEngine_getChannelNoiseReduction, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getChannelPinholeSize(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelPockelCellSetting(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelSamplesPerPixel(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getChannelStats_async(AMD_RenderingEngine_getChannelStats, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getChannelWindowEnd(Long, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
getChannelWindowEnd(Long, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Get the channel max.
getChannelWindowEnd_async(AMD_RenderingEngine_getChannelWindowEnd, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getChannelWindowStart(Long, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
getChannelWindowStart(Long, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Get the channel min.
getChannelWindowStart_async(AMD_RenderingEngine_getChannelWindowStart, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getChecksum() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Get the digest string for the local file.
getChecksumAlgorithm() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
getChecksumAlgorithm(String) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.util.ChecksumAlgorithmMapper
 
getChecksumProvider() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Get the ChecksumProvider passed to the constructor.
getChecksumType(ChecksumAlgorithm) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.util.ChecksumAlgorithmMapper
 
getChecksumType(ChecksumAlgorithm) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.util.ChecksumAlgorithmMapper
 
getClient() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ClientKeepAlive
 
getClient() - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getClientIds() - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
getCloseStatementCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getCo2Percent() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the Co2 level, this is a percent value in the interval [0, 1].
getCol_async(AMD_RawPixelsStore_getCol, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getCol_async(AMD_RawPixelsStore_getCol, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getCollectionCount_async(AMD_IContainer_getCollectionCount, String, String, List<Long>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
getCollectionFetchCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getCollectionLoadCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getCollectionRecreateCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getCollectionRemoveCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getCollectionRoleNames() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
Get the names of all collection roles
getCollectionStatistics(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
Get collection statistics per role
getCollectionUpdateCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getColor(ChannelData) - クラス のstaticメソッドome.formats.model.ColorsFactory
Determines the color usually associated to the specified wavelength or explicitly defined for a particular channel.
getColumn() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the column used to indicate the location of the well on the grid.
getColumnSequenceIndex() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the index indicating how to label a column.
getComment() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getCommentAnnotationCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getCommentAnnotationDescription(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getCommentAnnotationID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getCommentAnnotationNamespace(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getCommentAnnotationValue(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getCommentCount_async(AMD_IShare_getCommentCount, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getComments_async(AMD_IShare_getComments, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getCommentType() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getCommunicator() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
 
getCommunicator() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.redirect.Redirector.Context
Active communicator for use by the Redirector instance.
getCommunicator() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
getCommunicator() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.InternalRepositoryConfig
 
getCommunicator() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
getCommunicator() - クラス のメソッドomero.client
Returns the Communicator for this instance or throws an exception if null.
getComponents() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.FsFile
Get the path components of this instance.
getComponents() - クラス のメソッドpojos.MultiImageData
Returns the collection of images composing the file.
getCompressionLevel_async(AMD_RenderingEngine_getCompressionLevel, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getConfig() - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
 
getConfigService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getConfigValue(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Retrieves a configuration value from the IConfig service.
getConfigValue_async(AMD_IConfig_getConfigValue, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ConfigI
 
getConnectCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getContainerCache() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the current container cache.
getContainerCache() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getContainers() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
 
getContainers() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ImportableFiles
 
getContainerService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getContent() - クラス のメソッドpojos.AnnotationData
Returns the content of the annotation.
getContent() - クラス のメソッドpojos.BooleanAnnotationData
Returns the textual content of the annotation.
getContent() - クラス のメソッドpojos.DoubleAnnotationData
Returns the value.
getContent() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the original file.
getContent() - クラス のメソッドpojos.LongAnnotationData
Returns the rating value.
getContent() - クラス のメソッドpojos.RatingAnnotationData
Returns the rating value.
getContent() - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Returns the textual content of the annotation.
getContent() - クラス のメソッドpojos.TermAnnotationData
Returns the textual content of the annotation.
getContent() - クラス のメソッドpojos.TextualAnnotationData
Returns the textual content of the annotation.
getContent() - クラス のメソッドpojos.TimeAnnotationData
Returns the timestamp of the annotation.
getContent() - クラス のメソッドpojos.XMLAnnotationData
Returns the content of the annotation.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.AnnotationData
Returns the content of the annotation as a String, which is parsed on a Class-by-Class basis.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.BooleanAnnotationData
Returns the textual content of the annotation.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.DoubleAnnotationData
Returns the value as a string.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the absolute path to the file
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.LongAnnotationData
Returns the value as a string.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.RatingAnnotationData
Returns the rating value as a string.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Returns the textual content of the annotation.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.TermAnnotationData
Returns the textual content of the annotation.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.TextualAnnotationData
Returns the textual content of the annotation.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.TimeAnnotationData
Returns the time as a string.
getContentAsString() - クラス のメソッドpojos.XMLAnnotationData
Returns the textual content of the annotation.
getContentLength() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploadCounter
 
getContentMap_async(AMD_IShare_getContentMap, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getContents_async(AMD_IShare_getContents, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getContentSize_async(AMD_IShare_getContentSize, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getContentSubList_async(AMD_IShare_getContentSubList, long, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getContentType() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploadCounter
 
getContrastMethod() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the contrast method.
getContrastMethod() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the contrast method.
getContrastMethodAsEnum() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the contrast method enumeration value.
getCorrection() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the correction value of the objective.
getCorrectionCollar() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the correction collar of the objective.
getCreated() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the creation time of the object.
getCreationEvent(Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getCurrent() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.FindServiceFactoryMessage
 
getCurrent() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.UnregisterServantMessage
 
getCurrentEventContext_async(AMD_StatefulServiceInterface_getCurrentEventContext, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
getCurrentEventContext_async(AMD_StatefulServiceInterface_getCurrentEventContext, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getCustomAnnotationList() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
The list of custom, user specified, annotations to link to all images represented by this container.
getCustomImageNaming() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getCustomImageNaming() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getCutIn() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the cut in value or null.
getCutInTolerance() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the cut in tolerance value or null.
getCutOut() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the cut out value or null.
getCutOutTolerance() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the cut out tolerance value or null.
getDatabaseTime_async(AMD_IConfig_getDatabaseTime, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ConfigI
 
getDatabaseUuid_async(AMD_IConfig_getDatabaseUuid, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ConfigI
 
getDataObjects() - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Returns the collection of data objects related to this tag.
getDataService() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
 
getDataset(long, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getDatasets(Project) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getDatasets(List<Long>, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getDatasets(List<Long>, boolean) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Get the Datasets with id's passed as list in ids.
getDatasets(List<Long>, boolean) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
getDatasets() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the datasets containing this image.
getDatasets() - クラス のメソッドpojos.ProjectData
Returns the datasets contained in this project.
getDatasetsWithoutProjects() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getDataValue() - クラス のメソッドpojos.DoubleAnnotationData
Returns the value.
getDataValue() - クラス のメソッドpojos.LongAnnotationData
Returns the value.
getDebugLevel() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getDebugLevel() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
Returns the level of debugging which should be set on ImportConfig Any value lower than null will not call configureDebug.
getDefaultBatchSize() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getDefaultBlockSize() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getDefaultBlockSize() - クラス のメソッドomero.client
Returns the user configured setting for "omero.block_size" or DEFAULTBLOCKSIZE if none is set.
getDefaultGroup() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Returns the default Group for this Experimenter
getDefaultGroup_async(AMD_IAdmin_getDefaultGroup, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
getDefaultGroupLevel() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Retrieve the default group's permission 'level'.
getDefaultGroupName() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Retrieve the default group's name
getDefaultPixels() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the default set of pixels.
getDefaultSample() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the currently selected field or 0.
getDefaultT(Long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
getDefaultT(Long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Get the default T point of the image
getDefaultT_async(AMD_RenderingEngine_getDefaultT, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getDefaultZ(Long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
getDefaultZ(Long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Get the default Z section of the image
getDefaultZ_async(AMD_RenderingEngine_getDefaultZ, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getDeleteReport() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.DeleteI
 
getDeleteService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getDeletion() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.DeleteI
 
getDescription(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
getDescription(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
getDescription() - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Returns the description of the dataset.
getDescription() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the description of the annotation.
getDescription() - クラス のメソッドpojos.FileData
Returns the description of the file.
getDescription() - クラス のメソッドpojos.GroupData
Returns the description of the group.
getDescription() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the description of the image.
getDescription() - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Returns the description of the plate acquisition.
getDescription() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the description of the plate.
getDescription() - クラス のメソッドpojos.ProjectData
Returns the description of the project.
getDescription() - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Returns the description of the screen.
getDescription() - クラス のメソッドpojos.XMLAnnotationData
Returns the description of the annotation.
getDetails() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the details of the object.
getDetector(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getDetector() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the detector used for that channel.
getDetectorBinningAsEnum() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the binning enumeration value.
getDetectors() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the collection of detectors.
getDetectorSettingsBinning() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the Binning factor.
getDetectorSettingsGain() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the gain set on the detector.
getDetectorSettingsOffset() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the offset set on the detector.
getDetectorSettingsReadOutRate() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the Read out rate set on the detector.
getDetectorSettingsVoltage() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the voltage set on the detector.
getDichroic() - クラス のメソッドpojos.FilterSetData
Returns the dichroic if any.
getDichroic() - クラス のメソッドpojos.LightPathData
Returns the dichroic if any.
getDichroics() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the collection of dichroics.
getDir() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.FileMaker
 
getDirectProxy() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
Returns the proxy information for the local SessionManager.
getDirectProxy() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.redirect.Redirector.Context
String representation of the proxy to the local node which may be contacted to create new sessions.
getDirectProxy() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
Return a direct proxy to the session manager in this object adapter.
getDirname() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Assuming this is a directory, return relative path plus name with a final slash.
getDoThumbnails() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Retrieves whether or not we are performing thumbnail creation upon import completion.
getDoubleAnnotationCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getDoubleAnnotationDescription(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getDoubleAnnotationID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getDoubleAnnotationNamespace(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getDoubleAnnotationValue(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getEmail() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getEmail() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Returns the e-mail of the experimenter.
getEmissionFilters() - クラス のメソッドpojos.FilterSetData
Returns the collections of emission filters if any.
getEmissionFilters() - クラス のメソッドpojos.LightPathData
Returns the collections of emission filters if any.
getEmissionWavelength() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the emission wavelength of the channel.
getEndTime() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns the value of the end time parameter.
getEndTime() - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Returns the time when the last image was collected.
getEntityDeleteCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getEntityFetchCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getEntityInsertCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getEntityLoadCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getEntityNames() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
Get the names of all entities
getEntityStatistics(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
find entity statistics per name
getEntityUpdateCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getEnumeration(Class<T>, String, boolean) - インタフェース のメソッドome.formats.enums.EnumerationProvider
Retrieves an enumeration.
getEnumeration(Class<T>, String, boolean) - クラス のメソッドome.formats.enums.IQueryEnumProvider
 
getEnumeration_async(AMD_IPixels_getEnumeration, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
getEnumeration_async(AMD_ITypes_getEnumeration, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
getEnumerationProvider() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Retrieves the active enumeration provider.
getEnumerations(Class<T>) - インタフェース のメソッドome.formats.enums.EnumerationProvider
Retrieves all enumerations of a specific type.
getEnumerations(Class<T>) - クラス のメソッドome.formats.enums.IQueryEnumProvider
 
getEnumerationsWithEntries_async(AMD_ITypes_getEnumerationsWithEntries, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
getEnumerationTypes_async(AMD_ITypes_getEnumerationTypes, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
getError() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getEvent(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
getEventContext() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
Doesn't take current into account
getEventContext(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
Takes current into account
getEventContext(Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Look up information for the current session as specified in the ctx field of the current.
getEventContext(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
getEventContext() - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Provides an EventContext instance without reloading the session, via LocalAdmin.getEventContextQuiet().
getEventContext() - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getEventContext_async(AMD_IAdmin_getEventContext, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
getEventLogsByPeriod_async(AMD_ITimeline_getEventLogsByPeriod, RTime, RTime, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TimelineI
 
getEvents_async(AMD_IShare_getEvents, long, Experimenter, RTime, RTime, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getExcitationFilters() - クラス のメソッドpojos.FilterSetData
Returns the collections of excitation filters if any.
getExcitationFilters() - クラス のメソッドpojos.LightPathData
Returns the collections of excitation filters if any.
getExcitationWavelength() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the excitation wavelength of the channel.
getExecutor() - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
 
getExperimenter() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns the value of the experimenter parameter.
getExperimenter_async(AMD_IAdmin_getExperimenter, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
getExperimenterID() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getExperimenters() - クラス のメソッドpojos.GroupData
Returns the experimenters contained in this group.
getExternalDescription() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the external description of the well.
getExternalIdentifier() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the external identifier of the plate.
getExternalInfo(Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getExtra() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getFactory(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
getFailedFiles() - 例外 のメソッドome.formats.importer.transfers.CleanupFailure
 
getFailureClass() - 例外 のメソッドome.formats.enums.EnumerationException
 
getFailureClass() - 例外 のメソッドome.formats.model.ModelException
Returns the class that was used during a failed instantiation.
getFeedbackUrl() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getFilament(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getFile() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
getFile() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Return the target file passed to the constructor.
getFile(long, Current, String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Get an FsFile object based on its ID.
getFile(long, Current, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
getFile(ServiceFactory) - クラス のメソッドome.services.scripts.ScriptFinder
 
getFileBuffer(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Get a FileBuffer corresponding to this instance.
getFileFormat() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
get the file format for import
getFileFormat() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the format of the uploaded file.
getFileID() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the id of the file.
getFileId_async(AMD_RawFileStore_getFileId, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
getFileKind() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns a user readable description of the file.
getFileName() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the name of the file.
getFilePath(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
getFilePath(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.InternalRepositoryI
 
getFilePath(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.LegacyRepositoryI
 
getFilePath(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ScriptRepositoryI
 
getFilePath(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.TemporaryRepositoryI
 
getFilePath() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the absolute path to the file.
getFilePathRestrictions(String...) - 列挙型 のstaticメソッドome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictionInstance
Get a set of rules by which local files may not be named on the file-system, formed by combining the rules of the given names with rules against control characters.
getFilePathRestrictions(FilePathRestrictionInstance...) - 列挙型 のstaticメソッドome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictionInstance
Get a set of rules by which local files may not be named on the file-system, formed by combining the given rules identifiers with rules against control characters.
getFileRepo(OriginalFile) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
getFiles() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getFileset() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
getFileset() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer.Process
 
getFilesetId() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the ID of the fileset to which this image belongs.
getFileSize() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the size of the file.
getFileType() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getFill() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the fill color.
getFillRule() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the fill rule.
getFilters() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the collection of filters.
getFilterSet() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the filter set for the logical channel of this channel data.
getFilterSet(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getFilterSet() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the filter set or null.
getFilterSet() - クラス のメソッドpojos.OTFData
Returns the associated filter set.
getFilterSetEmissionFilter() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the filter set's emission filter for the logical channel of this channel data.
getFilterSetExcitationFilter() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the filter set's excitation filter for the logical channel of this channel data.
getFilterSets() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the collection of filter sets.
getFilterWheel() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the wheel.
getFirstName() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Returns the first name of the experimenter.
getFluor() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the Fluorophore used.
getFlushCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getFont() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Get the style of the font for Shape.
getFontFamily() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the stroke.
getFontSize() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the stroke.
getFontStyle() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the font style.
getForceFileArchiveOn() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getForceFileArchiveOn() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getFormat() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the format of the image.
getForumUrl() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getForumUrl() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getFreeSpaceInKilobytes_async(AMD_IRepositoryInfo_getFreeSpaceInKilobytes, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RepositoryInfoI
 
getFsFileFromClientFile(File, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.ClientFilePathTransformer
Given a client-local File, and a path component depth, returns the corresponding repository path.
getFsFileFromServerFile(File) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.ServerFilePathTransformer
Given a server-local File, returns the corresponding repository path.
getFullFsPath() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
The full path of the entity to which this path corresponds.
getGain() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the gain of the detector.
getGlobalMax() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the global maximum of the channel i.e. the maximum of all maxima.
getGlobalMin() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the global minimum of the channel i.e. the minimum of all minima.
getGreen() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the green component of the color associated to the well, or -1.
getGridQuery() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
Returns an active QueryPrx or null if none is available.
getGridQuery() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
getGroup(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
getGroup() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
getGroup() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer.Process
 
getGroup(Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getGroup() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns the value of the group parameter.
getGroup_async(AMD_IAdmin_getGroup, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
getGroupId() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the id of the group.
getGroupId() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Overridden to return the id of the default group.
getGroupId() - クラス のメソッドpojos.GroupData
Overridden to return the id of the object.
getGroups() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Returns the groups the experimenter is a member of.
getHandle(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
getHandler(Class<? extends IObject>) - クラス のメソッドome.formats.enums.handler.EnumHandlerFactory
Returns an enumeration handler for a specific enumeration type.
getHandler(Class<? extends IObject>) - クラス のメソッドome.formats.model.handler.ModelObjectHandlerFactory
Returns an enumeration handler for a specific enumeration type.
getHeight() - クラス のメソッドpojos.MaskData
Returns the height of the mask.
getHeight() - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Returns the height untransformed rectangle.
getHolder() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.UnregisterServantMessage
 
getHomeUrl() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getHomeUrl() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getHttpClient() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.HtmlMessenger
 
getHumidity() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the humidity level, this is a value in the interval [0, 1]
getHypercube_async(AMD_RawPixelsStore_getHypercube, List<Integer>, List<Integer>, List<Integer>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getHypercube_async(AMD_RawPixelsStore_getHypercube, List<Integer>, List<Integer>, List<Integer>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getIContainer() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Return the IContainer service.
getId() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
getId() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the database id of the IObject or -1 if null
getIdentity(String) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
 
getIdentity(String) - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
Constructs an Identity from the current session and from the given String which for stateless services are defined by the instance fields #adminKey, #configKey, etc. and for stateful services are UUIDs.
getIllumination() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the illumination.
getIllumination() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the illumination.
getIlluminationAsEnum() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the illumination enumeration value.
getImage(long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getImage(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Get the image information for an image.
getImage(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
getImage(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getImage() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the image linked to this pixels' set.
getImage() - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns the image for the ROI.
getImage() - クラス のメソッドpojos.WellSampleData
Returns the image related to that sample if any.
getImageAcquisitionDate(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getImageAnnotationRef(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getImageAnnotationRefCount(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getImageByName(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getImageByName(String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Get the list of images with name containing imageName.
getImageByName(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
getImageCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getImageDescription(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getImageFromDatasetByName(long, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getImageFromDatasetByName(Long, String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Get the images from the dataset with name, this can use wild cards.
getImageFromDatasetByName(Long, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
getImageID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getImageIds() - クラス のメソッドpojos.FilesetData
Returns the collection of images related to the file set.
getImageName(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getImageNames() - クラス のメソッドome.formats.ImageNameMetadataStore
Retrieves the current map of Image names held.
getImageReader() - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
Return the base image reader
getImages(ContainerClass, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getImages(ContainerClass, List<Long>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Retrieves the images contained in containers specified by the node type.
getImages(ContainerClass, List<Long>) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
getImages() - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Returns a set of images contained in the dataset.
getImages_async(AMD_IContainer_getImages, String, List<Long>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
getImagesByOptions_async(AMD_IContainer_getImagesByOptions, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
getImagesBySplitFilesets_async(AMD_IContainer_getImagesBySplitFilesets, Map<String, List<Long>>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
getImageService() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
 
getImagingEnvironment(int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getImagingEnvironmentId() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the id of the StageLabel or -1 if not already linked to the image.
getImmersion() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the immersion value of the objective.
getImplicitContext() - クラス のメソッドomero.client
Returns the ImplicitContext which defines what properties will be sent on every method invocation.
getImportResponse() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary.ImportCallback
Assumes that users have already waited on proper completion, i.e. that ImportLibrary.ImportCallback.onFinished(Response, Status, Current) has been called.
getImportSettings(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
getIndex() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
get the index for this error container
getIndex() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the channel's index.
getIndex() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the index of the image within the multi-images file.
getIniVersionNumber() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getInput(String) - クラス のメソッドomero.client
Retrieves an item from the "input" shared (session) memory.
getInput_async(AMD_ISession_getInput, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getInputKeys() - クラス のメソッドomero.client
Returns a list of keys for all items in the "input" shared (session) memory
getInputKeys_async(AMD_ISession_getInputKeys, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getInputs_async(AMD_ISession_getInputs, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getInserted() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the insertion time of the image.
getInstance(Class<T>) - クラス のメソッドome.formats.model.BlitzInstanceProvider
 
getInstance(Class<T>) - インタフェース のメソッドome.formats.model.InstanceProvider
Retrieves an instance.
getInstanceProvider() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Retrieves the active enumeration provider.
getInstitution() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Returns the institution where the experimenter works.
getInstrumentId() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the id of the instrument if any.
getInternalServiceFactory(String, String, int, int, String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
Try to return a ServiceFactory from the grid.
getInternalServiceFactory(String, String, int, int, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
getIObjectContainer(Class<? extends IObject>, LinkedHashMap<Index, Integer>) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Retrieves an IObject container for a given class and location within the OME-XML data model.
getIObjectContainer(Class<? extends IObject>, LinkedHashMap<Index, Integer>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getIObjectContainers(Class<? extends IObject>) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Retrieves all IObject containers of a given class.
getIObjectContainers(Class<? extends IObject>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getIPixels() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Get the iPixels Service.
getIQuery() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getIQuery() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Get the IQuery Service.
getIScript() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Return the IScript service.
getIsSPW() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Return true if this import container contains a Screen/Plate/Well image group.
getIterator() - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns the iterator of the collection of the map.
getITypes() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Get the types service.
getIUpdate() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Get the iUpdate Service.
getJavaClasspath() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getJavaVersion() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getJob(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
getJob(Current) - クラス のメソッドomero.grid.InteractiveProcessorI
 
getJob_async(AMD_JobHandle_getJob, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
getKeepAlive() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Returns clientKeepAlive created in store
getKeywords() - クラス のメソッドpojos.WorkflowData
Returns the keywords of this workflow.
getKeywordsAsList() - クラス のメソッドpojos.WorkflowData
Returns the keywords of this workflow as a list.
getKind() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the kind of light source.
getLabel() - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Returns the label associated to the plate acquisition.
getLabelName() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the name of the stage label.
getLaser(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getLaserFrequencyMultiplication() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the frequency multiplication of the laser.
getLaserMedium() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the laser's medium.
getLaserPockelCell() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the pockel cell flag of the laser.
getLaserPulse() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the pulse of the laser.
getLaserPump() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the pump.
getLaserRepetitionRate() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the repetition rate (Hz) if the laser is repetitive.
getLaserTuneable() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the value of the tuneable field or null if no value set.
getLaserWavelength() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the laser's wavelength.
getLastModified() - クラス のメソッドpojos.AnnotationData
Returns the time when the annotation was last modified.
getLastName() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Returns the last name of the experimenter.
getLdapService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getLeaderOfGroupIds_async(AMD_IAdmin_getLeaderOfGroupIds, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
getLeaders() - クラス のメソッドpojos.GroupData
Returns the experimenters contained in this group.
getLeaves() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
getLength() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Return the length of the target file.
getLensNA() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the objective's LensNA.
getLightEmittingDiode(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getLightPath() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the light path or null.
getLightPathEmissionFilters() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the collection of emission filters in the light path.
getLightPathExcitationFilters() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the collection of excitation filters in the light path.
getLightSource() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the light source for the light source settings of this channel data.
getLightSource() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the source of light.
getLightSourceModel() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the model of the light source.
getLightSources() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the collection of light sources.
getLightSourceSettings() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the light source settings for the logical channel of this channel data.
getLigthSettingsAttenuation() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the attenuation of the light source, percent value between 0 and 1.
getLigthSettingsWavelength() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the wavelength of the light source.
getLimit() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns the value of the limit parameter.
getLine(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getLine() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.FileMaker
 
getLineCap() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the shape of the end of the line..
getListAnnotation(int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getLocalLocation(OriginalFile, OriginalFile) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractExecFileTransfer
Build a path of the form "root.path/root.name/file.path/file.name".
getLogFile() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getLogFile() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getLogFile() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportLocationI
Return the server-side CheckedPath instance which can be used for writing a log file for a fileset.
getLogicalChannel() - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelData
Returns the logical channel for this channel data.
getLongAnnotation(int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getLongAnnotationCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getLongAnnotationDescription(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getLongAnnotationID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getLongAnnotationNamespace(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getLongAnnotationValue(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getLotNumber() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the lot number of the detector.
getLotNumber() - クラス のメソッドpojos.DichroicData
Returns the lot number.
getLotNumber() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the lot number.
getLotNumber() - クラス のメソッドpojos.FilterSetData
Returns the lot number.
getLotNumber() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the lot of number the light source.
getLotNumber() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the lot number of the detector.
getManagerList(boolean) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
 
getManagerList(boolean) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.redirect.Redirector.Context
Return all known managers in the current cluster context, possibly filtering out the inactive ones.
getManufacturer() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the manufacturer of the detector.
getManufacturer() - クラス のメソッドpojos.DichroicData
Returns the manufacturer.
getManufacturer() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the manufacturer.
getManufacturer() - クラス のメソッドpojos.FilterSetData
Returns the manufacturer.
getManufacturer() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the manufacturer of the light source.
getManufacturer() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the manufacturer of the detector.
getMarkerEnd() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the marker end.
getMarkerStart() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the marker start.
getMask(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getMask() - クラス のメソッドpojos.MaskData
Returns the mask as a byte array.
getMaskAsBinaryArray() - クラス のメソッドpojos.MaskData
Returns the mask image.
getMaskAsBufferedImage() - クラス のメソッドpojos.MaskData
Returns the mask image.
getMaskPoints() - クラス のメソッドpojos.PolygonData
Returns the points in the polygon.
getMaskPoints() - クラス のメソッドpojos.PolylineData
Returns the points in the Polyline.
getMaximumFieldCount() - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Returns the maximum number of fields in any well.
getMeasuredRois_async(AMD_IRoi_getMeasuredRois, long, long, RoiOptions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
getMeasuredRoisMap_async(AMD_IRoi_getMeasuredRoisMap, long, List<Long>, RoiOptions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
getMedium() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the medium of the objective.
getMediumAsEnum() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the medium enumeration value.
getMemberCount_async(AMD_IShare_getMemberCount, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getMemberOfGroupIds_async(AMD_IAdmin_getMemberOfGroupIds, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
getMemberShares_async(AMD_IShare_getMemberShares, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getMemberSharesFor_async(AMD_IShare_getMemberSharesFor, Experimenter, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getMembersOnly() - クラス のメソッドpojos.GroupData
Returns the list of experimenters that are not owners of the group.
getMetadataOptions() - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
 
getMetadataService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getMethod(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.IceMethodInvoker
For testing the cached method.
getMicrobeamManipulation(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getMicrobeamManipulationLightSourceSettings(int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getMicroscopeLotNumber() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the lot number of the microscope.
getMicroscopeManufacturer() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the model of the microscope.
getMicroscopeModel() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the model of the microscope.
getMicroscopeSerialNumber() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the serial number of the microscope.
getMicroscopeType() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the type of microscope.
getMiddleName() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Returns the middle name of the experimenter.
getMimetype() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Get the mimetype for a file.
getMinimumDepth(Collection<File>) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.ClientFilePathTransformer
Get the smallest path component depth that allows the given set of Files to be disambiguated.
getMode() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the mode.
getMode() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the mode.
getModeAsEnum() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the acquisition enumeration value.
getModel() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the manufacturer of the detector.
getModel() - クラス のメソッドpojos.DichroicData
Returns the model.
getModel() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the model.
getModel() - クラス のメソッドpojos.FilterSetData
Returns the model.
getModel() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the model of the objective.
getModel_async(AMD_RenderingEngine_getModel, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getModelProcessors() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Retrieves the current list of model processors the metadata store is using.
getMostRecentAnnotationLinks_async(AMD_ITimeline_getMostRecentAnnotationLinks, List<String>, List<String>, List<String>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TimelineI
 
getMostRecentObjects_async(AMD_ITimeline_getMostRecentObjects, List<String>, Parameters, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TimelineI
 
getMostRecentShareCommentLinks_async(AMD_ITimeline_getMostRecentShareCommentLinks, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TimelineI
 
getMyOpenAgentSessions_async(AMD_ISession_getMyOpenAgentSessions, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getMyOpenClientSessions_async(AMD_ISession_getMyOpenClientSessions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getMyOpenSessions_async(AMD_ISession_getMyOpenSessions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getMyUserPhotos_async(AMD_IAdmin_getMyUserPhotos, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
getName() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Get the last component of this path, the entity to which the path corresponds.
getName() - クラス のメソッドome.services.roi.PopulateRoiJob
 
getName() - クラス のメソッドome.services.scripts.ScriptFinder
Subclasses should override to return the name of the file under scripts/ which should be uploaded.
getName() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the name of the channel.
getName() - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Returns the name of the dataset.
getName() - クラス のメソッドpojos.FileData
Returns the name of the file.
getName() - クラス のメソッドpojos.GroupData
Returns the name of the group.
getName() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the name of the image.
getName() - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Returns the name of the plate acquisition.
getName() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the name of the plate.
getName() - クラス のメソッドpojos.ProjectData
Returns the name of the project.
getName() - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Returns the name of the screen.
getNameSpace() - クラス のメソッドpojos.AnnotationData
Retrieves the nameSpace of the underlying Annotation instance.
getNameSpace() - クラス のメソッドpojos.WorkflowData
Returns the namespace of this workflow.
getNamespaceKeywords(String) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns the keywords of the namespace on the ROI.
getNamespaceKeywords() - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns the keywords of the ROI.
getNamespaces() - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns the namespace of the ROI.
getNDFilter() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the ND filter wavelength of the channel.
getNodeUuid(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
 
getNominalMagnification() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the objective's nominal magnification factor.
getNumOfDirectories() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getNumOfDirectories() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getObjectAdapter() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
getObjectAdapter() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.InternalRepositoryConfig
 
getObjective(int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getObjective() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the objective used to capture the image.
getObjective() - クラス のメソッドpojos.OTFData
Returns the associated objective.
getObjectives() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the collection of objectives.
getObjectiveSettings(int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getObjectiveSettingsId() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the id of the Objective settings or -1 if not already linked to the image.
getOffset() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns the value of the offset parameter.
getOffset() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the offset of the detector.
getOmeroVersion() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getOptimisticFailureCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getOrCreateParams(long, Current) - クラス のメソッドomero.grid.ParamsHelper
Get the script params for the file.
getOriginalEnumerations_async(AMD_ITypes_getOriginalEnumerations, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
getOriginalFile() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Find original file as defined by the ID in the RawFileStorePrx regardless of group.
getOriginalFile(long, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Gets the original file instance for a given file ID.
getOriginalFile(long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
getOriginalFiles(String, CheckedPath, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Return a non-null, possibly empty list of OriginalFile elements which are accessible to the given user at the given path.
getOriginalFiles(String, CheckedPath, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
getOriginalFiles(ServiceFactory, SqlAction, String, CheckedPath) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
getOriginalMimetype() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the format of the original file.
getOrphan() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
getOSArch() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getOSName() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getOSVersion() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getOTF() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the OTF used for that channel.
getOTF() - クラス のメソッドpojos.InstrumentData
Returns the collection of OTFs.
getOutput(String) - クラス のメソッドomero.client
Retrieves an item from the "output" shared (session) memory.
getOutput_async(AMD_ISession_getOutput, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getOutputKeys() - クラス のメソッドomero.client
Returns a list of keys for all items in the "output" shared (session) memory
getOutputKeys_async(AMD_ISession_getOutputKeys, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getOutputs_async(AMD_ISession_getOutputs, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getOwner(Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getOwner() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the owner of the object.
getOwnShares_async(AMD_IShare_getOwnShares, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getParams_async(AMD_IScript_getParams, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
Get the Parameters of the script.
getParentFilePath() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the path to the file hosting the image.
getPastConnections_async(AMD_IShare_getPastConnections, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getPath() - クラス のメソッドpojos.FileData
Returns the (relative) path of the file.
getPath() - クラス のメソッドpojos.OTFData
Returns the path.
getPathFor(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.MakeNextDirectory
Get the subdirectories to create for the given index, the first directories to be created corresponding to index == 0.
getPathFrom(FsFile) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.FsFile
Find the relative path of this path from a given parent.
getPaths() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
 
getPathSanitizer() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.ServerFilePathTransformer
Get the string transformer that is used to make file-path components safe across platforms.
getPathToFile() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the path to the file.
getPerm1(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
getPermissions(Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getPermissions() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the permission of the object.
getPermissionsLevel() - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Returns the permissions level.
getPinholeSize() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the pin hole size of the channel.
getPixels() - クラス のメソッドome.formats.OMEROImportFixture
Accessor for the created pixels.
getPixels(long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getPixels(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Get the pixels information for an image.
getPixels(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
getPixels(Long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
getPixels(Long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Get the pixels of the Rendering engine.
getPixels() - クラス のメソッドomero.util.RPSTileLoop
After saving the binary data, the update event of the Pixels instance will be updated and therefore need to be reloaded.
getPixels_async(AMD_RenderingEngine_getPixels, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getPixelsBinDataBigEndian(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsDimensionOrder(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsFromImage(long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getPixelsFromImage(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Get the pixels associated with the image.
getPixelsFromImage(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
getPixelsID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsId_async(AMD_RawPixelsStore_getPixelsId, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getPixelsId_async(AMD_RawPixelsStore_getPixelsId, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getPixelSizeX() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the dimension of a pixel along the X-axis, dimension is in microns.
getPixelSizeY() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the dimension of a pixel along the Y-axis, dimension is in microns.
getPixelSizeZ() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the dimension of a pixel along the Z-axis, dimension is in microns.
getPixelsPath_async(AMD_RawPixelsStore_getPixelsPath, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getPixelsPath_async(AMD_RawPixelsStore_getPixelsPath, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getPixelsPhysicalSizeX(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsPhysicalSizeY(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsPhysicalSizeZ(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getPixelsSizeC(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsSizeT(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsSizeX(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsSizeY(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsSizeZ(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsTimeIncrement(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsType(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPixelsType() - クラス のメソッドpojos.OTFData
Returns the pixels type.
getPixelsTypeLowerBound_async(AMD_RenderingEngine_getPixelsTypeLowerBound, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getPixelsTypeUpperBound_async(AMD_RenderingEngine_getPixelsTypeUpperBound, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getPixelType(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getPixelType(String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Get the pixelsType with type.
getPixelType(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
getPixelType() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the pixels type.
getPixelTypes(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getPixelTypes() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Get the PixelTypes available in the system.
getPixelTypes() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
getPlane(long, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
Get the raw plane for the pixels pixelsId, this returns a 2d array representing the plane, it returns doubles but will not lose data.
getPlane(long, int, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
getPlane(long, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
get bytes to the plane c, t, z
getPlane_async(AMD_RawPixelsStore_getPlane, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getPlane_async(AMD_RawPixelsStore_getPlane, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getPlaneCount(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPlaneCount() - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns the number of planes occupied by the ROI.
getPlaneDeltaT(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPlaneExposureTime(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPlaneOffset_async(AMD_RawPixelsStore_getPlaneOffset, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getPlaneOffset_async(AMD_RawPixelsStore_getPlaneOffset, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getPlanePositionX(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPlanePositionY(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPlanePositionZ(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPlaneRegion_async(AMD_RawPixelsStore_getPlaneRegion, int, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getPlaneRegion_async(AMD_RawPixelsStore_getPlaneRegion, int, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getPlaneSize(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
getPlaneSize(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
Get the plane size of the current image.
getPlaneSize_async(AMD_RawPixelsStore_getPlaneSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getPlaneSize_async(AMD_RawPixelsStore_getPlaneSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getPlaneTheC(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPlaneTheT(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPlaneTheZ(int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getPlate() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the plate containing this Well.
getPlateAcquisitions() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the plate acquisitions related to this plate.
getPlates() - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Returns the plates contained in this screen.
getPlateType() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the type of plate e.g.
getPockelCell() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns the Pockels cell settings.
getPoints(long, Session) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
 
getPoints() - クラス のメソッドpojos.PolygonData
Returns the points in the polygon.
getPoints() - クラス のメソッドpojos.PolylineData
Returns the points in the Polyline.
getPoints1() - クラス のメソッドpojos.PolygonData
Returns the points in the polygon.
getPoints1() - クラス のメソッドpojos.PolylineData
Returns the points in the Polyline.
getPoints2() - クラス のメソッドpojos.PolygonData
Returns the points in the polygon.
getPoints2() - クラス のメソッドpojos.PolylineData
Returns the points in the Polyline.
getPoints_async(AMD_IRoi_getPoints, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
getPositionX() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the x-coordinate in the frame microscope.
getPositionX() - クラス のメソッドpojos.WellSampleData
Returns the position X.
getPositionY() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the y-coordinate in the frame microscope.
getPositionY() - クラス のメソッドpojos.WellSampleData
Returns the position Y.
getPositionZ() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the z-coordinate in the frame microscope.
getPower() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the power of the light source.
getPrepareStatementCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getPrincipal() - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
 
getProject(long) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getProjectionService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getProjects() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getProjects(List<Long>, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getProjects(List<Long>, boolean) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Get the projects in the users.
getProjects(List<Long>, boolean) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
getProjects() - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Returns a set of projects containing the dataset.
getProperties() - クラス のメソッドomero.client
Returns the active properties for this instance.
getProperty(String) - クラス のメソッドomero.client
Returns the property value for this key or the empty string if none.
getPropertyMap() - クラス のメソッドomero.client
Returns all properties which are prefixed with "omero." or "Ice."
getPropertyMap(Properties) - クラス のメソッドomero.client
Returns all properties which are prefixed with "omero." or "Ice."
getProtocolDescription() - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Returns the description of the protocol.
getProtocolIdentifier() - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Returns the identifier of the protocol.
getProxy() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
getProxy(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
getProxy() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
getProxy() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer.Process
 
getProxy() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.RegisterServantMessage
 
getProxyOrNull(String, SessionControlPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
Delegates to the Ring.redirector strategy configured for this instance.
getProxyOrNull(Redirector.Context, String, SessionControlPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
Returns null early if the Current has already once been routed by a Redirector implementation, returns an existing session if it can be found, or returns a null.
getProxyOrNull(Redirector.Context, String, SessionControlPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.ConfigRedirector
Create or retrieve and returns a SessionPrx which the current method takes control of.
getProxyOrNull(Redirector.Context, String, SessionControlPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.NullRedirector
Always returns null
getProxyOrNull(Redirector.Context, String, SessionControlPrx, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.redirect.Redirector
Create or retrieve and returns a SessionPrx which the current method takes control of.
getProxyOrNull(Redirector.Context, String, SessionControlPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.ScaleRedirector
 
getQuantumDef_async(AMD_RenderingEngine_getQuantumDef, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getQueries() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
Get all executed query strings
getQueryCacheHitCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getQueryCacheMissCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getQueryCachePutCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getQueryExecutionCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getQueryExecutionMaxTime() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getQueryExecutionMaxTimeQueryString() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getQueryService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getQueryStatistics(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
Query statistics from query string (HQL or SQL)
getRadiusX() - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Returns the radius along the X-axis.
getRadiusY() - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Returns the radius along the Y-axis.
getRating() - クラス のメソッドpojos.RatingAnnotationData
Returns the rating value.
getRawFileStore(long, CheckedPath, String, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Create a RawFileBean (i.e. an implementation of RawFileStore which can be passed to RepoRawFileStore for performing internal functions.
getRawFileStore(long, CheckedPath, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
getRawFileStoreService() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Return the raw file store service.
getRawPixelsStoreService() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Return the raw pixels store service.
getRawPlane(long, int, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Get the raw plane from the server with id pixelsId, and channels, c, timepoint t, and z-section z.
getRawPlane(long, int, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
getReader() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Return the reader class name used for reading the contents of this import container.
getReader() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the current Bio-Formats reader that has been used to populate the container store.
getReader() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getReaderClass(Fileset, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Get the suggested BioFormats Reader for the given Fileset.
getReaderType(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
Retrieve reader type for file specified in path
getReagentsCounts() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the number of reagents linked to the object, key: id of the user, value: number of annotation.
getReagentSetDescripion() - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Returns the description of the reagent set.
getReagentSetIdentifier() - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Returns the identifier of the Reagent set.
getRed() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the red component of the color associated to the well, or -1.
getRedirect(Redirector.Context) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
Returns the current redirect, to which all calls to #getProxyOrNull(String, Glacier2.SessionControlPrx, Ice.Current) will be pointed.
getReference() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns the reference to the file to register.
getReferenceCache() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the current reference cache.
getReferenceCache() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getReferenceCount_async(AMD_ISession_getReferenceCount, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getReferenceStringCache() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the current string based reference cache.
getReferenceStringCache() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getRefPlateId() - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Returns the id of the plate of reference.
getRefractiveIndex() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the refractive index of the objective.
getRegion_async(AMD_RawPixelsStore_getRegion, int, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getRegion_async(AMD_RawPixelsStore_getRegion, int, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getRegistry() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.InternalRepositoryConfig
 
getRegistry() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
getRelativePath() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Get the parent path of the entity to which this path corresponds.
getRenderedImage(long, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getRenderedImage(long, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Render image as Buffered image.
getRenderedImage(long, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
getRenderedImage(long, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
getRenderedImage(long, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Render image as Buffered image.
getRenderedImageMatrix(long, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getRenderedImageMatrix(long, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Render image as 3d matrix.
getRenderedImageMatrix(long, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
getRenderedImageMatrix(long, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
getRenderedImageMatrix(long, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Render image as 3d matrix.
getRenderingDefId_async(AMD_RenderingEngine_getRenderingDefId, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getRenderingDefId_async(AMD_ThumbnailStore_getRenderingDefId, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
getRenderingService() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Return the rendering service.
getRenderingSettings_async(AMD_IRenderingSettings_getRenderingSettings, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
getRenderingSettingsService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getRepositoryInfoService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getRepositorySpace() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getRepoUuid() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
getRepoUuid() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
getRequest(Current) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
getRequests() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor
Returns a copy of the requests field or an empty list if null.
getResolutionDescriptions_async(AMD_PyramidService_getResolutionDescriptions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
 
getResolutionDescriptions_async(AMD_PyramidService_getResolutionDescriptions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getResolutionLevel_async(AMD_PyramidService_getResolutionLevel, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
 
getResolutionLevel_async(AMD_PyramidService_getResolutionLevel, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getResolutionLevels_async(AMD_PyramidService_getResolutionLevels, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
 
getResolutionLevels_async(AMD_PyramidService_getResolutionLevels, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getResponse() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.commands.SaveI
 
getResponse() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
getResponse() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.basic.DoAllI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.basic.ListRequestsI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.basic.TimingI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Returns possibly null Response value.
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.fs.ManageImageBinariesI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChgrpI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChmodI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChownI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.DeleteI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.GraphSpecListI
 
getResponse(Current) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
getResponse() - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
getResponse() - インタフェース のメソッドomero.cmd.IRequest
Returns the current response value.
getResponses() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ProcessorCallbackI
Return the number of times this instance has been called in a thread safe manner.
getResults(int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
getResults(ProcessPrx, Current) - クラス のメソッドomero.grid.InteractiveProcessorI
 
getRGBA_async(AMD_RenderingEngine_getRGBA, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
getRing() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
getROI() - クラス のメソッドpojos.util.ROIComponent
Returns all the ROI in the component as a list.
getROI() - クラス のメソッドpojos.util.UploadMask
Returns the ROIs created from uploading the images.
getROICoordinate() - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Returns the ROICoordinate for the ShapeData.
getRoiIds() - クラス のメソッドome.services.blitz.measurements.MeasurementStore
 
getRoiIds() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.measurements.OmeroMeasurementStore
Returns the ids of all Roi instances created during the save method.
getRoiMeasurements_async(AMD_IRoi_getRoiMeasurements, long, RoiOptions, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
getRoiService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getRoiStats_async(AMD_IRoi_getRoiStats, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
getRoot() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getRoot() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getRootFile() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Find original file represented by the managed repository that import is taking place to.
getRouter(Communicator) - クラス のstaticメソッドomero.client
Acquires the default router, and throws an exception if it is not of type {Glacier2.RouterPrx}.
getRow() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the row used to indicate the location of the well on the grid.
getRow_async(AMD_RawPixelsStore_getRow, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getRow_async(AMD_RawPixelsStore_getRow, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getRowOffset_async(AMD_RawPixelsStore_getRowOffset, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getRowOffset_async(AMD_RawPixelsStore_getRowOffset, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getRowSequenceIndex() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the index indicating how to label a row.
getRowSize(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
getRowSize(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
Get the plane size of the current image.
getRowSize_async(AMD_RawPixelsStore_getRowSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getRowSize_async(AMD_RawPixelsStore_getRowSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getScreens() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getScreens() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns a set of screens containing the plate.
getScriptID_async(AMD_IScript_getScriptID, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
Get the id of the official script with given path.
getScriptRepository(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
getScripts_async(AMD_IScript_getScripts, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
Get Scripts will return all the scripts by id and name available on the server.
getScriptService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getScriptText_async(AMD_IScript_getScriptText, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
Return the script with the name to the user.
getScriptWithDetails_async(AMD_IScript_getScriptWithDetails, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
Return the script with the name to the user.
getSecondLevelCacheHitCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getSecondLevelCacheMissCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getSecondLevelCachePutCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getSecondLevelCacheRegionNames() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
Get all second-level cache region names
getSecondLevelCacheStatistics(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
Second level cache statistics per region
getSecurityContexts(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getSecurityRoles_async(AMD_IAdmin_getSecurityRoles, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
getSelectedFile() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getSerialNumber() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the serial number of the detector.
getSerialNumber() - クラス のメソッドpojos.DichroicData
Returns the serial number.
getSerialNumber() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the serial number.
getSerialNumber() - クラス のメソッドpojos.FilterSetData
Returns the serial number.
getSerialNumber() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the serial number of the light source.
getSerialNumber() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the serial number of the objective.
getServant(Identity) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getServant() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.RegisterServantMessage
 
getServantList() - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
getServerFileFromFsFile(FsFile) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.ServerFilePathTransformer
Given a repository path, returns the corresponding server-local File.
getServerFileMimetype() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns the file format as defined by the specification, corresponding to the file extension.
getServerPort() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getServerTime_async(AMD_IConfig_getServerTime, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ConfigI
 
getServiceFactory() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Returns the currently active service factory.
getServiceFactory(String, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
getServiceFactory(Identity) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
getServiceFactory() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.FindServiceFactoryMessage
 
getServiceFactory() - クラス のメソッドomero.client
非推奨です。 
getServiceFactory() - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
getServiceFactoryIdentity(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
getServiceKey() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.ExpiredServantMessage
 
getSession() - クラス のメソッドomero.client
Returns the current active session or throws an exception if none has been created since the last client.closeSession()
getSession() - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
getSession() - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getSession() - クラス のメソッドomero.util.RPSTileLoop
 
getSession() - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
getSession_async(AMD_ISession_getSession, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
getSessionCloseCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getSessionId() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploader
 
getSessionId() - クラス のメソッドomero.client
Returns the UUID for the current session without making a remote call.
getSessionOpenCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getSessionService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getSetting_async(AMD_ILdap_getSetting, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
getShapeCount() - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns the number of shapes in the ROI.
getShapes(int, int) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns the list of shapes on a given plane.
getShapeSettings() - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Returns the settings associated to the shape.
getShapesInRange(ROICoordinate, ROICoordinate) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns an iterator of the Shapes in the ROI in the range [start, end].
getShapeStats_async(AMD_IRoi_getShapeStats, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
getShapeStatsList_async(AMD_IRoi_getShapeStatsList, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
getShare_async(AMD_IShare_getShare, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getShareService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getSharesOwnedBy_async(AMD_IShare_getSharesOwnedBy, Experimenter, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
getSizeC() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the number of channels.
getSizeT() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the number of time-points.
getSizeX() - クラス のメソッドpojos.OTFData
Returns the size along the X-axis.
getSizeX() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the number of pixels along the X-axis.
getSizeY() - クラス のメソッドpojos.OTFData
Returns the size along the Y-axis.
getSizeY() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the number of pixels along the Y-axis.
getSizeZ() - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Returns the number of pixels along the Z-axis.
getSourceObject(LSID) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Retrieves an OMERO Blitz source object for a given LSID.
getSourceObject(LSID) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getSourceObjects(Class<T>) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Retrieves all OMERO Blitz source objects of a given class.
getSourceObjects(Class<T>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getSql() - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
getStack_async(AMD_RawPixelsStore_getStack, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getStack_async(AMD_RawPixelsStore_getStack, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getStackOffset_async(AMD_RawPixelsStore_getStackOffset, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getStackOffset_async(AMD_RawPixelsStore_getStackOffset, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getStackSize(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
getStackSize(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
Get the stack size of the current image.
getStackSize_async(AMD_RawPixelsStore_getStackSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getStackSize_async(AMD_RawPixelsStore_getStackSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getStackTrace(Throwable) - クラス のstaticメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Return stack trace from throwable
getStageLabelId() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the id of the StageLabel or -1 if not already linked to the image.
getStartTime() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns the value of the start time parameter.
getStartTime() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getStartTime() - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Returns the time when the first image was collected.
getStartTime() - クラス のメソッドpojos.WellSampleData
Returns the time at which the field was acquired.
getStatefulServiceCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
NB: Much of the logic here is similar to SessionI.doClose and should be pushed down.
getStatefulServiceCount() - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
getStatefulServices() - クラス のメソッドomero.client
Returns all active StatefulServiceInterface proxies.
getStaticDisableHistory() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getStaticDisableHistory() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getStaticDisableUpgradeCheck() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getStaticDisableUpgradeCheck() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getStats(List<Long>) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
 
getStatus() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
return the error status
getStatus() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Returns possibly null Status value.
getStatus(Current) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
getStatus() - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
getStatus() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the status of the plate.
getStatus() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the status of the well.
getStatusOrThrow() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
 
getSteps() - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
getStroke() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the color of the stroke.
getStrokeDashArray() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the stroke dashes.
getStrokeWidth() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the stroke's width.
getSuccessfulTransactionCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getSupportedMetadataLevels() - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
 
getT() - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Returns the time-point.
getTable() - クラス のメソッドome.services.blitz.measurements.MeasurementStore
 
getTable() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.measurements.OmeroMeasurementStore
Returns the Table proxy which is in use by this service.
getTable_async(AMD_IRoi_getTable, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
getTagAnnotationCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTagAnnotationDescription(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTagAnnotationID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTagAnnotationNamespace(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTagAnnotationValue(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTagDescription() - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Returns the description of the tag.
getTagDescriptions() - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Returns the descriptions linked to that tag.
getTaggedObjectsCount_async(AMD_IMetadata_getTaggedObjectsCount, List<Long>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
getTags() - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Returns the collection of tags related to this tag.
getTagValue() - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Returns the text of the tag.
getTarget() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
getTarget(Class<T>, long) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Helper method to retrieve an object from iQuery
getTarget() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportLocationI
Return the server-side CheckedPath instance which can be passed to a Bio-Formats reader.
getTempDir() - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
Returns the directory under which all temporary files and folders will be created.
gettempdir() - クラス のstaticメソッドomero.util.TempFileManager
getTemperature() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns the temperature in Celcius.
getTerm() - クラス のメソッドpojos.TermAnnotationData
Returns the term.
getTermAnnotationCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTermAnnotationDescription(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTermAnnotationID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTermAnnotationNamespace(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTermAnnotationValue(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTermDescription() - クラス のメソッドpojos.TermAnnotationData
Returns the description of the term.
getText() - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Returns the text of the shape.
getText() - クラス のメソッドpojos.LineData
Returns the text of the shape.
getText() - クラス のメソッドpojos.MaskData
Returns the text of the shape.
getText() - クラス のメソッドpojos.PointData
Returns the text of the shape.
getText() - クラス のメソッドpojos.PolygonData
Returns the text of the shape.
getText() - クラス のメソッドpojos.PolylineData
Returns the text of the shape.
getText() - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Returns the text of the shape.
getText() - クラス のメソッドpojos.TextData
Returns the text of the shape.
getText() - クラス のメソッドpojos.TextualAnnotationData
Returns the text of this annotation.
getText() - クラス のメソッドpojos.XMLAnnotationData
Returns the text of this annotation.
getThumbnail(long, RInt, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getThumbnail(long, RInt, RInt) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Get the thumbnail of the image.
getThumbnail(long, RInt, RInt) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
getThumbnail(long, RInt, RInt) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ThumbnailServiceImpl
 
getThumbnail(long, RInt, RInt) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ThumbnailService
Get the thumbnail of the image.
getThumbnail_async(AMD_ThumbnailStore_getThumbnail, RInt, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
getThumbnailByLongestSide(long, RInt) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ThumbnailServiceImpl
 
getThumbnailByLongestSide(long, RInt) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ThumbnailService
Get the thumbnail of the image, maintain aspect ratio.
getThumbnailByLongestSide_async(AMD_ThumbnailStore_getThumbnailByLongestSide, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
getThumbnailByLongestSideDirect_async(AMD_ThumbnailStore_getThumbnailByLongestSideDirect, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
getThumbnailByLongestSideSet(RInt, List<Long>) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ThumbnailServiceImpl
 
getThumbnailByLongestSideSet(RInt, List<Long>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ThumbnailService
Get a set of thumbnails, maintaining aspect ratio.
getThumbnailByLongestSideSet_async(AMD_ThumbnailStore_getThumbnailByLongestSideSet, RInt, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
getThumbnailDirect_async(AMD_ThumbnailStore_getThumbnailDirect, RInt, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
getThumbnailForSectionByLongestSideDirect_async(AMD_ThumbnailStore_getThumbnailForSectionByLongestSideDirect, int, int, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
getThumbnailForSectionDirect_async(AMD_ThumbnailStore_getThumbnailForSectionDirect, int, int, RInt, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
getThumbnailSet(RInt, RInt, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
getThumbnailSet(RInt, RInt, List<Long>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Get a set of thumbnails.
getThumbnailSet(RInt, RInt, List<Long>) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
getThumbnailSet(RInt, RInt, List<Long>) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ThumbnailServiceImpl
 
getThumbnailSet(RInt, RInt, List<Long>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ThumbnailService
Get a set of thumbnails.
getThumbnailSet_async(AMD_ThumbnailStore_getThumbnailSet, RInt, RInt, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
getThumbnailStoreService() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
Return the thumbnail service.
getTie(Identity) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getTile(int, int, int, int, int, int, int) - クラス のメソッドomero.util.RPSTileData
 
getTile(int, int, int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドomero.util.TileData
 
getTile_async(AMD_RawPixelsStore_getTile, int, int, int, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getTile_async(AMD_RawPixelsStore_getTile, int, int, int, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getTileSize(Long) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Retrieves the suggested tile size for a pixels set.
getTileSize_async(AMD_PyramidService_getTileSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
 
getTileSize_async(AMD_PyramidService_getTileSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getTime() - クラス のメソッドpojos.TimeAnnotationData
Returns the time value.
getTimelineService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getTimePoint() - クラス のメソッドpojos.ROICoordinate
Returns the timepoint.
getTimepoint_async(AMD_RawPixelsStore_getTimepoint, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getTimepoint_async(AMD_RawPixelsStore_getTimepoint, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getTimepointOffset_async(AMD_RawPixelsStore_getTimepointOffset, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getTimepointOffset_async(AMD_RawPixelsStore_getTimepointOffset, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getTimepointSize(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
getTimepointSize(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
Get the timepoint size of the current image.
getTimepointSize_async(AMD_RawPixelsStore_getTimepointSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getTimepointSize_async(AMD_RawPixelsStore_getTimepointSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getTimestampAnnotationCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTimestampAnnotationDescription(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTimestampAnnotationID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTimestampAnnotationNamespace(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getTimestampAnnotationValue(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getToken() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getTokenUrl() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getTooSimilarFiles(Set<File>) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.ClientFilePathTransformer
Get the files that are too similarly named.
getTopicManager() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
 
getTotalSize(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
getTotalSize(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
Get the total size of the current image.
getTotalSize_async(AMD_RawPixelsStore_getTotalSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
getTotalSize_async(AMD_RawPixelsStore_getTotalSize, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
getTransactionCount() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
getTransform() - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Returns the transformation.
getTransmittance() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the cut out tolerance value or -1.
getType() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the type of the detector.
getType() - クラス のメソッドpojos.FilterData
Returns the type.
getType() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns the type of light.
getTypesService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getUIBounds() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getUIBounds() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getUnique() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
getUntied(Identity) - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
getUpdated() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the updated time of the object.
getUpdateEvent(Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
getUpdateService(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
getUploader() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Return the RawFileStorePrx instance for this index.
getUploader(int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
getUploaderTokenURL() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getUploaderUrl() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getUploaderURL() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getUploadOffset(int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
getUploadTimeLeft() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
 
getUploadTimeLeft() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ProportionalTimeEstimatorImpl
 
getUploadTimeLeft() - インタフェース のメソッドome.formats.importer.util.TimeEstimator
Return the estimated time left in milliseconds based on the calls to start and stop methods.
getUploadUrl() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
getUsageFraction_async(AMD_IRepositoryInfo_getUsageFraction, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RepositoryInfoI
 
getUsedFilePaths() - クラス のメソッドpojos.FilesetData
Returns the collection of file paths used for importing the files (in case of in-place imports these are the targets of the (sym)links)
getUsedFiles(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
Return string of files used by container item at path
getUsedFiles() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Return a list of file names that belong to this import container.
getUsedFilesTotalSize() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Returns the total size in bytes (based on File.length()) of all files in this import container.
getUsedSpaceInKilobytes_async(AMD_IRepositoryInfo_getUsedSpaceInKilobytes, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RepositoryInfoI
 
getUseQuaqua() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getUseQuaqua() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getUserDisableHistory() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getUserDisableHistory() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getUserFullPath() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getUserFullPath() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getUserImages_async(AMD_IContainer_getUserImages, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
getUserInstitution(long, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Get the current user's institution.
getUserInstitution(long, ServiceFactory) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Get the current user's institution.
getUserInstitution(long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
getUserInstitution(long, ServiceFactory) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
getUserName() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Returns the last name of the experimenter.
getUserPixels() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
getUserScripts_async(AMD_IScript_getUserScripts, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
 
getUserSettingsDirectory() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getUserSettingsDirectory() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getUserSpecifiedAnnotations() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the user specified annotations.
getUserSpecifiedAnnotations() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getUserSpecifiedDescription() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Retrieves the current custom image/plate description string.
getUserSpecifiedDescription() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the user specified image/plate description.
getUserSpecifiedDescription() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getUserSpecifiedImageName() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getUserSpecifiedName() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Retrieves the current custom image/plate name string.
getUserSpecifiedName() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the user specified image/plate name.
getUserSpecifiedName() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getUserSpecifiedPhysicalPixelSizes() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the user specified physical pixel sizes.
getUserSpecifiedPhysicalPixelSizes() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getUserSpecifiedTarget() - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Returns the user specified linkage target (usually a Dataset for Images and a Screen for Plates).
getUserSpecifiedTarget() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
getValue() - 例外 のメソッドome.formats.enums.EnumerationException
 
getValue() - 列挙型 のメソッドome.formats.Index
 
getValue(Class<? extends IObject>, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEXMLModelComparator
Assigns a value to a particular class based on its location in the OME-XML hierarchy.
getValue() - クラス のメソッドpojos.BooleanAnnotationData
Returns the text of this annotation.
getVersion() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns the version of the object if the object is immutable, false otherwise.
getVersion_async(AMD_IConfig_getVersion, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ConfigI
 
getVersionNote() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getVersionNumber() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
getVersionNumber() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
getVoltage() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the voltage of the detector.
getWellOriginX() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the x-coordinate in 2D-space of the well.
getWellOriginY() - クラス のメソッドpojos.PlateData
Returns the y-coordinate in 2D-space of the well.
getWellSamples() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns the well samples linked to the well.
getWellType() - クラス のメソッドpojos.WellData
Returns a human readable identifier for the screening status e.g. empty, positive control, etc.
getWidth() - クラス のメソッドpojos.MaskData
Returns the width of the mask.
getWidth() - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Returns the width untransformed rectangle.
getWorkingDistance() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns the working distance.
getX() - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Returns the x-coordinate of the center of the ellipse.
getX() - クラス のメソッドpojos.MaskData
Returns the x-coordinate of the top-left corner of the mask.
getX() - クラス のメソッドpojos.PointData
Returns the x-coordinate of the shape.
getX() - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Returns the x-coordinate of the top-left corner of an untransformed rectangle.
getX() - クラス のメソッドpojos.TextData
Returns the x-coordinate text field.
getX1() - クラス のメソッドpojos.LineData
Returns the x-coordinate of the starting point of an untransformed line.
getX2() - クラス のメソッドpojos.LineData
Returns the x-coordinate of the end point of an untransformed line.
getXMLAnnotationCount() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getXMLAnnotationDescription(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getXMLAnnotationID(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getXMLAnnotationNamespace(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getXMLAnnotationValue(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
getY() - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Returns the y-coordinate of the center of the ellipse.
getY() - クラス のメソッドpojos.MaskData
Returns the y-coordinate of the top-left corner of the mask.
getY() - クラス のメソッドpojos.PointData
Returns the y coordinate of the shape.
getY() - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Returns the y-coordinate of the top-left corner of an untransformed rectangle.
getY() - クラス のメソッドpojos.TextData
Returns the y-coordinate text field.
getY1() - クラス のメソッドpojos.LineData
Returns the y-coordinate of the starting point of an untransformed line.
getY2() - クラス のメソッドpojos.LineData
Returns the y-coordinate of the end point of an untransformed line.
getZ() - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Returns the z-section.
getZoom() - クラス のメソッドpojos.DetectorData
Returns the offset of the detector.
getZSection() - クラス のメソッドpojos.ROICoordinate
Returns the z-section.
granted(int, int) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
graphException(GraphException, long, long) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
GraphSpecListI - omero.cmd.graphsのクラス
 
GraphSpecListI(OmeroContext) - クラス のコンストラクタomero.cmd.graphs.GraphSpecListI
 
GREEN_INDEX - クラス のstatic変数ome.formats.model.ColorsFactory
Index of the red component of a color.
GREEN_TEXT - クラス のstatic変数ome.formats.model.ChannelProcessor
Name of the green component when it is a graphics image.
group - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
GROUP_COLLAB_READ - クラス のstatic変数ome.formats.importer.ImportEvent
 
GROUP_COLLAB_READ_LINK - クラス のstatic変数ome.formats.importer.ImportEvent
 
GROUP_EXPERIMENTER_MAP - クラス のstatic変数pojos.ExperimenterData
Identifies the Experimenter#GROUPEXPERIMENTERMAP field.
GROUP_EXPERIMENTER_MAP - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Identifies the ExperimenterGroup#GROUPEXPERIMENTERMAP field.
GROUP_PRIVATE - クラス のstatic変数ome.formats.importer.ImportEvent
 
GROUP_PUBLIC - クラス のstatic変数ome.formats.importer.ImportEvent
 
GROUP_SYSTEM - クラス のstatic変数ome.formats.importer.ImportEvent
 
groupContext(Long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
Creates a copy of the Current.ctx map and if groupId is not null, sets the "omero.group" key to be a string version of the id.
GroupData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Group along with the various members of the Group
GroupData() - クラス のコンストラクタpojos.GroupData
Creates a new instance.
GroupData(ExperimenterGroup) - クラス のコンストラクタpojos.GroupData
Creates a new instance.
grp(RLong) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the value of the group parameter.
GUEST - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Identifies the Guest group.

H

handle(IObject) - インタフェース のメソッドome.formats.model.handler.ModelObjectHandler
Attempt to handle the model object of this type.
handle - クラス の変数ome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
Set by ManagedImportProcessI when verifyUpload has been called.
handle - クラス の変数omero.cmd.CmdCallbackI
Proxy passed to this instance on creation.
handle - クラス の変数omero.grid.DeleteCallbackI
Proxy passed to this instance on creation.
handle(int, int) - インタフェース のメソッドomero.model.SmartShape.PointCallback
 
handleCallbackException(Exception) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
Reusable method for logging an exception that occurs on one-way communication with clients during callback notification.
handleContextRefreshedEvent(ContextRefreshedEvent) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.CheckAllJobs
 
handleException(Throwable, String) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.gateway.services.util.ServiceUtilities
Helper method to handle exceptions thrown by the connection library.
handleException(Throwable) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
handleException(Throwable, OmeroContext) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
HandleFactory - omero.cmdのクラス
SPIOrthogonal interface hierarchy of types for working with the Request hierarchy.
HandleFactory(long) - クラス のコンストラクタomero.cmd.HandleFactory
 
handleFile(File, int, Collection) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
Handle a file import
HandleI - omero.cmdのクラス
Servant for the handle proxy from the Command API.
HandleI(int) - クラス のコンストラクタomero.cmd.HandleI
Create a HandleI in the State#CREATED state with the given cancel timeout in milliseconds.
HandleI.Cancel - omero.cmdの例外
Signals that HandleI.run() has noticed that HandleI.state wants a cancellation or that the Request implementation wishes to stop execution.
HandleI.Cancel(String) - 例外 のコンストラクタomero.cmd.HandleI.Cancel
 
handleInput(Class<?>, Object) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
handleLsid(IObject) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
handleOutput(Class, Object) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
handler - クラス の変数ome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
ErrorHandler which is also responsible for uploading files
handleRingShutdown(Redirector.Context, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.ConfigRedirector
 
handleRingShutdown(Redirector.Context, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.NullRedirector
Does nothing.
handleRingShutdown(Redirector.Context, String) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.redirect.Redirector
Gives the Redirector a chance to remove the current Ring when it is being shutdown.
handleRingShutdown(Redirector.Context, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.ScaleRedirector
Nothing needs to be done on shutdown, since the Ring implementation will properly disable the Node table queried during the next call to Redirector.getProxyOrNull(Context, String, Glacier2.SessionControlPrx, Ice.Current)
handleServerError(Throwable, OmeroContext) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
wraps any non-ServerError returned by IceMapper.handleException(Throwable, OmeroContext) in an InternalException.
HardlinkFileTransfer - ome.formats.importer.transfersのクラス
Local-only file transfer mechanism which makes use of hard-linking.
HardlinkFileTransfer() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.transfers.HardlinkFileTransfer
 
hasDectector() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns true if there is a detector for that channel, false otherwise.
hasEmissionData(ChannelData) - クラス のstaticメソッドome.formats.model.ColorsFactory
Returns true if the channel has emission metadata, false otherwise.
hasFilter() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns true if there is a filter set linked to the channel false otherwise.
hash - クラス の変数ome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
hash() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
hashCode() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.FsFile
hashCode() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor.GraphModifyTarget
 
hashCode() - クラス のメソッドpojos.ROICoordinate
Calculate the hashCode for the data, The hashcode is generated by bitshifting z by ZTBITSPLIT bits and adding t.
hasIris() - クラス のメソッドpojos.ObjectiveData
Returns a boolean flag if the value has been set, null otherwise.
hasLightPath() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns true if there is a light path described for that channel, false otherwise.
hasNext_async(AMD_Search_hasNext, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
hasntSeen(Object) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
hasOpticalAxisAveraged() - クラス のメソッドpojos.OTFData
Returns a boolean flag if the value has been set
hasPump() - クラス のメソッドpojos.LightSourceData
Returns true if the light source is a laser with a pump, false otherwise.
hasReference(LSID, LSID) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Checks to see if there is currently an active reference for two LSIDs.
hasReference(LSID, LSID) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
hasShapes - クラス の変数ome.services.roi.GeomTool
 
hasStats() - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Returns true if the channel has some channel information false otherwise.
helper - クラス の変数ome.services.blitz.impl.ScriptI
 
Helper - ome.services.blitz.measurementsのクラス
Parallel type hierarchy to Column to facilitate (and speed-up) working with columns without adding methods to the slice definitions.
Helper() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.measurements.Helper
 
helper - クラス の変数ome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
Helper - omero.cmdのクラス
Helper object for all omero.cmd implementations.
Helper(Request, Status, SqlAction, Session, ServiceFactory) - クラス のコンストラクタomero.cmd.Helper
 
hierarchyNavigator - クラス の変数omero.cmd.graphs.Preprocessor
 
holder - クラス の変数ome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
holder - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
hostname - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
HTM - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the HTM file formats.
HTML - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the HTML file formats.
HtmlMessenger - ome.formats.importer.utilのクラス
This class allows you to submit a URL and a String hash map of key-value pairs to be posted to the URL in question.
HtmlMessenger(String, List<Part>) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.HtmlMessenger
Instantiate html messenger
HtmlMessengerException - ome.formats.importer.utilの例外
 
HtmlMessengerException(String, Exception) - 例外 のコンストラクタome.formats.importer.util.HtmlMessengerException
 

I

ice_exception(Exception) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI.AMD_submit
 
ice_postUnmarshal() - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
Called as Ice converts from a binary stream to a PermissionsI object.
ice_response(HandlePrx) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI.AMD_submit
 
IceMapper - omero.utilのクラス
Responsible for the mapping of ome.* types to omero.* types and back again.
IceMapper() - クラス のコンストラクタomero.util.IceMapper
 
IceMapper(IceMapper.ReturnMapping) - クラス のコンストラクタomero.util.IceMapper
 
IceMapper.ReturnMapping - omero.utilのインタフェース
 
IceMethodInvoker - ome.services.blitz.utilのクラス
Method-cache primed either with an ServiceInterface instance or with a Class with generic type ServiceInterface.
IceMethodInvoker(ServiceInterface, OmeroContext) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.IceMethodInvoker
Create an IceMethodInvoker instance using the Class of the passed argument to call IceMethodInvoker#IceMethodInvoker(Class).
IceMethodInvoker(Class<S>, OmeroContext) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.IceMethodInvoker
Creates an IceMethodInvoker instance by using reflection on the Class argument.
id - クラス の変数ome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
id - クラス の変数ome.services.blitz.util.FindServiceFactoryMessage
 
IGraphModifyRequest - omero.cmd.graphsのインタフェース
Extension of IRequest to allow copying GraphModify objects during pre-processing.
IHandle - omero.cmdのインタフェース
SPIOrthogonal interface hierarchy of types for working with the Request hierarchy.
IllegalArgumentException - omeroの例外
 
IllegalArgumentException(String) - 例外 のコンストラクタomero.IllegalArgumentException
 
IMAGE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the Pixels#IMAGE field.
IMAGE_LINKS - クラス のstatic変数pojos.DatasetData
Identifies the Dataset#IMAGELINKS field.
ImageAcquisitionData - pojosのクラス
Object hosting the acquisition metadata.
ImageAcquisitionData(Image) - クラス のコンストラクタpojos.ImageAcquisitionData
Creates a new instance.
imageCount - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
ImageData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Image along with links to its Pixels, enclosing Datasets, and the Experimenter that owns this Image.
ImageData() - クラス のコンストラクタpojos.ImageData
Creates a new instance.
ImageData(Image) - クラス のコンストラクタpojos.ImageData
Creates a new instance.
imageID - クラス の変数loci.ome.io.OMECredentials
 
ImageNameMetadataStore - ome.formatsのクラス
Stores all Image names consumed by the interface.
ImageNameMetadataStore() - クラス のコンストラクタome.formats.ImageNameMetadataStore
 
ImageService - ome.services.blitz.gateway.servicesのインタフェース
 
ImageServiceImpl - ome.services.blitz.gateway.services.implのクラス
 
ImageServiceImpl(GatewayFactory) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
Instantiate the imageService with the serviceFactory.
IMPORT_LOG_MIMETYPE - クラス のstatic変数ome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
media type for import logs
ImportableFiles - ome.services.blitz.repoのクラス
A helper class used to obtain the import candidates
ImportCandidates - ome.formats.importerのクラス
Utility class which given any File object will determine the correct number and members of a given import.
ImportCandidates(OMEROWrapper, String[], IObserver) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportCandidates
ImportCandidates(int, OMEROWrapper, String[], IObserver) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportCandidates
Main constructor which iterates over all the paths calling DirectoryWalker.walk(File, Collection) and permitting a descent to the given depth.
importCandidates(ImportConfig, ImportCandidates) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
Primary user method for importing a number
ImportCandidates.CANCEL - ome.formats.importerの例外
Marker exception raised if the ImportCandidates.SCANNING.cancel() method is called by an IObserver instance.
ImportCandidates.CANCEL() - 例外 のコンストラクタome.formats.importer.ImportCandidates.CANCEL
 
ImportCandidates.SCANNING - ome.formats.importerのクラス
Event raised during a pass through the directory structure given to ImportCandidates.
ImportCandidates.SCANNING(File, int, int, int) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportCandidates.SCANNING
 
ImportConfig - ome.formats.importerのクラス
Utility class which configures the Import.
ImportConfig() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig
Simplest constructor which use calls ImportConfig.ImportConfig(File) with null.
ImportConfig(File) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig
Calls ImportConfig#ImportConfig(Preferences, PreferenceContext, IniFileLoader, Properties) with user preferences, a local PreferenceContext, an IniFileLoader initialized with the given argument, and System.getProperties().
ImportConfig(Preferences, IniFileLoader, Properties) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig
Complete constructor.
ImportConfig.AnnotationListValue - ome.formats.importerのクラス
 
ImportConfig.AnnotationListValue(String, ImportConfig, List<Annotation>) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.AnnotationListValue
 
ImportConfig.BoolValue - ome.formats.importerのクラス
 
ImportConfig.BoolValue(String, ImportConfig, boolean) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.BoolValue
 
ImportConfig.DoubleArrayValue - ome.formats.importerのクラス
 
ImportConfig.DoubleArrayValue(String, ImportConfig, Double[]) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.DoubleArrayValue
 
ImportConfig.FileValue - ome.formats.importerのクラス
 
ImportConfig.FileValue(String, ImportConfig) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.FileValue
 
ImportConfig.IntValue - ome.formats.importerのクラス
 
ImportConfig.IntValue(String, ImportConfig, int) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.IntValue
 
ImportConfig.IntValue(String, ImportConfig, int, String) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.IntValue
 
ImportConfig.LongValue - ome.formats.importerのクラス
 
ImportConfig.LongValue(String, ImportConfig, Long) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.LongValue
 
ImportConfig.PassValue - ome.formats.importerのクラス
 
ImportConfig.PassValue(String, ImportConfig) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.PassValue
 
ImportConfig.StrValue - ome.formats.importerのクラス
 
ImportConfig.StrValue(String, ImportConfig) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.StrValue
 
ImportConfig.StrValue(String, ImportConfig, String) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.StrValue
 
ImportConfig.StrValue(String, ImportConfig, String, String) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportConfig.StrValue
 
ImportConfig.Value<T> - ome.formats.importerのクラス
Container which thread-safely makes a generic configuration value available, without requiring getters and setters.
ImportContainer - ome.formats.importerのクラス
 
ImportContainer(File, IObject, Double[], String, String[], Boolean) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportContainer
 
ImportContainer(ImportConfig, File, IObject, Double[], String, String[], Boolean) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportContainer
 
ImportEvent - ome.formats.importerのクラス
Simple event base-class used by IObservable and IObserver implementations.
ImportEvent() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent
 
ImportEvent.ADD - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.ADD() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.ADD
 
ImportEvent.BEGIN_POST_PROCESS - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.BEGIN_POST_PROCESS(int, String, IObject, Long, int, ImportSize) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.BEGIN_POST_PROCESS
 
ImportEvent.BEGIN_SAVE_TO_DB - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.BEGIN_SAVE_TO_DB(int, String, IObject, Long, int, ImportSize) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.BEGIN_SAVE_TO_DB
 
ImportEvent.COUNT_EVENT - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.DATA_STORED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.DATA_STORED(int, String, IObject, Long, int, ImportSize) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.DATA_STORED
 
ImportEvent.DATASET_STORED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.DATASET_STORED(int, String, IObject, Long, int, ImportSize, Integer, Integer) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.DATASET_STORED
 
ImportEvent.DEBUG_SEND - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.DEBUG_SEND(boolean, boolean) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.DEBUG_SEND
 
ImportEvent.END_POST_PROCESS - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.END_POST_PROCESS(int, String, IObject, Long, int, ImportSize) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.END_POST_PROCESS
 
ImportEvent.END_SAVE_TO_DB - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.END_SAVE_TO_DB(int, String, IObject, Long, int, ImportSize) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.END_SAVE_TO_DB
 
ImportEvent.ERRORS_COMPLETE - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.ERRORS_COMPLETE() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.ERRORS_COMPLETE
 
ImportEvent.ERRORS_FAILED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.ERRORS_FAILED() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.ERRORS_FAILED
 
ImportEvent.ERRORS_PENDING - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.ERRORS_PENDING() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.ERRORS_PENDING
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_BYTES - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_BYTES(String, int, int, Long, Long, Long, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_BYTES
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_CANCELLED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_CANCELLED(String, int, int, Long, Long, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_CANCELLED
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_COMPLETE - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_COMPLETE(String, int, int, Long, Long, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_COMPLETE
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_ERROR - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_ERROR(String, int, int, Long, Long, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_ERROR
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_EVENT - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_FAILED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_FAILED(String, int, int, Long, Long, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_FAILED
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_FINISHED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_FINISHED(String, int, int, Long, Long, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_FINISHED
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_STARTED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILE_UPLOAD_STARTED(String, int, int, Long, Long, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_STARTED
 
ImportEvent.FILESET_UPLOAD_END - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILESET_UPLOAD_END(String, int, int, Long, Long, String[], List<String>, Map<Integer, String>, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILESET_UPLOAD_END
 
ImportEvent.FILESET_UPLOAD_PREPARATION - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILESET_UPLOAD_PREPARATION(String, int, int, Long, Long, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILESET_UPLOAD_PREPARATION
 
ImportEvent.FILESET_UPLOAD_START - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.FILESET_UPLOAD_START(String, int, int, Long, Long, Exception) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.FILESET_UPLOAD_START
 
ImportEvent.IMPORT_ARCHIVING - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.IMPORT_ARCHIVING(int, String, IObject, Long, int, ImportSize) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_ARCHIVING
 
ImportEvent.IMPORT_DONE - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.IMPORT_DONE(int, String, IObject, Long, int, ImportSize, List<Pixels>, Fileset, List<IObject>) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_DONE
 
ImportEvent.IMPORT_OVERLAYS - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.IMPORT_OVERLAYS(int, String, IObject, Long, int, ImportSize) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_OVERLAYS
 
ImportEvent.IMPORT_PROCESSING - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.IMPORT_PROCESSING(int, String, IObject, Long, int, ImportSize) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_PROCESSING
 
ImportEvent.IMPORT_STEP - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.IMPORT_STEP(int, int, int) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_STEP
 
ImportEvent.LOADED_IMAGE - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.LOADED_IMAGE(String, Integer, Integer, Integer) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.LOADED_IMAGE
 
ImportEvent.LOADING_IMAGE - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.LOADING_IMAGE(String, Integer, Integer, Integer) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.LOADING_IMAGE
 
ImportEvent.LOGGED_IN - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.LOGGED_IN() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.LOGGED_IN
 
ImportEvent.LOGGED_OUT - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.LOGGED_OUT() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.LOGGED_OUT
 
ImportEvent.METADATA_IMPORTED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.METADATA_IMPORTED(int, String, IObject, Long, int, ImportSize, Integer, Integer, Long) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.METADATA_IMPORTED
 
ImportEvent.METADATA_PROCESSED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.METADATA_PROCESSED(int, String, IObject, Long, int, ImportSize, Integer, Integer, Long) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.METADATA_PROCESSED
 
ImportEvent.OBJECTS_RETURNED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.OBJECTS_RETURNED(int, String, IObject, Long, int, ImportSize, Integer, Integer, Long) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.OBJECTS_RETURNED
 
ImportEvent.PIXELDATA_PROCESSED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.PIXELDATA_PROCESSED(int, String, IObject, Long, int, ImportSize, Integer, Integer, Long) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.PIXELDATA_PROCESSED
 
ImportEvent.POST_UPLOAD_EVENT - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.POST_UPLOAD_EVENT(int, String, IObject, Long, int, ImportSize, Integer, Integer, Long) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.POST_UPLOAD_EVENT
 
ImportEvent.PROGRESS_EVENT - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.PROGRESS_EVENT(int, String, IObject, Long, int, ImportSize, Integer, Integer) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
ImportEvent.REIMPORT - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.REIMPORT() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.REIMPORT
 
ImportEvent.THUMBNAILS_GENERATED - ome.formats.importerのクラス
 
ImportEvent.THUMBNAILS_GENERATED(int, String, IObject, Long, int, ImportSize, Integer, Integer, Long) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportEvent.THUMBNAILS_GENERATED
 
importFileset(Fileset, ImportSettings, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Return a template based directory path.
ImportFixture - ome.formats.importerのクラス
test fixture for importing files without a GUI.
ImportFixture(OMEROMetadataStoreClient, OMEROWrapper) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportFixture
 
importImage(ImportContainer, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
Perform an image import uploading files if necessary.
ImportLibrary - ome.formats.importerのクラス
support class for the proper usage of OMEROMetadataStoreClient and FormatReader instances.
ImportLibrary(OMEROMetadataStoreClient, OMEROWrapper) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportLibrary
The default implementation of FileTransfer performs a no-op and therefore need not have FileTransfer#afterTransfer(int, File[]) as with the ImportLibrary.ImportLibrary(OMEROMetadataStoreClient, OMEROWrapper, FileTransfer) constructor.
ImportLibrary(OMEROMetadataStoreClient, OMEROWrapper, FileTransfer) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportLibrary
The library will not close the client instance.
ImportLibrary(OMEROMetadataStoreClient, OMEROWrapper, FileTransfer, int) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportLibrary
 
ImportLibrary.ImportCallback - ome.formats.importerのクラス
 
ImportLibrary.ImportCallback(ImportProcessPrx, HandlePrx, ImportContainer) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportLibrary.ImportCallback
 
importMetadata(MetadataImportJob) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
Uses the OMEROMetadataStoreClient to save all metadata for the current image provided.
importPaths(List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
 
ImportSize - ome.formats.importerのクラス
Calculates the various dimensions of an image from a Pixels instance.
ImportSize(String, Pixels, String) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.ImportSize
 
index - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.COUNT_EVENT
 
index - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
Index - ome.formatsの列挙型
 
index(IndexingJob) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
indexObject_async(AMD_IUpdate_indexObject, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.UpdateI
 
info(String, Object...) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
IniFileLoader - ome.formats.importer.utilのクラス
This class loads in the default importer.ini file (or one specified from the command line when starting the app)
IniFileLoader(File) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.IniFileLoader
Load given file
init(ObjectAdapter, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
Typically called from within BlitzConfiguration after the communicator and adapter have been properly setup.
init(Helper) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.commands.SaveI
 
init(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.FileMaker
 
init(Helper) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
init(Helper) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.DoAllI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.ListRequestsI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.TimingI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.fs.ManageImageBinariesI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChgrpI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChmodI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChownI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.DeleteI
 
init(Helper) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.GraphSpecListI
 
init(Helper) - インタフェース のメソッドomero.cmd.IRequest
Method called within the transaction boundaries before any processing occurs.
initFile(String) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
initFile(String) - クラス のメソッドome.services.formats.OmeroReader
 
initializationDone() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Subclasses which must perform their own initialization before CmdCallbackI.onFinished(Response, Status, Current) is called should call CmdCallbackI.initializationDone() once that setup is complete.
initialize(ServiceFactoryPrx) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Initializes the MetadataStore with an already logged in, ready to go service factory.
initialize(client) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Initializes the MetadataStore with an already logged in, ready to go service factory.
initialize(String, String, String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Initializes the MetadataStore taking string parameters to feed to the OMERO Blitz client object.
initialize(String, String, String, int, boolean) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Initializes the MetadataStore taking string parameters to feed to the OMERO Blitz client object.
initialize(String, String, String, int, Long, boolean) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Initializes the MetadataStore taking string parameters to feed to the OMERO Blitz client object.
initialize(String, int, String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Initializes the MetadataStore by joining an existing session.
initialize(String, int, String, boolean) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Initializes the MetadataStore by joining an existing session.
initialize(ServiceFactoryPrx, List<Pixels>, List<Long>) - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
Initializes the metadata store implementation.
initialize(Session) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
initialize(String[], String[], Class[], Map<String, Object>) - クラス のメソッドome.services.blitz.measurements.MeasurementStore
 
initialize(String[], String[], Class[], Map<String, Object>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.measurements.OmeroMeasurementStore
 
initialize(FileMaker, Long, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Called by the internal repository once initialization has taken place.
initialize(Identity, IRequest, Map<String, String>) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
initialize(Identity, IRequest, Map<String, String>) - インタフェース のメソッドomero.cmd.IHandle
Must be called on all instances exactly once before processing.
initializeRedirect(Redirector.Context, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
Set the new redirect value if null, or if the uuid is null or empty, then the existing redirect will be removed.
insertEntity(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
INSIGHT_PUBLISHED_NS - クラス のstatic変数pojos.BooleanAnnotationData
The name space used to indicate that the tag is used a tag set.
INSIGHT_RATING_NS - クラス のstatic変数pojos.RatingAnnotationData
The name space used to identify the archived annotation linked to a set of pixels.
INSIGHT_TAGSET_NS - クラス のstatic変数pojos.TagAnnotationData
The name space used to indicate that the tag is used a tag set.
InstanceProvider - ome.formats.modelのインタフェース
An instance provider, whose job is to make OMERO Blitz classes available to a consumer based on a set of criteria.
INSTITUTION - クラス のstatic変数pojos.ExperimenterData
Identifies the Experimenter#INSTITUTION field.
InstrumentData - pojosのクラス
Hosts the instrument used to capture an image.
InstrumentData(Instrument) - クラス のコンストラクタpojos.InstrumentData
Creates a new instance.
InstrumentProcessor - ome.formats.modelのクラス
Processes the members of an Instrument (Objective, OTF, Arc Laser and Filament) and ensures that the Instrument containers are present in the container cache, adding them if they are missing.
InstrumentProcessor() - クラス のコンストラクタome.formats.model.InstrumentProcessor
 
INT16_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
INT32_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
INT8_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
InteractiveProcessorI - omero.gridのクラス
Processor implementation which delegates to an omero.grid.Processor servant.
InteractiveProcessorI(Principal, SessionManager, Executor, ProcessorPrx, Job, long, SessionControlPrx, ParamsHelper, ScriptRepoHelper, Current) - クラス のコンストラクタomero.grid.InteractiveProcessorI
 
internalMkdir(CheckedPath) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
This method should only be used by the register public method in order to guarantee that the DB is kept in sync with the file system.
InternalRepositoryConfig - ome.services.blitz.repoのクラス
Simple configuration class which is created via repository.xml Spring configuration file after the OMERO.repository context is loaded.
InternalRepositoryConfig(String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.InternalRepositoryConfig
 
InternalRepositoryI - ome.services.blitz.repoのクラス
Standalone repository service.
InternalRepositoryI(ObjectAdapter, Registry, Executor, Principal, String, PublicRepositoryI) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.InternalRepositoryI
 
internalServantConfig(Object) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
internalServantConfig(Object) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
 
InThreadThrottlingStrategy - ome.services.throttlingのクラス
Throttling implementation which uses the calling server Thread for execution.
InThreadThrottlingStrategy(CurrentDetails) - クラス のコンストラクタome.services.throttling.InThreadThrottlingStrategy
 
invalidateConnection_async(AMD_IShare_invalidateConnection, long, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
invoke(MethodInvocation) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.AopContextInitializer
 
invoke(Object, Current, IceMapper, Object...) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.IceMethodInvoker
Calls the method named in Current.operation with the arguments provided mapped via the IceMapper instance.
invoke(MethodInvocation) - クラス のメソッドomero.cmd.CallContext
 
invoker - クラス の変数ome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
If a service is provided, then an invoker will be created to cache all of its methods.
IObjectContainerStore - ome.formats.modelのインタフェース
An object that handles the storage and manipulation of IObject containers and their references.
IObservable - ome.formats.importerのインタフェース
 
IObserver - ome.formats.importerのインタフェース
 
IQueryEnumProvider - ome.formats.enumsのクラス
An enumeration provider which uses IQuery and a cache to fulfill the contract of an EnumerationProvider.
IQueryEnumProvider(IQueryPrx) - クラス のコンストラクタome.formats.enums.IQueryEnumProvider
Default IQuery based enumeration provider constructor.
IRequest - omero.cmdのインタフェース
SPI Orthogonal interface hierarchy of types for working with the Request hierarchy.
isAcceptable(List<String>) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.MakeNextDirectory
If the circumstances (filesystem, etc.) are such that it is okay to use the given subdirectories.
isAccepted(boolean, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ProcessorCallbackI
非推奨です。
isActive(Long, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
isActive(Long, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Is the channel active.
isActive() - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Returns true if the experimenter is active, false otherwise.
isActive_async(AMD_RenderingEngine_isActive, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
isAllowLeadingWildcard_async(AMD_Search_isAllowLeadingWildcard, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
isArchived() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns true if the image has been archived, false otherwise.
isCancelled() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Returns whether Status::CANCELLED is contained in the flags variable of the Status instance.
isCaseSensitive_async(AMD_Search_isCaseSensitive, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
isClientObject() - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Returns true if the object one that has been created client side.
isClientSide() - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns true if the object a client-side object, false otherwise.
isDebugConsole() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
isDebugUI() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
isDetectorSettingsDirty() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns true if the detector settings has been updated, false otherwise.
isDirectory() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
isDirectory() - クラス のメソッドpojos.FileData
Returns true if the file is a directory, false otherwise.
isDirty() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns true if setter value has modified the value of the stored IObject, false otherwise.
isDisallow(int, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isEncryptedConnection() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
isEndTime() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns true if the map contains the end time parameter, false otherwise.
isExperimenter() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns true if the filter contains and ownerId parameter, false otherwise.
isFailure() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Returns whether Status::FAILURE is contained in the flags variable of the Status instance.
isFloat(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
isFloat(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
Are the bytes in the image floats.
isFloat_async(AMD_RawPixelsStore_isFloat, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
isFloat_async(AMD_RawPixelsStore_isFloat, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
isFontBold() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns true if it is bold, false otherwise.
isFontItalic() - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns true if it is italic, false otherwise.
isFSImage() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns true is the image has been imported the new import strategy known as FS import, false if imported using the previous import approach (data duplication).
isGroup() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns true if the filter contains an groupId, false otherwise.
isGroupAnnotate(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isGroupAnnotate() - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Returns true if the group has annotate access i.e.
isGroupRead(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isGroupRead() - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Returns true if the group has read access i.e.
isGroupWrite(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isGroupWrite() - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Returns true if the group has write access i.e.
isHidden() - クラス のメソッドpojos.FileData
Returns true if the file is hidden, false otherwise.
isImagingEnvironmentDirty() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns true if the StageLabel has been updated, false otherwise.
isImmutable(Object) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
isInProgress_async(AMD_ThumbnailStore_isInProgress, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
isLast(int) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Returns true if this is the last step for the given request.
isLegalFsFile(FsFile) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.ServerFilePathTransformer
Test if the given FsFile has been properly sanitized by the client.
isLeicaReader() - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
 
isLifetime() - クラス のメソッドpojos.ImageData
Returns true if the image is a lifetime image, false otherwise.
isLightSourceSettingsDirty() - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns true if the light source settings has been updated, false otherwise.
isLoaded() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns true if the object is loaded, false otherwise.
isMemberOfGroup(long) - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Checks if supplied group id matches any group to which the current experimenter belongs to.
isMergedBatches_async(AMD_Search_isMergedBatches, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
isMinMaxSet() - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
 
isMovieFile() - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Returns true if it is a movie file.
isNullablePrimitive(Class<?>) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
isObjectiveSettingsDirty() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns true if the objective settings has been updated, false otherwise.
isOMERO - クラス の変数loci.ome.io.OMECredentials
 
isPagination() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns true if the filter contains a limit OR a offset, false otherwise.
isPixelsTypeSigned_async(AMD_RenderingEngine_isPixelsTypeSigned, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
isPrimitive(Class<?>) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
isProxyAccepted(boolean, String, ProcessorPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ProcessorCallbackI
Callback method called by the remote processor instance.
isReadOnly() - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Returns true if the object a read-only object, false otherwise.
isRepeatable() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploadCounter
 
isReturnUnloaded_async(AMD_Search_isReturnUnloaded, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
isRoot - クラス の変数ome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
isSecure() - クラス のメソッドomero.client
Specifies whether or not this client was created via a call to client.createClient(boolean) with a boolean of false.
isSend(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Check if files need sending at error container index
isSigned(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
isSigned(long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
Are the bytes in the image signed.
isSigned_async(AMD_RawPixelsStore_isSigned, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
isSigned_async(AMD_RawPixelsStore_isSigned, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
isSPWReader() - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
 
isStageLabelDirty() - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Returns true if the position has been updated, false otherwise.
isStartTime() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Returns true if the map contains the start time parameter, false otherwise.
isStatisticsEnabled() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
Are statistics logged
isThisType(String, boolean) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
isThisType(String, boolean) - クラス のメソッドome.services.formats.OmeroReader
 
isThisType(RandomAccessInputStream) - クラス のメソッドome.services.formats.OmeroReader
 
isUpgradeNeeded() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
Check online to see if this is the current version
isUseProjections_async(AMD_Search_isUseProjections, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
isUserAnnotate(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isUserRead(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isUserRead() - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Returns true if the user has read access, false otherwise.
isUserWrite(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isUserWrite() - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Returns true if the user has write access, false otherwise.
isVisible() - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Returns true if the shape is visible, false otherwise.
isVoid(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.IceMethodInvoker
Checks for a void return type, which is needed to know what type of ice_response() method to invoke.
isVoid - クラス の変数ome.services.throttling.Task
 
isVoid() - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
Returns true only if the current mapping is the IceMapper.VOID mapping.
isWindows() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer
Uses os.name to determine whether or not this JVM is running under Windows.
isWorldAnnotate(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isWorldRead(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isWorldRead() - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Returns true if the world has read access, false otherwise.
isWorldWrite(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
isWorldWrite() - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Returns true if the world has write access, false otherwise.
isWrapperArray(Class<?>) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 

J

jobError_async(AMD_JobHandle_jobError, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
jobFinished_async(AMD_JobHandle_jobFinished, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
JobHandleI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the JobHandle service.
JobHandleI(JobHandle, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
jobMessage_async(AMD_JobHandle_jobMessage, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
jobRunning_async(AMD_JobHandle_jobRunning, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
jobStatus_async(AMD_JobHandle_jobStatus, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
joinSession(String) - クラス のメソッドomero.client
Uses the given session uuid as name and password to rejoin a running session.

K

keepAlive(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
Keep service alive.
keepAlive() - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayFactory
 
keepAlive() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.GatewayService
Keep service alive.
keepAlive(ServiceInterfacePrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
Currently ignoring the individual proxies
keepAllAlive(ServiceInterfacePrx[], Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
kill(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
killSession() - クラス のメソッドomero.client
Calls ISession.closeSession(omero.model.Session) until the returned reference count is greater than zero.
knownManagers() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
 

L

LASER - クラス のstatic変数pojos.LightSourceData
Indicates that the light source is a laser.
lastModified() - クラス のメソッドpojos.FileData
Returns when the file was last modified.
LASTNAME - クラス のstatic変数pojos.ExperimenterData
Identifies the Experimenter#LASTNAME field.
lastPlane() - クラス のメソッドpojos.ROIData
Returns the last plane that the ROI ends on.
launchProcessing() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
LdapI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the ILdap service.
LdapI(ILdap, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.LdapI
 
leaves() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the leaf parameter to true.
LegacyRepositoryI - ome.services.blitz.repoのクラス
Repository which makes the ${omero.data.dir} directory available via the standard Repository API.
LegacyRepositoryI(ObjectAdapter, Registry, Executor, Principal, String, PublicRepositoryI) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.LegacyRepositoryI
 
LegacyRepositoryI(ObjectAdapter, Registry, Executor, Principal, FileMaker, PublicRepositoryI) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.LegacyRepositoryI
 
LEVEL_FIVE - クラス のstatic変数pojos.RatingAnnotationData
Indicates the object is rated with five stars.
LEVEL_FOUR - クラス のstatic変数pojos.RatingAnnotationData
Indicates the object is rated with four stars.
LEVEL_ONE - クラス のstatic変数pojos.RatingAnnotationData
Indicates the object is rated with one star.
LEVEL_THREE - クラス のstatic変数pojos.RatingAnnotationData
Indicates the object is rated with three stars.
LEVEL_TWO - クラス のstatic変数pojos.RatingAnnotationData
Indicates the object is rated with two stars.
LEVEL_ZERO - クラス のstatic変数pojos.RatingAnnotationData
Indicates the object is not rated.
library - クラス の変数ome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Base importer library, this is what we actually use to import.
LIGHT_EMITTING_DIODE - クラス のstatic変数pojos.LightSourceData
Indicates that the light source is a light emitting diode.
LightPathData - pojosのクラス
Object hosting a light path.
LightPathData(LightPath) - クラス のコンストラクタpojos.LightPathData
Creates a new instance.
LightSourceData - pojosのクラス
Object hosting a light source: filament, arc, laser or light emitting diode
LightSourceData(LightSource) - クラス のコンストラクタpojos.LightSourceData
Creates a new instance.
LINE_CAP_BUTT - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
The Butt descriptor.
LINE_CAP_ROUND - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
The Round descriptor.
LINE_CAP_SQUARE - クラス のstatic変数pojos.ShapeSettingsData
The Square descriptor.
LineData - pojosのクラス
Represents a line in the Euclidean space R2.
LineData(Shape) - クラス のコンストラクタpojos.LineData
Creates a new instance.
LineData() - クラス のコンストラクタpojos.LineData
Create a new instance of LineData, creating a new LineI Object.
LineData(double, double, double, double) - クラス のコンストラクタpojos.LineData
Create a new instance of the LineData,
link_async(AMD_IContainer_link, List<IObject>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
list(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
listChecksumAlgorithms(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
 
listFiles(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
listImports(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
 
LISTOBJECTARRAY_TO_RTYPESEQSEQ - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
listProcesses(Collection<Long>) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer
 
ListRequestsI - omero.cmd.basicのクラス
 
ListRequestsI(OmeroContext) - クラス のコンストラクタomero.cmd.basic.ListRequestsI
 
ln(double, double, double, double) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
 
load() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.Value
Loads properties from various locations.
load() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChmodI
 
load_async(AMD_RenderingEngine_load, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
loadAll() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
Loads all the values for which it makes sense to have a preferences values.
loadAnnotation_async(AMD_IMetadata_loadAnnotation, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
loadAnnotations_async(AMD_IMetadata_loadAnnotations, String, List<Long>, List<String>, List<Long>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
loadAnnotationsUsedNotOwned_async(AMD_IMetadata_loadAnnotationsUsedNotOwned, String, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
loadChannelAcquisitionData_async(AMD_IMetadata_loadChannelAcquisitionData, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
loadCollection(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
loadContainerHierarchy_async(AMD_IContainer_loadContainerHierarchy, String, List<Long>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
loaded - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
loadEntity(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
loadFileAnnotation() - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
Only called if OriginalMetadataRequestI.loadFileset() finds no Fileset.
loadFileset() - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
Searches for a Fileset attached to this Image, and if present, uses Bio-Formats to parse the metadata into the OriginalMetadataResponse instance.
loadFilesets(List<Long>, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Load filesets by id.
loadFilesets(List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
loadGui() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
Loads gui specific values for which it makes sense to have a preferences values.
loadInstrument_async(AMD_IMetadata_loadInstrument, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
loadLogFile() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary.ImportCallback
 
loadLogFiles_async(AMD_IMetadata_loadLogFiles, String, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
loadMeasuredRois(Session, long, long) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
loadOriginalFile(RawFileStorePrx) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
Use RawFileStorePrx.getFileId() in order to load the OriginalFile that the service argument is acting on.
loadRenderingDef_async(AMD_RenderingEngine_loadRenderingDef, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
loadRndSettings_async(AMD_IPixels_loadRndSettings, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
loadScripts(ServiceFactory, Parameters) - クラス のメソッドome.services.scripts.ScriptFinder
Load all scripts that match the name, hash, and format for script
loadSpecifiedAnnotations_async(AMD_IMetadata_loadSpecifiedAnnotations, String, List<String>, List<String>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
loadSpecifiedAnnotationsLinkedTo_async(AMD_IMetadata_loadSpecifiedAnnotationsLinkedTo, String, List<String>, List<String>, String, List<Long>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
loadSpecs() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
loadTagContent_async(AMD_IMetadata_loadTagContent, List<Long>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
loadTagSets_async(AMD_IMetadata_loadTagSets, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
local(AbstractRepositoryI, PublicRepositoryI, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
Method called locally to the repository during RawAccessRequestI.rawAccess().
loci.ome.io - パッケージ loci.ome.io
OME I/O: a library for OME database import, upload and download.
loci.ome.io.services - パッケージ loci.ome.io.services
 
log - クラス の変数ome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer
 
log - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
log - クラス の変数ome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
log - クラス の変数ome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
 
log - クラス の変数ome.services.roi.GeomTool
 
log - クラス の変数ome.services.roi.PixelData
 
log - クラス の変数ome.services.scripts.ScriptFinder
 
log - クラス の変数ome.services.throttling.AbstractThrottlingStrategy
 
log - クラス の変数omero.util.ObjectFactoryRegistry
 
LOG_FILE_NS - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
The name space used to indicate that the FileAnnotation is an import log file.
LOGFILE - クラス のstatic変数ome.formats.importer.util.IniFileLoader
Public in order to configure LogAppenderProxy, but then the value might as well be configured in the log4j.properties file
logFile - クラス の変数ome.services.blitz.repo.ManagedImportLocationI
 
logFileId - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.POST_UPLOAD_EVENT
 
LoggingImportMonitor - ome.formats.importer.cliのクラス
Basic import process monitor that writes information to the log.
LoggingImportMonitor() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.cli.LoggingImportMonitor
 
login(String, String, String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.HtmlMessenger
Login to website
logout() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Destroys the sessionFactory and closes the client.
logSummary() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
log in info level the main statistics
logVersionInfo(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
LongAnnotationData - pojosのクラス
Wraps a long annotation.
LongAnnotationData(long) - クラス のコンストラクタpojos.LongAnnotationData
Creates a new instance.
LongAnnotationData() - クラス のコンストラクタpojos.LongAnnotationData
Creates a new instance.
LongAnnotationData(LongAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.LongAnnotationData
Creates a new instance.
lookupClusterNodes() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
lookupClusterNodes() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
Returns all found cluster nodes or null if something goes wrong during lookup (null QueryPrx for example)
lookupExperimenter_async(AMD_IAdmin_lookupExperimenter, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
lookupExperimenters_async(AMD_IAdmin_lookupExperimenters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
lookupGroup_async(AMD_IAdmin_lookupGroup, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
lookupGroups_async(AMD_IAdmin_lookupGroups, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
lookupLdapAuthExperimenter_async(AMD_IAdmin_lookupLdapAuthExperimenter, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
lookupLdapAuthExperimenters_async(AMD_IAdmin_lookupLdapAuthExperimenters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
lookupManagedRepository() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
Retrieves the first managed repository from the list of current active repositories.
lookupMonitorServers() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
lookupMonitorServers() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
 
lookupPixels_async(AMD_RenderingEngine_lookupPixels, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
lookupProcessors() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
lookupProcessors() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
 
lookupRenderingDef_async(AMD_RenderingEngine_lookupRenderingDef, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
lookupRepositories() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
lookupRepositories() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
 
lookupTables() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
lookupTables() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
 
loop(int, long) - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Calls block(long) "loops" number of times with the "ms" argument.
loop(int, long) - クラス のメソッドomero.grid.DeleteCallbackI
Calls DeleteCallbackI.block(long) "loops" number of times with the "ms" argument.
loop - クラス の変数omero.util.RPSTileData
 

M

main(String[]) - クラス のstaticメソッドloci.ome.io.OmeroReader
A simple command line tool for downloading images from OMERO.
main(String[]) - クラス のstaticメソッドome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Command line application entry point which parses CLI arguments and passes them into the importer.
main(String[]) - クラス のstaticメソッドome.formats.importer.util.FileUploader
Main for testing (debugging only)
main(String[]) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.Entry
Entry point to the server.
main(String[]) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.Status
Uses the passed args to create an Communicator.
main(String[]) - クラス のstaticメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
 
main(String[]) - クラス のstaticメソッドomero.util.TempFileManager
Command-line interface to the global TempFileManager instance ( #manger).
makeAdjustedCurrent(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
makeAndLaunchHandle(Identity, DeleteCommand...) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
makeAndLaunchHandle(Current, Identity, DeleteCommand...) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
makeAndRun(Identity, DeleteCommand...) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
makeAndRun(Current, Identity, DeleteCommand...) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
makeCheckedDirs(LinkedList<CheckedPath>, boolean, Session, ServiceFactory, SqlAction, EventContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Checks for the top-level user directory restriction before calling PublicRepositoryI#makeCheckedDirs(LinkedList, boolean, Current)
makeCheckedDirs(LinkedList<CheckedPath>, boolean, Session, ServiceFactory, SqlAction, EventContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Internal method to be used by subclasses to perform any extra checks on the listed of CheckedPath instances before allowing the creation of directories.
makeDir(String, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Create a nested path in the repository.
makeDir(CheckedPath, boolean, Session, ServiceFactory, SqlAction, EventContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
makeDirs(PublicRepositoryI, List<CheckedPath>, boolean, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Create a number of directories in a single transaction, using the PublicRepositoryI instance as a callback for implementation specific logic.
makeDirs(PublicRepositoryI, List<CheckedPath>, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
makeFactory(client) - クラス のstaticメソッドomero.model.DetailsI
 
MakeNextDirectory - ome.services.blitz.repo.pathのクラス
Abstracts a pattern for using repository template path directories in {@link ManagedRepositoryI.TemplateDirectoryCreator): pinpoint the next directory to use, then try to use it while watching for conflicts from other similar threads.
MakeNextDirectory() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.MakeNextDirectory
 
MakePathComponentSafe - ome.services.blitz.repo.pathのクラス
 
MakePathComponentSafe(FilePathRestrictions...) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.MakePathComponentSafe
 
ManagedImportLocationI - ome.services.blitz.repoのクラス
Server-side implementation of ImportLocation for also storing the CheckedPath instances for each used file.
ManagedImportLocationI() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.ManagedImportLocationI
 
ManagedImportProcessI - ome.services.blitz.repoのクラス
Represents a single import within a defined-session all running server-side.
ManagedImportProcessI(ManagedRepositoryI, Fileset, ImportLocation, ImportSettings, Current) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
Create and register a servant for servicing the import process within a managed repository.
ManagedImportRequestI - ome.services.blitz.repoのクラス
Wrapper around FilesetJobLink instances which need to be handled on the server-side.
ManagedImportRequestI(Registry, TileSizes, RepositoryDao, OMEROWrapper, String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
ManagedRepositoryI - ome.services.blitz.repoのクラス
Extension of the PublicRepository API which only manages files under ${omero.data.dir}/ManagedRepository.
ManagedRepositoryI(String, RepositoryDao) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Creates a ProcessContainer internally that will not be managed by background threads.
ManagedRepositoryI(String, RepositoryDao, ProcessContainer, ChecksumProviderFactory, String, String, String, Roles) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
 
ManageImageBinariesI - omero.cmd.fsのクラス
Workflow for converting attached original images into OMERO5+ filesets.
ManageImageBinariesI(PixelsService, ACLVoter) - クラス のコンストラクタomero.cmd.fs.ManageImageBinariesI
 
managerOrNull() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.TopicManager.Impl
 
map() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
map(List<String>) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
map(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataI
 
map() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
非推奨です。
map(Filterable[]) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
mapFlexServer(String, String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
Append keep to server map
mapReturnValue(IceMapper, Object) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI.RoiResultMapReturnMapper
 
mapReturnValue(IceMapper, Object) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI.RoiResultReturnMapper
 
mapReturnValue(Object) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
Convert the given Object via the set IceMapper.ReturnMapping.
mapReturnValue(IceMapper, Object) - インタフェース のメソッドomero.util.IceMapper.ReturnMapping
 
mapUserGroups() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Maps the user's groups for use by ScreenLogin.registerGroup() Also strips system groups from this map
markModified() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Mark this existing file as having been modified at the present moment.
MaskData - pojosのクラス
Represents an Mask in the Euclidean space R2.
MaskData(Shape) - クラス のコンストラクタpojos.MaskData
Creates a new instance.
MaskData() - クラス のコンストラクタpojos.MaskData
Creates a new instance of MaskData.
MaskData(double, double, double, double, byte[]) - クラス のコンストラクタpojos.MaskData
Creates a new instance of the MaskData.
matches(Class, Class) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.util.ApiConsistencyCheck
Defines what Class types match.
MEASUREMENT_NS - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
The name space used to indicate that the FileAnnotation is a Measurement file.
MeasurementStore - ome.services.blitz.measurementsのクラス
Parser API implementation for storing result measurements from SPW companion files as ROIs and OMERO.tables.
MeasurementStore(LocalUpdate, TablePrx) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.measurements.MeasurementStore
 
meta - クラス の変数ome.services.roi.PixelData
 
METADATA_LEVEL - クラス のstatic変数ome.formats.importer.ImportCandidates
 
MetadataI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IMetadata service.
MetadataI(IMetadata, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.MetadataI
Creates a new instance.
MetadataStoreI - ome.services.blitz.implのクラス
 
MetadataStoreI(BlitzExecutor, PopulateRoiJob, SqlAction, OriginalFilesService, String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
MIDDLENAME - クラス のstatic変数pojos.ExperimenterData
Identifies the Experimenter#MIDDLENAME field.
mime - クラス の変数ome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
mimetype(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Get the mimetype for a file.
minMaxSet - クラス の変数ome.formats.importer.OMEROWrapper
 
mkdir() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Create this directory on the underlying filesystem.
mkdirs() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Create this directory, and parents if necessary, on the underlying filesystem.
ModelException - ome.formats.modelの例外
Exception thrown when there is an object instantiation error or error processing the model.
ModelException(String) - 例外 のコンストラクタome.formats.model.ModelException
Default constructor.
ModelException(String, Class<? extends IObject>, Exception) - 例外 のコンストラクタome.formats.model.ModelException
Default constructor.
ModelObjectHandler - ome.formats.model.handlerのインタフェース
A model object handler whose purpose is to provide extra logic, such as enumeration not-null constraint fulfilment.
ModelObjectHandlerFactory - ome.formats.model.handlerのクラス
Factory for all available model handlers.
ModelObjectHandlerFactory(EnumerationProvider) - クラス のコンストラクタome.formats.model.handler.ModelObjectHandlerFactory
Default constructor.
ModelProcessor - ome.formats.modelのインタフェース
An object which performs post-processing on an IObjectContainerStore.
MODULO_NS - クラス のstatic変数pojos.XMLAnnotationData
The name space used to identify modulo concept.
MoveFileTransfer - ome.formats.importer.transfersのクラス
Local-only file transfer mechanism which makes use of hard-linking followed by the deletion of the original source file.
MoveFileTransfer() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.transfers.MoveFileTransfer
 
moveToCommonSpace_async(AMD_IAdmin_moveToCommonSpace, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
MOVIE_NS - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
The name space used to indicate that the FileAnnotation is a movie.
MS_EXCEL - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the Excel file formats.
MS_POWER_POINT - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the Power point file formats.
MS_POWER_POINT_SHOW - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the Power point file formats.
MS_POWER_POINT_X - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the Power point file formats.
MS_WORD - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the Word file formats.
MS_WORD_X - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the Word file formats.
MultiImageData - pojosのクラス
Handle image file composed of multiples files e.g. lei.
MultiImageData(OriginalFile) - クラス のコンストラクタpojos.MultiImageData
Creates a new instance.
mustEdit() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
mustExist() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Checks for existence of the original path, throwing an exception if not present.

N

name - 列挙型 の変数ome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictionInstance
 
NAME - クラス のstatic変数pojos.DatasetData
Identifies the Dataset#NAME field.
NAME - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Identifies the ExperimenterGroup#NAME field.
NAME - クラス のstatic変数pojos.ImageData
Identifies the Image#NAME field.
NAME - クラス のstatic変数pojos.PlateData
Identifies the Plate#NAME field.
NAME - クラス のstatic変数pojos.ProjectData
Identifies the Project#NAME field.
NAME - クラス のstatic変数pojos.ScreenData
Identifies the Screen#NAME field.
needsInit() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.FileMaker
 
newBlueColor() - クラス のstaticメソッドome.formats.model.ColorsFactory
Creates a new Blue Color object.
newGreenColor() - クラス のstaticメソッドome.formats.model.ColorsFactory
Creates a new Green Color object.
newGreyColor() - クラス のstaticメソッドome.formats.model.ColorsFactory
Creates a new Grey Color object.
newOMEROReader() - インタフェース のメソッドloci.ome.io.services.OMEReaderWriterService
Creates a new OMERO IFormatReader implementation.
newOMEROReader() - クラス のメソッドloci.ome.io.services.OMEReaderWriterServiceImpl
 
newOMEROWriter() - クラス のメソッドloci.ome.io.services.OMEReaderWriterServiceImpl
 
newRedColor() - クラス のstaticメソッドome.formats.model.ColorsFactory
Creates a new Red Color object.
newTable(long, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
newWhiteColor() - クラス のstaticメソッドome.formats.model.ColorsFactory
Creates a new White Color object.
next_async(AMD_Search_next, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
noAcquisitionData() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the acquisition data parameter to false.
nodeProxyQuery(Redirector.Context, String, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
 
noLeaves() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the leaf parameter to false.
noOrphan() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the orphan parameter to false.
noPage() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Nulls both the Filter.limit and Filter.offset values.
not_async(AMD_Search_not, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
notAnnotatedBy_async(AMD_Search_notAnnotatedBy, Details, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
notifyCallbacks() - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
Calls the proper notification on all callbacks based on the current HandleI.state.
notifyObservers(ImportEvent) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
 
notifyObservers(ImportEvent) - インタフェース のメソッドome.formats.importer.IObservable
Notify observers of event
notifyObservers(ImportEvent) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ClientKeepAlive
 
notifyObservers(ImportEvent) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
notifyObservers(ImportEvent) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploader
 
notOwnedBy_async(AMD_Search_notOwnedBy, Details, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
noUnique() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
nullDetails() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Returns true if the details are null otherwise false otherwise.
NullRedirector - ome.services.blitz.redirectのクラス
Redirector implementation to effectively disable redirects.
NullRedirector() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.redirect.NullRedirector
 
nullSafe(Integer) - クラス のメソッドpojos.DataObject
 
nullSafe(RInt) - クラス のメソッドpojos.DataObject
 
nullSafe(Long) - クラス のメソッドpojos.DataObject
 
nullSafe(Double) - クラス のメソッドpojos.DataObject
 
nullSafe(Float) - クラス のメソッドpojos.DataObject
 
nullSafe(RFloat) - クラス のメソッドpojos.DataObject
 
nullSafe(RDouble) - クラス のメソッドpojos.DataObject
 
numDone - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.COUNT_EVENT
 
numDone - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
numFiles - クラス の変数ome.formats.importer.ImportCandidates.SCANNING
 
numOfDirectories - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 

O

OBJECT_TO_RTYPE - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
OBJECTARRAY_TO_RTYPESEQ - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
ObjectFactoryRegistry - omero.utilのクラス
SPI type picked up from the Spring configuration and given a chance to register all its ObjectFactory instances with the Communicator.
ObjectFactoryRegistry() - クラス のコンストラクタomero.util.ObjectFactoryRegistry
 
ObjectFactoryRegistry.ObjectFactory - omero.utilのクラス
 
ObjectFactoryRegistry.ObjectFactory(String) - クラス のコンストラクタomero.util.ObjectFactoryRegistry.ObjectFactory
 
ObjectiveData - pojosのクラス
Hosts an objective used to capture an image.
ObjectiveData(Objective) - クラス のコンストラクタpojos.ObjectiveData
Creates a new instance.
objects - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_DONE
 
observers - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
obtainProxy(String, Redirector.Context, String, SessionControlPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
 
ome.formats - パッケージ ome.formats
 
ome.formats.enums - パッケージ ome.formats.enums
 
ome.formats.enums.handler - パッケージ ome.formats.enums.handler
 
ome.formats.importer - パッケージ ome.formats.importer
 
ome.formats.importer.cli - パッケージ ome.formats.importer.cli
 
ome.formats.importer.transfers - パッケージ ome.formats.importer.transfers
mechanism for shipping client-side files to the server-side.
ome.formats.importer.util - パッケージ ome.formats.importer.util
 
ome.formats.model - パッケージ ome.formats.model
 
ome.formats.model.handler - パッケージ ome.formats.model.handler
 
ome.services.blitz - パッケージ ome.services.blitz
 
ome.services.blitz.fire - パッケージ ome.services.blitz.fire
 
ome.services.blitz.gateway - パッケージ ome.services.blitz.gateway
 
ome.services.blitz.gateway.services - パッケージ ome.services.blitz.gateway.services
 
ome.services.blitz.gateway.services.impl - パッケージ ome.services.blitz.gateway.services.impl
 
ome.services.blitz.gateway.services.util - パッケージ ome.services.blitz.gateway.services.util
 
ome.services.blitz.impl - パッケージ ome.services.blitz.impl
 
ome.services.blitz.impl.commands - パッケージ ome.services.blitz.impl.commands
 
ome.services.blitz.measurements - パッケージ ome.services.blitz.measurements
 
ome.services.blitz.redirect - パッケージ ome.services.blitz.redirect
 
ome.services.blitz.repo - パッケージ ome.services.blitz.repo
 
ome.services.blitz.repo.path - パッケージ ome.services.blitz.repo.path
 
ome.services.blitz.util - パッケージ ome.services.blitz.util
 
ome.services.formats - パッケージ ome.services.formats
 
ome.services.roi - パッケージ ome.services.roi
 
ome.services.scripts - パッケージ ome.services.scripts
 
ome.services.throttling - パッケージ ome.services.throttling
 
OMECredentials - loci.ome.ioのクラス
Stores credentials for logging into an OME/OMERO server.
OMECredentials(String, String, String) - クラス のコンストラクタloci.ome.io.OMECredentials
 
OMECredentials(String) - クラス のコンストラクタloci.ome.io.OMECredentials
Get credentials from a string.
OMENAME - クラス のstatic変数pojos.ExperimenterData
Identifies the Experimenter#OMENAME field.
OMEReaderWriterService - loci.ome.io.servicesのインタフェース
Source code: Trac, OMEReaderWriterServiceImpl() - クラス のコンストラクタloci.ome.io.services.OMEReaderWriterServiceImpl
 
omero - パッケージ omero
 
omero.cmd - パッケージ omero.cmd
 
omero.cmd.basic - パッケージ omero.cmd.basic
 
omero.cmd.fs - パッケージ omero.cmd.fs
 
omero.cmd.graphs - パッケージ omero.cmd.graphs
 
omero.grid - パッケージ omero.grid
 
omero.model - パッケージ omero.model
 
omero.sys - パッケージ omero.sys
 
omero.util - パッケージ omero.util
 
OMERO_EMISSION_FILTER_SUFFIX - クラス のstatic変数ome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Emission filter LSID suffix.
OMERO_EXCITATION_FILTER_SUFFIX - クラス のstatic変数ome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Excitation filter LSID suffix.
omeroClass(String, boolean) - クラス のstaticメソッドomero.util.IceMapper
 
omeroDataDir - クラス の変数ome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
OmeroGateway - ome.services.blitz.gatewayのクラス
 
OmeroGateway(BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
OMEROImportFixture - ome.formatsのクラス
test fixture for importing files without a GUI.
OMEROImportFixture(OMEROMetadataStoreClient, OMEROWrapper) - クラス のコンストラクタome.formats.OMEROImportFixture
 
OmeroMeasurementStore - ome.services.blitz.measurementsのインタフェース
Sub-interface of MeasurementStore with extended life-cycle methods for handling exceptions during saving the measurements to multiple stores.
OmeroMetadata - ome.services.blitz.implのクラス
An implementation for MetadataStore and MetadataRetrieve that knows how to read and write the OMERO object model.
OmeroMetadata(DatabaseIdentity) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
OMEROMetadataStoreClient - ome.formatsのクラス
Client side implementation of the Bio-Formats MetadataStore.
OMEROMetadataStoreClient() - クラス のコンストラクタome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
OMEROMetadataStoreClientRoot - ome.formatsのクラス
MetadataRoot implementation for the client side implementation of the Bio-Formats MetadataStore.
OMEROMetadataStoreClientRoot() - クラス のコンストラクタome.formats.OMEROMetadataStoreClientRoot
Default constructor.
OMEROMetadataStoreClientRoot(List<Pixels>) - クラス のコンストラクタome.formats.OMEROMetadataStoreClientRoot
Copy constructor.
OmeroReader - loci.ome.ioのクラス
Implementation of IFormatReader for use in export from an OMERO Beta 4.2.x database.
OmeroReader() - クラス のコンストラクタloci.ome.io.OmeroReader
 
OmeroReader - ome.services.formatsのクラス
Implementation of IFormatReader for use in export.
OmeroReader(RawPixelsStore, Pixels) - クラス のコンストラクタome.services.formats.OmeroReader
 
OmeroReader(RawPixelsStorePrx, Pixels) - クラス のコンストラクタome.services.formats.OmeroReader
 
OMEROWrapper - ome.formats.importerのクラス
 
OMEROWrapper(ImportConfig) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.OMEROWrapper
Wrapper for bio-formats
OMEROWrapper(ImportConfig, long, File) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.OMEROWrapper
 
OMEXMLModelComparator - ome.formatsのクラス
This comparator takes into account the OME-XML data model hierarchy and uses that to define equivalence.
OMEXMLModelComparator() - クラス のコンストラクタome.formats.OMEXMLModelComparator
 
onAddError(ErrorContainer, String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Action to take on adding an error to container
onApplicationEvent(ApplicationEvent) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
onApplicationEvent(ApplicationEvent) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.TopicManager.Impl
 
onApplicationEvent(DeleteLogMessage) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
onApplicationEvent(ApplicationEvent) - クラス のメソッドome.services.throttling.AbstractThrottlingStrategy
 
onCancel() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
action to take on cancel
onException(Exception) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Action to take on exception
onFinished(Response, Status, Current) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary.ImportCallback
Overridden to handle the end of the process.
onFinished(Response, Status, Current) - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Method intended to be overridden by subclasses.
onFinishedDone() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
 
onHeartbeat(Runnable) - クラス のメソッドomero.client
 
onlyAnnotatedBetween_async(AMD_Search_onlyAnnotatedBetween, RTime, RTime, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
onlyAnnotatedBy_async(AMD_Search_onlyAnnotatedBy, Details, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
onlyAnnotatedWith_async(AMD_Search_onlyAnnotatedWith, List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
onlyCreatedBetween_async(AMD_Search_onlyCreatedBetween, RTime, RTime, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
onlyIds_async(AMD_Search_onlyIds, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
onlyModifiedBetween_async(AMD_Search_onlyModifiedBetween, RTime, RTime, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
onlyOwnedBy_async(AMD_Search_onlyOwnedBy, Details, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
onlyType_async(AMD_Search_onlyType, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
onlyTypes_async(AMD_Search_onlyTypes, List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
onNotSending(int, String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
onSending(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
onSent(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
onSessionClosed(Runnable) - クラス のメソッドomero.client
 
onSetOmeroContext(OmeroContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
To be overridden by subclasses.
onSetOmeroContext(OmeroContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
onShutdown(Runnable) - クラス のメソッドomero.client
 
onUpdate(IObservable, ImportEvent) - クラス のメソッドome.formats.importer.cli.ErrorHandler
 
onUpdate(IObservable, ImportEvent) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
abstract on update method
openBytes(int, byte[], int, int, int, int) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
openBytes(int, byte[], int, int, int, int) - クラス のメソッドome.services.formats.OmeroReader
 
openPlane2D(String, int, byte[]) - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
Obtains an object which represents a given sub-image of a plane within the file.
openPlane2D(String, int, byte[], int, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
Obtains an object which represents a given sub-image of a plane within the file.
openSession() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
openTable(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
optimisticFailure(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
or_async(AMD_Search_or, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
org.hibernate.stat - パッケージ org.hibernate.stat
 
ORIGINAL_METADATA_NAME - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
The default name for the original metadata file.
OriginalMetadataRequestI - omero.cmd.fsのクラス
Original metadata loader, handling both pre-FS and post-FS data.
OriginalMetadataRequestI(PixelsService) - クラス のコンストラクタomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
 
orphan() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the orphan parameter to true.
OTFData - pojosのクラス
Hosts an OTF.
OTFData(OTF) - クラス のコンストラクタpojos.OTFData
Creates a new instance.
OverlayMetadataStore - ome.formatsのクラス
Client side metadata store implementation that only deals with overlays.
OverlayMetadataStore() - クラス のコンストラクタome.formats.OverlayMetadataStore
 

P

page(int, int) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets both the Filter.limit and Filter.offset values by wrapping the arguments in RInt and passing the values to ParametersI.page(RInt, RInt)
page(RInt, RInt) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Creates a Filter if necessary and sets both Filter.limit and Filter.offset.
ParametersI - omero.sysのクラス
Helper subclass of Parameters for simplifying method parameter creation.
ParametersI() - クラス のコンストラクタomero.sys.ParametersI
Default constructor creates the ParametersI.map() instance to prevent later NullPointerExceptions.
ParametersI(Map<String, RType>) - クラス のコンストラクタomero.sys.ParametersI
Uses (and does not copy) the given Map as the named parameter store in this instance.
params() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChmodI
 
params(String...) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Converts pairs of values from the varargs list into a map.
params(Current) - クラス のメソッドomero.grid.InteractiveProcessorI
 
ParamsHelper - omero.gridのクラス
 
ParamsHelper(ParamsHelper.Acquirer, Executor, Principal) - クラス のコンストラクタomero.grid.ParamsHelper
 
ParamsHelper.Acquirer - omero.gridのインタフェース
Interface added in order to allow ParamHelper instances to use methods from SharedResourcesI.
parent() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Returns a new CheckedPath using File.getParent() and passing in all other values.
parseAndSetInt(InitializationData, String, int) - クラス のメソッドomero.client
 
parseAwtPath(String) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
parseData(String, int, ImportSize) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
Parse the binary data to generate min/max values and allow an md to be calculated.
parseFlexMaps(Preferences) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
Parse Flex reader server maps
parseOriginalMetadataTxt(File) - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
Read the given INI-style file and populate the maps with the properties from the corresponding sections.
parsePoints(String) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
parsePointsToIntegerList(String) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Parses the points list from the string to a list of integer objects.
parsePointsToPath(String, boolean) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
parsePointsToPoint2DList(String) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Parses the points list from the string to a list of point2d objects.
passivate_async(AMD_StatefulServiceInterface_passivate, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
passivate_async(AMD_StatefulServiceInterface_passivate, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
password - クラス の変数loci.ome.io.OMECredentials
 
password - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
PDF - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the PDF file formats.
PermissionData - pojosのクラス
Simple data object to wrap a Permissions instance.
PermissionData() - クラス のコンストラクタpojos.PermissionData
Creates a new instance.
PermissionData(Permissions) - クラス のコンストラクタpojos.PermissionData
Creates a new instance.
PERMISSIONS_GROUP_READ - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Group i.e.
PERMISSIONS_GROUP_READ_LINK - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Group i.e.
PERMISSIONS_GROUP_READ_LINK_SHORT_TEXT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Group i.e.
PERMISSIONS_GROUP_READ_LINK_TEXT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Group i.e.
PERMISSIONS_GROUP_READ_SHORT_TEXT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Group i.e.
PERMISSIONS_GROUP_READ_TEXT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Group i.e.
PERMISSIONS_GROUP_READ_WRITE - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Group i.e.
PERMISSIONS_GROUP_READ_WRITE_SHORT_TEXT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Group i.e.
PERMISSIONS_GROUP_READ_WRITE_TEXT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Group i.e.
PERMISSIONS_PRIVATE - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Private i.e.
PERMISSIONS_PRIVATE_TEXT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Private i.e.
PERMISSIONS_PUBLIC_READ - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Public i.e.
PERMISSIONS_PUBLIC_READ_TEXT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Public i.e.
PERMISSIONS_PUBLIC_READ_WRITE - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Public i.e.
PERMISSIONS_PUBLIC_READ_WRITE_TEXT - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Indicates that the group is Public i.e.
PermissionsI - omero.modelのクラス
Blitz wrapper around the Permissions class.
PermissionsI() - クラス のコンストラクタomero.model.PermissionsI
 
PermissionsI(String) - クラス のコンストラクタomero.model.PermissionsI
 
PermissionsI(PermissionsI) - クラス のコンストラクタomero.model.PermissionsI
 
PermissionsI(Permissions) - クラス のコンストラクタomero.model.PermissionsI
 
PermissionsVerifierI - ome.services.blitz.fireのクラス
 
PermissionsVerifierI(Ring, SessionManager, Executor, String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.fire.PermissionsVerifierI
 
persistLogFile(OriginalFile, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
非推奨です。
pid() - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
Returns some representation of the current process's id
ping() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Pings all registered OMERO Blitz proxies.
ping() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
ping() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer.Process
 
pingAll() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer
Called periodically by quartz to keep the sessions alive.
pixelData(PixelDataJob) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
PixelData - ome.services.roiのクラス
Strategy for loading and optionally caching pixel data.
PixelData(PixelsService, IPixels) - クラス のコンストラクタome.services.roi.PixelData
 
pixels - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_DONE
 
pixels - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
pixels(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
pixels - クラス の変数omero.util.RPSTileLoop
Instance will be replaced on RawPixelsStorePrx.save()
PIXELS - クラス のstatic変数pojos.ImageData
Identifies the Image#PIXELS field.
PixelsData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Pixels object along with a back pointer to the Image that owns this Pixels.
PixelsData() - クラス のコンストラクタpojos.PixelsData
Creates a new instance.
PixelsData(Pixels) - クラス のコンストラクタpojos.PixelsData
Creates a new instance.
PixelsI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IPixels service.
PixelsI(IPixels, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.PixelsI
 
PixelsProcessor - ome.formats.modelのクラス
Processes the pixels sets of an IObjectContainerStore and ensures that the physical pixel dimensions are updated if they were specified by the user.
PixelsProcessor() - クラス のコンストラクタome.formats.model.PixelsProcessor
 
pixId - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
PlaneInfoProcessor - ome.formats.modelのクラス
Processes the plane info sets of an IObjectContainerStore and removes entities of this rapidly exploding object that have no metadata populated.
PlaneInfoProcessor() - クラス のコンストラクタome.formats.model.PlaneInfoProcessor
 
planes - クラス の変数ome.services.formats.OmeroReader
 
PLATE_LINKS - クラス のstatic変数pojos.ScreenData
Identifies the Screen#PLATELINKS field.
PlateAcquisitionData - pojosのクラス
The data that makes up an OME PlateAcquisition.
PlateAcquisitionData() - クラス のコンストラクタpojos.PlateAcquisitionData
Creates a new instance.
PlateAcquisitionData(PlateAcquisition) - クラス のコンストラクタpojos.PlateAcquisitionData
Creates a new instance.
PlateData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Plate along with links to its contained Well and enclosing Screen as well as the Experimenter that owns this Plate.
PlateData() - クラス のコンストラクタpojos.PlateData
Creates a new instance.
PlateData(Plate) - クラス のコンストラクタpojos.PlateData
Creates a new instance.
PointData - pojosのクラス
Represents a point in the Euclidean space R2.
PointData(Shape) - クラス のコンストラクタpojos.PointData
Creates a new instance.
PointData() - クラス のコンストラクタpojos.PointData
Create a new instance of PointData, creating a new pointI Object.
PointData(double, double) - クラス のコンストラクタpojos.PointData
Create a new instance of the PointData,
points(double, double, double, double) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
Returns the four corner points of a rectangle
pointsByBoundingBox(Shape, Rectangle2D, SmartShape.PointCallback) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
pointsToPath(List<Point>, boolean) - クラス のstaticメソッドomero.model.SmartShape.Util
 
pojos - パッケージ pojos
 
pojos.util - パッケージ pojos.util
 
poll(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
poll() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Calls HandlePrx.getResponse() in order to check for a non-null value.
PolygonData - pojosのクラス
Represents an Polygon shape in the Euclidean space R2.
PolygonData(Shape) - クラス のコンストラクタpojos.PolygonData
Creates a new instance.
PolygonData() - クラス のコンストラクタpojos.PolygonData
Creates a new instance of PolygonData.
PolygonData(List<Point2D.Double>, List<Point2D.Double>, List<Point2D.Double>, List<Integer>) - クラス のコンストラクタpojos.PolygonData
Creates a new instance of the PolygonData, set the points in the polygon.
PolylineData - pojosのクラス
Represents an Polyline shape in the Euclidean space R2.
PolylineData(Shape) - クラス のコンストラクタpojos.PolylineData
Creates a new instance.
PolylineData() - クラス のコンストラクタpojos.PolylineData
Creates a new instance of polyline, creating a new PolylineI Object.
PolylineData(List<Point2D.Double>, List<Point2D.Double>, List<Point2D.Double>, List<Integer>) - クラス のコンストラクタpojos.PolylineData
Create a new instance of the PolylineData, set the points in the polyline.
popRoi - クラス の変数ome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
populateMinMax() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Sends all the minimums and maximums for all images processed so far to the server.
populateMinMax_async(AMD_MetadataStore_populateMinMax, double[][][], Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
PopulateRoiJob - ome.services.roiのクラス
Start-up task which guarantees that lib/python/populateroi.py is added as a script to the server.
PopulateRoiJob(Roles, String, Executor) - クラス のコンストラクタome.services.roi.PopulateRoiJob
 
PopulateRoiJob(Roles, String, Executor, File) - クラス のコンストラクタome.services.roi.PopulateRoiJob
 
PopulateRoiJob(Roles, Principal, Executor, File) - クラス のコンストラクタome.services.roi.PopulateRoiJob
 
port - クラス の変数loci.ome.io.OMECredentials
 
port - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractCloseableAmdServant
Should not throw any exceptions which should be detected by clients since it is called in a finally block after the client thread has been released.
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ExporterI
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
postClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepoRawFileStoreI
 
postProcess() - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Post processes the internal structure of the client side MetadataStore.
postProcess_async(AMD_MetadataStore_postProcess, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
Called after some number of Passes the #savedPixels to a background processor for further work.
postProcessAfterInitialization(Object, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.ApiConsistencyCheck
 
postProcessBeforeInitialization(Object, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.ApiConsistencyCheck
No-op
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractCloseableAmdServant
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ExporterI
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
preClose(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepoRawFileStoreI
 
prepare(Map<Integer, Image>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Prepares the metadata store using existing metadata that has been pre-registered by OMERO.fs.
prepare_async(AMD_RawPixelsStore_prepare, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
prepare_async(AMD_RawPixelsStore_prepare, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
preparePixelsStore(List<Long>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Prepares the server side RawPixelsStore.
prepareStatement() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
Preprocessor - omero.cmd.graphsのクラス
Preprocessors have a chance to modify the list of Request instances which are passed to a DoAll.
Preprocessor(List<Request>, Helper) - クラス のコンストラクタomero.cmd.graphs.Preprocessor
 
Preprocessor(List<Request>, HierarchyNavigatorWrap<Preprocessor.TargetType, Preprocessor.GraphModifyTarget>) - クラス のコンストラクタomero.cmd.graphs.Preprocessor
 
Preprocessor.GraphModifyTarget - omero.cmd.graphsのクラス
A tuple of target type and target ID.
Preprocessor.GraphModifyTarget(Preprocessor.TargetType, long) - クラス のコンストラクタomero.cmd.graphs.Preprocessor.GraphModifyTarget
Construct a target type-ID tuple.
Preprocessor.TargetType - omero.cmd.graphsの列挙型
The types of target for which we care about adjusting graph operation requests.
previewImageDelete_async(AMD_IDelete_previewImageDelete, long, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
PRIMITIVE - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
PRIMITIVE_FILTERABLE_COLLECTION_MAP - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
PRIMITIVE_MAP - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
principal - クラス の変数ome.services.blitz.fire.Ring
 
principal() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
 
principal() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.redirect.Redirector.Context
Principal instance which can be used for internal calls the Executor.
principal - クラス の変数ome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
principal - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
print() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
Prints the "standard" representation of the groups, which is parsed by other software layers.
printErrorText(Throwable) - クラス のstaticメソッドome.services.blitz.gateway.services.util.ServiceUtilities
Utility method to print the error message
printLine() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer
 
process(IObjectContainerStore) - クラス のメソッドome.formats.model.ChannelProcessor
Processes the OMERO client side metadata store.
process(IObjectContainerStore) - クラス のメソッドome.formats.model.InstrumentProcessor
Processes the OMERO client side metadata store.
process(IObjectContainerStore) - インタフェース のメソッドome.formats.model.ModelProcessor
Processes the an IObjectContainerStore.
process(IObjectContainerStore) - クラス のメソッドome.formats.model.PixelsProcessor
Processes the OMERO client side metadata store.
process(IObjectContainerStore) - クラス のメソッドome.formats.model.PlaneInfoProcessor
Processes the OMERO client side metadata store.
process(IObjectContainerStore) - クラス のメソッドome.formats.model.ReferenceProcessor
 
process(IObjectContainerStore) - クラス のメソッドome.formats.model.ShapeProcessor
Processes the OMERO client side metadata store.
process(IObjectContainerStore) - クラス のメソッドome.formats.model.TargetProcessor
Processes the OMERO client side metadata store.
process(IObjectContainerStore) - クラス のメソッドome.formats.model.WellProcessor
Processes the OMERO client side metadata store.
process() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor
Preprocess the list of requests.
process - クラス の変数omero.grid.ProcessCallbackI
Proxy passed to this instance on creation.
ProcessCallbackI - omero.gridのクラス
 
ProcessCallbackI(client, ProcessPrx) - クラス のコンストラクタomero.grid.ProcessCallbackI
 
ProcessCallbackI(client, ProcessPrx, boolean) - クラス のコンストラクタomero.grid.ProcessCallbackI
 
ProcessCallbackI(ObjectAdapter, String, ProcessPrx) - クラス のコンストラクタomero.grid.ProcessCallbackI
 
ProcessCallbackI(ObjectAdapter, String, ProcessPrx, boolean) - クラス のコンストラクタomero.grid.ProcessCallbackI
 
ProcessCallbackI.Action - omero.gridの列挙型
 
processCancelled(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.grid.ProcessCallbackI
 
ProcessContainer - ome.services.blitz.repoのクラス
Helper class for holding the individual ManagedImportProcessI instances created by ManagedRepositoryI.
ProcessContainer() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.ProcessContainer
 
ProcessContainer.Process - ome.services.blitz.repoのインタフェース
 
processFinished(int, Current) - クラス のメソッドomero.grid.ProcessCallbackI
 
processKilled(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.grid.ProcessCallbackI
 
ProcessorCallbackI - ome.services.blitz.implのクラス
Callback used to lookup active processors via IceStorm.
ProcessorCallbackI(ServiceFactoryI) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ProcessorCallbackI
Simplified constructor used to see if any usermode processor is active for either the current group or the current user.
ProcessorCallbackI(ServiceFactoryI, ResultHolder<ProcessorPrx>, Job) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ProcessorCallbackI
Primary constructor.
PROJECT_LINKS - クラス のstatic変数pojos.DatasetData
Identifies the Dataset#PROJECTLINKS field.
ProjectData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Project along with links to its contained Datasets and the Experimenter that owns this Project.
ProjectData() - クラス のコンストラクタpojos.ProjectData
Creates a new instance.
ProjectData(Project) - クラス のコンストラクタpojos.ProjectData
Creates a new instance.
projection_async(AMD_IQuery_projection, String, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
ProjectionI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IProjection service.
ProjectionI(ServiceInterface, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ProjectionI
 
projectPixels_async(AMD_IProjection_projectPixels, long, PixelsType, ProjectionType, int, int, List<Integer>, int, int, int, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ProjectionI
 
projectStack_async(AMD_IProjection_projectStack, long, PixelsType, ProjectionType, int, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ProjectionI
 
prompt(ImportConfig.Value, String, boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
Build prompt
ProportionalTimeEstimatorImpl - ome.formats.importer.utilのクラス
Class implementing the TimeEstimator interface.
ProportionalTimeEstimatorImpl(long) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.util.ProportionalTimeEstimatorImpl
Creates a new object of this class with a defined internal buffer size.
proxy() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
proxyForSession(Redirector.Context, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
 
pt(double, double) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
 
PublicRepositoryI - ome.services.blitz.repoのクラス
An implementation of the PublicRepository interface.
PublicRepositoryI(RepositoryDao, ChecksumProviderFactory, String, String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
PublicRepositoryI.AMD_submit - ome.services.blitz.repoのクラス
 
PublicRepositoryI.AMD_submit() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI.AMD_submit
 
publisherOrNull(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.TopicManager.Impl
 
publishMessage(InternalMessage) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
purgeNode(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
 
put(File, Dataset) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportFixture
 
put(Callback) - クラス のメソッドome.services.throttling.Queue
 
put(Identity, Object) - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
putAll(Map<File, Dataset>) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportFixture
 

Q

queryCacheHit(String, String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
queryCacheMiss(String, String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
queryCachePut(String, String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
queryExecuted(String, int, long) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
QueryI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IQuery service.
QueryI(IQuery, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.QueryI
 
Queue - ome.services.throttlingのクラス
Manages AMD-based method dispatches from blitz
Queue(OmeroContext) - クラス のコンストラクタome.services.throttling.Queue
 
queueDelete_async(AMD_IDelete_queueDelete, DeleteCommand[], Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 

R

random(int) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
 
randomize(Random) - クラス のメソッドomero.model.SmartEllipseI
 
randomize(Random) - クラス のメソッドomero.model.SmartLineI
 
randomize(Random) - クラス のメソッドomero.model.SmartMaskI
 
randomize(Random) - クラス のメソッドomero.model.SmartPathI
 
randomize(Random) - クラス のメソッドomero.model.SmartPointI
 
randomize(Random) - クラス のメソッドomero.model.SmartPolygonI
 
randomize(Random) - クラス のメソッドomero.model.SmartPolylineI
 
randomize(Random) - クラス のメソッドomero.model.SmartRectI
 
randomize(Random) - インタフェース のメソッドomero.model.SmartShape
Initializes this shape with completely random data.
randomize(Random) - クラス のメソッドomero.model.SmartTextI
 
rarray(RType...) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rarray(Collection<RType>) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
RatingAnnotationData - pojosのクラス
Annotation used to rate an object.
RatingAnnotationData() - クラス のコンストラクタpojos.RatingAnnotationData
Creates a new instance of value LEVEL_ZERO.
RatingAnnotationData(int) - クラス のコンストラクタpojos.RatingAnnotationData
Creates a new instance.
RatingAnnotationData(LongAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.RatingAnnotationData
Creates a new instance.
rawAccess(RawAccessRequest, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
 
rawAccess() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
RawAccessRequestI - ome.services.blitz.repoのクラス
Command request for accessing a repository directly.
RawAccessRequestI(Registry) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
RawFileStoreI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the RawFileStore service.
RawFileStoreI(RawFileStore, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
RawFileStoreService - ome.services.blitz.gateway.servicesのインタフェース
 
RawFileStoreServiceImpl - ome.services.blitz.gateway.services.implのクラス
 
RawFileStoreServiceImpl(RawFileStorePrx) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.gateway.services.impl.RawFileStoreServiceImpl
Create the ImageService passing the gateway.
RawPixelsStoreI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the RawPixelsStore service.
RawPixelsStoreI(RawPixelsStore, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
RawPixelsStoreService - ome.services.blitz.gateway.servicesのインタフェース
 
RawPixelsStoreServiceImpl - ome.services.blitz.gateway.services.implのクラス
 
RawPixelsStoreServiceImpl(RawPixelsStorePrx) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
Create the ImageService passing the gateway.
rbool(boolean) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rclass(String) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rdouble(double) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
read(long, long, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawFileStoreServiceImpl
 
read(long, long, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawFileStoreService
Read from the file in the rawFileStore.
read_async(AMD_Exporter_read, long, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ExporterI
 
read_async(AMD_RawFileStore_read, long, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
read_async(AMD_RawFileStore_read, long, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepoRawFileStoreI
 
reader - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.FILE_EXCEPTION
 
reader - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.INTERNAL_EXCEPTION
 
READERS_KEY - クラス のstatic変数ome.formats.importer.ImportConfig
Lookup key for System.getProperty(String).
readersPath - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
READONLY_FLAG - クラス のstatic変数pojos.ShapeData
Flag stating that the ROI is read only.
reapSession(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
Destroys all the ServiceFactoryI instances based on the given sessionId.
recreateCollection(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
rect(double, double, double, double) - クラス のメソッドome.services.roi.GeomTool
 
RectangleData - pojosのクラス
Represents a rectangle in the Euclidean space R2.
RectangleData(Shape) - クラス のコンストラクタpojos.RectangleData
Creates a new instance.
RectangleData() - クラス のコンストラクタpojos.RectangleData
Creates a new instance with a default rectangle.
RectangleData(double, double, double, double) - クラス のコンストラクタpojos.RectangleData
Creates a new instance of the RectangleData.
RED_INDEX - クラス のstatic変数ome.formats.model.ColorsFactory
Index of the red component of a color.
RED_TEXT - クラス のstatic変数ome.formats.model.ChannelProcessor
Name of the red component when it is a graphics image.
Redirector - ome.services.blitz.redirectのインタフェース
Strategy interface for helping a Ring instance decide whether to redirect SessionPrx creation to another SessionManagerI instance.
Redirector.Context - ome.services.blitz.redirectのインタフェース
Interface implemented by Ring instances to allow passing in the context necessary for making strategy decisions.
ReferenceProcessor - ome.formats.modelのクラス
Processes the references of an IObjectContainerStore and ensures that container references are consistent with the LSID stored in the IObjectContainer itself.
ReferenceProcessor() - クラス のコンストラクタome.formats.model.ReferenceProcessor
 
refresh_async(AMD_IQuery_refresh, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.QueryI
 
register(String, ObjectPrx, boolean) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.TopicManager.Impl
 
register(String, ObjectPrx, boolean) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.TopicManager
Enforces no security constraints.
register(String, RString, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Register an OriginalFile using its path
register(String, CheckedPath, String, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Register an OriginalFile object
register(String, CheckedPath, String, ServiceFactory, SqlAction) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Like {@link #register(String, CheckedPath, String, Ice.Current) but does not create a new transaction.
register(String, CheckedPath, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
register(String, CheckedPath, String, ServiceFactory, SqlAction) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
Returned original file object is "live" within the Hibernate session.
register(Logger, Communicator, boolean) - クラス のメソッドomero.util.ObjectFactoryRegistry.ObjectFactory
 
registerCallback(ProcessCallbackPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
registerCallback(RawFileStorePrx, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
registerProxy(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
Adds this instance to the current session so that clients can communicate with it.
registerServant(Identity, Object) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
Registers the servant with the adapter (or throws an exception if one is already registered) as well as configures the servant in any post-Spring way necessary, based on the type of the servant.
RegisterServantMessage - ome.services.blitz.utilのクラス
InternalMessage raised when a servant should be registered for clean.
RegisterServantMessage(Object, Object, Current) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.RegisterServantMessage
 
RegisterServantMessage(Object, Object, String, Current) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.RegisterServantMessage
 
Registry - ome.services.blitz.fireのインタフェース
Helper class which makes the RegistryPrx available within OmeroBlitz.
registry - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
Registry.Impl - ome.services.blitz.fireのクラス
 
Registry.Impl(Communicator) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
releaseDate - クラス のstatic変数ome.formats.importer.Version
The data of the last release date.
releaseLock(String) - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
Releases the given lock if found, otherwise throws an InternalException
remove(Resources.Entry) - クラス のメソッドomero.util.Resources
 
remove(Identity) - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
remove_async(AMD_Search_remove, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
remove_path(File) - クラス のstaticメソッドomero.util.TempFileManager
removeCallback(CmdCallbackPrx, Current) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
removeClientId(String) - クラス のメソッドomero.util.ServantHolder
 
removeCodomainMap_async(AMD_RenderingEngine_removeCodomainMap, CodomainMapContext, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
removeCollection(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
removeGroupOwners_async(AMD_IAdmin_removeGroupOwners, ExperimenterGroup, List<Experimenter>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
removeGroups_async(AMD_IAdmin_removeGroups, Experimenter, List<ExperimenterGroup>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
removeGuest_async(AMD_IShare_removeGuest, long, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
removeGuests_async(AMD_IShare_removeGuests, long, List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
removeIObjectContainer(LSID) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Removes an IObject container from within the OME-XML data model store.
removeIObjectContainer(LSID) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
removeModelProcessor(ModelProcessor) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Removes a model processor from use.
removeNamespace(String) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Removes the namespace from the ROI.
removeObject(Identity) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
removeObject(Identity) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
 
removeObject_async(AMD_IShare_removeObject, long, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
removeObjects_async(AMD_IShare_removeObjects, long, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
removeObjectSafely(Identity) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Registry.Impl
 
removeObjectSafely(Identity) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.Registry
 
removePath(File) - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
If the given file is under TempFileManager.dir, then it is deleted whether file or folder.
removeProcess(ProcessContainer.Process) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer
 
removeProcessor(ProcessorPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
removeShapeData(ShapeData) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Removes the ShapeData object from ROIData.
removeUnusedFiles_async(AMD_IRepositoryInfo_removeUnusedFiles, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RepositoryInfoI
 
removeUser_async(AMD_IShare_removeUser, long, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
removeUsers_async(AMD_IShare_removeUsers, long, List<Experimenter>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
render_async(AMD_RenderingEngine_render, PlaneDef, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
renderAsPackedInt(Long, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
renderAsPackedInt(Long, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Render as a packedInt
renderAsPackedInt_async(AMD_RenderingEngine_renderAsPackedInt, PlaneDef, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
renderAsPackedIntAsRGBA(long, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
renderAsPackedIntAsRGBA(long, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Render image as Buffered image.
renderAsPackedIntAsRGBA(long, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
renderAsPackedIntAsRGBA(long, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
renderAsPackedIntAsRGBA(long, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Render image as Buffered image.
renderAsPackedIntAsRGBA_async(AMD_RenderingEngine_renderAsPackedIntAsRGBA, PlaneDef, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
renderCompressed_async(AMD_RenderingEngine_renderCompressed, PlaneDef, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
RenderingEngineI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the RenderingEngine service.
RenderingEngineI(RenderingEngine, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
RenderingService - ome.services.blitz.gateway.servicesのインタフェース
 
RenderingServiceImpl - ome.services.blitz.gateway.services.implのクラス
 
RenderingServiceImpl(RenderingEnginePrx) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
Create the ImageService passing the gateway.
RenderingSettingsI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IRenderingSettings service.
RenderingSettingsI(IRenderingSettings, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
renderProjectedAsPackedInt_async(AMD_RenderingEngine_renderProjectedAsPackedInt, ProjectionType, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
renderProjectedCompressed_async(AMD_RenderingEngine_renderProjectedCompressed, ProjectionType, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
repo - クラス の変数ome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
RepoRawFileStoreI - ome.services.blitz.repoのクラス
An implementation of the RepoRawFileStore interface
RepoRawFileStoreI(BlitzExecutor, RawFileStore, Current) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.RepoRawFileStoreI
 
report(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
 
reportForgottenPassword_async(AMD_IAdmin_reportForgottenPassword, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
repositories(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
repositoryDao - クラス の変数ome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
RepositoryDao - ome.services.blitz.repoのインタフェース
 
RepositoryDaoImpl - ome.services.blitz.repoのクラス
DAO class for encapsulating operations related to resource access inside the repository.
RepositoryDaoImpl(Principal, Roles, Executor, Executor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
Primary constructor which takes all final fields.
RepositoryDaoImpl(Principal, Executor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
Previous constructor which should no longer be used.
RepositoryInfoI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IRepositoryInfo service.
RepositoryInfoI(IRepositoryInfo, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.RepositoryInfoI
 
requestFromUser() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
if can't log in request needed information
requestHeartBeats() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
Destroys all the ServiceFactoryI instances based on the given sessionId.
RequestObjectFactoryRegistry - ome.services.blitz.impl.commandsのクラス
Types which rely on the omero.model and omero.api objects rather than just the omero.cmd types.
RequestObjectFactoryRegistry() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.commands.RequestObjectFactoryRegistry
 
RequestObjectFactoryRegistry - ome.services.blitz.repoのクラス
Requests which are handled by the repository servants.
RequestObjectFactoryRegistry(Registry, TileSizes, RepositoryDao, Ring, PixelsService) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.RequestObjectFactoryRegistry
 
RequestObjectFactoryRegistry - omero.cmdのクラス
SPI type picked up from the Spring configuration and given a chance to register all its ObjectFactory instances with the Communicator.
RequestObjectFactoryRegistry(ExtendedMetadata, ACLVoter, Roles, PixelsService) - クラス のコンストラクタomero.cmd.RequestObjectFactoryRegistry
 
requests - クラス の変数omero.cmd.graphs.Preprocessor
 
requestToString(Request) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor
Convert a single request to a pretty string.
requiresPixelsPyramid_async(AMD_PyramidService_requiresPixelsPyramid, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
 
requiresPixelsPyramid_async(AMD_PyramidService_requiresPixelsPyramid, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
resetDefaults_async(AMD_RenderingEngine_resetDefaults, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
resetDefaults_async(AMD_IRenderingSettings_resetDefaults, RenderingDef, Pixels, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
resetDefaults_async(AMD_Search_resetDefaults, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
resetDefaults_async(AMD_ThumbnailStore_resetDefaults, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
resetDefaultsAndGenerateThumbnails(List<Long>, List<Long>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Resets the defaults and generates thumbnails for a given set of Pixels IDs.
resetDefaultsByOwnerInSet_async(AMD_IRenderingSettings_resetDefaultsByOwnerInSet, String, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
resetDefaultsForPixels_async(AMD_IRenderingSettings_resetDefaultsForPixels, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
resetDefaultsInDataset_async(AMD_IRenderingSettings_resetDefaultsInDataset, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
resetDefaultsInImage_async(AMD_IRenderingSettings_resetDefaultsInImage, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
resetDefaultsInSet_async(AMD_IRenderingSettings_resetDefaultsInSet, String, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
resetDefaultsNoSave_async(AMD_RenderingEngine_resetDefaultsNoSave, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
resetDefaultsNoSave_async(AMD_IRenderingSettings_resetDefaultsNoSave, RenderingDef, Pixels, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
resetDefaultsSettings_async(AMD_RenderingEngine_resetDefaultsSettings, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
resetEnumerations_async(AMD_ITypes_resetEnumerations, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
resetMinMaxInSet_async(AMD_IRenderingSettings_resetMinMaxInSet, String, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
RESOLUTION_DESCRIPTIONS - クラス のstatic変数ome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
This is a fairly brittle mapping from the List> created by the PixelBuffers to the List which is remotely provided by Blitz.
resolveConfigFile(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
Resolve the given config file to a concrete location, possibly throwing an exception if stored in a jar.
Resources - omero.utilのクラス
Container class for storing resources which should be cleaned up on close and periodically checked.
Resources() - クラス のコンストラクタomero.util.Resources
As Resources.Resources(int) but specifies a 60 second sleep period between task execution.
Resources(int) - クラス のコンストラクタomero.util.Resources
As Resources#Resources(int, ExecutorService) but uses a Executors.newSingleThreadExecutor().
Resources(int, ScheduledExecutorService) - クラス のコンストラクタomero.util.Resources
 
Resources.Entry - omero.utilのインタフェース
Interface to be implemented by any object which wants to be managed by the Resources class.
response - クラス の変数ome.services.throttling.Task
 
response(Object, OmeroContext) - クラス のメソッドome.services.throttling.Task
Calls the response method
responseRunning(List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ProcessorCallbackI
Callback method which should not be called for this instance.
ResultHolder<U> - ome.services.blitz.utilのクラス
 
ResultHolder(long) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.ResultHolder
 
results_async(AMD_Search_results, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
retrieveAllRndSettings_async(AMD_IPixels_retrieveAllRndSettings, long, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
retrieveCollection_async(AMD_IContainer_retrieveCollection, IObject, String, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
retrievePixDescription_async(AMD_IPixels_retrievePixDescription, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
retrieveRndSettings_async(AMD_IPixels_retrieveRndSettings, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
retrieveRndSettingsFor_async(AMD_IPixels_retrieveRndSettingsFor, long, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
reusedSession - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
reverse(Object) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
reverse(Collection) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
Copied from ModelMapper.findCollection(Collection) This could be unified in that a method findCollection(Collection, Map) was added with ModelMapper calling findCollection(source,model2target) and #reverseCollection(Collection) calling findCollection(source,target2model).
reverse(Collection, Class) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
Creates a collection assignable to the given type.
reverse(Map) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
reverse(ModelBased) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
Copied from ReverseModelMapper#map(ModelBased)
reverseArray(List, Class) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
Supports the separate case of reversing for arrays.
revision - クラス のstatic変数ome.formats.importer.Version
The repository revision.
revisionDate - クラス のstatic変数ome.formats.importer.Version
The data of the last repository revision.
rfloat(float) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
Ring - ome.services.blitz.fireのクラス
Distributed ring of BlitzConfiguration objects which manages lookups of sessions and other resources from all the blitzes which take part in the cluster.
Ring(String, Executor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.fire.Ring
 
Ring(String, Executor, Redirector) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.fire.Ring
 
ring - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
rint(int) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rinternal(Internal) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rlist(RType...) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rlist(Collection<RType>) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rlong(long) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rmap() - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rmap(Map<String, RType>) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rmap(String, RType) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
robject(IObject) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
ROIComponent - pojos.utilのクラス
Component hosting the ROI.
ROIComponent(long) - クラス のコンストラクタpojos.util.ROIComponent
Instantiate the ROIComponent.
ROICoordinate - pojosのクラス
Defines a plane.
ROICoordinate() - クラス のコンストラクタpojos.ROICoordinate
Creates a default instance.
ROICoordinate(int, int) - クラス のコンストラクタpojos.ROICoordinate
Creates a new instance.
ROIData - pojosのクラス
Converts the ROI object.
ROIData(Roi) - クラス のコンストラクタpojos.ROIData
Creates a new instance.
ROIData() - クラス のコンストラクタpojos.ROIData
Create a new instance of an ROIData object.
RoiI - ome.services.blitz.implのクラス
implementation of the IRoi service interface.
RoiI(BlitzExecutor, GeomTool, SqlAction) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.RoiI
 
RoiI.RoiResultMapper - ome.services.blitz.implのクラス
 
RoiI.RoiResultMapper(RoiOptions) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.RoiI.RoiResultMapper
 
RoiI.RoiResultMapReturnMapper - ome.services.blitz.implのクラス
 
RoiI.RoiResultMapReturnMapper(RoiOptions) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.RoiI.RoiResultMapReturnMapper
 
RoiI.RoiResultReturnMapper - ome.services.blitz.implのクラス
 
RoiI.RoiResultReturnMapper(RoiOptions) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.RoiI.RoiResultReturnMapper
 
RoiTypes - ome.services.roiのクラス
Intelligent server-side representations of the Roi and Shape types.
RoiTypes() - クラス のコンストラクタome.services.roi.RoiTypes
 
RoiTypes.RoiTypesObjectFactoryRegistry - ome.services.roiのクラス
 
RoiTypes.RoiTypesObjectFactoryRegistry() - クラス のコンストラクタome.services.roi.RoiTypes.RoiTypesObjectFactoryRegistry
 
roles - クラス の変数ome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
root(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
ROUTED_FROM - クラス のstatic変数ome.services.blitz.redirect.AbstractRedirector
 
Router - ome.services.blitzのクラス
Wrapper around a call to 'glacier2router' to permit Java control over the process.
Router() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.Router
 
rps - クラス の変数omero.util.RPSTileData
 
RPSTileData - omero.utilのクラス
Access strategy which can be implemented by diverse resources
RPSTileData(RPSTileLoop, RawPixelsStorePrx) - クラス のコンストラクタomero.util.RPSTileData
 
RPSTileLoop - omero.utilのクラス
Helper subclass of TileLoop which handles unloaded Pixels instances and manages the creation of the RPSTileData.
RPSTileLoop(ServiceFactoryPrx, Pixels) - クラス のコンストラクタomero.util.RPSTileLoop
 
rset(RType...) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rset(Collection<RType>) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rstring(String) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
RTF - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the RTF file formats.
rtime(long) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rtime(Date) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rtime_max() - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rtime_min() - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rtime_str(String) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
rtype(Object) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
Attempts to dispatch to the other omero.rtypes.* static methods to create a proper RType subclass by checking the type of the input.
RTYPEDICT - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
RTypeMapper - omero.utilのクラス
Extension of IceMapper which guarantees that RCollection and RMap instances are properly created.
RTypeMapper(IceMapper.ReturnMapping) - クラス のコンストラクタomero.util.RTypeMapper
 
rtypes - omeroのクラス
Abstract class similar to Arrays or Collections which is responsible for creating RTypes from static factory methods.
rtypes() - クラス のコンストラクタomero.rtypes
 
rtypes.Conversion - omeroのインタフェース
SPI-style interface which helps the omero server to properly convert omero.RType objects into Java-native objects for use in Hibernate.
rtypes.RTypeObjectFactoryRegistry - omeroのクラス
 
rtypes.RTypeObjectFactoryRegistry() - クラス のコンストラクタomero.rtypes.RTypeObjectFactoryRegistry
 
rules - クラス の変数ome.services.blitz.repo.path.FilePathNamingValidator
 
rules - クラス の変数ome.services.blitz.repo.path.MakePathComponentSafe
 
run() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ClientKeepAlive
 
run() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteHandleI
run() - クラス のメソッドome.services.blitz.Status
 
run() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.CheckAllJobs
 
run(OmeroContext) - クラス のメソッドome.services.throttling.Adapter
 
run(OmeroContext) - クラス のメソッドome.services.throttling.Callback
 
run(OmeroContext) - クラス のメソッドome.services.throttling.Callback2
 
run() - クラス のメソッドome.services.throttling.Slot
 
run(OmeroContext) - クラス のメソッドome.services.throttling.Task
 
run() - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
NB: only executes if HandleI.state is State#CREATED.
run(TileData, int, int, int, int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドomero.util.TileLoopIteration
Invoke a single loop iteration.
runnableCall(Current, Task) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
runnableCall(Current, Task) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.util.BlitzExecutor
 
runnableCall(Current, Task) - クラス のメソッドome.services.throttling.InThreadThrottlingStrategy
 
runnableCall(Current, Task) - クラス のメソッドome.services.throttling.SerialThrottlingStrategy
 
runScript_async(AMD_IScript_runScript, long, Map<String, RType>, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
 

S

safeCharacter - クラス の変数ome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictions
 
safeCharacters - クラス の変数ome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictions
 
safeRunnableCall(Current, Object, boolean, Callable<R>) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
 
safeRunnableCall(Current, Object, boolean, Callable<R>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.util.BlitzExecutor
 
safeRunnableCall(Current, Object, boolean, Callable<R>) - クラス のメソッドome.services.throttling.InThreadThrottlingStrategy
 
safeRunnableCall(Current, Object, boolean, Callable<R>) - クラス のメソッドome.services.throttling.SerialThrottlingStrategy
 
sanityCheckPixels_async(AMD_IRenderingSettings_sanityCheckPixels, Pixels, Pixels, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
sanityCheckRepository_async(AMD_IRepositoryInfo_sanityCheckRepository, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RepositoryInfoI
 
save() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Calls RawFileStorePrx.save() and stores the resultant OriginalFile for future inspection along with the local checksum.
save() - クラス のメソッドome.services.blitz.measurements.MeasurementStore
 
save() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.measurements.OmeroMeasurementStore
 
save_async(AMD_RawFileStore_save, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
save_async(AMD_RawPixelsStore_save, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
save_async(AMD_RawPixelsStore_save, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
saveAll() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
saveAndReturnArray(List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
saveAndReturnArray(List<IObject>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Save and return the array.
saveAndReturnArray(List<IObject>) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
saveAndReturnArray_async(AMD_IUpdate_saveAndReturnArray, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.UpdateI
 
saveAndReturnIds_async(AMD_IUpdate_saveAndReturnIds, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.UpdateI
 
saveAndReturnObject(IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
saveAndReturnObject(IObject) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Save and return the Object.
saveAndReturnObject(IObject) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
saveAndReturnObject_async(AMD_IUpdate_saveAndReturnObject, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.UpdateI
 
saveArray(List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
saveArray(List<IObject>) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Save the array.
saveArray(List<IObject>) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
saveArray_async(AMD_IUpdate_saveArray, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.UpdateI
 
saveAsNewSettings_async(AMD_RenderingEngine_saveAsNewSettings, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
saveCollection_async(AMD_IUpdate_saveCollection, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.UpdateI
 
saveCurrentSettings_async(AMD_RenderingEngine_saveCurrentSettings, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
savedDataset - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
savedDirectory - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
savedImagesNotInPlates - クラス の変数ome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
savedPlates - クラス の変数ome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
savedProject - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
savedScreen - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
saveFileset(String, Fileset, ChecksumAlgorithm, List<CheckedPath>, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Fill the various fields of the Fileset and then save the entire instance into the database.
saveFileset(String, Fileset, ChecksumAlgorithm, List<CheckedPath>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
saveGui() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
Saves gui specific values for which it makes sense to have a preferences values.
SaveI - ome.services.blitz.impl.commandsのクラス
Permits saving a single IObject instance.
SaveI() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.commands.SaveI
 
saveJob(T, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Create a job from an instance provided by either the client or the server.
saveJob(Job, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
saveObject(IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
saveObject(IObject) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Save the object to the db .
saveObject(IObject) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
saveObject_async(AMD_IUpdate_saveObject, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.UpdateI
 
saveRndSettings_async(AMD_IPixels_saveRndSettings, RenderingDef, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
saveToDB(FilesetJobLink) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Updates the server side MetadataStore with a list of our objects and references and saves them into the database.
saveToDB_async(AMD_MetadataStore_saveToDB, FilesetJobLink, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
ScaleRedirector - ome.services.blitz.redirectのクラス
Planned implementation (NYI): will use the "Node.scale" column to randomly choose a target.
ScaleRedirector(Executor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.redirect.ScaleRedirector
 
SCREEN_LINKS - クラス のstatic変数pojos.PlateData
Identifies the Plate#SCREENLINKS field.
ScreenData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Screen along with links to its contained Plates and the Experimenter that owns this Screen.
ScreenData() - クラス のコンストラクタpojos.ScreenData
Creates a new instance.
ScreenData(Screen) - クラス のコンストラクタpojos.ScreenData
Creates a new instance.
script(ScriptJob) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
ScriptFinder - ome.services.scriptsのクラス
Looks up an official script based on path for internal use.
ScriptFinder(Roles, String, Executor, File) - クラス のコンストラクタome.services.scripts.ScriptFinder
 
ScriptFinder(Roles, Principal, Executor, File) - クラス のコンストラクタome.services.scripts.ScriptFinder
 
ScriptI - ome.services.blitz.implのクラス
implementation of the IScript service interface.
ScriptI(BlitzExecutor, ScriptRepoHelper, ChecksumProviderFactory) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ScriptI
 
ScriptProcessI - ome.services.blitz.implのクラス
 
ScriptProcessI(ServiceFactoryI, Current, InteractiveProcessorPrx, _InteractiveProcessorOperations, ProcessPrx) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
ScriptRepositoryI - ome.services.blitz.repoのクラス
Repository which makes the included script files available to users.
ScriptRepositoryI(ObjectAdapter, Registry, Executor, Principal, ScriptRepoHelper, PublicRepositoryI) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.ScriptRepositoryI
 
scripts - クラス の変数ome.services.blitz.impl.ScriptI
 
searchAll_async(AMD_ILdap_searchAll, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
searchByAttribute_async(AMD_ILdap_searchByAttribute, String, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
searchByAttributes_async(AMD_ILdap_searchByAttributes, String, List<String>, List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
searchByDN_async(AMD_ILdap_searchByDN, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
searchDnInGroups_async(AMD_ILdap_searchDnInGroups, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
SearchI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the Search service.
SearchI(Search, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.SearchI
 
secondLevelCacheHit(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
secondLevelCacheMiss(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
secondLevelCachePut(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
securitySystem - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
sendData(OutputStream) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorFilePart
 
sendErrors() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Send existing errors in ErrorContainer array to server
sendFiles - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
sendFiles - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.DEBUG_SEND
 
sendFiles - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
sendLogFile - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
sendLogs - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.DEBUG_SEND
 
sendLogs - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
sendReport - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
separatorChar - クラス のstatic変数ome.services.blitz.repo.path.FsFile
the separator character for delimiting repository path components
SerialThrottlingStrategy - ome.services.throttlingのクラス
Throttling implementation which only allows a single invocation to be run at any given time.
SerialThrottlingStrategy(OmeroContext) - クラス のコンストラクタome.services.throttling.SerialThrottlingStrategy
 
series - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_STEP
 
series - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
seriesCount - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_STEP
 
ServantHolder - omero.utilのクラス
Manager for all active servants in a single session.
ServantHolder(String) - クラス のコンストラクタomero.util.ServantHolder
 
ServantHolder(String, int) - クラス のコンストラクタomero.util.ServantHolder
 
servantsPerSession - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
server - クラス の変数loci.ome.io.OMECredentials
 
SERVER_NAME_SEPARATOR - クラス のstatic変数ome.formats.importer.ImportConfig
Delimiter used to encode multiple servers in one preferences value.
ServerFilePathTransformer - ome.services.blitz.repo.pathのクラス
Transform between repository FsFile path and server-local File.
ServerFilePathTransformer() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.path.ServerFilePathTransformer
 
serverPaths - クラス の変数ome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
service - クラス の変数ome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
If there is no undering ome.* service, then this value can be null.
ServiceFactoryAware - ome.services.blitz.utilのインタフェース
Servant which is aware of the ServiceFactoryI-instance which it belongs to and will have it injected on instantiation.
ServiceFactoryI - ome.services.blitz.implのクラス
Responsible for maintaining all servants for a single session.
ServiceFactoryI(Current, ServantHolder, SessionControlPrx, OmeroContext, SessionManager, Executor, Principal, List<HardWiredInterceptor>, TopicManager, Registry) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
ServiceFactoryI(boolean, Current, ServantHolder, SessionControlPrx, OmeroContext, SessionManager, Executor, Principal, List<HardWiredInterceptor>, TopicManager, Registry, String) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
ServiceUtilities - ome.services.blitz.gateway.services.utilのクラス
 
ServiceUtilities() - クラス のコンストラクタome.services.blitz.gateway.services.util.ServiceUtilities
 
session - クラス の変数omero.model.DetailsI
 
session - クラス の変数omero.util.RPSTileLoop
 
SessionAware - omero.cmdのインタフェース
Servant which is aware of the SessionI-instance which it belongs to and will have it injected on instantiation.
SessionI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the ISession service.
SessionI(ISession, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.SessionI
 
SessionI - omero.cmdのクラス
 
SessionI(boolean, Current, ServantHolder, SessionControlPrx, OmeroContext, SessionManager, Executor, Principal, String) - クラス のコンストラクタomero.cmd.SessionI
 
sessionId(String, String) - クラス のstaticメソッドomero.cmd.SessionI
Definition of session ids: "session-/"
sessionId() - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
Returns the Identity for this instance as defined by SessionI.sessionId(String, String)
sessionKey - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
sessionManager - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
sessionManager - クラス の変数omero.cmd.SessionI
 
SessionManagerI - ome.services.blitz.fireのクラス
Central login logic for all OMERO.blitz clients.
SessionManagerI(Ring, ObjectAdapter, SecuritySystem, SessionManager, Executor, TopicManager, Registry, int) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
sessionToHolder - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
An internal mapping to all ServiceFactoryI instances for a given session since there is no method on ObjectAdapter to retrieve all servants.
set(T) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.Value
Sets the in-memory value, which will get persisted on ImportConfig.Value.store() when ImportConfig.saveAll() is called.
set(U) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.ResultHolder
 
set(int, int, boolean) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setAbsolutePath(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
set path for file
setActive(long, int, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
setActive(Long, int, boolean) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Set the active channels in the pixels.
setActive(Long, int, boolean) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
 
setActive(Long, int, boolean) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
setActive(Long, int, boolean) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Set the active channels in the pixels.
setActive_async(AMD_RenderingEngine_setActive, int, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setActive_async(AMD_IShare_setActive, long, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
setAgent(String) - クラス のメソッドomero.client
Sets the user agent string for this client.
setAirPressure(double) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the air pressure.
setAllowLeadingWildcard_async(AMD_Search_setAllowLeadingWildcard, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
setAllPixels(List<PixelsData>) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the set of pixels related to this image.
setAlpha(Integer) - クラス のメソッドpojos.WellData
Sets the alpha component of the color associated to the well.
setAnnotations(Set) - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Sets the annotations related to this dataset.
setAnnotations(Set) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the image's annotations.
setApplicationContext(ApplicationContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
setApplicationContext(ApplicationContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
Creates an IceMethodInvoker for this instance if AbstractAmdServant.service is non-null.
setApplicationContext(ApplicationContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.commands.RequestObjectFactoryRegistry
 
setApplicationContext(ApplicationContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
setApplicationContext(ApplicationContext) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RequestObjectFactoryRegistry
 
setApplicationContext(ApplicationContext) - クラス のメソッドome.services.throttling.AbstractThrottlingStrategy
 
setApplicationContext(ApplicationContext) - クラス のメソッドomero.cmd.RequestObjectFactoryRegistry
 
setAppVersion(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setArcID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setArcLotNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setArcManufacturer(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setArcModel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setArcPower(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setArcSerialNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setArcType(ArcType, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBaseDirFile(File) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.ServerFilePathTransformer
Set the repository root directory, to which FsFile instances are considered to be relative.
setBatchSize_async(AMD_Search_setBatchSize, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
setBinaryFileFileName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBinaryFileMIMEType(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBinaryFileSize(NonNegativeLong, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBinaryOnlyMetadataFile(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBinaryOnlyUUID(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBit(byte[], int, int) - クラス のメソッドpojos.MaskData
Sets the bit value in a byte array at position bit to be the value value.
setBlue(Integer) - クラス のメソッドpojos.WellData
Sets the blue component of the color associated to the well.
setBooleanAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBooleanAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBooleanAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBooleanAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBooleanAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setBooleanAnnotationValue(Boolean, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setC(int) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Sets the channel.
setCallback(ClientCallbackPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
setCallback(RepoRawFileStoreI.Callback) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepoRawFileStoreI
 
setCaseSentivice_async(AMD_Search_setCaseSentivice, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
setChannelAcquisitionMode(AcquisitionMode, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelAnnotationRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelContrastMethod(ContrastMethod, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelEmissionWavelength(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelExcitationWavelength(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
(non-Javadoc)
setChannelFilterSetRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelFluor(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelGlobalMinMax(int, double, double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelGlobalMinMax_async(AMD_IPixels_setChannelGlobalMinMax, long, int, double, double, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.PixelsI
 
setChannelID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelIlluminationType(IlluminationType, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelLightSourceSettingsAttenuation(PercentFraction, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelLightSourceSettingsID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelLightSourceSettingsWavelength(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelName(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelNDFilter(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelPinholeSize(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelPockelCellSetting(Integer, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelSamplesPerPixel(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setChannelWindow(Long, int, double, double) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
setChannelWindow(Long, int, double, double) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Set the channel min, max.
setChannelWindow_async(AMD_RenderingEngine_setChannelWindow, int, double, double, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setChecksumAlgorithm(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
setClient(OMEROMetadataStoreClient) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ClientKeepAlive
 
setClientEndpoints(String, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.Router
 
setClientObject(boolean) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Sets to true if the object one that has been created client side, false otherwise.
setClientSide(boolean) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Sets the flag indicating if the object is a client-side object or not.
setCo2Percent(double) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the co2 level.
setCodomainInterval_async(AMD_RenderingEngine_setCodomainInterval, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setComment(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setCommentAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setCommentAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setCommentAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setCommentAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setCommentAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setCommentAnnotationValue(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setCommentType(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setComponents(List<ImageData>) - クラス のメソッドpojos.MultiImageData
Sets the images composing the file.
setCompressionLevel_async(AMD_RenderingEngine_setCompressionLevel, float, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setConfigValue_async(AMD_IConfig_setConfigValue, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ConfigI
 
setConfigValueIfEquals_async(AMD_IConfig_setConfigValueIfEquals, String, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ConfigI
 
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.AnnotationData
Sets the annotation value.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.BooleanAnnotationData
Sets the text annotation.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.DoubleAnnotationData
Sets the text annotation.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Sets the text annotation.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.LongAnnotationData
Sets the text annotation.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.RatingAnnotationData
Sets the text annotation.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Sets the text annotation.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.TermAnnotationData
Sets the text annotation.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.TextualAnnotationData
Sets the text annotation.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.TimeAnnotationData
Sets the time annotation.
setContent(Object) - クラス のメソッドpojos.XMLAnnotationData
Sets the annotation.
setContrastMethod(ContrastMethod) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the contrast method value.
setCorrectionCollar(double) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the correction of the objective.
setCreationEvent(Event, Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
setCurrentGroup(long) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Changes the default group of the currently logged in user.
setCurrentLogFile(String, String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setCustomAnnotationList(List<Annotation>) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Sets the list of custom, user specified, annotations to link to all images represented by this container.
setCustomImageNaming(boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
setCustomImageNaming(boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
setDataObjects(Set<DataObject>) - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Sets the collection of data objects related to that tag.
setDatasetAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDatasetDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDatasetExperimenterGroupRef(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDatasetExperimenterRef(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDatasetID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDatasetImageRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDatasetName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDatasets(Set) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the datasets containing the image.
setDatasets(Set<DatasetData>) - クラス のメソッドpojos.ProjectData
Sets the datasets contained in this project.
setDataValue(double) - クラス のメソッドpojos.DoubleAnnotationData
Sets the rating value.
setDataValue(long) - クラス のメソッドpojos.LongAnnotationData
Sets the rating value.
setDebugLevel(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
setDebugLevel(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
Set debug level for application
setDefaultGroup_async(AMD_IAdmin_setDefaultGroup, Experimenter, ExperimenterGroup, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
setDefaultPixels(PixelsData) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the default set of pixels.
setDefaultSample(int) - クラス のメソッドpojos.PlateData
Sets the default sample.
setDefaultT(Long, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
setDefaultT(Long, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Set the default timepoint of the image.
setDefaultT_async(AMD_RenderingEngine_setDefaultT, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setDefaultZ(Long, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RenderingServiceImpl
 
setDefaultZ(Long, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RenderingService
Set the default Z section of the image.
setDefaultZ_async(AMD_RenderingEngine_setDefaultZ, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Sets the description of the dataset.
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.FileAnnotationData
Sets the description of the annotation.
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.FileData
Sets the description.
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.GroupData
Sets the name of the group.
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the description of the image.
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Sets the name of the acquisition.
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.PlateData
Sets the description of the plate.
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.ProjectData
Sets the description of the project.
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Sets the description of the screen.
setDescription(String) - クラス のメソッドpojos.XMLAnnotationData
Sets the description of the annotation.
setDescription_async(AMD_IShare_setDescription, long, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
setDetach(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.grid.InteractiveProcessorI
 
setDetectorAmplificationGain(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorGain(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorLotNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorManufacturer(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorModel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorOffset(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorSerialNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorSettingBinning(Binning) - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Sets the detector's binning.
setDetectorSettingOffset(double) - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Sets the detector's setting offset.
setDetectorSettingsBinning(Binning, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorSettingsGain(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorSettingsGain(double) - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Sets the detector setting's gain.
setDetectorSettingsID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorSettingsIntegration(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorSettingsOffset(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorSettingsReadOutRate(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorSettingsReadOutRate(double) - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Sets the detector setting's read out rate.
setDetectorSettingsVoltage(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorSettingsVoltage(double) - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Sets the detector setting's voltage.
setDetectorSettingsZoom(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorType(DetectorType, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorVoltage(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDetectorZoom(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDichroicID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDichroicLotNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDichroicManufacturer(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDichroicModel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDichroicSerialNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDirty(boolean) - クラス のメソッドpojos.DataObject
Sets to true if the value has been modified, otherwise.
setDirty(boolean) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Sets to true if the figure been changed from the server side version, false otherwise.
setDN_async(AMD_ILdap_setDN, RLong, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.LdapI
 
setDoThumbnails(boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Sets whether or not we are performing thumbnail creation upon import completion.
setDoubleAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDoubleAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDoubleAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDoubleAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDoubleAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setDoubleAnnotationValue(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseDescription(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseFillColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseFillRule(FillRule, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseFontFamily(FontFamily, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseFontSize(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseFontStyle(FontStyle, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseLineCap(LineCap, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseLocked(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseRadiusX(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseRadiusY(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseStrokeColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseStrokeDashArray(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseStrokeWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseText(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseTheC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseTheT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseTheZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseTransform(AffineTransform, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseVisible(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseX(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEllipseY(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEmail(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setEmail(String) - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Sets the e-mail of the experimenter.
setEmissionWavelength(int) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the emission wavelength.
setEncrypted(boolean) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
setEncryptedConnection(boolean) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setEnumerationProvider(EnumerationProvider) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Sets the active enumeration provider.
setError(Throwable) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setExcitationWavelength(int) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the excitation wavelength.
setExperimentDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterDisplayName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterEmail(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterFirstName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterGroupAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterGroupDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterGroupExperimenterRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterGroupID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterGroupLeader(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterGroupName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterGroupRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterInstitution(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterLastName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenterMiddleName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimenters(Set<ExperimenterData>) - クラス のメソッドpojos.GroupData
Sets the experimenters contained in this group.
setExperimenterUserName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimentExperimenterRef(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimentID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExperimentType(ExperimentType, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setExpiration_async(AMD_IShare_setExpiration, long, RTime, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ShareI
 
setExternalDescription(String) - クラス のメソッドpojos.WellData
Sets the external description of the well.
setExternalIdentifier(String) - クラス のメソッドpojos.PlateData
Sets the external identifier.
setExternalInfo(ExternalInfo, Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
setExtra(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setFastShutdown(boolean) - クラス のメソッドomero.client
Sets the client.fastShutdown flag.
setFilamentID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilamentLotNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilamentManufacturer(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilamentModel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilamentPower(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilamentSerialNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilamentType(FilamentType, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFile(File) - クラス のメソッドome.formats.OMEROImportFixture
 
setFileAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFileAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFileAnnotationBinaryFileFileName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFileAnnotationBinaryFileMIMEType(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFileAnnotationBinaryFileSize(NonNegativeLong, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFileAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFileAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFileAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFileId_async(AMD_RawFileStore_setFileId, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
setFileId_async(AMD_RawFileStore_setFileId, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepoRawFileStoreI
 
setFiles(String[]) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setFileType(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setFill(Color) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Set the fill colour.
setFillRule(String) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Set the fill rule.
setFilterFilterWheel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterLotNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterManufacturer(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterModel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterSerialNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterSetDichroicRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterSetEmissionFilterRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterSetExcitationFilterRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterSetID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterSetLotNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterSetManufacturer(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterSetModel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterSetSerialNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFilterType(FilterType, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setFirstName(String) - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Sets the first name of the experimenter.
setFluor(String) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the fluor.
setFontFamily(String) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the stroke.
setFontSize(int) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Set the size of the font.
setFontStyle(String) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Sets the style of the font.
setGreen(Integer) - クラス のメソッドpojos.WellData
Sets the green component of the color associated to the well.
setGroup(Long) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Sets the id which will be used by OMEROMetadataStoreClient.initializeServices(boolean) to set the call context for all services.
setGroup(ExperimenterGroup, Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
setGroupAnnotate(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setGroupAnnotate(boolean) - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Sets to true if the group has annotate access, false otherwise.
setGroupID(Long) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
setGroupName(String) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
setGroupOwner_async(AMD_IAdmin_setGroupOwner, ExperimenterGroup, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
setGroupRead(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setGroupRead(boolean) - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Sets to true if the group has read access, false otherwise.
setGroups(List<GroupData>) - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Sets the groups the experimenter is a member of.
setGroupWrite(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setGroupWrite(boolean) - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Sets to true if the group has write access, false otherwise.
setHeight(double) - クラス のメソッドpojos.MaskData
Sets the height of an untransformed mask.
setHeight(double) - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Sets the height of an untransformed rectangle.
setHolder(ServantHolder) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractAmdServant
Sets the ServantHolder for the current session so that on #close_async(AMD_StatefulServiceInterface_close, Current) it will be possible to cleanup the resources.
setHumidity(double) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the humidity.
setIceCommunicator(Communicator) - クラス のメソッドomero.util.ObjectFactoryRegistry
 
setId(Long) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
setId(long) - クラス のメソッドpojos.DataObject
Sets the database id.
setIllumination(Illumination) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the illumination value.
setImage(ImageData) - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Sets the image linked to this pixels' set.
setImage(Image) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Sets the imageId for the ROI.
setImage(ImageData) - クラス のメソッドpojos.WellSampleData
Sets the image linked to this well sample.
setImageAcquisitionDate(Timestamp, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageExperimenterGroupRef(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageExperimenterRef(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageExperimentRef(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageInstrumentRef(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageMicrobeamManipulationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.ImageNameMetadataStore
 
setImageName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageROIRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImageROIRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
 
setImages(Set<ImageData>) - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Sets the images contained in this dataset.
setImagingEnvironmentAirPressure(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImagingEnvironmentCO2Percent(PercentFraction, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImagingEnvironmentHumidity(PercentFraction, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setImagingEnvironmentTemperature(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setIndex(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
Set index
setInput(String, RType) - クラス のメソッドomero.client
Sets an item in the "input" shared (session) memory under the given name.
setInput_async(AMD_ISession_setInput, String, String, RType, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
setInstanceProvider(InstanceProvider) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Sets the active instance provider.
setInstitution(String) - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Sets the institution where the experimenter works.
setInstrumentID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setIsSPW(Boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Set true if the import container is filled in with a Screen/Plate/Well image structure.
setJavaClasspath(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setJavaVersion(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setKeywords(String) - クラス のメソッドpojos.WorkflowData
Sets the keywords of the workflow.
setKeywords(List<String>) - クラス のメソッドpojos.WorkflowData
Sets the keywords of the workflow.
setLabelFillColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelFillRule(FillRule, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelFontFamily(FontFamily, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelFontSize(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelFontStyle(FontStyle, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelLineCap(LineCap, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelLocked(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelName(String) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the name of the stage label.
setLabelStrokeColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelStrokeDashArray(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelStrokeWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelText(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelTheC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelTheT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelTheZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelTransform(AffineTransform, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelVisible(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelX(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLabelY(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserFrequencyMultiplication(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserLaserMedium(LaserMedium, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserLotNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserManufacturer(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserModel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserPockelCell(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserPower(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserPulse(Pulse, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserPump(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserRepetitionRate(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserSerialNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserTuneable(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserType(LaserType, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLaserWavelength(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLastName(String) - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Sets the last name of the experimenter.
setLightEmittingDiodeID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLightEmittingDiodeLotNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLightEmittingDiodeManufacturer(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLightEmittingDiodeModel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLightEmittingDiodePower(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLightEmittingDiodeSerialNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLightPathDichroicRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLightPathEmissionFilterRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLightPathExcitationFilterRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLightSource(LightSourceData) - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Sets the light source associated to the settings.
setLigthSettingsAttenuation(double) - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Sets the attenuation of the light settings.
setLigthSettingsWavelength(int) - クラス のメソッドpojos.ChannelAcquisitionData
Returns the wavelength of the light source.
setLineCap(int) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Sets the line cap.
setLineFillColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineFillRule(FillRule, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineFontFamily(FontFamily, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineFontSize(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineFontStyle(FontStyle, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineLineCap(LineCap, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineLocked(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineMarkerEnd(Marker, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineMarkerStart(Marker, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineStrokeColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineStrokeDashArray(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineStrokeWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineText(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineTheC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineTheT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineTheZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineTransform(AffineTransform, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineVisible(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineX1(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineX2(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineY1(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLineY2(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setListAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setListAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setListAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setListAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setListAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLongAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLongAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLongAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLongAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLongAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setLongAnnotationValue(Long, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMarkerEnd(String) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the marker end.
setMarkerStart(String) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Returns the marker start.
setMask(byte[]) - クラス のメソッドpojos.MaskData
Sets the mask image.
setMask(BufferedImage) - クラス のメソッドpojos.MaskData
Sets the mask from the bufferedImage.
setMaskBinData(byte[], int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskBinData(byte[], int, int) - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
 
setMaskFillColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskFillRule(FillRule, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskFontFamily(FontFamily, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskFontSize(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskFontStyle(FontStyle, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskHeight(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskHeight(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
 
setMaskID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskLineCap(LineCap, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskLocked(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskStrokeColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskStrokeColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
 
setMaskStrokeDashArray(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskStrokeWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskText(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskTheC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskTheT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskTheZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskTransform(AffineTransform, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskVisible(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
 
setMaskX(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskX(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
 
setMaskY(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMaskY(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
 
setMedium(Medium) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the medium of the objective.
setMergedBatches_async(AMD_Search_setMergedBatches, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
setMessage(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
setMessage_async(AMD_JobHandle_setMessage, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
setMetadataOptions(MetadataOptions) - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
 
setMicrobeamManipulationDescription(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicrobeamManipulationExperimenterRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicrobeamManipulationID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicrobeamManipulationLightSourceSettingsAttenuation(PercentFraction, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicrobeamManipulationLightSourceSettingsID(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicrobeamManipulationLightSourceSettingsWavelength(PositiveInteger, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicrobeamManipulationROIRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicrobeamManipulationType(MicrobeamManipulationType, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicroscopeLotNumber(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicroscopeManufacturer(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicroscopeModel(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicroscopeSerialNumber(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMicroscopeType(MicroscopeType, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setMiddleName(String) - クラス のメソッドpojos.ExperimenterData
Sets the middle name of the experimenter.
setMode(AcquisitionMode) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the acquisition mode value.
setModel_async(AMD_RenderingEngine_setModel, RenderingModel, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setModelProcessors(List<ModelProcessor>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Sets the current set of model processors.
setName(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROImportFixture
 
setName(String) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the name of the logical channel.
setName(String) - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Sets the name of the dataset.
setName(String) - クラス のメソッドpojos.GroupData
Sets the name of the group.
setName(String) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the name of the image.
setName(String) - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Sets the name of the acquisition.
setName(String) - クラス のメソッドpojos.PlateData
Sets the name of the plate.
setName(String) - クラス のメソッドpojos.ProjectData
Sets the name of the project.
setName(String) - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Sets the name of the screen.
setNameSpace(String) - クラス のメソッドpojos.AnnotationData
Sets the name space of the underlying Annotation instance.
setNamespace(String) - クラス のメソッドpojos.WorkflowData
Sets the namespace of the workflow.
setNamespaceKeywords(String, String[]) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Sets the namespace and keywords.
setNamespaceMap(Map<String, List<String>>) - クラス のメソッドpojos.ROIData
Sets the namespaces and keywords of the ROI from the map.
setNDFilter(double) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the ND filter.
setNumOfDirectories(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
setNumOfDirectories(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
setObjectiveCalibratedMagnification(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveCorrection(Correction, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveImmersion(Immersion, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveIris(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveLensNA(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveLotNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveManufacturer(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveModel(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveNominalMagnification(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveSerialNumber(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveSettingsCorrectionCollar(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveSettingsID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveSettingsMedium(Medium, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveSettingsRefractiveIndex(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setObjectiveWorkingDistance(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setOffset(int, long) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
setOriginalSettingsForPixels_async(AMD_IRenderingSettings_setOriginalSettingsForPixels, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
setOriginalSettingsInDataset_async(AMD_IRenderingSettings_setOriginalSettingsInDataset, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
setOriginalSettingsInImage_async(AMD_IRenderingSettings_setOriginalSettingsInImage, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
setOriginalSettingsInSet_async(AMD_IRenderingSettings_setOriginalSettingsInSet, String, List<Long>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingSettingsI
 
setOSArch(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setOSName(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setOSVersion(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setOutput(String, RType) - クラス のメソッドomero.client
Sets an item in the "output" shared (session) memory under the given name.
setOutput_async(AMD_ISession_setOutput, String, String, RType, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SessionI
 
setOverlays_async(AMD_RenderingEngine_setOverlays, RLong, RLong, Map<Long, Integer>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setOwner(Experimenter, Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
setParentFilePath(String, int) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the path to the file hosting the image.
setPassword(String) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
setPathSanitizer(Function<String, String>) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.ServerFilePathTransformer
Set the string transformer that is used to make file-path components safe across platforms.
setPathToFile(String) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the path to the file.
setPerm1(long, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setPerm1(Long) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setPermissions(Permissions, Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
setPermissionsVerifier(String, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.Router
 
setPinholeSize(double) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the pinhole size.
setPixels(Pixels) - クラス のメソッドomero.util.RPSTileLoop
Called by the TileData implementation to update the RPSTileLoop.pixels instance for re-use by the client.
setPixelsAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsBigEndian(Boolean, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsBinDataBigEndian(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsDimensionOrder(DimensionOrder, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsId(long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ThumbnailServiceImpl
Lookup the pixels for the renderingEngine for pixelsId
setPixelsId_async(AMD_RawPixelsStore_setPixelsId, long, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
setPixelsId_async(AMD_ThumbnailStore_setPixelsId, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
setPixelsId_async(AMD_RawPixelsStore_setPixelsId, long, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
setPixelsInterleaved(Boolean, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelSizeX(double) - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Sets the dimension of a pixel along the X-axis, dimension is in microns.
setPixelSizeY(double) - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Sets the dimension of a pixel along the Y-axis, dimension is in microns.
setPixelSizeZ(double) - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Sets the dimension of a pixel along the Z-axis, dimension is in microns.
setPixelsParams(long, int, String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Sets extended the properties on a pixel set.
setPixelsParams(long, int, String, String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Sets extended the properties on a pixel set including the repository which the object is to be found in.
setPixelsParams_async(AMD_MetadataStore_setPixelsParams, long, boolean, Map<String, String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
setPixelsPhysicalSizeX(PositiveFloat, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsPhysicalSizeY(PositiveFloat, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsPhysicalSizeZ(PositiveFloat, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsSignificantBits(PositiveInteger, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsSizeC(PositiveInteger, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsSizeT(PositiveInteger, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsSizeX(PositiveInteger, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsSizeY(PositiveInteger, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsSizeZ(PositiveInteger, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsTimeIncrement(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPixelsType(PixelType, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlane(Long, byte[], int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Writes a plane to the server.
setPlane(long, byte[], int, int, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawPixelsStoreServiceImpl
 
setPlane(long, byte[], int, int, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawPixelsStoreService
set the plane at z, c, t to the bytes of buf.
setPlane_async(AMD_RawPixelsStore_setPlane, byte[], int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
setPlane_async(AMD_RawPixelsStore_setPlane, byte[], int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
setPlaneAnnotationRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlaneDeltaT(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlaneExposureTime(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlaneHashSHA1(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlanePositionX(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlanePositionY(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlanePositionZ(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlaneTheC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlaneTheT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlaneTheZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateAcquisition(Set<PlateAcquisitionData>) - クラス のメソッドpojos.PlateData
Sets the plate acquisition linked to the plate.
setPlateAcquisitionAnnotationRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateAcquisitionDescription(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateAcquisitionEndTime(Timestamp, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateAcquisitionID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateAcquisitionMaximumFieldCount(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateAcquisitionName(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateAcquisitionStartTime(Timestamp, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateAcquisitionWellSampleRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateColumnNamingConvention(NamingConvention, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateColumns(PositiveInteger, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateExternalIdentifier(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateFieldIndex(NonNegativeInteger, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateRowNamingConvention(NamingConvention, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateRows(PositiveInteger, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlates(Set<PlateData>) - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Sets the plates contained in this screen.
setPlateScreenRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateStatus(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateWellOriginX(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPlateWellOriginY(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPockelCell(int) - クラス のメソッドpojos.ChannelData
Sets the pockel cell.
setPointFillColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointFillRule(FillRule, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointFontFamily(FontFamily, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointFontSize(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointFontStyle(FontStyle, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointLineCap(LineCap, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointLocked(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPoints(List<Point2D.Double>, List<Point2D.Double>, List<Point2D.Double>, List<Integer>) - クラス のメソッドpojos.PolygonData
Sets the points in the polygon.
setPoints(List<Point2D.Double>, List<Point2D.Double>, List<Point2D.Double>, List<Integer>) - クラス のメソッドpojos.PolylineData
Sets the points in the polyline.
setPointStrokeColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointStrokeDashArray(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointStrokeWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointText(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointTheC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointTheT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointTheZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointTransform(AffineTransform, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointVisible(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointX(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPointY(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonFillColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonFillRule(FillRule, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonFontFamily(FontFamily, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonFontSize(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonFontStyle(FontStyle, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonLineCap(LineCap, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonLocked(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonPoints(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonStrokeColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonStrokeDashArray(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonStrokeWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonText(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonTheC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonTheT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonTheZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonTransform(AffineTransform, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolygonVisible(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineFillColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineFillRule(FillRule, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineFontFamily(FontFamily, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineFontSize(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineFontStyle(FontStyle, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineLineCap(LineCap, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineLocked(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineMarkerEnd(Marker, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineMarkerStart(Marker, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylinePoints(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineStrokeColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineStrokeDashArray(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineStrokeWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineText(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineTheC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineTheT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineTheZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineTransform(AffineTransform, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPolylineVisible(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setPort(int) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
setPositionX(double) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the x-position.
setPositionY(double) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the y-position.
setPositionZ(double) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the z-position.
setProjectAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setProjectDatasetRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setProjectDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setProjectExperimenterGroupRef(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setProjectExperimenterRef(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setProjectID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setProjectName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setProjects(Set<ProjectData>) - クラス のメソッドpojos.DatasetData
Sets the projects containing the dataset.
setProtocolDescription(String) - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Sets the description of the protocol.
setProtocolIdentifier(String) - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Sets the identifier of the protocol.
setQuantizationMap_async(AMD_RenderingEngine_setQuantizationMap, int, Family, double, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setQuantumStrategy_async(AMD_RenderingEngine_setQuantumStrategy, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setRadiusX(double) - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Sets the radius along the X-axis.
setRadiusY(double) - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Sets the radius along the Y-axis.
setRating(int) - クラス のメソッドpojos.RatingAnnotationData
Sets the rating value.
setReader(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Sets the reader class name used for reading the contents of this import container.
setReader(IFormatReader) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Sets the Bio-Formats reader that will be used to populate the container store.
setReader(IFormatReader) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setReaderType(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
set file format for import
setReadOnly(boolean) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Sets to true if the object is a read-only object, false otherwise.
setReagentAnnotationRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setReagentDescription(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setReagentID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setReagentName(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setReagentReagentIdentifier(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setReagentSetDescripion(String) - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Sets the identifier of the reagent.
setReagentSetIdentifier(String) - クラス のメソッドpojos.ScreenData
Sets the identifier of the reagent.
setRectangleFillColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleFillRule(FillRule, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleFontFamily(FontFamily, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleFontSize(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleFontStyle(FontStyle, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleHeight(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleLineCap(LineCap, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleLocked(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleStrokeColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleStrokeDashArray(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleStrokeWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleText(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleTheC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleTheT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleTheZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleTransform(AffineTransform, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleVisible(Boolean, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleWidth(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleX(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRectangleY(Double, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRed(Integer) - クラス のメソッドpojos.WellData
Sets the red component of the color associated to the well.
setReference(OriginalFile) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the reference to the file to register.
setReferenceStringCache(Map<String, String[]>) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Sets the string based reference cache for this container store.
setReferenceStringCache(Map<String, String[]>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRefPlateId(long) - クラス のメソッドpojos.PlateAcquisitionData
Sets the id of the plate this plate acquisition is for.
setRefractiveIndex(double) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the refractive index of the objective.
setRegion_async(AMD_RawPixelsStore_setRegion, int, long, byte[], Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
setRegion_async(AMD_RawPixelsStore_setRegion, int, long, byte[], Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
setRegisteredFile(OriginalFile) - クラス のメソッドpojos.FileData
Sets the registered file.
setRegisteredFile(Image) - クラス のメソッドpojos.ImageData
Sets the registered file.
setRegistry(Registry) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
Sets the Registry for this instance.
setRenderingDefId(long, long) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ThumbnailServiceImpl
 
setRenderingDefId(long, long) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ThumbnailService
Set the rendering def from the default to another.
setRenderingDefId_async(AMD_ThumbnailStore_setRenderingDefId, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
setRepositoryPath(String) - クラス のメソッドpojos.FileData
Sets the path to the parent.
setResolutionLevel_async(AMD_PyramidService_setResolutionLevel, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AbstractPyramidServant
 
setResolutionLevel_async(AMD_PyramidService_setResolutionLevel, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
setResponseIfNull(Response) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Set the response if there is not currently run, in which case true is returned.
setReturnUnloaded_async(AMD_Search_setReturnUnloaded, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
setRGBA_async(AMD_RenderingEngine_setRGBA, int, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setRightsRightsHeld(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRightsRightsHolder(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setROIAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setROICoordinate(ROICoordinate) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Sets the ROICoordinate for the ShapeData
setROIDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setROIID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setROIID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OverlayMetadataStore
 
setROIName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setROINamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRoot(MetadataRoot) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setRoot(Object) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
非推奨です。
setRow_async(AMD_RawPixelsStore_setRow, byte[], int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
setRow_async(AMD_RawPixelsStore_setRow, byte[], int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
setScreenAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setScreenDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setScreenID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setScreenName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setScreenPlateRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setScreenProtocolDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setScreenProtocolIdentifier(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setScreenReagentSetDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setScreenReagentSetIdentifier(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setScreens(Set<ScreenData>) - クラス のメソッドpojos.PlateData
Sets the screens containing the plate.
setScreenType(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setSecurityContext(IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
setSecurityPassword(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
setSecuritySystem(SecuritySystem) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TimelineI
 
setSelectedFile(File) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setServer(String) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
setServerEndpoints(String, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.Router
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
Initialize the service factory which creates the gateway and services and links the different services together.
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.DeleteI
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ExporterI
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TimelineI
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
setServiceFactory(Identity, ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.FindServiceFactoryMessage
Store the information.
setServiceFactory(Identity, ServiceFactoryI) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.RegisterServantMessage
 
setServiceFactory(ServiceFactoryI) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.util.ServiceFactoryAware
 
setSession(SessionI) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
setSession(SessionI) - インタフェース のメソッドomero.cmd.SessionAware
 
setSessionID(String) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
setSessionId(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploader
Set specific sessionID
setSessionManager(SessionManager) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TimelineI
 
setSessionManager(String, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.Router
 
setShapeSettings(Shape) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Set the settings associated to the shape.
setSizeC(int) - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Sets the number of channels.
setSizeT(int) - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Sets the number of time-points.
setSizeX(int) - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Sets the number of pixels along the X-axis.
setSizeY(int) - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Sets the number of pixels along the Y-axis.
setSizeZ(int) - クラス のメソッドpojos.PixelsData
Sets the number of pixels along the Z-axis.
setStack_async(AMD_RawPixelsStore_setStack, byte[], int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
setStack_async(AMD_RawPixelsStore_setStack, byte[], int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
setStageLabelName(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setStageLabelX(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setStageLabelY(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setStageLabelZ(Double, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setStatisticsEnabled(boolean) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
Enable statistics logs (this is a dynamic parameter)
setStatus(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
set the status for this error
setStatus(String) - クラス のメソッドpojos.PlateData
Sets the status.
setStatus(String) - クラス のメソッドpojos.WellData
Sets the status of the well.
setStatus_async(AMD_JobHandle_setStatus, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
setStatusAndMessage_async(AMD_JobHandle_setStatusAndMessage, String, RString, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
setSteps(int) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
setStroke(Color) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Set the stroke colour.
setStrokeDashArray(double[]) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Set the stroke dashes.
setStrokeWidth(double) - クラス のメソッドpojos.ShapeSettingsData
Set the stroke width.
setT(int) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Sets the time-point.
setTagAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTagAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTagAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTagAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTagAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTagAnnotationValue(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTagDescription(String) - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Sets the description of the tag.
setTagDescriptions(List<TextualAnnotationData>) - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Sets the tag's descriptions.
setTagValue(String) - クラス のメソッドpojos.TagAnnotationData
Sets the value of the tag.
setTarget(IObject) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
setTemperature(double) - クラス のメソッドpojos.ImageAcquisitionData
Sets the temperature.
setTerm(String) - クラス のメソッドpojos.TermAnnotationData
Sets the term.
setTermAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTermAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTermAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTermAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTermAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTermAnnotationValue(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTermDescription(String) - クラス のメソッドpojos.TermAnnotationData
Sets the description of the tag.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Sets the text of the shape.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.LineData
Sets the text of the shape.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.MaskData
Sets the text of the shape.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.PointData
Sets the text of the shape.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.PolygonData
Sets the text of the shape.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.PolylineData
Sets the text of the shape.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Sets the text of the shape.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.TextData
Sets the text of the shape.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.TextualAnnotationData
Sets the text.
setText(String) - クラス のメソッドpojos.XMLAnnotationData
Sets the text value.
setTie(TieBase) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
setTie(TieBase) - インタフェース のメソッドomero.util.TieAware
 
setTiffDataFirstC(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTiffDataFirstT(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTiffDataFirstZ(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTiffDataIFD(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTiffDataPlaneCount(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTile(Long, byte[], int, int, int, int, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Writes a tile of pixels to the server.
setTile(byte[], int, int, int, int, int, int, int) - クラス のメソッドomero.util.RPSTileData
 
setTile(byte[], int, int, int, int, int, int, int) - インタフェース のメソッドomero.util.TileData
 
setTile_async(AMD_RawPixelsStore_setTile, byte[], int, int, int, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
setTile_async(AMD_RawPixelsStore_setTile, byte[], int, int, int, int, int, int, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
setTimeout(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.Router
 
setTimepoint_async(AMD_RawPixelsStore_setTimepoint, byte[], int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawPixelsStoreI
 
setTimepoint_async(AMD_RawPixelsStore_setTimepoint, byte[], int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.BfPixelsStoreI
 
setTimestampAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTimestampAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTimestampAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTimestampAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTimestampAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTimestampAnnotationValue(Timestamp, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
settings - クラス の変数pojos.ShapeData
The representation of the shape.
setToken(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setTransform(String) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Sets the Affine transform of the shape.
setTransmittanceRangeCutIn(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTransmittanceRangeCutInTolerance(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTransmittanceRangeCutOut(PositiveInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTransmittanceRangeCutOutTolerance(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setTransmittanceRangeTransmittance(PercentFraction, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setUIBounds(Rectangle) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
setUIBounds(Rectangle) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
Set ui bounds for application
setUp() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportFixture
checks for the necessary fields and initializes the ImportLibrary
setUp() - クラス のメソッドome.formats.OMEROImportFixture
checks for the necessary fields and initializes the ImportLibrary
setUpdateEvent(Event, Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
setUploadUrl(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorContainer
 
setUsedFiles(String[]) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Set the list of image file names that belong to this import container.
setUseProjections_async(AMD_Search_setUseProjections, boolean, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
setUseQuaqua(boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
setUseQuaqua(boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
setUserAnnotate(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setUserDisableHistory(boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
setUserDisableHistory(boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
Set debug level for application
setUserFullPath(boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
setUserFullPath(boolean) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
 
setUsername(String) - クラス のメソッドloci.ome.io.OmeroReader
 
setUserPixels(Double[]) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
setUserRead(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setUserRead(boolean) - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Sets to true if the user has read access, false otherwise.
setUserSpecifiedAnnotations(List<Annotation>) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Sets the user specified image annotations.
setUserSpecifiedAnnotations(List<Annotation>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setUserSpecifiedDescription(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Sets the custom image/plate description for import.
setUserSpecifiedDescription(String) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Sets the user specified image/plate description.
setUserSpecifiedDescription(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setUserSpecifiedName(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
Sets the custom image/plate name for import.
setUserSpecifiedName(String) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Sets the user specified image/plate name.
setUserSpecifiedName(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setUserSpecifiedPhysicalPixelSizes(Double, Double, Double) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Sets the user specified physical pixel sizes.
setUserSpecifiedPhysicalPixelSizes(Double, Double, Double) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setUserSpecifiedTarget(IObject) - インタフェース のメソッドome.formats.model.IObjectContainerStore
Sets the user specified linkage target (usually a Dataset for Images and a Screen for Plates).
setUserSpecifiedTarget(IObject) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setUserWrite(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setUserWrite(boolean) - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Sets to true if the user has write access, false otherwise.
setUUID(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setUUIDFileName(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setUUIDValue(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setValue(boolean) - クラス のメソッドpojos.BooleanAnnotationData
Returns the text.
setValue(IObject) - クラス のメソッドpojos.DataObject
Sets the IObject.
setVersion(int) - クラス のメソッドpojos.DataObject
Sets the version of the object if it is immutable.
setVersionNumber(String) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
setVisible(boolean) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Sets to true if the shape is visible, false otherwise.
setWellAnnotationRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellColor(Color, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellColumn(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellExternalDescription(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellExternalIdentifier(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellID(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellReagentRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellRow(NonNegativeInteger, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellSampleAnnotationRef(String, int, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellSampleID(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellSampleImageRef(String, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellSampleIndex(NonNegativeInteger, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellSamplePositionX(Double, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellSamplePositionY(Double, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellSamples(List<WellSampleData>) - クラス のメソッドpojos.WellData
Sets the well samples linked to the well.
setWellSampleTimepoint(Timestamp, int, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellStatus(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellType(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setWellType(String) - クラス のメソッドpojos.WellData
Sets a human readable identifier for the screening status e.g. empty, positive control, etc.
setWidth(double) - クラス のメソッドpojos.MaskData
Sets the width of an untransformed mask.
setWidth(double) - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Sets width of an untransformed rectangle.
setWorldAnnotate(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setWorldRead(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setWorldRead(boolean) - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Sets to true if the world has read access, false otherwise.
setWorldWrite(boolean, Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
setWorldWrite(boolean) - クラス のメソッドpojos.PermissionData
Sets to true if the world has write access, false otherwise.
setX(double) - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Sets the x-coordinate of the center of the ellipse.
setX(double) - クラス のメソッドpojos.MaskData
Sets the x-coordinate top-left corner of an untransformed mask.
setX(double) - クラス のメソッドpojos.PointData
set the x-coordinate of the shape.
setX(double) - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Sets the x-coordinate of the top-left corner of an untransformed rectangle.
setX(double) - クラス のメソッドpojos.TextData
Sets the x-coordinate of the text field.
setX1(double) - クラス のメソッドpojos.LineData
Set the x-coordinate of the starting point of an untransformed line.
setX2(double) - クラス のメソッドpojos.LineData
Set the x-coordinate of the end point of an untransformed line.
setXMLAnnotationAnnotationRef(String, int, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setXMLAnnotationAnnotator(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setXMLAnnotationDescription(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setXMLAnnotationID(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setXMLAnnotationNamespace(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setXMLAnnotationValue(String, int) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
setY(double) - クラス のメソッドpojos.EllipseData
Sets the y-coordinate of the center of the ellipse.
setY(double) - クラス のメソッドpojos.MaskData
Sets the y-coordinate top-left corner of an untransformed mask.
setY(double) - クラス のメソッドpojos.PointData
set the y-coordinate of the shape.
setY(double) - クラス のメソッドpojos.RectangleData
Sets the y-coordinate of the top-left corner of an untransformed rectangle.
setY(double) - クラス のメソッドpojos.TextData
Sets the y-coordinate of the text field.
setY1(double) - クラス のメソッドpojos.LineData
Set the y-coordinate of the starting point of an untransformed line.
setY2(double) - クラス のメソッドpojos.LineData
Set the y-coordinate of the end point of an untransformed line.
setZ(int) - クラス のメソッドpojos.ShapeData
Sets the z-section.
sf - クラス の変数ome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
sf - クラス の変数ome.services.blitz.util.FindServiceFactoryMessage
 
sha1(File) - クラス のメソッドomero.client
Calculates the local sha1 for a file.
ShapeData - pojosのクラス
Hosts a shape.
ShapeData(Shape, boolean) - クラス のコンストラクタpojos.ShapeData
Creates a new instance.
ShapeData(Shape) - クラス のコンストラクタpojos.ShapeData
Creates a new instance.
ShapeProcessor - ome.formats.modelのクラス
Processes the shapes of a IObjectContainerStore and ensures that the ROI containers are present.
ShapeProcessor() - クラス のコンストラクタome.formats.model.ShapeProcessor
 
ShapeSettingsData - pojosのクラス
Stores the settings related to a given shape.
sharedResources(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
SharedResourcesI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the SharedResources interface.
SharedResourcesI(BlitzExecutor, TopicManager, Registry, ScriptRepoHelper) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
SharedResourcesI(BlitzExecutor, TopicManager, Registry, ScriptRepoHelper, long) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
SharedResourcesI(BlitzExecutor, TopicManager, Registry, ScriptRepoHelper, long, long) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.SharedResourcesI
 
ShareI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IShare service.
ShareI(IShare, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ShareI
 
shortName - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.COUNT_EVENT
 
shutdown(boolean) - クラス のメソッドome.services.blitz.Entry
Calls OmeroContext.closeAll() to recursively close all OMERO.blitz resources in the reverse order that they were created.
shutdown(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
shutdown() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
shutdown() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer.Process
 
shutdownAll() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ProcessContainer
Called on shutdown of the server.
singleFile(File, ImportConfig) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
Return an import container for a single file
size() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
 
size - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
size() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
Return the size of this file on the underlying filesystem.
size() - クラス のメソッドomero.util.Resources
 
size_async(AMD_RawFileStore_size, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
sizeC - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
sizeC - クラス の変数ome.services.formats.OmeroReader
 
sizeImages() - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.OmeroMetadata
 
sizeT - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
sizeT - クラス の変数ome.services.formats.OmeroReader
 
sizeX - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
sizeX - クラス の変数ome.services.formats.OmeroReader
 
sizeY - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
sizeY - クラス の変数ome.services.formats.OmeroReader
 
sizeZ - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
sizeZ - クラス の変数ome.services.formats.OmeroReader
 
Slot - ome.services.throttlingのクラス
Worker which consumes from the Queue.
Slot(Queue) - クラス のコンストラクタome.services.throttling.Slot
 
sm - クラス の変数ome.services.blitz.impl.TimelineI
 
SmartEllipseI - omero.modelのクラス
 
SmartEllipseI() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartEllipseI
 
SmartLineI - omero.modelのクラス
 
SmartLineI() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartLineI
 
SmartMaskI - omero.modelのクラス
 
SmartMaskI() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartMaskI
 
SmartPathI - omero.modelのクラス
 
SmartPathI() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartPathI
 
SmartPointI - omero.modelのクラス
 
SmartPointI() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartPointI
 
SmartPolygonI - omero.modelのクラス
 
SmartPolygonI() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartPolygonI
 
SmartPolylineI - omero.modelのクラス
 
SmartPolylineI() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartPolylineI
 
SmartRectI - omero.modelのクラス
 
SmartRectI() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartRectI
 
SmartShape - omero.modelのインタフェース
Orthogonal interface hierarchy of types for working with the Shape hierarchy.
SmartShape.PointCallback - omero.modelのインタフェース
Callback interface passed every point which is within the area of this shape.
SmartShape.Util - omero.modelのクラス
Utility class used as a mixin by all of the SmartShape implementations.
SmartShape.Util() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartShape.Util
 
SmartTextI - omero.modelのクラス
THIS CLASS IS CURRENTLY BROKEN.
SmartTextI() - クラス のコンストラクタomero.model.SmartTextI
 
SortDatasetsByName - ome.formatsのクラス
 
SortDatasetsByName() - クラス のコンストラクタome.formats.SortDatasetsByName
 
SortProjectsByName - ome.formatsのクラス
 
SortProjectsByName() - クラス のコンストラクタome.formats.SortProjectsByName
 
source - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.UNKNOWN_FORMAT
 
source - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.UNREADABLE_FILE
 
sql - クラス の変数ome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
sql - クラス の変数ome.services.blitz.impl.RoiI
 
sql - クラス の変数ome.services.roi.GeomTool
 
srcFiles - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILESET_UPLOAD_END
 
ss - クラス の変数ome.services.blitz.impl.TimelineI
 
stackTraceAsString(Throwable) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
start() - クラス のメソッドome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
 
start(TransferState) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer
Minimal start method which logs the file, calls TransferState.start(), and loads the RawFileStorePrx which any implementation will need.
start() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
 
start() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ProportionalTimeEstimatorImpl
 
start() - インタフェース のメソッドome.formats.importer.util.TimeEstimator
Starts the time counting.
start() - クラス のメソッドome.services.blitz.Entry
Obtains the named OmeroContext, creating it if necessary, and then delegates to Communicator.waitForShutdown() until either it is externally shutdown, or until a signal is caught.
start() - クラス のメソッドome.services.blitz.Router
 
startTime(RTime) - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
Sets the value of the start time parameter.
statefulExecutor - クラス の変数ome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
status() - クラス のメソッドome.services.blitz.Entry
 
Status - ome.services.blitzのクラス
Status check for OMERO.blitz.
Status(String[]) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.Status
 
step - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_STEP
 
step(int, int, Current) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary.ImportCallback
 
step(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.commands.SaveI
 
step(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportRequestI
 
step(int) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RawAccessRequestI
 
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.DoAllI
 
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.ListRequestsI
 
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.TimingI
 
step(int, int, Current) - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Called periodically by the server to signal that processing is moving forward.
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.fs.ManageImageBinariesI
 
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
 
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChgrpI
 
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChmodI
 
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.ChownI
 
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.DeleteI
 
step(int) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.GraphSpecListI
 
step(int) - インタフェース のメソッドomero.cmd.IRequest
Single uncancellable action which will be performed by this IRequest.
steps(SqlAction, Session, ServiceFactory) - クラス のメソッドomero.cmd.HandleI
 
stop() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
 
stop(long) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
 
stop() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ProportionalTimeEstimatorImpl
 
stop(long) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ProportionalTimeEstimatorImpl
 
stop() - インタフェース のメソッドome.formats.importer.util.TimeEstimator
Stops the time counting and updates the internal time counter.
stop(long) - インタフェース のメソッドome.formats.importer.util.TimeEstimator
Stops the time counting and updates the internal updates the internal time counter and counter of total number of transmitted bytes.
stop(Current) - クラス のメソッドomero.grid.InteractiveProcessorI
Cancels the current process, nulls the value, and returns immediately if detach is false.
store() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.PassValue
 
store() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.Value
Stores the current value back to some medium.
store - クラス の変数ome.formats.OMEROImportFixture
 
store - クラス の変数ome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
store(Object, Object) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
STRING_TO_RSTRING - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 
subcancel(HandleI.Cancel, DoAllI.X) - クラス のメソッドomero.cmd.basic.DoAllI
 
subhelper(Request, Status) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
Run IRequest.init(Helper) on a sub-command by creating a new Helper instance.
submit_async(AMD_JobHandle_submit, Job, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.JobHandleI
 
submit_async(AMD_Session_submit, Request, Current) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
 
submitRequest(ServiceFactoryI, Request, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
subscribe(String, ObjectPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ServiceFactoryI
 
sudo(Current, String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Provide a Current like the given one, except with the request context session UUID replaced.
suggestChecksumAlgorithm(List<ChecksumAlgorithm>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
 
suggestImportPaths(FsFile, FsFile, List<FsFile>, Class<? extends FormatReader>, ChecksumAlgorithm, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Take a relative path that the user would like to see in his or her upload area, and provide an import location instance whose paths correspond to existing directories corresponding to the sanitized file paths.
SymlinkFileTransfer - ome.formats.importer.transfersのクラス
Local-only file transfer mechanism which makes use of soft-linking.
SymlinkFileTransfer() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.transfers.SymlinkFileTransfer
 
synchronizeJobs() - クラス のメソッドome.services.blitz.util.CheckAllJobs
 
synchronizeLoginCache_async(AMD_IAdmin_synchronizeLoginCache, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
SYSTEM - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Identifies the System group.

T

TagAnnotationData - pojosのクラス
A tag annotation can either be related to an image or a tag but not to both at the same time.
TagAnnotationData(String, boolean) - クラス のコンストラクタpojos.TagAnnotationData
Creates a new instance.
TagAnnotationData(String) - クラス のコンストラクタpojos.TagAnnotationData
Creates a new instance.
TagAnnotationData(String, String) - クラス のコンストラクタpojos.TagAnnotationData
Creates a new instance.
TagAnnotationData(String, String, boolean) - クラス のコンストラクタpojos.TagAnnotationData
Creates a new instance.
TagAnnotationData(TagAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.TagAnnotationData
Creates a new instance.
TagAnnotationData(TagAnnotation, List<CommentAnnotation>) - クラス のコンストラクタpojos.TagAnnotationData
Creates a new instance.
take() - クラス のメソッドome.services.throttling.Queue
 
takeover() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.AbstractRepositoryI
Method called in a background thread which may end up waiting indefinitely on the repository lock file ("${omero.data.dir}/.omero/repository/${omero.db.uuid}/repo_uuid").
target - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
target2model - クラス の変数omero.util.IceMapper
 
targetClass - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
targetId - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
targetId - クラス の変数omero.cmd.graphs.Preprocessor.GraphModifyTarget
 
TargetProcessor - ome.formats.modelのクラス
Processes the IObjectContainerStore and populates references for the linkage target object of choice.
TargetProcessor() - クラス のコンストラクタome.formats.model.TargetProcessor
 
targetType - クラス の変数omero.cmd.graphs.Preprocessor.GraphModifyTarget
 
targetTypeHierarchy - クラス のstatic変数omero.cmd.graphs.Preprocessor
the target type hierarchy, an ordered list descending from higher to lower
Task - ome.services.throttlingのクラス
Simple base task which contains logic for routing calls reflectively to ice_response and ice_exception of any AMD callback.
Task(Object, Current, boolean) - クラス のコンストラクタome.services.throttling.Task
 
tearDown() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportFixture
sets ImportLibrary, OMEROMetadataStoreClient, and file array to null.
tearDown() - クラス のメソッドome.formats.OMEROImportFixture
sets ImportLibrary, OMEROMetadataStore, and file array to null.
TempFileManager - omero.utilのクラス
Creates temporary files and folders and makes a best effort to remove them on exit (or sooner).
TempFileManager() - クラス のコンストラクタomero.util.TempFileManager
Default constructor, passes "omero" to TempFileManager.TempFileManager(String)
TempFileManager(String) - クラス のコンストラクタomero.util.TempFileManager
Initializes a TempFileManager instance with a userDir containing the given prefix value.
templateRoot - クラス の変数ome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
 
TemporaryRepositoryI - ome.services.blitz.repoのクラス
Simple repository service to make the ${java.io.tmpdir} available at runtime.
TemporaryRepositoryI(ObjectAdapter, Registry, Executor, Principal, PublicRepositoryI) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.repo.TemporaryRepositoryI
 
TermAnnotationData - pojosのクラス
Defines a Term Annotation.
TermAnnotationData(String) - クラス のコンストラクタpojos.TermAnnotationData
Creates a new instance.
TermAnnotationData(TermAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.TermAnnotationData
Creates a new instance.
TEXT - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the Text file formats.
TextData - pojosのクラス
Represents a Text in the Euclidean space R2.
TextData(Shape) - クラス のコンストラクタpojos.TextData
Creates a new instance of Text data from an existing shape.
TextData() - クラス のコンストラクタpojos.TextData
Creates a new instance of TextData, creating a new TextI Object.
TextData(String, double, double) - クラス のコンストラクタpojos.TextData
Creates a new instance of the TextData, sets the centre and major, minor axes.
TextualAnnotationData - pojosのクラス
Basic textual annotation used to add comments to a given object.
TextualAnnotationData() - クラス のコンストラクタpojos.TextualAnnotationData
Creates a new instance.
TextualAnnotationData(String) - クラス のコンストラクタpojos.TextualAnnotationData
Creates a new instance.
TextualAnnotationData(CommentAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.TextualAnnotationData
Creates a new instance.
ThrottlingStrategy - ome.services.throttlingのインタフェース
Strategy interface for controlling the execution of blitz methods.
throwIfInitialized(Object) - クラス のメソッドome.services.blitz.util.BlitzConfiguration
If this configuration is finished and BlitzConfiguration.communicator is not-null, throw a IllegalStateException
thumbnailExists_async(AMD_ThumbnailStore_thumbnailExists, RInt, RInt, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
ThumbnailService - ome.services.blitz.gateway.servicesのインタフェース
 
ThumbnailServiceImpl - ome.services.blitz.gateway.services.implのクラス
 
ThumbnailServiceImpl(ThumbnailStorePrx) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.gateway.services.impl.ThumbnailServiceImpl
Create the ThumbnailService passing the gateway.
ThumbnailStoreI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the ThumbnailStore service.
ThumbnailStoreI(ThumbnailStore, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.ThumbnailStoreI
 
tie() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
 
tie() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
Wrap the current instance with an TieBase so that it can be turned into a proxy.
TieAware - omero.utilのインタフェース
Servant which is aware of the TieBase-instance which it belongs to and will have it injected on instantiation.
TileData - omero.utilのインタフェース
Access strategy which can be implemented by diverse resources
TileLoop - omero.utilのクラス
 
TileLoop() - クラス のコンストラクタomero.util.TileLoop
 
TileLoopIteration - omero.utilのインタフェース
A single iteration of a tile for each loop.
TimeAnnotationData - pojosのクラス
Basic time annotation.
TimeAnnotationData() - クラス のコンストラクタpojos.TimeAnnotationData
Creates a default instance.
TimeAnnotationData(TimestampAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.TimeAnnotationData
Creates a new instance.
TimeEstimator - ome.formats.importer.utilのインタフェース
Estimates the time left (ETA) during image resource upload to the server.
timeLeft - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_BYTES
 
TimelineI - ome.services.blitz.implのクラス
implementation of the ITimeline service interface.
TimelineI(BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.TimelineI
 
timeOfEvent(Event) - クラス のメソッドpojos.DataObject
 
TimingI - omero.cmd.basicのクラス
Diagnostic tool for testing call overhead.
TimingI() - クラス のコンストラクタomero.cmd.basic.TimingI
 
tmpdir() - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
Returns a platform-specific user-writable temporary directory.
to - クラス の変数ome.services.blitz.util.ConvertToBlitzExceptionMessage
 
toFile(File) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.FsFile
Convert this instance to a File relative to the given File.
toJavaType(RInt) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
Transforms an OMERO RType into the corresponding Java type.
toJavaType(RLong) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
Transforms an OMERO RType into the corresponding Java type.
toJavaType(RBool) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
Transforms an OMERO RType into the corresponding Java type.
toJavaType(RFloat) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
Transforms an OMERO RType into the corresponding Java type.
toJavaType(RDouble) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
Transforms an OMERO RType into the corresponding Java type.
toJavaType(RString) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
Transforms an OMERO RType into the corresponding Java type.
token - クラス の変数omero.cmd.SessionI
Token in the form of a UUID for securing method invocations.
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates.SCANNING
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_BYTES
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_DONE
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportEvent.IMPORT_STEP
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportEvent.LOADED_IMAGE
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportEvent.LOADING_IMAGE
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportEvent.POST_UPLOAD_EVENT
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportEvent
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler.FILE_EXCEPTION
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler.INTERNAL_EXCEPTION
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler.UNKNOWN_FORMAT
 
toLog() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler.UNREADABLE_FILE
 
toNumber(double) - クラス のstaticメソッドpojos.ShapeData
Returns a double array as a number attribute value.
topicManager - クラス の変数ome.services.blitz.fire.SessionManagerI
 
TopicManager - ome.services.blitz.fireのインタフェース
Local dispatcher to TopicManager
TopicManager.Impl - ome.services.blitz.fireのクラス
 
TopicManager.Impl(Communicator) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.fire.TopicManager.Impl
 
TopicManager.TopicMessage - ome.services.blitz.fireのクラス
 
TopicManager.TopicMessage(Object, String, ObjectPrxHelperBase, String, Object...) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.fire.TopicManager.TopicMessage
 
topicOrNull(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.TopicManager.Impl
 
toPoints(Point2D.Double[]) - クラス のstaticメソッドpojos.ShapeData
Returns a Point2D.Double array as a Points attribute value. as specified in http://www.w3.org/TR/SVGMobile12/shapes.html#PointsBNF
toRType(Integer) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(NonNegativeInteger) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(NonNegativeLong) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(PositiveFloat) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(PercentFraction) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(Long) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(String) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(Boolean) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(Double) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(Float) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(Timestamp) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(NamingConvention) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(AffineTransform) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(Color) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Transforms a Java type into the corresponding OMERO RType.
toRType(Object) - クラス のメソッドomero.util.IceMapper
 
toString() - 例外 のメソッドome.formats.enums.EnumerationException
 
toString() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig.Value
 
toString() - 列挙型 のメソッドome.formats.Index
 
toString() - 例外 のメソッドome.formats.model.ModelException
 
toString() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.CheckedPath
 
toString() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.FsFile
Provides repository path with components separated by FsFile.separatorChar.
toString() - クラス のメソッドome.services.throttling.Task
 
toString() - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor.GraphModifyTarget
 
toString() - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
 
toString() - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
produces a String representation of the PermissionsI similar to those on a Unix filesystem.
toString() - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
toString() - クラス のメソッドpojos.DataObject
Overridden to return the name of the class and the object id.
toString() - クラス のメソッドpojos.ROICoordinate
Returns the string of the coordinates.
total - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.COUNT_EVENT
 
total - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.PROGRESS_EVENT
 
totalErrors - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
totalFiles - クラス の変数ome.formats.importer.ImportCandidates.SCANNING
 
transfer - クラス の変数ome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
FileTransfer mechanism to be used for uploading
transfer(TransferState) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractExecFileTransfer
"Transfer" files by soft-linking them into place.
transfer(TransferState) - インタフェース のメソッドome.formats.importer.transfers.FileTransfer
Transfers a file and returns the appropriate checksum string for the source file.
transfer(TransferState) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.UploadFileTransfer
 
TransferState - ome.formats.importer.transfersのクラス
Non-thread-safe argument holder for FileTransfer implementations.
TransferState(File, int, int, ImportProcessPrx, ImportLibrary, TimeEstimator, ChecksumProvider, byte[]) - クラス のコンストラクタome.formats.importer.transfers.TransferState
State of the current file transfer.
transform(Function<String, String>) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.FsFile
Transform each path component with the given transformer.
transform(Predicate<Request>, Preprocessor.GraphModifyTarget, Set<Preprocessor.GraphModifyTarget>, Set<Preprocessor.GraphModifyTarget>) - クラス のメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor
Transform the list of requests.
transformationMap - クラス の変数ome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictions
 
transformationMatrix - クラス の変数ome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictions
 
treeList(String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.PublicRepositoryI
 
treeList(String, CheckedPath, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
 
treeList(String, CheckedPath, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
trimPaths(FsFile, List<FsFile>, Class<? extends FormatReader>) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Trim off the start of long client-side paths.
truncate_async(AMD_RawFileStore_truncate, long, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
tSize - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 
type() - インタフェース のメソッドomero.rtypes.Conversion
Specifies the type that can be expected from the rtypes.Conversion.convert(IceMapper) method.
TypesI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the ITypes service.
TypesI(ITypes, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.TypesI
 

U

UINT16_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
UINT32_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
UINT8_TYPE - クラス のstatic変数pojos.PixelsData
Identifies the type used to store pixel values.
unique() - クラス のメソッドomero.sys.ParametersI
 
UNKNOWN - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Indicates that the format is not recognized.
unlink_async(AMD_IContainer_unlink, List<IObject>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
unload(Current) - クラス のメソッドomero.model.DetailsI
 
unload(Current) - クラス のメソッドomero.model.PermissionsI
 
UnloadedCollectionException - omeroの例外
 
UnloadedCollectionException(String) - 例外 のコンストラクタomero.UnloadedCollectionException
 
UnloadedEntityException - omeroの例外
 
UnloadedEntityException(String) - 例外 のコンストラクタomero.UnloadedEntityException
 
UNMAPPED - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
Specifies a return type which should not be parsed.
unordered_async(AMD_Search_unordered, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.SearchI
 
unregister(String, ObjectPrx) - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.TopicManager.Impl
 
unregister(String, ObjectPrx) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.fire.TopicManager
 
unregisterCallback(ProcessCallbackPrx, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
unregisterServant(Identity) - クラス のメソッドomero.cmd.SessionI
unregisterServant(Identity, ObjectAdapter, ServantHolder) - クラス のstaticメソッドomero.cmd.SessionI
Reverts all the additions made by #registerServant(ServantInterface, Ice.Current, Ice.Identity) Now called by SessionManagerI in response to an UnregisterServantMessage
UnregisterServantMessage - ome.services.blitz.utilのクラス
InternalMessage raised when a servant should be removed from the adapter.
UnregisterServantMessage(Object, Current, ServantHolder) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.util.UnregisterServantMessage
 
unsafeNames - クラス の変数ome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictions
 
unsafePrefixes - クラス の変数ome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictions
 
unsafeSuffixes - クラス の変数ome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictions
 
unsetGroupOwner_async(AMD_IAdmin_unsetGroupOwner, ExperimenterGroup, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
unwrap(RType) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
Descends into data structures unwrapping all RType objects as it goes.
unwrap(RType, Map<RType, Object>) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
Descends into data structures wrapping all elements as it goes.
unwrapCollection(Collection<RType>, Collection<Object>, Map<RType, Object>) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
 
unwrapRawFileBean(RawFileStore) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
Loads
update(IObservable, ImportEvent) - クラス のメソッドome.formats.importer.cli.LoggingImportMonitor
 
update(IObservable, ImportEvent) - インタフェース のメソッドome.formats.importer.IObserver
Update observable on event
update(IObservable, ImportEvent) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
 
update(long) - インタフェース のメソッドome.formats.importer.util.FileUploadCounter.ProgressListener
 
update(IObservable, ImportEvent) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ImportableFiles
 
updateCodomainMap_async(AMD_RenderingEngine_updateCodomainMap, CodomainMapContext, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RenderingEngineI
 
updateCollection(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
updateDataObject_async(AMD_IContainer_updateDataObject, IObject, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
updateDataObjects_async(AMD_IContainer_updateDataObjects, List<IObject>, Parameters, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ContainerI
 
updateEntity(String) - クラス のメソッドorg.hibernate.stat.ConcurrentStatisticsImpl
 
updateEnumeration_async(AMD_ITypes_updateEnumeration, IObject, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
updateEnumerations_async(AMD_ITypes_updateEnumerations, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.TypesI
 
updateExperimenter_async(AMD_IAdmin_updateExperimenter, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
updateExperimenterWithPassword_async(AMD_IAdmin_updateExperimenterWithPassword, Experimenter, RString, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
updateFileSize(OriginalFile, long) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
 
updateFlexReaderServerMaps() - クラス のメソッドome.formats.importer.util.IniFileLoader
Updates the Flex reader server maps from the configuration file.
updateGroup_async(AMD_IAdmin_updateGroup, ExperimenterGroup, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
UpdateI - ome.services.blitz.implのクラス
Implementation of the IUpdate service.
UpdateI(IUpdate, BlitzExecutor) - クラス のコンストラクタome.services.blitz.impl.UpdateI
 
updateJob(Job, String, String, Current) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDao
Set both the message and the status of the given job.
updateJob(Job, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
updateMinMax(int, byte[], int) - クラス のメソッドome.formats.importer.OMEROWrapper
 
updateObjects_async(AMD_MetadataStore_updateObjects, IObjectContainer[], Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
updatePixels(List<Pixels>) - クラス のメソッドome.formats.OMEROMetadataStoreClient
Updates a list of Pixels.
updatePixels(Pixels, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
updatePixels(Pixels) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.DataService
Update the pixels object in the server.
updatePixels(Pixels) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.DataServiceImpl
 
updateReferences_async(AMD_MetadataStore_updateReferences, Map<String, String[]>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.MetadataStoreI
 
updateSelf_async(AMD_IAdmin_updateSelf, Experimenter, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
updateUsedFilesTotalSize() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportContainer
 
upload(File) - クラス のメソッドomero.client
 
upload(File, OriginalFile) - クラス のメソッドomero.client
 
upload(File, OriginalFile, Integer) - クラス のメソッドomero.client
Utility method to upload a file to the server
uploadBytes(long) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Raise the ImportEvent.FILE_UPLOAD_BYTES event to all observers.
uploadComplete(long) - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Raise the ImportEvent.FILE_UPLOAD_COMPLETE event to all observers.
uploadedBytes - クラス の変数ome.formats.importer.ImportEvent.FILE_UPLOAD_EVENT
 
uploadFile(ImportProcessPrx, String[], int, TimeEstimator) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
 
uploadFile(ImportProcessPrx, String[], int, ChecksumProviderFactory, TimeEstimator, byte[]) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
 
uploadFile(ErrorContainer) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.ErrorHandler
Upload a single ErrorContainer.
uploadFiles(String, int, ErrorContainer) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploader
Upload files from error container to url
uploadFileset(Fileset, ImportSettings, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedRepositoryI
Return a template based directory path.
uploadFilesToRepository(String[], ImportProcessPrx) - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportLibrary
Upload files to the managed repository.
UploadFileTransfer - ome.formats.importer.transfersのクラス
Traditional file transfer mechanism which uploads files using the API.
UploadFileTransfer() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.transfers.UploadFileTransfer
 
UploadMask - pojos.utilのクラス
Uploaded for masks.
UploadMask(long) - クラス のコンストラクタpojos.util.UploadMask
Creates a new instance.
uploadMask_async(AMD_IRoi_uploadMask, long, int, int, byte[], Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RoiI
 
uploadMyUserPhoto_async(AMD_IAdmin_uploadMyUserPhoto, String, String, byte[], Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.AdminI
 
uploadOfficialScript_async(AMD_IScript_uploadOfficialScript, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
 
uploadPlane(long, int, int, int, byte[], Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.OmeroGateway
 
uploadPlane(long, int, int, int, byte[]) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.ImageService
Upload the plane to the server, on pixels id with channel and the time, + z section. the data is the client 2d data values.
uploadPlane(long, int, int, int, byte[]) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.ImageServiceImpl
Upload the plane to the server, on pixels id with channel and the time, + z section. the data is the client 2d data values.
UploadRmFileTransfer - ome.formats.importer.transfersのクラス
Version of the default UploadFileTransfer which deletes all files in a transfer set if the upload is successful.
UploadRmFileTransfer() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.transfers.UploadRmFileTransfer
 
uploadScript_async(AMD_IScript_uploadScript, String, String, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
Upload script to the server.
uploadStarted() - クラス のメソッドome.formats.importer.transfers.TransferState
Raise the ImportEvent.FILE_UPLOAD_STARTED event to all observers.
usage() - クラス のstaticメソッドome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Prints usage to STDERR and exits with return code 1.
useCustomImageNaming - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
usedFiles - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.FILE_EXCEPTION
 
usedFiles - クラス の変数ome.formats.importer.util.ErrorHandler.INTERNAL_EXCEPTION
 
useFirstAcceptable() - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.MakeNextDirectory
Use the first acceptable path (that with the lowest index for MakeNextDirectory.getPathFor(long)) and return the corresponding subdirectories.
useFullPath - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
usePath(List<String>) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.MakeNextDirectory
Actually use the path.
USER - クラス のstatic変数pojos.GroupData
Identifies the User group.
username - クラス の変数loci.ome.io.OMECredentials
 
username - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
username() - クラス のメソッドomero.util.TempFileManager
Returns the current OS-user's name.
userPixels - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
userSpecifiedDescription - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
userSpecifiedName - クラス の変数ome.formats.importer.ImportConfig
 
uuid - クラス の変数ome.services.blitz.fire.Ring
UUID for this cluster node.
uuid() - クラス のメソッドome.services.blitz.fire.Ring
 
uuid() - インタフェース のメソッドome.services.blitz.redirect.Redirector.Context
The UUID for the local node which will be used as the redirect lookup string for this Redirector.Context.
uuid - クラス の変数ome.services.roi.GeomTool
 

V

validateFilePathNaming(FsFile) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.FilePathNamingValidator
Validate the given FS file.
validateFilePathNaming(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.path.FilePathNamingValidator
Validate the given file path.
validateScript_async(AMD_IScript_validateScript, Job, List<IObject>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptI
 
valueOf(String) - 列挙型 のstaticメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer.Transfers
指定した名前を持つこの型の列挙型定数を返します。
valueOf(String) - 列挙型 のstaticメソッドome.formats.Index
指定した名前を持つこの型の列挙型定数を返します。
valueOf(String) - 列挙型 のstaticメソッドome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictionInstance
指定した名前を持つこの型の列挙型定数を返します。
valueOf(String) - 列挙型 のstaticメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor.TargetType
指定した名前を持つこの型の列挙型定数を返します。
valueOf(String) - 列挙型 のstaticメソッドomero.grid.ProcessCallbackI.Action
指定した名前を持つこの型の列挙型定数を返します。
values() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportConfig
 
values() - 列挙型 のstaticメソッドome.formats.importer.transfers.AbstractFileTransfer.Transfers
この列挙型の定数を含む配列を宣言されている順序で返します。
values() - 列挙型 のstaticメソッドome.formats.Index
この列挙型の定数を含む配列を宣言されている順序で返します。
values() - 列挙型 のstaticメソッドome.services.blitz.repo.path.FilePathRestrictionInstance
この列挙型の定数を含む配列を宣言されている順序で返します。
values() - 列挙型 のstaticメソッドomero.cmd.graphs.Preprocessor.TargetType
この列挙型の定数を含む配列を宣言されている順序で返します。
values() - 列挙型 のstaticメソッドomero.grid.ProcessCallbackI.Action
この列挙型の定数を含む配列を宣言されている順序で返します。
verifyUpload(List<String>, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.ManagedImportProcessI
 
Version - ome.formats.importerのクラス
 
Version() - クラス のコンストラクタome.formats.importer.Version
 
versionNote - クラス のstatic変数ome.formats.importer.Version
 
VOID - クラス のstatic変数omero.util.IceMapper
 

W

waitCompleted(ImportConfig) - クラス のstaticメソッドome.formats.importer.cli.CommandLineImporter
Look for all ImportProcessPrx in the current session and close them if they return a non-null Response (i.e. they are done).
waitOnFinishedDone() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
 
waitOnInitialization() - クラス のメソッドomero.cmd.CmdCallbackI
Subclasses which must perform their own initialization before CmdCallbackI.onFinished(Response, Status, Current) is called should call {@link #waitOnInitialization() before accessing any initialized state.
warn(String, Object...) - クラス のメソッドomero.cmd.Helper
 
wasCancelled() - クラス のメソッドome.formats.importer.ImportCandidates
 
WellData - pojosのクラス
The data that makes up an OME Well and the Experimenter that owns this Well.
WellData() - クラス のコンストラクタpojos.WellData
Creates a new instance.
WellData(Well) - クラス のコンストラクタpojos.WellData
Creates a new instance.
WellProcessor - ome.formats.modelのクラス
Processes the Wells of an IObjectContainerStore and ensures that the Plate has been populated and that it is validated and that if any PlateAcquisition objects are in the hierarchy that they have a name.
WellProcessor() - クラス のコンストラクタome.formats.model.WellProcessor
 
WELLS - クラス のstatic変数pojos.PlateData
Identifies the Plate#WELLS field.
WellSampleData - pojosのクラス
The data that makes up an OME WellSample along with links to its images and the Experimenter that owns this WellSample.
WellSampleData() - クラス のコンストラクタpojos.WellSampleData
Creates a new instance.
WellSampleData(WellSample) - クラス のコンストラクタpojos.WellSampleData
Creates a new instance.
WorkflowData - pojosのクラス
The data that makes up an OME worflow object.
WorkflowData(Namespace) - クラス のコンストラクタpojos.WorkflowData
Creates a new instance.
WorkflowData(String, List<String>) - クラス のコンストラクタpojos.WorkflowData
Creates a new instance.
WorkflowData(String, String) - クラス のコンストラクタpojos.WorkflowData
Creates a new instance.
WorkflowData() - クラス のコンストラクタpojos.WorkflowData
Creates a new instance.
wrap(Hashtable<String, Object>) - クラス のメソッドomero.cmd.fs.OriginalMetadataRequestI
Use IceMapper to convert from Object instances in the given Hashtable to RType instances.
wrap(Object) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
Descends into data structures wrapping all elements as it goes.
wrap(Object, Map<Object, RType>) - クラス のstaticメソッドomero.rtypes
Descends into data structures wrapping all elements as it goes.
wrapSecurityViolation(SecurityViolation) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepositoryDaoImpl
 
write(byte[], int, int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploadCounter.OutputStreamCounter
 
write(int) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploadCounter.OutputStreamCounter
 
write(long, byte[], long, int) - クラス のメソッドome.services.blitz.gateway.services.impl.RawFileStoreServiceImpl
 
write(long, byte[], long, int) - インタフェース のメソッドome.services.blitz.gateway.services.RawFileStoreService
Write the contents of the buffer to the the file starting from position and for length bytes.
write_async(AMD_RawFileStore_write, byte[], long, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
write_async(AMD_RawFileStore_write, byte[], long, int, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.RepoRawFileStoreI
 
writeLine(String) - クラス のメソッドome.services.blitz.repo.FileMaker
 
writeRequest(OutputStream) - クラス のメソッドome.formats.importer.util.FileUploadCounter
 
wSize - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 

X

XML - クラス のstatic変数pojos.FileAnnotationData
Identifies the XML file formats.
XMLAnnotationData - pojosのクラス
Defines an XML Annotation.
XMLAnnotationData() - クラス のコンストラクタpojos.XMLAnnotationData
Creates a new instance.
XMLAnnotationData(String) - クラス のコンストラクタpojos.XMLAnnotationData
Creates a new instance.
XMLAnnotationData(XmlAnnotation) - クラス のコンストラクタpojos.XMLAnnotationData
Creates a new instance.

Z

zSize - クラス の変数ome.formats.importer.ImportSize
 

_

__del__() - クラス のメソッドomero.client
Calls closeSession() and ignores any exceptions.
__redirect(long, _RawFileStoreTie, Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.RawFileStoreI
 
_wait(Current) - クラス のメソッドome.services.blitz.impl.ScriptProcessI
 
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